BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G13460.1
Length=2534
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg332974 jgi|Araly1|332974|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000002 2832 0.0
> Ahg332974 jgi|Araly1|332974|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000002
Length=1953
Score = 2832 bits (1533), Expect = 0.0
Identities = 1827/1967 (93%), Gaps = 28/1967 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 244 ATGGGTTCTTCTCACATTCCTCTTGATCCGTCTCTAAATCCGTCACCTTCACTGATCCCA 303
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTCTTCTCATATTCCTCTTGATCCGTCTCTAAATCCGTCACCTTCACTGATCCCA 60
Query 304 AAGCTTGAACCAGTCACTGAATCAACCCAAAACTTGGCCTTTCAACTTCCAAACACAAAC 363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGCTTGAACCAGTCACTGAATCAACCCAAAACTTGTCCTTTCAACTTCCAAACACAAAC 120
Query 364 CCACAAGCCCTAATTTCATCAGCCGTCTCCGATTTCAACGAAGCCACAGACTTTTCCTCA 423
||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 CCACAAGCCCTAATTTCATCACCCATCTCCAATTTCAACGAAGCCACAAACTTTTCCTCA 180
Query 424 GATTACAACACCGTCGCCGAGTCAGCCCGGTCTGCTTTCGCTCAACGGCTTCAACGTCAC 483
||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 181 GATTACAACACCGTCGCCGAGACATTCCGGTCCGCTTTCGCTCAACGTCTTAAACGTCAC 240
Query 484 GATGATGTTGCGGTTCTTGATTCCTTAACCGGAGCAATCGTACCGGTTGAGGAGAATCCG 543
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATGATGTTACGGTTCTTGATTCCTTAACCGGAGCAATTGTACCGGTTGAGGAGAATCCA 300
Query 544 GAACCGGAACCGAAT-C-----CTTACTCAACCAGTGACTCTTCACCGTC-G--GTTGCT 594
|| |||||||||| | | |||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |
Sbjct 301 GACCCGGAACCGATTCCGGTTTCTTACTCAACCAATGACGCTTCACCGTCGGTTGTTGTT 360
Query 595 ACTCAACGACCT-AGACCGCAGCCACGTTCGTCGGAGCTAGTGAGGATCACTGATGTTGG 653
|||| ||| ||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACTCGACGGCCTAAG-CCACAGCAACGTTCGTCGGAGCTAGTGAGGATCACTGATGTTGG 419
Query 654 ACCTGAAAGTGAGAGACAGTTTCGTGAACATGTGAGGAAGACGAGAATGATTTATGATTC 713
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 420 ACCTGAAGGTGAGAGACAGTTTCGTGAACATGTGAGGAAGACGAGAATGGTTTATGATTC 479
Query 714 TCTTAGGATGTTTTTGATGATGGAAGAAGCTAAACGTAATGGGGTTGGTGGAAGAAGAGC 773
||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 480 ACTTAGGATGTTCTTGATGATGGAAGAAGTTAAACTTAATGGGTTTGGTGGAAGAAAAGG 539
Query 774 TAGAGCTGATGGTAAAGCTGGTAAAGCTGGTTCAATGATGAGAGATTGTATGTTGTGGAT 833
|||| |||| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |
Sbjct 540 TAGACCTGA---T--A----GTAAAGCTGCTTCAATGATGAAAGATTGTATGTTATGGTT 590
Query 834 GAATCGTGATAAACGAATCGTCGGTTCGATTCCCGGTGTTCAAGTTGGGGATATCTTCTT 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GAATCGTGATAAACGAATCGTCGGTTCGATTCCCGGTGTTCAAGTTGGGGATATCTTCTT 650
Query 894 CTTTAGGTTTGAGTTATGTGTCATGGGCTTACATGGACACCCTCAATCTGGGATCGATTT 953
||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| || | ||| ||||||| ||||
Sbjct 651 CTTTAGGCTTGAGTTATGTGTTATGGGTTTACATGGGCAAACACAAGCTGGGATTGATTA 710
Query 954 TCTTACAGGGAGTCTTAGTTCTAATGGGGAGCCAATAGCTACTAGTGTGATTGTTTCTGG 1013
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 711 TCTTACAGGGAGTCTTAGTTCTAATGGAGAGCCAATTGCTACTAGTGTGATTGTTTCAGG 770
Query 1014 TGGGTATGAGGATGATGATGATCAAGGAGATGTGATTATGTATACAGGTCAGGGTGGACA 1073
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 771 TGGTTATGAGGATGATGATGATCAAGGAGATGTGATTATGTATACAGGTCATGGTGGGCA 830
Query 1074 AGATAGGCTTGGAAGGCAAGCTGAACATCAGAGGCTGGAAGGTGGAAACCTTGCGATGGA 1133
||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||
Sbjct 831 AGATAAGCTTGGAAGGCAAGCTGAACATCAGAAGTTGGAAGGTGGGAATCTTGCGATGGA 890
Query 1134 ACGGAGTATGTATTATGGGATTGAAGTGAGAGTTATTAGAGGGTTGAAGTATGAGAA-TG 1192
||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 891 ACGGAGTATGTATTACGGGATTGAAGTTAGGGTGATTAGAGGGTTGAAGTATGAGAACT- 949
Query 1193 AGGTTTCTAGTAGAGTTTATGTTTATGATGGGTTGTTTAGGATTGTTGATTCTTGGTTTG 1252
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 CGGTTTCTAGTAAAGTTTATGTTTATGATGGGTTGTTTAGGATTGTTGATTCTTGGTTTG 1009
Query 1253 ATGTTGGGAAGTCTGGTTTCGGTGTGTTTAAATATCGGTTGGAGAGGATTGAAGGACAGG 1312
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1010 ATGTTGGGAAATCTGGTTTCGGTGTGTTTAAATATAGGCTGGAGAGGATTGAAGGGCAGG 1069
Query 1313 CTGAGATGGGTAGTTCGGTGTTGAAGTTTGCTAGGACTCTTAAGACTAATCCATTGTCTG 1372
||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 CTGAGATGGGTAGTTCGATTTTGAAGCTTGCTAGGACTCTTAAGACTAATCCATTGTCTG 1129
Query 1373 TGAGACCGAGAGGTTACATCAATTTCGATATCTCGAATGGGAAGGAGAATGTTCCTGTCT 1432
|||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TGAGACCGAGAGGTTATATCAGTTTTGATATCTCGAATAGGAAGGAGAATGTTCCTGTCT 1189
Query 1433 ATTTGTTTAACGACATTGACAGCGATCAAGAACCTTTGTATTATGAGTATCTTGCGCA-A 1491
|||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |
Sbjct 1190 ATTTGTTTAATGATATTGACAACGATCAAGAACCTTTGTATTATGAGTACCTTGAG-ACA 1248
Query 1492 ACTTCGTTTCCTCCTGGCTTATTTGTTCAGCAAAGTGGTAATGCAAGTGGATGTGACTGT 1551
||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1249 ACTTCGTTTCCTCCTGGTTTATTTGTTCAACGGAGTGATAGTGCAAGTGGATGTGACTGT 1308
Query 1552 GTCAATGGTTGTGGCAGTGGCTGCCTTTGTGAAGCCAAGAATTCAGGTGAGATTGCTTAT 1611
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1309 ATCAAAGGTTGTGGCAGTGGCTGCCTTTGTGAAGCCAAGAATTCAGGTGAGTTTGCTTAT 1368
Query 1612 GATTATAATGGGACGCTAATAAGACAGAAACCGTTGATACATGAATGTGGATCAGCGTGT 1671
|||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1369 GATTATCATGGGAAGTTAATAAGACAGAAACCGTTGATACATGAATGTGGACCGGCGTGT 1428
Query 1672 CAGTGCCCTCCAAGCTGTCGAAACCGTGTGACTCAAAAGGGTTTGAGGAATAGGCTAGAA 1731
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1429 CGGTGCCCTCCAAGCTGTCGAAACCGTGTGACTCAAAAGGGTTTGAGGAATAGACTAGAA 1488
Query 1732 GTGTTTAGGTCACTGGAAACGGGTTGGGGAGTTCGGTCTTTGGATGTATTACATGCTGGT 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1489 GTGTTTAGGTCACTGGAAACGGGTTGGGGAGTTCGGTCTTTGGATATATTACATGCTGGT 1548
Query 1792 GCTTTTATTTGTGAGTATGCTGGGGTTGCTTTGACAAGGGAACAAGCCAACATTCTGACC 1851
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 GCTTTTATTTGTGAATATGCTGGGGTTGCTTTGACAAGAGAACAAGCCAACATTCTGACC 1608
Query 1852 ATGAACGGTGATACATTGGTATATCCTGCTC-GTTTCTCTTCTGCGAGATGGGAAGATTG 1910
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 1609 ATGAACGGTGATACATTGGTATATCCTGCTCGGTTT-TCCTCTGCGAGATGGGAAGGTTG 1667
Query 1911 GGGAGATCTGTCTCAGGTCCTTGCTGATTTCGAGCGGCCTTCTTATCCTGATATTCCTCC 1970
||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1668 GGGAGATTTGTCTCAGGTCCTGGCTGATTTCGAGCGTCCTTCTTATCCTGAGATTCCTCC 1727
Query 1971 GGTTGATTTCGCAATGGATGTGTCCAAGATGAGGAATGTTGCTTGTTACATAAGCCACAG 2030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 TGTTGATTTCGCAATGGATGTGTCCAAGATGAGGAATGTTGCTTGTTACATAAGCCACAG 1787
Query 2031 TACTGATCCGAATGTCATTGTCCAGTTTGTACTCCATGATCACAACAGTCTCATGTTCCC 2090
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1788 TACTGATCCGAATGTCATTGTCCAGTTAGTACTCCATGATCACAACAGTCTGATGTTCCC 1847
Query 2091 TAGAGTCATGCTTTTCGCTGCTGAAAACATCCCTCCCATGACTGAGCTCAGCCTTGATTA 2150
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TAGAGTCATGCTTTTTGCTGCTGAAAACATACCTCCCATGACTGAGCTCAGCCTTGATTA 1907
Query 2151 CGGAGTAGTTGATGATTGGA-ACGCCAAGCTTGCCATTTGTAATTAA 2196
|||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 CGGAGTAGCTGATGATTGGACA-GCCAAGCTTGCCATTTGTAATTAA 1953
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95530334460
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5