BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G12790.1
Length=1327
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497121 jgi|Araly1|497121|fgenesh2_kg.9__86__AT4G12790.1 1820 0.0
> Ahg497121 jgi|Araly1|497121|fgenesh2_kg.9__86__AT4G12790.1
Length=1224
Score = 1820 bits (985), Expect = 0.0
Identities = 1134/1203 (94%), Gaps = 22/1203 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 57 TTTAGGTTTTGAGAGCAAAGAAAAACGAAGACGCGTCAAAGGTACTGAAATGTGTCTATT 116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 32 TTTAGGTTTTGAGAGCAAAGAAAAACGAAGACGCGTCAAAGGTACTGAAATGTGTCTATT 91
Query 117 G---CTTCTTGCTTCTGGTTTATGGGTCCCTGCGACATTTTGAGAGTGTTGTTTGGTTTA 173
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 92 GCTTCTTCTTGCTTCTGGTTTATGGGTTCCTGCGACATTTTGAGAGTGTTGTTTGGTTTA 151
Query 174 GGTGTCTGGTGTATTGCTTATATAACTGTTGCAATCTTTGCGTCTTTTAGAATCTTTCAC 233
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 152 GGTGTTTGGTGCATTGCTTATATAACTGTTGCAATCTTTGCATCTTTTAGAATCTTTCAC 211
Query 234 TGTATTTGTT-AATTTCAAGAGCTTT-TGTGGAGAGGTTCTGCTTGCTTGCTACAATGGG 291
| |||||||| || |||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 212 TCTATTTGTTAAAGTTCAAGAG-TTTGTGTGGAGAGG---T--TTGCTTGCTACAATGGG 265
Query 292 TTACGCCCAGCTAGTTATTGGTCCAGCAGGCAGTGGAAAGTCAACTTATTGCTCGTCTTT 351
|||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 TTACGCTCAGCTCGTTATCGGTCCAGCAGGCAGTGGAAAGTCAACTTATTGCTCGTCTTT 325
Query 352 GTATGAACATTGTGAAACTATCGGTCGAACAATGCATGTTGTTAACCTTGATCCTGCTGC 411
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 GTATGAACATTGCGAAACTATCGGTCGAACAATGCATGTTGTTAACCTTGATCCTGCTGC 385
Query 412 GGAGATCTTCAACTATCCTGTGGCTATGGATATCAGAGAACTTATTTCTTTGGAAGATGT 471
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 386 GGAGATCTTTAATTATCCTGTGGCTATGGATATCAGAGAACTTGTTTCTTTGGAAGATGT 445
Query 472 GATGGAGGA-TCTAAAGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTTATGTATTGCATGGAGTATCTTG 530
|||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 TATGGAGGAGT-TAAAGCTTGGTCCTAATGGTGGCCTCATGTATTGCATGGAGTATCTTG 504
Query 531 AGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGATGACGATTACC 590
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 505 AGGATAGCTTACACGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGACGACGATTACC 564
Query 591 TTATCTTTGATTGTCCAGGCCAGATAGAGCTGTTTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACT 650
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 TTATATTTGATTGTCCAGGTCAGATAGAGCTGTTTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACT 624
Query 651 TTGTGGAGCATTTGAAGCAGAAGAACTTCAACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCAC 710
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 625 TTGTGGAGCATTTGAAACAGAAGAACTTCAACGTCTGTGTTGTGTATCTGCTTGATTCAC 684
Query 711 AGTTCATCACAGATGTAACCAAGTTTATCAGTGGTTGCATGTCATCTCTCGCTGCAATGA 770
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 AGTTCATAACAGATGTAACCAAGTTTATCAGTGGTTGCATGTCATCTCTCGCTGCAATGA 744
Query 771 TCCAGCTTGAATTACCACATGTCAACATCCTCTCAAAAATGGACCTCTTGCAGGACAAAA 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 TCCAGCTTGAATTACCACATGTCAACATCCTCTCAAAGATGGACCTCTTGCAGGACAAAA 804
Query 831 GCAACATTGATGATTACTTGAATCCGGAGCCTCGCACATTGCTAGCAGAGTTAAACAAAA 890
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||
Sbjct 805 GCAACATTGATGACTACTTGAACCCGGAGCCTCGCACATTGTTGGCAGAGTTAAACCAAA 864
Query 891 GGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATGGTGGGAGAGTATG 950
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 865 GAATGGGTCCTCAATATGCAAAACTGAACAAAGCCTTGATTGAGATGGTTGGAGAGTATG 924
Query 951 GGATGGTGAATTTCATACCCATTAACTTGAGGAAAGAAAAGAGCATTCAATATGTTCTGT 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 GGATGGTGAATTTCATACCCATTAACTTGAGGAAAGAAAAGAGCATTCAATATGTTCTGT 984
Query 1011 CGCAAATCGACGTCTGTATTCAGTTTGGAGAAGATGCTGATGTGAACATCAAAGATGA-- 1068
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 985 CGCAAATCGACGTCTGTATTCAGTTTGGAGAAGACGCTGATGTGAAGATCAAAGATGACG 1044
Query 1069 -TGACGATTTTAGTGACGATGGTCCTGACCTATAATTGTTATATTCGGTTTCTACAACTT 1127
||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1045 ATGAAGATTTTGGTGACGATGGTCCTGGCCTATAAT-GTTATATTCGGTTTCTACGACTT 1103
Query 1128 TTGTTAAAAGTCTAAACAAG-CTTGGTCTCATTGTTCTTGTCAGTTACCAATG-GCGTTT 1185
|||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||| | ||||
Sbjct 1104 TTGTTATAACTCTAAACA-GTCTTGGTCTCATTGTTCTTGTTAGAGACCAATATGAGTTT 1162
Query 1186 GTGAGAACTTTTGTTGAATATCAAAAGCCTTCAATGTGAGACGCACTCAAACTTAG-TTG 1244
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||
Sbjct 1163 GTGAGAACTTTTGTTGAATATCAAAAGCCTTTAATGTGAGACGCATTCAAACT-AGGTTG 1221
Query 1245 AAA 1247
|||
Sbjct 1222 AAA 1224
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 49636037934
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5