BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G12650.1
Length=2260
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497146 jgi|Araly1|497146|fgenesh2_kg.9__111__AT4G12650.1 3031 0.0
> Ahg497146 jgi|Araly1|497146|fgenesh2_kg.9__111__AT4G12650.1
Length=1811
Score = 3031 bits (1641), Expect = 0.0
Identities = 1759/1816 (97%), Gaps = 8/1816 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 448 ATGATTCTTGATAACTTGCCTGCTTTGAGATTCGCTAAGCAGAATGGGGTTACTATCCAG 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTCTTGATAACTTGCCTGCTTTGAGATTCGCTAAGCAAAATGGGGTTACTATCCAG 60
Query 508 TGGACTGGATATCCTGTTGGGTATTCGCCACCTAACAGTAATGATGATTACATCATTAAT 567
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGACTGGATATCCTGTTGGGTATTCGCCACCAAACAGCAATGATGATTACATCATTAAT 120
Query 568 CACCTCAAGTTTAAGGTTTTGGTTCATGAGTATGAAGGCAATGTCATGGAGGTGATTGGT 627
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CACCTCAAGTTTAAGGTCTTGGTTCATGAATATGAAGGCAATGTCATGGAGGTGATTGGT 180
Query 628 ACTGGTGAAGAAGGTATGGGTGTGATCTCTGAAGCTGATAAGAAGAAGGCATTGGGGTAT 687
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||
Sbjct 181 ACCGGTGAAGAAGGTATGGGTGTGATCTCTGAAGCTGATAAAAAGAAGGCACTGGGCTAT 240
Query 688 GAGATTGTTGGATTTGAGGTTGTTCCCTGCAGTGTTAAGTATGATGCTGAAAAAATGACG 747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 241 GAGATTGTTGGATTTGAGGTTGTTCCCTGCAGTGTTAAGTATGATCCTGCAAAAATGACG 300
Query 748 AAGCTTCACATGTATGACCCTGTTCCTTCAGTTAACTGTCCATTGGAGCTTGACAAAGCT 807
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAACTTCACATGTATGACCCTGTTCCTTCAGTTAACTGTCCGTTGGAGCTTGACAAAGCT 360
Query 808 CAGATCATTAAAGAACATGAAAGAATAACCTTCACTTATGAAGTGGAATTTGTTAAGAGT 867
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 CAGATCATTAAAGAACATGAAAGAATAACCTTCACTTATGAAGTTGAATTTGTTAAGAGT 420
Query 868 GAGACAAGATGGCCATCCAGATGGGATGCCTATTTGAAAATGGAAGGTGCTCGTGTTCAT 927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGACAAGATGGCCATCCAGATGGGATGCCTATTTGAAAATGGAAGGTGCTCGTGTTCAT 480
Query 928 TGGTTCTCTATTTTGAACTCGCTTATGGTGATCTTCTTTCTGGCCGGTATAGTTTTCGTC 987
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGTTCTCTATTTTGAACTCTCTTATGGTGATCTTCTTTCTCGCCGGTATAGTTTTCGTC 540
Query 988 ATATTCCTGAGGACAGTGAGAAGGGATTTGACAAAGTATGAGGAACTGGACAAGGAAGCA 1047
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATATTCCTAAGGACAGTGAGAAGGGATTTGACAAAGTATGAGGAACTGGACAAGGAAGCA 600
Query 1048 CAGGCACAGATGAATGAGGAGCTCTCTGGATGGAAACTTGTTGTCGGAGATGTGTTCAGA 1107
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAGGCACAGATGAATGAAGAGCTCTCTGGATGGAAACTTGTTGTCGGAGATGTGTTCAGA 660
Query 1108 GAACCAGAAATGTCAAAGCTTCTATGCATTATGGTGGGAGATGGGGTTCGAATTACAGGA 1167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 661 GAACCAGAAATGTCAAAGCTTCTATGCATTATGGTGGGAGACGGGGTTCGGATTACAGGA 720
Query 1168 ATGGCTGTTGTCACTATTGTTTTCGCTGCACTTGGATTCATGTCGCCTGCCTCAAGAGGA 1227
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 721 ATGGCTGTTGTCACGATTGTTTTCGCAGCACTTGGATTCATGTCACCTGCTTCAAGAGGA 780
Query 1228 ATGCTACTAACCGGGATGATTATTCTCTATCTTTTCTTGGGTATTGTTGCTGGGTACGCT 1287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 781 ATGCTACTAACCGGGATGATTATTCTCTATCTTTTCTTGGGTATTGCTGCTGGGTACGCT 840
Query 1288 GGTGTTCGGCTCTGGAGAACTGTCAAGGGGACTTCAGAAGGATGGAGATCACTTTCCTGG 1347
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 841 GGTGTTCGGCTCTGGAGAACCGTCAAGGGAACTTCAGAAGGATGGAGATCGCTTTCCTGG 900
Query 1348 TCCATTGCATGCTTCTTCCCGGGTATTGCTTTTGTTATACTCACAGTGTTGAACTTCCTT 1407
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCATAGCATGCTTCTTCCCGGGTATTGCTTTTGTTATACTAACAGTGTTGAACTTCCTT 960
Query 1408 CTCTGGAGCAGCAACAGCACTGGAGCCATCCCAATCTCTTTGTATTTTGAGCTCTTGGCT 1467
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||
Sbjct 961 CTCTGGAGCAGCAACAGTACTGGAGCCATCCCAATCTCATTGTACTTTGAGCTCCTGGCT 1020
Query 1468 CTCTGGTTCTGCATCTCGGTTCCTCTCACCCTATTTGGAGGATTCCTAGGAACACGAGCA 1527
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 CTCTGGTTCTGCATCTCGGTTCCTCTCACCCTGTTTGGAGGATTCCTAGGCACACGAGCA 1080
Query 1528 GAAGCAATCCAGTTCCCAGTGAGAACCAACCAGATTCCAAGGGAAATCCCAGAACGGAAA 1587
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 GAAGCAATCCAGTTTCCAGTGAGAACCAACCAGATTCCAAGGGAAATACCAGAACGGAAA 1140
Query 1588 TACCCGTCATGGCTTCTAGTCCTTGGAGCAGGAACCCTTCCTTTTGGAACGCTCTTCATA 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1141 TACCCGTCATGGCTTCTAGTCCTTGGAGCAGGAACCCTTCCTTTTGGAACGCTGTTCATA 1200
Query 1648 GAACTGTTCTTCATCTTCTCCAGCATATGGTTAGGGAGATTCTACTATGTATTTGGGTTC 1707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1201 GAACTGTTCTTCATCTTCTCCAGCATATGGTTAGGGAGATTCTACTACGTATTTGGGTTC 1260
Query 1708 TTACTCATAGTTCTGCTTCTTTTGGTAGTCGTGTGTGCAGAAGTATCAGTGGTCTTGACC 1767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTACTCATAGTTCTGCTTCTTTTGGTAGTCGTGTGTGCAGAAGTATCAGTGGTCTTGACC 1320
Query 1768 TACATGCACCTCTGCGTTGAAGACTGGAGGTGGTGGTGGAAAGCCTTCTATGCATCTGGT 1827
|| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TATATGCATCTCTGCGTTGAAGATTGGAGGTGGTGGTGGAAAGCCTTCTATGCATCTGGT 1380
Query 1828 TCAGTCGCATTGTACGTTTTCGCTTACTCCATCAACTATTTGGTCTTTGATCTACAAAGT 1887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TCAGTCGCATTGTACGTTTTCGCTTACTCCATCAACTACTTGGTCTTTGATCTACAAAGT 1440
Query 1888 CTGAGCGGACCCGTCTCAGCTATGCTTTACATTGGCTACTCTCTGCTTATGGCAATTGCA 1947
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CTGAGTGGACCCGTCTCAGCTATGCTTTACATTGGCTACTCTCTGCTTATGGCAATTGCT 1500
Query 1948 ATCATGCTCGCCACTGGAACCATTGGCTTCCTCACCTCCTTTTACTTCGTCCACTATCTC 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ATCATGCTCGCCACTGGAACCATTGGCTTCCTCACCTCCTTTTACTTCGTCCACTATCTC 1560
Query 2008 TTTTCCTCTGTCAAAATCGATTGATACCTTGACGACAAAATCTCAGCCGTTGATCTCTGC 2067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1561 TTTTCCTCTGTCAAAATCGATTGATACCTTGACGACAAAATCTCAACCGTTGATCTCTGC 1620
Query 2068 TTTCTCTAAAGCAATTTCAGGTGTTGTTAtttttttGTCAGTACTAGACTTGTAGAGTC- 2126
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TTT-TCAAAAGCAATTTCAGGTGTTGTTATTTTTTTGTCAGTACTAGACTTGTAGAGTCT 1679
Query 2127 CACTATATTTTACATGtttttattttttC-CTGGACCTATATTCTCCTTATATGtttttt 2185
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CACTATATTTTACATGTTTTTATTTTTTCTC-GGACCTATATTCTCCTTATATGTTTTTT 1738
Query 2186 ttCTTACATCTCCGCCT-CATTATGTTTTTGTTTTGAACTTTTGAGTAGAAAATAAACAA 2244
| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 T-CTTACATCTCCGCCTTC-T-ATGTTTTTGTTTTGAACTTTTGAGTAGAAAATAAACAA 1795
Query 2245 ATTTGCCTTTCTGCTT 2260
||||||||||| ||||
Sbjct 1796 ATTTGCCTTTCAGCTT 1811
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85093607330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5