BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G11820.2 Length=1724 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg943069 jgi|Araly1|943069|scaffold_603613.1 2357 0.0 > Ahg943069 jgi|Araly1|943069|scaffold_603613.1 Length=1429 Score = 2357 bits (1276), Expect = 0.0 Identities = 1379/1430 (96%), Gaps = 2/1430 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108 TTC-TTTCGTTTTCATCGAAACAATGGCGAAGAACGTTGGGATTTTGGCTATGGATATCT 166 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TTCTTTTCGTTTTCATCGAAACAATGGCGAAGAACGTTGGGATTTTGGCTATGGATATCT 60 Query 167 ATTTCCCTCCCACCTGTGTTCAACAGGAAGCTTTGGAAGCACATGATGGAGCAAGTAAAG 226 ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 61 ATTTCCCTCCCACTTGTGTTCAACAGGAAGCATTGGAAGCCCATGATGGAGCAAGCAAAG 120 Query 227 GGAAATACACTATTGGACTTGGCCAAGATTGTTTAGCTTTTTGCACTGAGCTTGAAGATG 286 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GGAAATACACTATTGGACTTGGCCAAGATTGCTTAGCTTTTTGCACTGAGCTTGAAGATG 180 Query 287 TTATCTCTATGAGTTTCAATGCGGTGACATCACTTTTTGAGAAGTATAAGATTGACCCTA 346 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTATCTCTATGAGTTTCAATGCGGTGACATCACTTTTTGAGAAGTATAAGATTGACCCTA 240 Query 347 ACCAAATCGGGCGTCTTGAAGTAGGAAGTGAGACTGTTATTGACAAAAGCAAGTCCATCA 406 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| Sbjct 241 ACCAAATCGGGCGTCTTGAAGTAGGAAGTGAGACTGTCATTGATAAAAGCAAATCCATCA 300 Query 407 AGACCTTCTTGATGCAGCTCTTTGAGAAATGTGGAAACACTGATGTCGAAGGTGTTGACT 466 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 301 AGACATTCTTGATGCAGCTCTTTGAGAAATGTGGAAACACTGATGTTGAAGGTGTTGACT 360 Query 467 CGACCAATGCTTGCTATGGTGGAACTGCAGCTTTGTTAAACTGTGTCAATTGGGTTGAGA 526 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CGACCAATGCTTGCTATGGTGGAACTGCGGCTTTGTTAAACTGTGTCAATTGGGTTGAGA 420 Query 527 GTAACTCTTGGGATGGACGTTATGGCCTCGTCATTTGTACTGACAGCGCGGTTTATGCAG 586 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 421 GTAACTCATGGGATGGACGTTATGGCCTCGTCATTTGTACTGACAGCGCGGTATATGCAG 480 Query 587 AAGGACCCGCAAGGCCCACTGGAGGAGCTGCAGCGATTGCTATGTTGATAGGACCTGATG 646 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 481 AAGGACCCGCAAGGCCTACTGGAGGAGCTGCAGCGATTGCTATGTTGATAGGACCCGATG 540 Query 647 CTCCTATCGTTTTCGAAAGCAAATTGAGAGCAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTT 706 ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CTCCTATTGTTTTCGAAAGCAAATTGAGAGGAAGCCACATGGCTCATGTCTATGACTTTT 600 Query 707 ACAAGCCCAATCTTGCTAGCGAGTACCCGGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCT 766 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 ACAAGCCTAATCTTGCTAGCGAGTACCCGGTTGTTGATGGTAAGCTTTCACAGACTTGCT 660 Query 767 ACCTCATGGCTCTTGACTCCTGCTATAAACATTTATGCAACAAGTTCGAGAAGATCGAGG 826 |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 661 ACCTTATGGCTCTTGATTCTTGCTATAAACATTTATGCAACAAGTTCAAGAAAATCGAGG 720 Query 827 GCAAAGAGTTCTCCATAAATGATGCTGATTACATTGTTTTCCATTCTCCATACAATAAAC 886 |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GCAAAGAGTTTTCCATCAATGATGCTGATTACTTTGTTTTCCATTCTCCATACAATAAAC 780 Query 887 TTGTACAGAAAAGCTTTGCTCGTCTCTTGTACAACGACTTCTTGAGAAACGCAAGCTCCA 946 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TTGTACAGAAAAGCTTTGCTCGTCTCTTGTACAACGACTTCTTGAGAAACGCAAGCTCCA 840 Query 947 TTGACGAGGCTGCCAAAGAAAAGTTCACCCCTTATTCATCTTTGACCCTTGACGAGAGTT 1006 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| Sbjct 841 TTGACGAGGCTGCCAAAGAAAAGTTCACCCCTTATTCATCTTTGTCCCTCGATGAGAGTT 900 Query 1007 ACCAAAGCCGTGATCTTGAAAAGGTGTCACAACAAATTGCGAAACCGTTTTATGATGCTA 1066 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 901 ACCAAAGCCGTGATCTTGAAAAGGTGTCACAACAAATTGCGAAACCGTTTTATGATGCCA 960 Query 1067 AAGTGCAACCAACGACTTTAATACCAAAGGAAGTCGGTAACATGTACACTGCTTCTCTCT 1126 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 AAGTGCAACCGACGACTTTAATACCAAAGGAAGTCGGTAACATGTACACTGCTTCTCTCT 1020 Query 1127 ACGCTGCATTTGCTTCCCTCATCCACAAGAAACACAATGATTTGGCGGGAAAGCGGGTGG 1186 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 ACGCTGCATTTGCTTCCCTCATCCACAATAAACACAACGATTTGGCGGGAAAGCGGGTGG 1080 Query 1187 TTATGTTCTCTTATGGAAGTGGCTCAACCGCAACAATGTTCTCATTACGCCTCAACGACA 1246 |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 1081 TTATGTTCTCATATGGTAGTGGCTCAACAGCAACAATGTTCTCATTACGCGTCAGCGACA 1140 Query 1247 ATAAGCCTCCTTTCAGCATTTCAAACATTGCATCTGTAATGGATGTTGGCGGTAAATTGA 1306 || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 ATCAGCCTCCTTTCAGCATTTCAAACATCGCATCTGTAATGGATGTTGGCGGTAAATTGA 1200 Query 1307 AAGCTAGACATGAGTATGCACCTGAGAAGTTTGTGGAGACAATGAAGCTAATGGAACATA 1366 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 AGGCTAGACATGAGTATGCACCTGAGAAGTTTGTGGAGACAATGAAGCTAATGGAACATA 1260 Query 1367 GGTATGGAGCAAAGGACTTTGTGACAACCAAGGAGGGTATTATAGATCTTTTGGCACCGG 1426 | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1261 GATATGGAGCCAAGGACTTTGTGACAAGCAAGGAGGGTATAATAGACCTTTTGGCACCGG 1320 Query 1427 GAACTTATTATCTGAAAGAGGTTGATTCCTTGTACCGGAGATTCTATGGCAAGAAAGGTG 1486 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 GAACTTATTATCTGAAAGAGGTTGATTCCTTGTACCGGAGATTCTATGGCAAGAAAGGTG 1380 Query 1487 AAGATGGATCTGTAGCCAATGGACACTGATTCTTGAAAAGGAACAAATCA 1536 | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1381 ATGATGGATCCATAGCCAATGGACACTGATTCTTGAAA-GGAACAAATCA 1429 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 64677236010 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5