BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G11670.1
Length=3631
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327303 jgi|Araly1|327303|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002523 1857 0.0
> Ahg327303 jgi|Araly1|327303|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002523
Length=2931
Score = 1857 bits (1005), Expect = 0.0
Identities = 1114/1166 (96%), Gaps = 9/1166 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 ATGGATTCTCTGTTGCAGCGTTACCGGAACGATCGCCGCAAGCTCATGGAGTTTCTTATG 180
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATTCTATGTTGCAGCGTTACCGGAACGATCGCCGCAAGCTCATGGAGTTTCTTATG 60
Query 181 TCTTCGGGTTTGGTAAAAGAGCTTCGTTCCCCTTCTGGTTCCCCTACTTCTCTTTCTCCG 240
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 61 TCTTCGGGTTTGGTAAAGGAGCTTCGTTCCCCTTCTGGTTCTTCTACTTCTCTCTCTCCC 120
Query 241 GCTGATTTGGATGCTCTCAGTGCCGATTATGTTTTAGATTGCGTGAAATCCGGTGGTGTA 300
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTGATTTGGATGCTCTCAGCGCCGATTATGTTTTGGATTGCGTGAAATCCGGTGGTGTA 180
Query 301 GTTGATGTATCCAAGGGCAGAGAGAAATACAATTTTGATTCATCATACCCTGTAACAATA 360
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 GTTGATGTATCCAAGGGCATAGAGAAATACAATTTTGAGTCATCATACCCTGTAACTATA 240
Query 361 CACTCTGAGTCTGGAGATTCCTATTTTCTTGTGTCGAGTCCGGATTTAGCAGGTTCTCCT 420
|||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 241 CACTCTGAGTCTAGAGATTCCTTTTTTCTTGTATCGAGTCCAGATATAGCAGGTTCTCCT 300
Query 421 CCTCATCGTATGCCTCCTCCTCCAGTTAACATTGAAAAATCCAGTAACAATGGTGCAGAC 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 301 CCTCATCGTATGCCTCCTCCTCCAGTTAACATGGAAAAATCCAGTAACAATGACCCAGAC 360
Query 481 ATGTCGCGTCACATGGATTCTTCTAATACTCCTTCAGCTAGAGACAACTATGTATTTAAA 540
||||| | ||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGTCATGCCACATAGATTCTTCTAGTACTCCTTCATCCAGAGACAACTATGTATTTAAA 420
Query 541 GAGGAAACACCTGACATCAAACCCGTGAAACCTATCAAAATCATTCCTCTTGGCTTGCCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGGAAACACCTGACATCAAACCCGTGAAACCTATCAAAATCATTCCTCTTGGCTTGCCA 480
Query 601 CCCTTGAGAACAGGGTTATCGGATGATGATTTACGAGAAGCAGCATATGAATTAATGATT 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 481 CCCTTGAGAACAGGGTTATCGGATGATGATTTACGAGAAGCAGCATATGAATTACTGATT 540
Query 661 GCTTCTATGTTGCTTTCAAGTTTCTTA---------ACAAACAGTGTTGAGGCGTATCCT 711
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCTTCTATGTTGCTTTCAAGTTTCTTACGGGTTTTTACAAACAGTGTTGAGGCGTATCCT 600
Query 712 ACTCATAGAAGAAAGATAGAAAAAAGCTCTAGACTAATGTTAAGTTTGAAAAGAAAAGAT 771
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACTCAGAGAAGAAAAATAGAAAAAAGCTCAAGACTAATGTTAAGTTTGAAAAGAAAAGAT 660
Query 772 AAACCACATCTGCAGCCTCAGATCTCTAATACACACTCAGAGATTTCATCAAAGATGGAT 831
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAACCACATCTACAGCCTCAGATCTCTAATACACACTCAGAGATTTCATCAAAGATGGAT 720
Query 832 ACATGCATACGGAGAAATCTGGTACAGTTGGCAACATTAAGGACAGGTGAACAAATTGAT 891
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACATGCATACGGAGAAATCTGGTACAGTTGGCTACATTAAGGACAGGTGAACAAATTGAT 780
Query 892 CTTCCACAGTTAGCATTGGGGCTTTTGGTTGGAATATTCAAATCAGATTTTCCTAATGAA 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTCCACAGTTAGCATTGGGGCTTTTGGTTGGAATATTCAAATCAGATTTTCCTAATGAA 840
Query 952 AAGCTCTACATGAAGTGGAAGACTAGACAGGCTAACCTACTAGAAGAAGTCCTCTGTTTC 1011
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 841 AAACTCTACATGAAGTGGAAGACTAGACAGGCTAACCTACTTGAAGAAGTCCTCTGTTTC 900
Query 1012 TCACCTAGTCTGGAGAAAAACGAACGAGCAACTATGAGAAAATGCCTTGCAACGATTAGA 1071
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCACCTAGTCTGGAGAAAAATGAACGAGCAACTATGAGAAAATGCCTTGCAACGATTAGA 960
Query 1072 GACTCAAAGGAATGGGATGTTGTAGTATCTGCTTCACTACGTATTGAGGTTCTATCGTCT 1131
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 961 GACTCAAAGGAATGGGATGTTGTAGTGTCTGCTTCGCTACGGATTGAGGTTCTATCGTCT 1020
Query 1132 ATAAGGCAGGTGGCTTCAAAGTTGTCATCACTACCAGGCCGATGTGGTATTGAAGAAGAA 1191
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATAAAGCAGGTGGCTTCAAAGTTGTCATCACTACCAGGCCGTTGTGGTATTGAAGAAGAA 1080
Query 1192 ACTTATTACTGGACTGCTATCTACCATTTGAACATTAGACTCTATGAGAAACTATTATTT 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1081 ACTTATTACTGGACTGCTATCTACCATTTGAACATTAGACTCTATGAGAAATTATTATTT 1140
Query 1252 GGTGTATTTGATACTCTTGATGAGGG 1277
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGTGTATTTGATACTCTTGATGAGGG 1166
Score = 1013 bits (548), Expect = 0.0
Identities = 594/617 (96%), Gaps = 0/617 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2858 AGAAATGCAATGCACAGGTCCTTGATACTGTATGCAGTTTGAGTTATGAGGACTCACGGG 2917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2315 AGAAATGCAATGCACAGGTCCTTGATACTGTATGCAGTTTGAGTTATGAGGACTCACGGG 2374
Query 2918 ATATGGTGGTGTTAAGCATCTGCCGATCCGCTCTGGAAGCCTATGTTCGAGTACTACTTG 2977
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2375 ATATGGTGGTTTTAAGCATCTGCCGATCCACTCTGGAAGCTTATGTTCGAGTGCTACTTG 2434
Query 2978 ATGGAGGGCCAACCCGTGCCTTTTCGGATTCTGACATCACCTTGATGGAAGAAGATCTCA 3037
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2435 ATGGAGGGCCAACCCGTGCATTTTCGGATTCAGACATCACCTTGATGGAAGAGGATCTCG 2494
Query 3038 GTATTTTGAAAGAGTTCTTCATTGCCGATGGGGAGGGACTTCCTCGTTCACTAGTTGAGC 3097
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 GTATTTTGAAAGAATTCTTCATTGCCGATGGAGAGGGTCTTCCTCGTTCACTAGTTGAGC 2554
Query 3098 AAGAAGCGAAACAGGCGAAAGAGATCCTCGACTTGTACTCTCTCGAGAGCGATATGCTAA 3157
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2555 AAGAAGCAAAACAGGCGAAAGAGATCCTTGACTTGTTCTCTCTCGAGAGCGATATGCTTA 2614
Query 3158 TTCAGATGCTAATGACTGCGAGCGAGCTCATCAACATGGGGGTGAGTTCAGAGCAGCGGC 3217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2615 TTCAGATGCTAATGACTGCGAGCGAGCTCATCAACATGGGAGTGAGTTCAGAGCAGCGGC 2674
Query 3218 GCTTGGAGGATGCACAAACTCTTGTTAGAGTTCTTTGCCACAAGAAAGATCGTAACGCCT 3277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2675 GCTTGGAGGATGCACAAACTCTTGTTAGAGTTCTTTGCCACAAGAAAGACCGTAACGCCT 2734
Query 3278 CCAAATTCTTAAAGCGCCAGTACGAGCTTCCTATGTCAACAGAATATGAAGATGTAACAT 3337
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2735 CCAAGTTCTTAAAGCGCCAGTACGAGCTTCCTATGTCATCAGAGTATGAAGATGTAACAT 2794
Query 3338 TGAATCTGCCTGCTTTATCCGAAATCGTGAGAAGCACATCCACTCACTGGAGCACAGCAA 3397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2795 CGAATCTGCCTGCTTTATCCGAAATCGTGAGAAGCACATCCACCCACTGGAGCACAACAA 2854
Query 3398 GCCAGAATAGTTTCAGTTCCATCAAGAAGAAGATTCAGGAGGCAACATCTGAAATCAGGA 3457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 GCCAGAATAGTTTCAGTTCCATCAAGAAGAAGATTCAGGAGGCAACATCTGAAATCAGGA 2914
Query 3458 ACAACTCAGGATGGTAG 3474
|||||||||||||||||
Sbjct 2915 ACAACTCAGGATGGTAG 2931
Score = 1007 bits (545), Expect = 0.0
Identities = 571/584 (98%), Gaps = 0/584 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2223 GGAGTGGGAGCCTCTATCAGTTCAACAAAGACATGCTGCATCAATCGTTGAAATATTCAG 2282
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 GGAGTGGGAGCCTCTATCAGTTCAGCAAAGACATGCTGCATCAATCGTTGAAATATTCAG 1775
Query 2283 GATCATAGAAGAGACTGTGTCTCAGCTGTTTGGTTTACATCTACCTGTTGATATCACACA 2342
||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 GATCATAGAAGAGACTGTGTCTCAGTTATTTGGTTTGCATCTACCTGTTGATATCACACA 1835
Query 2343 TCTCCAAGCTCTTCTCTCATTAATTTACCATAGCTTGGATACTTATCTTCAGAGAGTTTT 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836 TCTCCAAGCTCTTCTCTCATTAATTTACCATAGCTTGGATACTTATCTTCAGAGAGTTTT 1895
Query 2403 CGATCAACTAGTTGACAAGAAGTTTCTGTATCCGTCAGCTCCTCCTTTAACTCGATTCAC 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1896 CGATCAACTAGTTGACAAGAAGTTTCTGTATCCGTCAGCTCCTCCTTTAACTCGATTCAC 1955
Query 2463 AGAAAATGTAATGCCAGTAATGAAGAGGAAGTCACTCGAGTTTAGTGAGCCAGATAATAA 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 AGAAAATGTAATGCCAGTAATGAAGAGGAAGTCGCTCGAGTTTAGTGAGCCAGATAATAA 2015
Query 2523 AATAGTTAAGAAACTGGATGAACTGACGATACCAAAACTCTGCATAATATTGAATACACT 2582
||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 AATAGTTAAGAAATTGGATGAACTGACAATACCGAAACTCTGCATAATATTGAATACACT 2075
Query 2583 CTGTTATATCCAGAAACAAATCAGTGCAACAGAAGTAGGCATAAGGAAATCTTTGACACT 2642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 CTGTTATATCCAGAAACAAATCAGTGCAACAGAAGTAGGCATAAGGAAATCTTTGACACT 2135
Query 2643 TGTTGAAGCCTCTCTCAACAAGAGATCAGAAATCGAGACTGATGAAGCTGAAGTGGAGAA 2702
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2136 TGTTGAAGCCTCTCTCAACAAGAGATCTGAAATCGAGACTGATGAATCTGAAGTGGAGAA 2195
Query 2703 TTCACTGACGCATAGTGAAGCTGTTGATGAACTCTTTGCTACCACCTATGACAGCCTCAG 2762
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2196 TTCTTTGACGCATAGTGAAGCTGTTGATGAGCTCTTTGCTACCACCTATGACAGCCTCAG 2255
Query 2763 GGACACCAATGCCAATTGCATAACCAAAACCCGTGACCTAATTG 2806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2256 GGACACCAATGCCAATTGCATAACCAAAACCCGTGACCTAATTG 2299
Score = 915 bits (495), Expect = 0.0
Identities = 533/552 (97%), Gaps = 0/552 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1423 GGGAGCACAATTCAGGAGTTGCAGAAAGTTACTTCTGCTGAAAGTGGCAACCCGAAGGAA 1482
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1165 GGGAGCGCAATTCAGGAGTTGCAGAAAGTTACTTCCGCTGAAAGTGGCAACTCAAAGGAA 1224
Query 1483 GATCTTTATTTAAGTCATCTAGTATGTTCAAGGCAAACCATTGGAACTGACATACACTTA 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 GATCTTTATTTAAGTCATCTAGTATGTTCAAGGCAAACCATTGGAACTGACATACACTTA 1284
Query 1543 GGTCTTGTGAAGGCTATTTTAACTTCAGTTAGTGCTTGGTGTGATGATAAACTTCAGGAC 1602
||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 GGTCTCGTGAAGTCTATTTTCACTTCAGTTAGTGCTTGGTGTGATGATAAACTTCAGGAC 1344
Query 1603 TATCATCTACACTTTGGTAAGAAACCTCGTGATTTTGGAATGCTTGTCAGATTGGCATCA 1662
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1345 TACCATCTACACTTTGGTAAGAAACCTCGTGATTTTGGAATGCTTGTCAAATTGGCATCA 1404
Query 1663 ACAGTTGGACTTCCTCCAGCTGACTGTACCAGAACTGAGCTTATCAAGCTGGATACCTTG 1722
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 ACAATTGGACTTCCTCCAGCTGACAGTACCAGAACTGAGCTTATCAAGCTGGATACCTTG 1464
Query 1723 AGTGATGATGTTAGTGATAAGATACAATCCTATGTTCAGAACTCTATCAAAGGTGCATGT 1782
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 GGTGATGATGTTAGTGATAAGATACAATCCTATGTTCAGAACTCTATCAAAGGTGCATGT 1524
Query 1783 GCCAGGGCTGCGCATTTTGCTTACGTGAAATCTCATGGTGAGCGTACGCATGCTCTAGCT 1842
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 GCCAGGGCTGCACATTTTGCTTACGTGAAATCTCATGGTGAGCGTACGCATGCTCTAGCT 1584
Query 1843 CTGCTTGCAAATGAACTAACCGTCATCGCAAAAGTAGAGATCAACGAGTTTGTCCCAGTT 1902
||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1585 CTGCTTGCAAATGAACTGAGCGTCATCGCAAAAGCAGAAATCAATGAGTTTGTCCCAGTA 1644
Query 1903 TTCTCCAAATGGTTACCCGAATGTATGATGATCTCGGCCATGCTGCTACATCGGTTTTAT 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 TTCTCCAAATGGTTACCCGAATGTATGATGATCTCGGCCATGCTGCTACATCGGTTTTAT 1704
Query 1963 GGAGAAAGACTG 1974
||||||||||||
Sbjct 1705 GGAGAAAGACTG 1716
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137159493092
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5