BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G10770.1 Length=2625 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg489922 jgi|Araly1|489922|fgenesh2_kg.6__3056__AT4G10770.1 3986 0.0 > Ahg489922 jgi|Araly1|489922|fgenesh2_kg.6__3056__AT4G10770.1 Length=2483 Score = 3986 bits (2158), Expect = 0.0 Identities = 2364/2465 (96%), Gaps = 8/2465 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAAGAAGACTAGAAGATAGCTTTGTCAGATTCACATCTCCCCaaaaaaaaaaCAGAGCaa 60 |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 1 GAAGAAGACTAGAAGATAGC-TTGACAGATTCACATCT-CAAAAAAAAAAAACAGAGCAA 58 Query 61 gaagaagaagaagaagaCAACCATGGAAGAATCAGAACAAGTTCTTCCTCTATTAACAAA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 59 GAAGAAGAAGAAGAAGACAACCATGGAAGAATCAGAACTAGTTCTTCCTCTATTAACAAA 118 Query 121 CCCAAAAGATCTGACAAACCCATCATATGCGTCATCATCTTCATCTTCATCTGAACCAAG 180 ||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 119 CCCCAAAGATCTGACAAACCAATCCTCTGCCTCATCATCTTCA---TCATCGGAACCAAG 175 Query 181 AGATGAAACAGAGGATCTTCTTTTACCAATCTCCGACGAGAATGAGGAGGAAGAAGAAGA 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || ||||||||||| Sbjct 176 AGATGAAACAGAGGATCTTCTTTTACCAATCTCCG--GCGAA-GAAGAAGAAGAAGAAGA 232 Query 241 GAACTCACCAATCCGACAAGTAGCACTCACTGTTCCGACAACAGATGATCCTTCATTACC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 233 GAACTCACCAATCCGACAAGTAGCACTCACTGTTCCAACAACAGACGATCCTTCATTACC 292 Query 301 TGTCTTAACATTTCGCATGTGGGTCTTAGGAACTCTCTCTTGCATCCTCTTGTCGTTTCT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 293 TGTCTTAACATTTCGCATGTGGGTCTTAGGAACTCTTTCTTGCATCCTCTTGTCGTTTCT 352 Query 361 CAATCAGTTCTTCTGGTATAGAACAGAACCTCTCACTATCTCTGCCATCTCCGCTCAAAT 420 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 353 CAATCAGTTCTTCTGGTACAGAACAGAACCTCTCACTATCTCCGCCATCTCCGCTCAAAT 412 Query 421 CGCCGTCGTACCACTTGGTCGTCTCATGGCTGCTAAAATCACCGATAGAGTCTTCTTCCA 480 |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 413 CGCCGTCGTACCCCTCGGTCGTCTCATGGCTGCTAAAATCTCTGATAGAGTCTTCTTCCA 472 Query 481 AGGATCAAAGTGGCAGTTTACGTTGAATCCAGGTCCGTTTAATGTGAAAGAGCATGTGTT 540 ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 473 AGGATCAAAGTGGCAATTCACGTTGAATCCAGGACCGTTTAATGTGAAGGAGCATGTGTT 532 Query 541 GATCACTATTTTCGCTAACGCGGGAGCTGGATCTGTTTACGCAATACACGTTGTTACCGT 600 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 533 GATCACTATTTTCGCTAACGCCGGAGCTGGATCTGTTTACGCAATACACGTTGTTACCGT 592 Query 601 GGTCAAAGCGTTTTACATGAAGAACATAACGTTCTTTGTGTCTTTCATCGTTATCGTTAC 660 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 593 CGTGAAAGCGTTTTACATGAAGAACATAACGTTCTTTGTGTCTTTCATCGTTATTGTTAC 652 Query 661 CACCCAAGTGTTAGGTTTTGGATGGGCTGGAATATTTAGGAAATACCTTGTTGAACCGGC 720 ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 653 CACTCAAGTGTTAGGTTTTGGTTGGGCCGGAATATTCAGGAAATACCTCGTTGAACCGGC 712 Query 721 GGCGATGTGGTGGCCGGCGAATCTTGTTCAAGTCTCACTATTTAGAGCTTTGCACGAGAA 780 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 713 GGCGATGTGGTGGCCGGCGAATCTTGTTCAAGTCTCACTATTTAGAGCTTTGCACGAAAA 772 Query 781 AGAAGAACGGACCAAAGGAGGGCTGACACGTACACAATTCTTCGTGATAGCATTCGTTTG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 773 AGAAGAACGGACCAAAGGAGGGCTGACACGTACACAATTCTTCGTGATAGCATTCGTTTG 832 Query 841 CAGTTTCGCTTATTATGTCTTTCCGGGCTACTTATTTCAGATCATGACGTCGTTGTCGTG 900 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 833 CAGTTTCGCTTATTATGTCTTTCCAGGCTACTTATTTCAGATCATGACGTCGTTGTCGTG 892 Query 901 GGTTTGTTGGTTCTTTCCATCATCAGTTATGGCCCAACAGATCGGGTCTGGTCTTCACGG 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 893 GGTTTGTTGGTTCTTTCCATCATCAGTTATGGCCCAACAGATCGGGTCCGGTCTTCACGG 952 Query 961 GTTAGGTGTTGGGGCCATAGGACTTGACTGGTCAACCATTTCCTCTTACTTGGGTAGTCC 1020 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 953 GTTAGGTGTTGGAGCCATAGGACTCGACTGGTCAACCATTTCTTCTTACTTGGGTAGTCC 1012 Query 1021 ACTCGCTAGTCCATGGTTTGCTACGGCTAATGTGGGTGTGGGATTTGTGCTGGTGATATA 1080 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1013 ACTCGCTAGTCCATGGTTTGCAACGGCTAATGTGGGTGTGGGATTTGTGCTGGTGATATA 1072 Query 1081 TGTCTTGGTACCAATATGCTATTGGCTCGATGTGTACAAGGCCAAGACCTTCCCCATATT 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| Sbjct 1073 TGTCTTGGTACCAATATGCTATTGGCTCGATGTGTATAAGGCTAAAACCTTCCCTATATT 1132 Query 1141 TTCGAGCTCACTTTTTTCGAGCCAGGGTTCAAAGTACAACATCACATCCATTATAGACTC 1200 ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1133 TTCGAGCTCGCTTTTTACGAGCCAGGGTTCAAAGTACAACATCACATCCATTATAGACTC 1192 Query 1201 TAATTTCCACCTTGACCTCCCAGCCTACGAGCGTCAAGGCCCTTTGTATCTTTGCACTTT 1260 |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1193 TAATTTCCACCTTGACCTCCCATCTTACGAGCGTGAAGGCCCTTTGTATCTTTGCACTTT 1252 Query 1261 CTTCGCCATTAGTTACGGTGTTGGTTTTGCCGCTTTAAGCGCTACCATCATGCATGTTGC 1320 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1253 CTTCGCAATTAGTTACGGTGTTGGTTTTGCCGCTTTAAGCGCTACCATCATGCATGTTGC 1312 Query 1321 TCTCTTCCACGGAAGGGAGATATGGGAGCAGAGTAAGGAGAGTTTTAAAGAAAAGAAATT 1380 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1313 TCTCTTCCATGGAAGGGAGATATGGGAGCAAAGTAAGGAGAGTTTTAAGGAAAAGAAATT 1372 Query 1381 GGATGTACACGCGAGGCTAATGCAAAGGTACAAACAAGTTCCAGAGTGGTGGTTTTGGTG 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1373 GGATGTACACGCGAGGCTAATGCAAAGGTACAAACAAGTTCCAGAGTGGTGGTTTTGGTG 1432 Query 1441 CATACTCGTTACCAACGTTGGAGCCACAATCTTTGCTTGTGAGTATTACAATGACCAACT 1500 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1433 CATACTCGTTACCAATGTTGGAGCCACAATCTTTGCTTGTGAGTATTACAATGACCAACT 1492 Query 1501 TCAATTACCATGGTGGGGTGTTCTATTGGCATGTACCGTCGCCATTATCTTTACACTTCC 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1493 TCAATTACCATGGTGGGGTGTTCTATTGGCATGTACCGTCGCCATTATCTTTACACTTCC 1552 Query 1561 TATCGGTATCATCACCGCCATCACCAATCAGGCGCCAGGATTGAACATTATTACAGAATA 1620 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1553 TATCGGTATCATCACCGCCATCACCAACCAGGCACCAGGATTGAACATAATTACAGAATA 1612 Query 1621 TATCATAGGATATATCTATCCAGGATATCCAGTTGCAAATATGTGCTTTAAAGTATATGG 1680 |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1613 TATCATAGGATATATCTATCCAGGGTATCCAGTGGCAAATATGTGCTTTAAAGTATATGG 1672 Query 1681 ATACATAAGCATGCAACAAGCCATCACGTTTCTTCAAGACTTTAAGCTTGGTCACTACAT 1740 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1673 ATACATAAGTATGCAACAAGCCATCACTTTTCTTCAAGACTTCAAACTTGGTCACTACAT 1732 Query 1741 GAAGATACCACCTAGAACCATGTTCATGGCACAGATTGTTGGAACACTCATCTCATGTTT 1800 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1733 GAAGATTCCACCTAGAACCATGTTCATGGCACAGATTGTTGGAACACTCATCTCATGTTT 1792 Query 1801 TGTTTACCTCACAACGGCTTGGTGGCTAATGGAGACCATCCCCAACATATGTGATTCGGT 1860 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1793 GGTTTACCTCACAACGGCTTGGTGGCTAATGGAGACAATCCCCAACATATGTGATTCGGT 1852 Query 1861 TACTAACTCGGTTTGGACATGTCCATCGGATAAAGTCTTTTATGATGCATCGGTGATATG 1920 | |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 1853 TTCTAACTCGGTATGGACTTGTCCATCCGATAAAGTCTTCTATGATGCATCCGTGATATG 1912 Query 1921 GGGACTTATTGGACCTCGTAGAATCTTTGGAGATCTTGGTTTATACAAATCCGTTAATTG 1980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1913 GGGACTTATTGGACCTCGTAGAATCTTTGGAGATCTTGGTTTATACAAATCCGTTAATTG 1972 Query 1981 GTTCTTCCTTGTGGGCGCTATAGCCCCTATTCTTGTATGGTTAGCTTCAAGGATGTTTCC 2040 |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1973 GTTCTTCCTTGTCGGCGCTATAGCCCCGGTTCTTGTATGGTTAGCTTCAAGGATGTTTCC 2032 Query 2041 TAGACAAGAGTGGATCAAGCTTATAAACATGCCGGTTCTTATAAGCGCGACAAGCTCGAT 2100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2033 TAGACAAGAGTGGATCAAGCTTATAAACATGCCGGTTCTTATAAGCGCGACAAGCTCGAT 2092 Query 2101 GCCGCCCGCAACAGCCGTGAACTACACAACATGGGTTCTTGCTGGATTCTTATCCGGATT 2160 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 2093 GCCACCCGCAACAGCCGTGAACTACACAACATGGGTTCTTGCCGGATTTTTATCCGGATT 2152 Query 2161 TGTTGTGTTTAGGTACAGGCCAAATCTATGGCAGAGGTATAATTATGTTTTGTCAGGAGC 2220 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2153 TGTTGTGTTTAGGTACAGGCCAAATCTATGGCAGAGGTATAATTATGTTTTGTCAGGAGC 2212 Query 2221 ATTGGATGCTGGATTAGCATTTATGGGTGTGTTGCTTTATATGTGTTTGGGACTTGAGAA 2280 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2213 ATTGGATGCTGGATTAGCATTTATGGGTGTGTTGCTTTATATGTGTTTGGGACTTGAGAA 2272 Query 2281 TGTGAGTTTGGATTGGTGGGGAAATGAGCTTGATGGTTGTCCTTTGGCCTCTTGTCCAAC 2340 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2273 TGTGAGTTTGGATTGGTGGGGAAATGAGCTTGATGGTTGTCCTTTGGCCTCTTGTCCTAC 2332 Query 2341 CGCGCCTGGTATTATTGTTGAAGGATGCCCGCTTTATACGTAAAACGCGTTTGCGCGGCG 2400 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 2333 CGCGCCTGGTATTATTGTTGAAGGTTGCCCGCTTTATACGTAAAACGTATTTGCGAGGCG 2392 Query 2401 AAGGCATTTCCAATGCTAAAGTTTGGTGGTTGGATTTGGTACCTATGTTTGTAAAGATCA 2460 ||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| | | |||||||||| |||| Sbjct 2393 AAGGCATTTTCAATGCTAGAGTTTGGTCGCTGGATTTGGTGCATCTGTTTGTAAAAATCA 2452 Query 2461 TTTTT 2465 ||||| Sbjct 2453 TTTTT 2457 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 98996546755 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5