BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G12750.1
Length=3902
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497128 jgi|Araly1|497128|fgenesh2_kg.9__93__AT4G12750.1 3190 0.0
> Ahg497128 jgi|Araly1|497128|fgenesh2_kg.9__93__AT4G12750.1
Length=3467
Score = 3190 bits (1727), Expect = 0.0
Identities = 1898/1983 (96%), Gaps = 2/1983 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1799 ACTCATGAAAAAGTATGGCCTTCGTCTTGGAACGTTAAAGGGTGAATTATTTAGAATGCT 1858
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 ACTCATGAAAAAGTATGGTCTTCGTCTTGGAACGTTAAAGGGTGAATTATTTAGAATGCT 1454
Query 1859 TAATGGGCAAGGCAATAATGGCTTGAAAATATCCGAGTTAGCCGATGCTCCAGAGGTTGC 1918
||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1455 TAACGAGAAAGGCAATAATGGCTTGAAAATATCCGAGTTAGCCAATGCTCCAGAGGTTGC 1514
Query 1919 TGTGCTAAATCTTGCAACTGTACCAGAAGAACGAGAGAATTCAATATGTTCAACTCTAGC 1978
|||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 TGTGCTGAGTCTTGCAACTGCACCAGAAGAACGAGAGAATTCAATATGTTCAACTCTAGC 1574
Query 1979 AAGTGATATTACATTATTCGAAAAGATATCAGAATCAACGTATCGTGTACGTGTTAATTG 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 AAGTGATATTACATTATTCGAAAAGATATCAGAATCAGCATATCGTGTACGTGTTAATTG 1634
Query 2039 TTTCTCTGAGGACCCTGACAAGAGCCAGTCTGATTCGGACGACTCCGGGAGTGTTGATGA 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1635 TTTCTCTGAGGACCCTGACAAGAGCCAGTCTGATTCTGACAACTCTGGGAGTGTTGATGA 1694
Query 2099 TGAATCTGATGATTGCTCAATTAGTTCTGGTGATGAAATTGAACATGTTTCAGAAAATCC 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 TGAATCTGATGATTGCTCAATTAGTTCTGGTGATGAAATTGAACATGTTTCAGAAAATCC 1754
Query 2159 TGCACTTCGAAAAGTTAAGTGTAGGAAAAGGCGGAAGCATAAAAGTAAAATGCGGGAAGT 2218
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1755 TGCACTTCGAAAAGTGAAGTGTAGGAAAAGGCGGAAGCTTAAAAGTAAAACGCAGGAAGT 1814
Query 2219 ATGTAGTGAGATTGATGAAAGCCATCCCGGAGAACCATGGCTGTTGGGGCTAATGGAAGG 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 ATGTAGTGAGATTGATGAAAGCCATCCCGGAGAACCATGGCTGTTGGGGCTAATGGAAGG 1874
Query 2279 CGAATATTCAGACCTAAGCGTTGAAGAGAAGTTAGATGTTTTTGTGGCTTTGATTGATCT 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 GGAATATTCAGACCTAAGCGTTGAAGAGAAGTTAGATGTTTTTGTGGCTTTGATTGATCT 1934
Query 2339 TCTTAGTTCTGGTTCCACTATCAGAATGGAGGATCTACCGAGAGCTGTGGCTGACTGTGC 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||
Sbjct 1935 TCTTAGTTCTGGTTCCACTATCAGAATGGAGGATCTACCGAGAACTATGGTTGACTGTGC 1994
Query 2399 CCCTAGTATCTATAGTCATGGTTCTGGTGGAAAAATTAAGCGATCCTCCTCTAATCAGTA 2458
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1995 CCCTAGTATCTATAGTCATGGTTTTGGTGGAAAAATTAAGAGATCCTCCTCTAATCAGTA 2054
Query 2459 CAGCTATCCACGTGGATCATGGGTCCATGGAGGAGAGCTTTATGGAATAAAAGCACTATC 2518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 2055 CAGCTATCCACGTGGATCATGGGTCCATGGAGGAGAGCTTCATGGAATGAAAGCGCTATC 2114
Query 2519 TAAATCGTCTGATTCTCATCCAGTTGATTCTTCATCAATTGTGGGGGCATTTGCAAAGCT 2578
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2115 TAAATCGTCTGATCCTCATCCAGTTGATTCTTCATCAATTGTGGTTGCCTTTGCAAAGCT 2174
Query 2579 GGCTGGAAATAGAGCGAATAATGTTCACCCTATGCAATCTGTGTACCTTGGTTCTGATCG 2638
| ||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2175 GCCTGGAGATAAAGCTAATAATATTCACCCTATGCAATCTGTGTACCTTGGGTCTGATCG 2234
Query 2639 AAGGTTCAACAGGTACTGGCTTTTCTTAGGCACATGCAATGCAAATGACCCTGGTCATAG 2698
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 TAGGTTCAACAGGTACTGGCTTTTCTTAGGCCCATGCAATGCAAATGACCCTGGTCATAG 2294
Query 2699 GTGTGTGTTCTTTGAATCTTCTGAAGATGGTCATTGGGAAGTTATCAACAACAAGGAGGC 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GTGTGTGTTCTTTGAATCTTCTGAAGATGGTCATTGGGAAGTTATCAACAACAAGGAGGC 2354
Query 2759 TTTGCGGGCGCTGTTGTCAGTTTTGGACGATAGGGGCAGACGGGAAGCTCGTCTTATTGA 2818
||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2355 TTTGCGGACACTATTGTCAGTTTTGGACGATAGGGGCACACGTGAAGCTCGTCTTATTGA 2414
Query 2819 GTCGTTGGAGAAACGAGAAAGTTTTCTTTGTCAAGCCATGCTGAGTAGACAGGTGACCCA 2878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2415 GTCGTTGGAGAAACGAGAAAGTTTTCTTTGTCAAGCCATGTTGAGTAGACAGGTGACCCA 2474
Query 2879 GTCGGAGACAGCCCATTTCACAGATATAGTTAGAGAGGACAGTTCTTCACCTGTTTCTGA 2938
||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 GTCGGAGACAGCCTATTTCCCAGACATAGTCAGAGAGGACAGTTCTTCACCTGTTTCTGA 2534
Query 2939 TATAGACAACAACCTATGTCTGAATGAAATTGCCAATGATCAATTCTCCTCGCAACATGC 2998
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 TATAGACAACAACCTATGTCTTAGTGAAATTGCCAATGATCAATTCTCCTCGCAACATGC 2594
Query 2999 GGCTATAGTATTTGAGATTGGAAGTAAGCGGGAGAAAAGCTTATTGTGGAGCCTTATTCA 3058
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2595 GGCAATAGTATTTGAGATTGGAAGTAAGCGGGAGAAAAGCCTATTGTGGAGCCTTCTTCA 2654
Query 3059 GGAATTTGATGATTGGATATGGGCAAATTTTAATTTTAATCTCAATTCTGTTAAACACCG 3118
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2655 GGAATTTGATGAATGGATATGGGCTAATTTTAATTTTAATCTCAATGCTGTTAAACACCG 2714
Query 3119 CCGAAGATCCTACCTTGATTCACTTACTAGGTGTAAGAGTTGCCATGATTTGTATTGGAG 3178
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2715 CCGAAGATCCTACCTTGATTCACTCACTAGGTGTAAGAGTTGCCATGATTTGTATTGGAG 2774
Query 3179 AGATGAGAAGCACTGTAAGATTTGCCATGCCACGTTTGAGGTTGATATAGATCTTGAAGA 3238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2775 AGATGAGAAGCACTGTAAGATTTGCCATGCCACGTTTGAGGTTGATATAGATCTTGAAGA 2834
Query 3239 AAGATATGCGATTCATGCGGCCACATGTA-TGAGGAAAGAAGAGTGTGATACATTTCCGG 3297
|||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2835 AAGATATGCGATTCATACAGCCACATGTAGT-AGGAAAGAAGAGTGTGATACTTTTCCGG 2893
Query 3298 ATCATAAAGTTCTATCTTCCCAGTTGCAATCACTAAAAGCTGCAGTATATGCCATTGAGT 3357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2894 ATCATAAAGTTCTATCTTCCCAGTTGCAATCACTAAAGGCTGCAGTATATGCCATTGAGT 2953
Query 3358 CTGCTATGCCTGAAGATGCCTTGATTGGTGCATGGAGAAAGTCAGCTCATAGGTTATGGG 3417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2954 CTGCTATGCCTGAAGATGCCTTGATTGGTGCATGGAGAAAGTCAGCTCATAGGTTATGGG 3013
Query 3418 CGAAAAGACTTCGGCGAAGCTCATCTGTGTCTGAAATTACGCAGGTGATTGGCGACTTTG 3477
| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 3014 CCAAAAGACTTAGGCGAAGCTCAACTGTGTCTGAAATTATGCAGGTGATTGGTGACTTTG 3073
Query 3478 TTGGGGCAATCAATGAAGAATGGCTATGGCACTGTAGTGATCAAGGGCAGACTTTAATGG 3537
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3074 TTGGGGCAATCAATGAAGATTGGCTATGGCACTCTAGTGATCAAGGGCAGACTTTAATGG 3133
Query 3538 GAGAAATCATAAATTGCTTCCCTTCGATGCCTCAAACAACTTCTGCGATTGCTCTCTGGT 3597
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3134 GAGAAATCATATGTTGCTTCCCTTCAATGCCTCAAACAACTTCTGCGATTGCTCTCTGGC 3193
Query 3598 TGGTAAAATTGGATACCTTGATTGCTCCCTATGTCGAAAAAGCTCCACCTGAAAGGGATC 3657
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 3194 TGGTAAAATTGGATACATTAATTGCTCCCTATGTGGAAAAAGCTCAACCTGAAAGGAATC 3253
Query 3658 AACCGTTGTGCAGGACCAGAAATACAAGTAGACGAGCGTCTAAGCGGTAGTTGTAGCTAT 3717
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3254 AACCGTTGTGCAGGACCAGAAATACAAGTAGGCGAGCGTCTAAGCGGTAGTTGTAGCTCT 3313
Query 3718 TATCTGGACATCAAGGACGGCGATAGAATAGGGGAAGAAGATTGTATAGAGGAAGAATGT 3777
||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3314 CATCTGGACATCAAGGACAGCGATAGAATAGAGGAGGAAGATTGTATAGAGGAAGAATGT 3373
Query 3778 TTA 3780
|||
Sbjct 3374 TTA 3376
Score = 1572 bits (851), Expect = 0.0
Identities = 985/1045 (94%), Gaps = 27/1045 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 390 ATGGAGGACTTGGGGAAGTCTTTAGGGTTAACATTGAAGGAAGTACGTGGATGGTTCAAG 449
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGACTTGGGAAAGTCTTTAGGGTTAACACTGAAGGAAGTACGTGGATGGTTCAAG 60
Query 450 AGAAGAAGGAGTAGAGGGAAAGGTGTAAAATCCATGGCGAATGATGGGTTGGGAGCAAAG 509
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAAGAAGGACTAGAGGGAAAGGTGTAAAATCCTTGGCGAATGATGGGTTGGGAGCAAAG 120
Query 510 AATCCTCAGTTATACGATAGATCCCTCATGAGGAGTTCCACATCTTCCAGATGCGTTGGA 569
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 AATCCTCAGTCATACGATAGATCCATCATGAGGAGTTCCACATCTTCTAGATGCGTTGGA 180
Query 570 GTAGCTGTTGAGGAAAGATGTATTGTGGGAACAAGGAAGGCCAGTTGTCAAAAC-TTGTT 628
| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||
Sbjct 181 GCAGCTTTTGAGGAAAGATGTAGTGTGGGAACAAGGAAGGCCACTTGTC-AAACGTTGTT 239
Query 629 GCCTTCATCACACATTTTGGCTAAAG-TTTTTCGAAAGGATGGTCCATCGCTTGGTTCTG 687
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 240 GCCTTCATCACACATTTTGGCT-AAGATTTTTCGAAAGGATGGTCCATCGCTTGGTTTTG 298
Query 688 AATTTGATCATCTCCCGTCTGGAGCTCGCAAAGCTTCTTGGCTGGGCACTTCTTCTGTCG 747
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 299 AATTTGATCATCTCCGGTCTGGAGCTCGCAAAGCTTCTTGGCTGGGCACTTCATCTGTCG 358
Query 748 GTCAACAGAAACAGAAAGTGGCAAGAAAAAGAAAGATTTCTGAGCTGATGGATCA-TACC 806
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 359 ATCAACAGAAACAGAAAGTGGCAAGAAAGAGAAAGATTTCTGAGCTGATGGAT-AGTACC 417
Query 807 AGTCAGGATTGCATTCAAGAGAATGCTACTGTGATGAAACATGGTATTGGAAAGGGTTTG 866
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AGTCAGGATTGCATTAAAGAGAATGCTACTGTGATGAAACATGGTATTGGAAAGGGTTTG 477
Query 867 ATGACTGTATGGCGTGTAATGAATCCAAACAGGAGGGATGTATCTCCTTGCGTTGATTTA 926
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATGACAGTATGGCGGGTAATGAATCCAAACAGGAGAGATGTATCTCCTTGCGTTGATTTA 537
Query 927 TTGGATGAAAGAGCTACATTACCTCAAAGCTCAGCACGTAATCCCCCACATCAAAAGAAA 986
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TTAGATGAAAGAGCTACATTACCTCAAAGCTCAGCACGTAATCCCCCACATCAAAAGAAA 597
Query 987 AAGCAAAGACAATTAGCATCAATACTGAAGCAGAAACTGTTGCAGAAGAGGTCGACAGAA 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AAGCAAAGACAATTAGCATCAATACTGAAGCAGAAACTGTTGCAGAAGAGGTCGACAGAA 657
Query 1047 AAGAAGAGGCGTTCTATACATAGAGAGGCGGAATTAAACAAAGATGAAACTCAGAGAGAA 1106
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 658 AAGAAGAGGCGTTCTATAAATAGAGAGGCGGAATTAAACAAAGATGAAACTCAAAGGGAA 717
Query 1107 TTTAAAGAAAACTGTGAGCTTGCCGCGGACGGGGAGGTATTTAAAGAAACCTGCCAGACA 1166
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 718 TTTAAAGAAAACTGTGAGCTTGCCGCGGACGGGGAGGTATTTAAAGAAACCTGCCAAACA 777
Query 1167 ATTTCGACACTAGTGGATGACGAGGAATTAGAGATGCGTGAGCGACATGAGCGAGGAAAT 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 778 ATTTCGACACTAGTGGATGACGAGGAATTAGAGATGCGTGAGCGACAGGAGCGAGGAAAT 837
Query 1227 CCGTTGACATGTTCATGCCATCATCCTAGTAGTGGATCTCATGGTTGTTTTCTTTGCAAA 1286
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 CCGTTGACATGTTCATGCCATCATCCTAGTATTGGATCTCATGGTTGTTTTCTTTGCAAA 897
Query 1287 GGTATTGCCATGCGGTCCTCTGACAGTTCTTTATTGTTTCCAGATTTATTGCCCAAGTTT 1346
||| | | | | | || | | | ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 898 GGT---G---T----T--T-T-----TT-TGT-T-GTTTCTAGATTTATTACCCAAGTTT 936
Query 1347 CCCCCAAACTCTGTTCAGATGAGGATGCCTTTTGGTTTGCATCCATGGAATTCTTCTCCA 1406
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 CCCCCAAATTCTGTTCAGATGAGGGTGCCTTTTGGTTTGCATCCATGGAATTCTTCTCCA 996
Query 1407 GAGTCTGTTAAGAAACTGTTTAAGG 1431
|||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 997 GAGTCTGTGAAGAAACTGTTTAAGG 1021
Score = 473 bits (256), Expect = 3e-132
Identities = 270/277 (97%), Gaps = 0/277 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1514 TAAGGATTCCTTGCTCCTTGGTAAAATTCATCTTTCCCTGCTGAAGCTGCTTTTGCTTGA 1573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TAAGGATTCCTTGCTCCTTGGTAAAATTCATCTTTCCCTGCTGAAGCTGCTTTTGCTTGA 1076
Query 1574 TGTTGAAACCGAGCTGGAAAGGGGATCTTTTTCAAACTTGAGTATATCATGCAAGTTTCT 1633
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TGTTGAAACCGAGCTGCAAAGGGGATCTTTTTCAAACTTGAGTATATCATGCAAGTTTCT 1136
Query 1634 AGCCCTGCTTCAGTCGGTTGAGAGCCAAATTCTTATTCTTGATATGTGGAGAAATTCATT 1693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1137 AGCCCTGCTTCAGTCGGTTGAGAGCCAAATTCTTATTCTTGATATGTGGAGGGATTCATT 1196
Query 1694 AAATTCTCTTACATGGACGGAACTATTGCGGCAGATATTGGTTGCCGCTGGTTATGGTTC 1753
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AAATTCTCTTACATGGACGGAAATATTGCGGCAGATATTGGTTGCCGCTGGTTATGGTTC 1256
Query 1754 ATTGAAGTGTGCTGTTCAATCAGAAGAACTAAGTAAG 1790
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1257 AGTGAAGTGTGCTGTTCAATCAGAAGATTTAAGTAAG 1293
Score = 143 bits (77), Expect = 1e-32
Identities = 88/93 (95%), Gaps = 2/93 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3811 ATTGGAAAATTCTACAATCCAAGTGACTTTGAGATAATATGTACAGACAATTTAGATAGT 3870
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3376 ATTGGAAAATTCTACAATCCAAGTGAC-TTGAGATAATATGTACAGACATTTTAGATAGT 3434
Query 3871 AGCATGGATC-ACATTCAGTTTTGGGTTTGATT 3902
|||| ||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3435 AGCAGGGATCCACATTCAGTTTTGAGTTTGATT 3467
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147473095375
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5