BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G13430.1
Length=1873
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg915044 jgi|Araly1|915044|Al_scaffold_0009_13 2351 0.0
Ahg901120 jgi|Araly1|901120|Al_scaffold_0004_1770 244 1e-63
> Ahg915044 jgi|Araly1|915044|Al_scaffold_0009_13
Length=1527
Score = 2351 bits (1273), Expect = 0.0
Identities = 1448/1530 (95%), Gaps = 21/1530 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 89 TCTGTTATCTCTTCCTCT-CCTTTTCTATGC-AA--ATCATCCTCCAAG-AGTGATTTGG 143
||||| ||||| |||||| || || || ||| || ||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 13 TCTGTAATCTCCTCCTCTACC-TTCCTCTGCAAATCATCATCCTCCAAGAAG-GATTTAG 70
Query 144 GGATTTCTTCGTTTCCTAAATCTTCTCAGATTTCGATTCATCGATGTCAGAAGAAATCGA 203
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 71 GGATTTCGTCGTTTCCTAAATCTTCACAGATTTCGATTCATCGATGTCAGAAG-AA---A 126
Query 204 TCTCACGGAAGATTGTTTCCGTTATGGCTCCTCAAAAGGATCGGTCTCCTGGAACTACAG 263
| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 127 --T--C----GATTGTTTCCGTTATGGCTCCGCAGAAGGATCGGTCTCCAGGCACTACAG 178
Query 264 GATCGGTGAAAACTGGGATGACAATGACGGAGAAGATTCTAGCTAGAGCTTCGGAGAAGT 323
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 179 GATCGGTGAAAACTGGGATGACGATGACGGAGAAGATTTTAGCTAGAGCTTCTGAGAAGT 238
Query 324 CATTAGTGGTTCCTGGTGATAACATTTGGGTTAATGTTGATGTTCTTATGACTCATGATG 383
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CGTTAGTGGTTCCTGGTGATAACATTTGGGTTAATGTTGATGTTCTTATGACTCATGATG 298
Query 384 TTTGTGGTCCTGGTGCTTTTGGTATCTTCAAGAGAGAGTTTGGTGAAAAAGCCAAGGTTT 443
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 299 TTTGTGGCCCTGGTGCTTTTGGTATCTTCAAGAGAGAGTTTGGCGAAAAAGCTAAGGTTT 358
Query 444 GGGATCCGGAGAAGATTGTTGTGATTCCGGATCATTATATTTTCACTGCTGATAAGCGTG 503
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 359 GGGATCCGGAGAAGATTGTGGTGATTCCGGATCACTATATTTTCACAGCCGATAAGCGTG 418
Query 504 CAAACCGGAATGTTGACATCATGAGGGAGCATTGCAGGGAACAGAATATTAAGTA-TTTC 562
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||
Sbjct 419 CGAACCGGAATGTTGACATCATGCGGGAGCATTGCAGGGAGCAGAACATTAAGTACTTT- 477
Query 563 TATGATATCACTGACCTTGGAAATTTTAAGGCTAATCCTGACTACAAAGGTGTTTGCCAT 622
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TACGATATCACTGACCTTGGAAATTTTAAGGCTAATCCTGACTACAAAGGTGTTTGCCAT 537
Query 623 GTTGCACTTGCACAAGAAGGTCATTGCAGGCCAGGAGAGGTTTTGTTAGGAACAGACTCA 682
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GTCGCACTTGCACAAGAAGGTCATTGCAGGCCAGGAGAGGTTTTGTTAGGAACAGACTCT 597
Query 683 CACACTTGTACTGCTGGAGCATTTGGTCAATTTGCTACAGGGATTGGAAACACTGATGCA 742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CACACTTGTACTGCTGGAGCATTTGGTCAATTTGCTACAGGGATTGGAAACACTGATGCA 657
Query 743 GGTTTTGTGTTAGGCACTGGAAAAATCCTCCTTAAGGTTCCACCAACGATGAGGTTTATC 802
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 658 GGCTTTGTGTTAGGCACTGGAAAAATCCTCCTTAAGGTTCCACCAACAATGAGGTTTATC 717
Query 803 TTGGATGGTGAGATGCCTAGTTATTTGCAAGCAAAGGATCTGATTTTACAAATTATTGGT 862
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 718 TTGGATGGTGAAATGCCCAGTTATTTGCAAGCAAAGGATCTGATTTTGCAAATCATTGGT 777
Query 863 GAAATATCTGTTGCTGGTGCAACTTACAAGACGATGGAGTTCAGTGGTACAACTATCGAA 922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GAAATATCTGTTGCTGGTGCAACTTACAAGACGATGGAGTTCAGTGGTACAACTATCGAA 837
Query 923 AGTCTGAGTATGGAAGAAAGAATGACATTGTGCAACATGGTTGTGGAAGCTGGGGGAAAG 982
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AGTTTGAGTATGGAAGAAAGAATGACATTGTGCAGCATGGTTGTGGAAGCTGGGGGAAAG 897
Query 983 AATGGTGTCATCCCTCCTGATGCGACGACATTAAATTATGTTGAGAATAGGACATCTGTA 1042
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AATGGTGTCATCCCTCCTGATGCGACGACAATAAATTATGTTGAGAATAGGACATCTGTG 957
Query 1043 CCATTTGAGCCAGTATATAGTGATGGAAATGCAAGCTTTGTCGCAGATTATAGATTTGAC 1102
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CCATTTGAGCCAGTTTATAGTGATGGAAATGCAAGCTTTGTCGCAGATTATAGATTTGAC 1017
Query 1103 GTGTCAAAGCTGGAGCCTGTGGTGGCTAAGCCTCATTCTCCTGACAACCGAGCTCTAGCT 1162
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1018 GTGTCAAAGCTGGAGCCTGTGGTGGCTAAGCCTCATTCTCCTGACAACCGGGCTCTAGCA 1077
Query 1163 AGAGAATGCAAAGACGTGAAAATTGACAGAGTATACATCGGTTCTTGTACTGGTGGGAAG 1222
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AGAGAATGCAAAGATGTGAAAATTGACAGAGTATACATTGGTTCTTGTACTGGTGGGAAG 1137
Query 1223 ACAGAGGATTTTATGGCTGCAGCTAAACTTTTCCACGCAGCAGGAAGAAAGGTCAAAGTT 1282
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 ACAGAGGACTTTATGGCTGCAGCTAAACTTTTCCACGCAGCAGGAAGAAAGGTCAAAGTC 1197
Query 1283 CCAACTTTCCTTGTCCCGGCTACTCAGAAGGTGTGGATGGATGTGTATGCTCTCCCGGTA 1342
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1198 CCAACTTTCCTTGTCCCTGCTACTCAGAAGGTGTGGATGGATGTGTACGCTCTCCCGGTG 1257
Query 1343 CCTGGAGCAGGTGGAAAGACATGTGCGCAGATCTTTGAAGAAGCTGGCTGTGACACACCA 1402
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1258 CCTGGATCAGGTGGAAAGACATGTGCGCAGATCTTTGAAGAAGCTGGCTGTGACACTCCA 1317
Query 1403 GCCAGCCCTAGCTGTGGTGCTTGCCTTGGTGGCCCAGCAGACACCTACGCTCGCTTGAAT 1462
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1318 GCCAGTCCTAGCTGTGGTGCTTGCCTTGGTGGCCCAGCAGACACCTATGCTCGCTTGAAT 1377
Query 1463 GAACCTCAAGTGTGTGTCTCAACGACAAACAGGAACTTCCCCGGTCGGATGGGACACAAA 1522
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GAACCTCAAGTGTGTGTCTCAACGACGAACAGGAACTTCCCCGGTCGGATGGGACACAAA 1437
Query 1523 GAAGGGCAAATTTACTTAGCGTCTCCTTACACTGCTGCAGCCTCGGCTTTAACCGGCCGT 1582
|||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| | |
Sbjct 1438 GAAGGGCAGATTTACTTAGCTTCTCCATACACCGCTGCAGCCTCTGCTTTAACCGGTCAT 1497
Query 1583 GTCGCTGACCCAAGGGAGTTCTTGCAGTAG 1612
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GTCGCTGACCCAAGGGAGTTCTTGCAGTAG 1527
> Ahg901120 jgi|Araly1|901120|Al_scaffold_0004_1770
Length=240
Score = 244 bits (132), Expect = 1e-63
Identities = 144/150 (96%), Gaps = 0/150 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 281 ATGACAATGACGGAGAAGATTCTAGCTAGAGCTTCGGAGAAGTCATTAGTGGTTCCTGGT 340
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGACAATGACGGAGAAGATTCTAGCTAGAGCTTCTGAGAAATCATTAGTGGTTCCCGGT 60
Query 341 GATAACATTTGGGTTAATGTTGATGTTCTTATGACTCATGATGTTTGTGGTCCTGGTGCT 400
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 61 GATAACGTTTGGGTTAATGTTGATGTTCTTATGACTCATGATGTTTGTGGACCTCGTGCT 120
Query 401 TTTGGTATCTTCAAGAGAGAGTTTGGTGAA 430
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGGTATCTTCAAGAGAGAGTTTGGTGAA 150
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70352682515
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5