BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G12120.1
Length=2404
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg327340 jgi|Araly1|327340|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002560 3241 0.0
Ahg939886 jgi|Araly1|939886|scaffold_600430.1 412 5e-114
> Ahg327340 jgi|Araly1|327340|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002560
Length=1989
Score = 3241 bits (1755), Expect = 0.0
Identities = 1911/1989 (96%), Gaps = 0/1989 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 267 ATGTCCTTCTCCGATTCTGGATCGTCCTCTTATGGCGGAGAGTACAAGAATTTCAGACAA 326
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTTTCTCCGATTCTGGATCGTCCTCTAATGGCGGAGATTACAAGAATTTCAGACAA 60
Query 327 ATCACCAGAGAAAGATTACTTTGTGAAATGCTTAGGCCAGAAAGAAATGGAAGCTCTAAA 386
||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCACTAGAGAAAGATTACTCTATGAAATGCTTAGGCCAGAAAAAAATGGAAGCTCTAAA 120
Query 387 TTAACTTGGAAGGTACTTGTAATGGACAAGTTCACTGTGAAGATAATGTCATCTGCTTGC 446
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTAACTTGGAAGGTACTTGTTATGGACAAGTTCACAGTGAAGATAATGTCATCTGCTTGC 180
Query 447 AAAATGTCTGAGATCACACAAGAAGGCATTTCTTTGGTTGAGGTTATAACTAAACATAGG 506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 AAAATGTCTGAGATCACACAAGAAGGCATTTCTTTGGTTGAGGTTATAACTAAGCATAGA 240
Query 507 CAACCTATGACAGCAATGGAAGTCATATACTTTATTCAACCGACCGAAGAGAATGTCACT 566
||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 CAACCTATGACTTCCATGGAAGTTATATACTTTATTCAACCGACCGAAGAGAATGTTACT 300
Query 567 GCGTTTTTATCAGATATGACTGGAAAATCACCACTTTACAAGAAGGCTTTTGTTTTCTTT 626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCGTTTTTATCAGATATGACTGGAAAATCACCACTTTACAAGAAGGCTTTTGTTTTCTTT 360
Query 627 AGTTCTCCTGTTTCGAGAAGCTTAGTTAATCTCATTAAGAAGGACATGAGAGCAATGAAA 686
||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 361 AGTTCGCCTGTTTCGAGAGGCTTAGTTAATCTCATTAAGAAGGACATGCGAGCGATGAAA 420
Query 687 CGAATTGGGGGATTGAAAGAGATGAACTTGGAGTATATTAGCATGGACATCCAGGGCTTT 746
|||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |
Sbjct 421 CGAATTGGGGCATTGAAAGAGATGAATTTGGAGTACATTAGCATGGACATCCAGGGGTAT 480
Query 747 GTTACAAATAATGAAAATGCTTTAGAAGAGCTTTTCTGTGACGACGAAAACCATCAAAGA 806
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 481 GTTACAAATAATGAAAATGCTTTAGAAGAAATTTTCTGTGATGAGGAAAACCATCAAAGA 540
Query 807 GCAGATGCTTGCTTAAATGTGGTAGCTAAAAGAATTGCTACAGTTTTGGCCTCACTAAAG 866
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GCAGATGCTTGCTTGAATGTGGTAGCTAAACGAATTGCTACAGTTTTGGCCTCGCTAAAG 600
Query 867 GAATATCCCTTTGTTCGCTACCGCGGAGCCAAAGCTCTTGATGCCACAACAATGACAACT 926
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAATACCCCTTTGTTCGCTACCGCGCAGCCAAAGCTCTTGATGCCACAACAATGACAACT 660
Query 927 TACCGAGAGTTGATTCCTACAAAGCTTGCTGCTAGTGTATGGAATTGTCTTGCAAGATAC 986
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 TACCGAGAGTTGATTCCTACAAAGCTTGCTGCTAGTGTATGGAATTGTCTGGCAAGATAC 720
Query 987 AAACAGACAATCGAAGATTTTCCTCAGACTGAAACATGCGAACTACTTATCTTGGATCGA 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAACAGACAATCGAAGATTTTCCTCAGACTGAAACATGCGAACTACTTATCTTGGATCGA 780
Query 1047 TCCATAGACCAGATCGCACCTCTCATTCATGAGTGGACATATGATGCGATGTGCCACGAT 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 781 TCCATAGACCAGATCGCACCTCTCATTCATGAGTGGACATATGATGCGATGTGTCACGAT 840
Query 1107 TTGCTTAATATGGAAGGAAATAAATACACACACGAGGTTCCGAGTAAAACTGGTGATAAA 1166
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 841 TTGCTTAATATGGAAGGAAATAAATACACATACGAGGTTCCGAGTAAAACTGGTGATATA 900
Query 1167 CCTGAGAAGAAAGAGGTTCTTCTAGATGAGGAAGATTCCATTTGGGTGGAGCTTCGTGAT 1226
||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCTGAGAAGAAAGAGGTTCTTTTAGATGAAGAAGATCCCATTTGGGTGGAGCTTCGTGAT 960
Query 1227 GCTCATATTGCAGATGCAAGTGAAAGATTGCATGAAAAGATGACAAACTTCGTGTCGAAG 1286
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 961 GCTCACATTGCAGATGCAAGTGAAAGATTGCATGAAAAGATGACAAACTTTGTGTCGAAG 1020
Query 1287 AACAAAGCTGCGCAATTGAAACACAGTTCAAAAGACTTTGGTGACCTTTCATCAAAAGAC 1346
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AACAAAGCTGCGCAATTGAAACACAGCTCAAAAGACTTTGGTGACCTTTCATCAAAAGAC 1080
Query 1347 TTGCAGAAGATGGTTCACGCTTTGCCTCAGTACAGTGAGCAAATTGACAAGCTTTCTCTA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGCAGAAGATGGTTCACGCTTTGCCTCAGTACAGTGAGCAAATTGACAAGCTTTCTCTA 1140
Query 1407 CATGTTGAGATCGCTAGAACAATAAACAGAACTATCATGGAACAAGGTCTAAGAGATCTC 1466
||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CATGTGGAGATTGCTAGAACAATTAACAGAACTATCATGGAACAAGGTCTAAGAGATCTC 1200
Query 1467 GGGCAGCTCGAGCAGGACCTTGTTTTTGGGGATGCTGGAAGAAAGGACGTTATCAAATTT 1526
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGGCAGCTAGAGCAGGACCTTGTATTTGGGGATGCTGGAAGAAAGGACGTTATCAAATTT 1260
Query 1527 CTGAGCACCAACCATATTATAAGCCACGAAAGCAAGCTGAGGTTAATTATGATTGTTGCT 1586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1261 CTGAGCACCAACCATATTATAAGCCACGAAAGCAAGCTGAGATTAATGATGATTGTTGCG 1320
Query 1587 GCAATATATCCGAAGAAGTTCGAAGGTGAAAAGGGACGTAAGATGATGGAGCTAGCAAAA 1646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GCAATATATCCGAAGAAGTTCGAAGGTGAAAAGGGACGAAAGATGATGGAGCTAGCAAAG 1380
Query 1647 TTGTCGGGCGATGATGTAGTAGCTGTGAACAATATGAGATTACTTGGACCAGTACATACG 1706
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTGTCGGGTGATGATGTAGTAGCTGTGAACAATATGAGATTACTTGGACCAGTACATACG 1440
Query 1707 GAGTGCAAAAAGAGCACAACAGGATCTTTTCCTCTCAAGTTTGATGTCCTTAAGACGAAG 1766
|||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 1441 GAGTCCAAAAAAAGCACAACAGGATCTTTCCCTCTCAAGTTTGATGTTCTTAAGAAGAAG 1500
Query 1767 CGAGCTGCTCGAAGAGACCGAGTTGGTGAAACTCAAACATGGCAACTGTCTCGTTTTTAC 1826
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CGAGCTGCTCGAAGAGACCGGGTTGGTGAAACTCAAACATGGCAACTGTCTCGTTTTTAT 1560
Query 1827 CCGATTGTTGAGGAACTTGTTGAGAAACTTAGCAAAGGTCATTTGCCAAAACAAGATTAC 1886
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1561 CCGATCGTCGAGGAACTTGTTGAGAAACTTAGCAAAGGTCATTTGCCAAAGCAAGATTAC 1620
Query 1887 CCTTGTATGAATGAACCAAAGCCAACCTTTTATTCTGGCTCTCTGTCTCCATCAGCGAGT 1946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1621 CCTTGTATGAATGAACCAAAGCCAACCTTTTATTCTGGCTCTCAATCTCCATCAGCTAGT 1680
Query 1947 CCGGTATTGCCTCATTCAAGACGAACACCAACATGGGCAAGACGCCATCTTTCTGATGAT 2006
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CCGGTATTGCCTCACTCAAGACGAACACCAACATGGGCAAGACGCCATCTTTCTGATGAT 1740
Query 2007 GGATATTTCAGTGACTCGGTTCTAGGACGAGCATCTAGTGGGTTCAAGAGAAAGGGACAG 2066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 1741 GGATATTTCAGTGACTCGGTTCTAGGACGAGCATCTAGCGGATTCAAGAGAAAGGGCCAG 1800
Query 2067 CGGATTTTCGTGTTCATAGTAGGAGGAGCAACGAGATCAGAGTTAAGGGTTTGCCACAAA 2126
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1801 CGGATTTTTGTGTTCATAGTAGGAGGAGCAACGAGATCAGAGTTAAGAGTTTGCCACAAA 1860
Query 2127 CTTACGGAGAAGCTCGACAGAGAAGTGATCTTAGGCTCCTCCAGCTTCCTTGATCCCCTA 2186
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1861 CTTACGGAGAAGCTCGATAGAGAAGTGATCTTAGGCTCCTCCAGCTTCCTTGATCCCCAA 1920
Query 2187 ACTTTCCTCACTAAAATGAAACAACTAAACGAAGAAGAGGAGATCTCACTTGATGATATT 2246
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ACTTTCCTAACTAAAATGAAACAACTAAACGAAGAAGAGGAGATCTCACTTGATGATATT 1980
Query 2247 GTCATTTGA 2255
||| |||||
Sbjct 1981 GTCTTTTGA 1989
> Ahg939886 jgi|Araly1|939886|scaffold_600430.1
Length=417
Score = 412 bits (223), Expect = 5e-114
Identities = 235/241 (98%), Gaps = 0/241 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1246 GTGAAAGATTGCATGAAAAGATGACAAACTTCGTGTCGAAGAACAAAGCTGCGCAATTGA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 76 GTGAAAGATTGCATGAAAAGATGACAAACTTCGTGTCGAAGAACAAAGCTGCGCAATTGA 135
Query 1306 AACACAGTTCAAAAGACTTTGGTGACCTTTCATCAAAAGACTTGCAGAAGATGGTTCACG 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 136 AACACAGTTCAAAAGACTTTGGTGACCTTTCATCAAAAGACTTGCAGAAGATGATTCACA 195
Query 1366 CTTTGCCTCAGTACAGTGAGCAAATTGACAAGCTTTCTCTACATGTTGAGATCGCTAGAA 1425
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 196 CTTTGCCTCAGTACAGTGAGCAAATTGACAAGCTTTCTCTACATGTAGAGATTGCTAGAA 255
Query 1426 CAATAAACAGAACTATCATGGAACAAGGTCTAAGAGATCTCGGGCAGCTCGAGCAGGACC 1485
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 CAATTAACAAAACTATCATGGAACAAGGTCTAAGAGATCTCGGGCAGCTCGAGCAGGACC 315
Query 1486 T 1486
|
Sbjct 316 T 316
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90578602610
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5