BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G11820.2
Length=1724
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943069 jgi|Araly1|943069|scaffold_603613.1 2357 0.0
> Ahg943069 jgi|Araly1|943069|scaffold_603613.1
Length=1429
Score = 2357 bits (1276), Expect = 0.0
Identities = 1379/1430 (96%), Gaps = 2/1430 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 108 TTC-TTTCGTTTTCATCGAAACAATGGCGAAGAACGTTGGGATTTTGGCTATGGATATCT 166
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCTTTTCGTTTTCATCGAAACAATGGCGAAGAACGTTGGGATTTTGGCTATGGATATCT 60
Query 167 ATTTCCCTCCCACCTGTGTTCAACAGGAAGCTTTGGAAGCACATGATGGAGCAAGTAAAG 226
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 61 ATTTCCCTCCCACTTGTGTTCAACAGGAAGCATTGGAAGCCCATGATGGAGCAAGCAAAG 120
Query 227 GGAAATACACTATTGGACTTGGCCAAGATTGTTTAGCTTTTTGCACTGAGCTTGAAGATG 286
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAAATACACTATTGGACTTGGCCAAGATTGCTTAGCTTTTTGCACTGAGCTTGAAGATG 180
Query 287 TTATCTCTATGAGTTTCAATGCGGTGACATCACTTTTTGAGAAGTATAAGATTGACCCTA 346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTATCTCTATGAGTTTCAATGCGGTGACATCACTTTTTGAGAAGTATAAGATTGACCCTA 240
Query 347 ACCAAATCGGGCGTCTTGAAGTAGGAAGTGAGACTGTTATTGACAAAAGCAAGTCCATCA 406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 241 ACCAAATCGGGCGTCTTGAAGTAGGAAGTGAGACTGTCATTGATAAAAGCAAATCCATCA 300
Query 407 AGACCTTCTTGATGCAGCTCTTTGAGAAATGTGGAAACACTGATGTCGAAGGTGTTGACT 466
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 AGACATTCTTGATGCAGCTCTTTGAGAAATGTGGAAACACTGATGTTGAAGGTGTTGACT 360
Query 467 CGACCAATGCTTGCTATGGTGGAACTGCAGCTTTGTTAAACTGTGTCAATTGGGTTGAGA 526
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGACCAATGCTTGCTATGGTGGAACTGCGGCTTTGTTAAACTGTGTCAATTGGGTTGAGA 420
Query 527 GTAACTCTTGGGATGGACGTTATGGCCTCGTCATTTGTACTGACAGCGCGGTTTATGCAG 586
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 421 GTAACTCATGGGATGGACGTTATGGCCTCGTCATTTGTACTGACAGCGCGGTATATGCAG 480
Query 587 AAGGACCCGCAAGGCCCACTGGAGGAGCTGCAGCGATTGCTATGTTGATAGGACCTGATG 646
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 481 AAGGACCCGCAAGGCCTACTGGAGGAGCTGCAGCGATTGCTATGTTGATAGGACCCGATG 540
Query 647 CTCCTATCGTTTTCGAAAGCAAATTGAGAGCAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTT 706
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCCTATTGTTTTCGAAAGCAAATTGAGAGGAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTT 600
Query 707 ACAAGCCCAATCTTGCTAGCGAGTACCCGGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCT 766
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACAAGCCTAATCTTGCTAGCGAGTACCCGGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCT 660
Query 767 ACCTCATGGCTCTTGACTCCTGCTATAAACATTTATGCAACAAGTTCGAGAAGATCGAGG 826
|||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 661 ACCTTATGGCTCTTGATTCTTGCTATAAACATTTATGCAACAAGTTCAAGAAAATCGAGG 720
Query 827 GCAAAGAGTTCTCCATAAATGATGCTGATTACATTGTTTTCCATTCTCCATACAATAAAC 886
|||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCAAAGAGTTTTCCATCAATGATGCTGATTACTTTGTTTTCCATTCTCCATACAATAAAC 780
Query 887 TTGTACAGAAAAGCTTTGCTCGTCTCTTGTACAACGACTTCTTGAGAAACGCAAGCTCCA 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTGTACAGAAAAGCTTTGCTCGTCTCTTGTACAACGACTTCTTGAGAAACGCAAGCTCCA 840
Query 947 TTGACGAGGCTGCCAAAGAAAAGTTCACCCCTTATTCATCTTTGACCCTTGACGAGAGTT 1006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 841 TTGACGAGGCTGCCAAAGAAAAGTTCACCCCTTATTCATCTTTGTCCCTCGATGAGAGTT 900
Query 1007 ACCAAAGCCGTGATCTTGAAAAGGTGTCACAACAAATTGCGAAACCGTTTTATGATGCTA 1066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 901 ACCAAAGCCGTGATCTTGAAAAGGTGTCACAACAAATTGCGAAACCGTTTTATGATGCCA 960
Query 1067 AAGTGCAACCAACGACTTTAATACCAAAGGAAGTCGGTAACATGTACACTGCTTCTCTCT 1126
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGTGCAACCGACGACTTTAATACCAAAGGAAGTCGGTAACATGTACACTGCTTCTCTCT 1020
Query 1127 ACGCTGCATTTGCTTCCCTCATCCACAAGAAACACAATGATTTGGCGGGAAAGCGGGTGG 1186
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACGCTGCATTTGCTTCCCTCATCCACAATAAACACAACGATTTGGCGGGAAAGCGGGTGG 1080
Query 1187 TTATGTTCTCTTATGGAAGTGGCTCAACCGCAACAATGTTCTCATTACGCCTCAACGACA 1246
|||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1081 TTATGTTCTCATATGGTAGTGGCTCAACAGCAACAATGTTCTCATTACGCGTCAGCGACA 1140
Query 1247 ATAAGCCTCCTTTCAGCATTTCAAACATTGCATCTGTAATGGATGTTGGCGGTAAATTGA 1306
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATCAGCCTCCTTTCAGCATTTCAAACATCGCATCTGTAATGGATGTTGGCGGTAAATTGA 1200
Query 1307 AAGCTAGACATGAGTATGCACCTGAGAAGTTTGTGGAGACAATGAAGCTAATGGAACATA 1366
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGGCTAGACATGAGTATGCACCTGAGAAGTTTGTGGAGACAATGAAGCTAATGGAACATA 1260
Query 1367 GGTATGGAGCAAAGGACTTTGTGACAACCAAGGAGGGTATTATAGATCTTTTGGCACCGG 1426
| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1261 GATATGGAGCCAAGGACTTTGTGACAAGCAAGGAGGGTATAATAGACCTTTTGGCACCGG 1320
Query 1427 GAACTTATTATCTGAAAGAGGTTGATTCCTTGTACCGGAGATTCTATGGCAAGAAAGGTG 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAACTTATTATCTGAAAGAGGTTGATTCCTTGTACCGGAGATTCTATGGCAAGAAAGGTG 1380
Query 1487 AAGATGGATCTGTAGCCAATGGACACTGATTCTTGAAAAGGAACAAATCA 1536
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1381 ATGATGGATCCATAGCCAATGGACACTGATTCTTGAAA-GGAACAAATCA 1429
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64677236010
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5