BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G10770.1
Length=2625
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489922 jgi|Araly1|489922|fgenesh2_kg.6__3056__AT4G10770.1 3986 0.0
> Ahg489922 jgi|Araly1|489922|fgenesh2_kg.6__3056__AT4G10770.1
Length=2483
Score = 3986 bits (2158), Expect = 0.0
Identities = 2364/2465 (96%), Gaps = 8/2465 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGAAGACTAGAAGATAGCTTTGTCAGATTCACATCTCCCCaaaaaaaaaaCAGAGCaa 60
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAGAAGACTAGAAGATAGC-TTGACAGATTCACATCT-CAAAAAAAAAAAACAGAGCAA 58
Query 61 gaagaagaagaagaagaCAACCATGGAAGAATCAGAACAAGTTCTTCCTCTATTAACAAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 59 GAAGAAGAAGAAGAAGACAACCATGGAAGAATCAGAACTAGTTCTTCCTCTATTAACAAA 118
Query 121 CCCAAAAGATCTGACAAACCCATCATATGCGTCATCATCTTCATCTTCATCTGAACCAAG 180
||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 119 CCCCAAAGATCTGACAAACCAATCCTCTGCCTCATCATCTTCA---TCATCGGAACCAAG 175
Query 181 AGATGAAACAGAGGATCTTCTTTTACCAATCTCCGACGAGAATGAGGAGGAAGAAGAAGA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |||||||||||
Sbjct 176 AGATGAAACAGAGGATCTTCTTTTACCAATCTCCG--GCGAA-GAAGAAGAAGAAGAAGA 232
Query 241 GAACTCACCAATCCGACAAGTAGCACTCACTGTTCCGACAACAGATGATCCTTCATTACC 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 233 GAACTCACCAATCCGACAAGTAGCACTCACTGTTCCAACAACAGACGATCCTTCATTACC 292
Query 301 TGTCTTAACATTTCGCATGTGGGTCTTAGGAACTCTCTCTTGCATCCTCTTGTCGTTTCT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 TGTCTTAACATTTCGCATGTGGGTCTTAGGAACTCTTTCTTGCATCCTCTTGTCGTTTCT 352
Query 361 CAATCAGTTCTTCTGGTATAGAACAGAACCTCTCACTATCTCTGCCATCTCCGCTCAAAT 420
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 353 CAATCAGTTCTTCTGGTACAGAACAGAACCTCTCACTATCTCCGCCATCTCCGCTCAAAT 412
Query 421 CGCCGTCGTACCACTTGGTCGTCTCATGGCTGCTAAAATCACCGATAGAGTCTTCTTCCA 480
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 413 CGCCGTCGTACCCCTCGGTCGTCTCATGGCTGCTAAAATCTCTGATAGAGTCTTCTTCCA 472
Query 481 AGGATCAAAGTGGCAGTTTACGTTGAATCCAGGTCCGTTTAATGTGAAAGAGCATGTGTT 540
||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 473 AGGATCAAAGTGGCAATTCACGTTGAATCCAGGACCGTTTAATGTGAAGGAGCATGTGTT 532
Query 541 GATCACTATTTTCGCTAACGCGGGAGCTGGATCTGTTTACGCAATACACGTTGTTACCGT 600
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 GATCACTATTTTCGCTAACGCCGGAGCTGGATCTGTTTACGCAATACACGTTGTTACCGT 592
Query 601 GGTCAAAGCGTTTTACATGAAGAACATAACGTTCTTTGTGTCTTTCATCGTTATCGTTAC 660
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 593 CGTGAAAGCGTTTTACATGAAGAACATAACGTTCTTTGTGTCTTTCATCGTTATTGTTAC 652
Query 661 CACCCAAGTGTTAGGTTTTGGATGGGCTGGAATATTTAGGAAATACCTTGTTGAACCGGC 720
||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 653 CACTCAAGTGTTAGGTTTTGGTTGGGCCGGAATATTCAGGAAATACCTCGTTGAACCGGC 712
Query 721 GGCGATGTGGTGGCCGGCGAATCTTGTTCAAGTCTCACTATTTAGAGCTTTGCACGAGAA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 713 GGCGATGTGGTGGCCGGCGAATCTTGTTCAAGTCTCACTATTTAGAGCTTTGCACGAAAA 772
Query 781 AGAAGAACGGACCAAAGGAGGGCTGACACGTACACAATTCTTCGTGATAGCATTCGTTTG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 AGAAGAACGGACCAAAGGAGGGCTGACACGTACACAATTCTTCGTGATAGCATTCGTTTG 832
Query 841 CAGTTTCGCTTATTATGTCTTTCCGGGCTACTTATTTCAGATCATGACGTCGTTGTCGTG 900
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 CAGTTTCGCTTATTATGTCTTTCCAGGCTACTTATTTCAGATCATGACGTCGTTGTCGTG 892
Query 901 GGTTTGTTGGTTCTTTCCATCATCAGTTATGGCCCAACAGATCGGGTCTGGTCTTCACGG 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 893 GGTTTGTTGGTTCTTTCCATCATCAGTTATGGCCCAACAGATCGGGTCCGGTCTTCACGG 952
Query 961 GTTAGGTGTTGGGGCCATAGGACTTGACTGGTCAACCATTTCCTCTTACTTGGGTAGTCC 1020
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 953 GTTAGGTGTTGGAGCCATAGGACTCGACTGGTCAACCATTTCTTCTTACTTGGGTAGTCC 1012
Query 1021 ACTCGCTAGTCCATGGTTTGCTACGGCTAATGTGGGTGTGGGATTTGTGCTGGTGATATA 1080
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 ACTCGCTAGTCCATGGTTTGCAACGGCTAATGTGGGTGTGGGATTTGTGCTGGTGATATA 1072
Query 1081 TGTCTTGGTACCAATATGCTATTGGCTCGATGTGTACAAGGCCAAGACCTTCCCCATATT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1073 TGTCTTGGTACCAATATGCTATTGGCTCGATGTGTATAAGGCTAAAACCTTCCCTATATT 1132
Query 1141 TTCGAGCTCACTTTTTTCGAGCCAGGGTTCAAAGTACAACATCACATCCATTATAGACTC 1200
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 TTCGAGCTCGCTTTTTACGAGCCAGGGTTCAAAGTACAACATCACATCCATTATAGACTC 1192
Query 1201 TAATTTCCACCTTGACCTCCCAGCCTACGAGCGTCAAGGCCCTTTGTATCTTTGCACTTT 1260
|||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TAATTTCCACCTTGACCTCCCATCTTACGAGCGTGAAGGCCCTTTGTATCTTTGCACTTT 1252
Query 1261 CTTCGCCATTAGTTACGGTGTTGGTTTTGCCGCTTTAAGCGCTACCATCATGCATGTTGC 1320
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CTTCGCAATTAGTTACGGTGTTGGTTTTGCCGCTTTAAGCGCTACCATCATGCATGTTGC 1312
Query 1321 TCTCTTCCACGGAAGGGAGATATGGGAGCAGAGTAAGGAGAGTTTTAAAGAAAAGAAATT 1380
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1313 TCTCTTCCATGGAAGGGAGATATGGGAGCAAAGTAAGGAGAGTTTTAAGGAAAAGAAATT 1372
Query 1381 GGATGTACACGCGAGGCTAATGCAAAGGTACAAACAAGTTCCAGAGTGGTGGTTTTGGTG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GGATGTACACGCGAGGCTAATGCAAAGGTACAAACAAGTTCCAGAGTGGTGGTTTTGGTG 1432
Query 1441 CATACTCGTTACCAACGTTGGAGCCACAATCTTTGCTTGTGAGTATTACAATGACCAACT 1500
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 CATACTCGTTACCAATGTTGGAGCCACAATCTTTGCTTGTGAGTATTACAATGACCAACT 1492
Query 1501 TCAATTACCATGGTGGGGTGTTCTATTGGCATGTACCGTCGCCATTATCTTTACACTTCC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TCAATTACCATGGTGGGGTGTTCTATTGGCATGTACCGTCGCCATTATCTTTACACTTCC 1552
Query 1561 TATCGGTATCATCACCGCCATCACCAATCAGGCGCCAGGATTGAACATTATTACAGAATA 1620
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1553 TATCGGTATCATCACCGCCATCACCAACCAGGCACCAGGATTGAACATAATTACAGAATA 1612
Query 1621 TATCATAGGATATATCTATCCAGGATATCCAGTTGCAAATATGTGCTTTAAAGTATATGG 1680
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TATCATAGGATATATCTATCCAGGGTATCCAGTGGCAAATATGTGCTTTAAAGTATATGG 1672
Query 1681 ATACATAAGCATGCAACAAGCCATCACGTTTCTTCAAGACTTTAAGCTTGGTCACTACAT 1740
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1673 ATACATAAGTATGCAACAAGCCATCACTTTTCTTCAAGACTTCAAACTTGGTCACTACAT 1732
Query 1741 GAAGATACCACCTAGAACCATGTTCATGGCACAGATTGTTGGAACACTCATCTCATGTTT 1800
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 GAAGATTCCACCTAGAACCATGTTCATGGCACAGATTGTTGGAACACTCATCTCATGTTT 1792
Query 1801 TGTTTACCTCACAACGGCTTGGTGGCTAATGGAGACCATCCCCAACATATGTGATTCGGT 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 GGTTTACCTCACAACGGCTTGGTGGCTAATGGAGACAATCCCCAACATATGTGATTCGGT 1852
Query 1861 TACTAACTCGGTTTGGACATGTCCATCGGATAAAGTCTTTTATGATGCATCGGTGATATG 1920
| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1853 TTCTAACTCGGTATGGACTTGTCCATCCGATAAAGTCTTCTATGATGCATCCGTGATATG 1912
Query 1921 GGGACTTATTGGACCTCGTAGAATCTTTGGAGATCTTGGTTTATACAAATCCGTTAATTG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 GGGACTTATTGGACCTCGTAGAATCTTTGGAGATCTTGGTTTATACAAATCCGTTAATTG 1972
Query 1981 GTTCTTCCTTGTGGGCGCTATAGCCCCTATTCTTGTATGGTTAGCTTCAAGGATGTTTCC 2040
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 GTTCTTCCTTGTCGGCGCTATAGCCCCGGTTCTTGTATGGTTAGCTTCAAGGATGTTTCC 2032
Query 2041 TAGACAAGAGTGGATCAAGCTTATAAACATGCCGGTTCTTATAAGCGCGACAAGCTCGAT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TAGACAAGAGTGGATCAAGCTTATAAACATGCCGGTTCTTATAAGCGCGACAAGCTCGAT 2092
Query 2101 GCCGCCCGCAACAGCCGTGAACTACACAACATGGGTTCTTGCTGGATTCTTATCCGGATT 2160
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2093 GCCACCCGCAACAGCCGTGAACTACACAACATGGGTTCTTGCCGGATTTTTATCCGGATT 2152
Query 2161 TGTTGTGTTTAGGTACAGGCCAAATCTATGGCAGAGGTATAATTATGTTTTGTCAGGAGC 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 TGTTGTGTTTAGGTACAGGCCAAATCTATGGCAGAGGTATAATTATGTTTTGTCAGGAGC 2212
Query 2221 ATTGGATGCTGGATTAGCATTTATGGGTGTGTTGCTTTATATGTGTTTGGGACTTGAGAA 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 ATTGGATGCTGGATTAGCATTTATGGGTGTGTTGCTTTATATGTGTTTGGGACTTGAGAA 2272
Query 2281 TGTGAGTTTGGATTGGTGGGGAAATGAGCTTGATGGTTGTCCTTTGGCCTCTTGTCCAAC 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2273 TGTGAGTTTGGATTGGTGGGGAAATGAGCTTGATGGTTGTCCTTTGGCCTCTTGTCCTAC 2332
Query 2341 CGCGCCTGGTATTATTGTTGAAGGATGCCCGCTTTATACGTAAAACGCGTTTGCGCGGCG 2400
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2333 CGCGCCTGGTATTATTGTTGAAGGTTGCCCGCTTTATACGTAAAACGTATTTGCGAGGCG 2392
Query 2401 AAGGCATTTCCAATGCTAAAGTTTGGTGGTTGGATTTGGTACCTATGTTTGTAAAGATCA 2460
||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| | | |||||||||| ||||
Sbjct 2393 AAGGCATTTTCAATGCTAGAGTTTGGTCGCTGGATTTGGTGCATCTGTTTGTAAAAATCA 2452
Query 2461 TTTTT 2465
|||||
Sbjct 2453 TTTTT 2457
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98996546755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5