BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G13650.1
Length=3839
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493547 jgi|Araly1|493547|fgenesh2_kg.7__2980__AT4G13650.1 5012 0.0
Ahg318888 jgi|Araly1|318888|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001904 54.7 5e-06
> Ahg493547 jgi|Araly1|493547|fgenesh2_kg.7__2980__AT4G13650.1
Length=3315
Score = 5012 bits (2714), Expect = 0.0
Identities = 3100/3290 (94%), Gaps = 12/3290 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 AACCCATGTTTCTTCGCTCAGTGTCGTCCTCATTTATCTTCATTCATGGTGTTCCTCGTA 106
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 AACCTATGTTTCTTCGCTCAGTGTCGTCCTCATTTATCTTCATTCATGGAGTTCCTCGTA 60
Query 107 AGCTCAAGACCAGAACTGTCTTTCCTACTCTTTGTGGGACCAGGAGAGCTAGTTTTGCTG 166
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 61 AGCTCAAGACCAGAACTGTCCTTCGTACTCTTTGTCAGATCAGGAGAGCTAGTTTTACTG 120
Query 167 CTATATCTGTTTATATCTCTGAGGATGAATCATTTCAAGAAAA-GAGAATTGATTCCGTG 225
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||
Sbjct 121 CTATATCTGTTTCTATCTCTGAGGATGAGTCATTTCAAGAAAACG-GAATCGATTCCGTT 179
Query 226 GAGAATCGTGGAATTCGACCTAATCATCAAACTTTGAAATGGCTTCTTGAAGGATGTTTG 285
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GAGAATTGTGGAATTCGACCTAATCATCAAACTTTGAAATGGCTTCTTGAAGGATGTTTG 239
Query 286 AAGACAAATGGGTCTTTAGATGAAGGAAGAAAGCTACATTCCCAGATTTTGAAGTTGGGT 345
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 240 AAGACAAATGGGTCTTTAGATGAAGGAAGAAAGTTGCATTCTCAGATTTTGAAGTTGGGT 299
Query 346 TTGGATAGCAATGGTTGCCTCTCTGAAAAGCtttttgatttttatctttttAAAGGAGAT 405
|| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 300 TTTGATAATAATGCTTGCCTCTCTGAAAAGCTTCTTGATTTTTATCTATTTAAAGGAGAT 359
Query 406 TTATATGGTGCTTTCAAGGTGTTTGACGAAATGCCTGAGAGAACGATTTTTACTTGGAAT 465
||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTAGATGGTGCTTTGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGAAAGAACGATTTTTACTTGGAAT 419
Query 466 AAGATGATAAAGGAGTTAGCTTCTAGGAA-TTTGA-TTGGAGAAGTGTTTGGTCTTTTTG 523
|||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||
Sbjct 420 AAGATGATTAAGGAGTTAGCTTCTA-GAAGTTTGAGTGGGA-AAGTGTTTTGTCTTTTTG 477
Query 524 TGAGAATGGTTAGTGAGAATGTTACTCCGAATGAAGGAA-CTTTCAGTGGTGTTTTGGAA 582
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 478 GGAGAATGGTTAATGAGAATGTTACTCTGAATGAAGGAACCTTT-AGTGGTGTTTTGGAA 536
Query 583 GCATGTCGTGGTGGTAGTGTTGCTTTTGATGTAGTTGAGCAGATTCATGCAAGGATTTTA 642
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 537 GCATGTCGTGGCGGTAGTGTTGCTTTTGATGTAGTTGAGCAGATTCATGCGAGGATTATA 596
Query 643 TATCAGGGCTTGAGGG-ATAGTACGGTTGTGTGTAATCCTTTGATTGACTTGTACTCTAG 701
|||||||| ||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 597 TATCAGGGTTTG-GGGAAGAGTACGATTGTGTGTAATCCTTTGATTGATTTGTACTCGAG 655
Query 702 GAATGGGTTTGTGGATTTAGCTAGAAGGGTTTTTGATGGGTTACGTCTGAAGGATCATAG 761
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 656 AAACGGGTTTGTGGATCTAGCTAGAAGGGTTTTTGATGGATTATATCTGAAGGATCATAG 715
Query 762 TTCTTGGGTTGCAATGATATCCGGGCTTTCGAAAAATGAATGTGAAGCAGAAGCCATTAG 821
|||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 716 TTCTTGGGTTGCTATGATATCAGGGCTGTCAAAAAATGAATGTGAAGTTGAAGCAATTAG 775
Query 822 ATTGTTCTGCGATATGTATGTTTTAGGTATCATGCCAACGCCTTATGCGTTTTCAAGTGT 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 776 ATTGTTCTGCGATATGTATGTTTTAGGTATCATGCCAACACCTTATGCGTTTTCAAGTGT 835
Query 882 TTTAAGTGCGTGTAAGAAGATAGAATCTCTTGAGATTGGTGAGCAGCTTCATGGGCTCGT 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 836 TTTAAGTGCGTGTAAGAAGATAGAATCTCTTGAGATTGGCGAACAGCTTCATGGGCTAGT 895
Query 942 ATTGAAGTTAGGGTTTTCCTCCGACACTTATGTTTGCAATGCACTTGTGTCTTTGTACTT 1001
| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 896 ACTGAAGTTAGGTTTTTCCTCTGACACTTACGTTTGTAATGCGCTTGTATCGTTGTACTT 955
Query 1002 TCATTTGGGAAATTTGATATCAGCAGAACACATCTTCAGTAACATGTCACAGAGAGATGC 1061
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TCATTTGGGGAGTTTGATATCAGCAGAACACATCTTCAGCAACATGTCACAGAGAGATGC 1015
Query 1062 AGTTACTTATAACACTCTTATCAACGGGCTTTCTCAGTGTGGTTATGGTGAGAAAGCTAT 1121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1016 GGTTACTTATAACACTCTTATCAACGGGCTTTCTCAGTGTGGTTACGGTGAGAAAGCTAT 1075
Query 1122 GGAATTGTTCAAAAGAATGCACCTTGATGGACTTGAACCAGACAGTAATACTCTTGCGAG 1181
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1076 GGAATTGTTCAAAAGAATGCAGCTTGATGGACTTGAACCAGACAGCAATACTCTTGCAAG 1135
Query 1182 CCTTGTGGTTGCATGTTCAGCTGATGGAACTCTGTTTAGGGGACAACAGCTACATGCATA 1241
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 1136 CCTTGTGGTTGCATGTTCATCTGATGGAACTCTTTTTAGTGGACAACAACTACATGCGTA 1195
Query 1242 CACAACTAAACTTGGTTTTGCTTCAAACAACAAGATTGAAGGTGCGCTCCTTAATCTGTA 1301
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1196 CACAACTAAACTTGGTTTTGCTTCAAACGACAAGATTGAAGGTGCACTTCTTAATCTGTA 1255
Query 1302 TGCAAAATGCGCTGATATTGAAACCGCCCTTGATTATTTTCTTGAGACTGAGGTTGAAAA 1361
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TGCAAAATGCTCTGATATTGAAACCGCCCTCAATTATTTTCTTGAGACTGAGGTTGAAAA 1315
Query 1362 TGTAGTTCTCTGGAATGTGATGCTAGTAGCTTATGGGTTATTAGACGATTTAAGAAATTC 1421
||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TGTAGTTCTTTGGAATGTTATGCTAGTTGCTTATGGGCTATTAGACGATTTAAGAAATTC 1375
Query 1422 TTTTAGGATTTTCAGACAGATGCAGATAGAGGAAATTGTTCCAAATCAATATACCTACCC 1481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GTTTAGGATTTTCAGACAGATGCAGATAGAGGAAATTGTTCCAAATCAATATACCTACCC 1435
Query 1482 GAGTATTTTGAAAACTTGCATACGACTTGGGGATCTGGAGCTTGGAGAACAAATCCATAG 1541
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1436 GAGTATTTTGAAAACTTGCATACGACTTGGGGATCTTGAGCTCGGAGAGCAAATCCATAG 1495
Query 1542 TCAAATAATAAAAACTAACTTTCAGCTCAATGCCTATGTTTGTAGTGTGCTCATCGATAT 1601
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1496 TCAAATAATAAAAACTAGCTTTCAGCTTAATGCCTATGTTTGTAGTGTGCTTATCGATAT 1555
Query 1602 GTATGCAAAATTAGGAAAGTTGGATACTGCCTGGGATATACTTATAAGGTTTGCTGGAAA 1661
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 1556 GTATGCAAAATTAGGAAAGTTAGATACTGCTTGGGATATCCTGATAAGGTTTGCTGGGAA 1615
Query 1662 AGATGTTGTGTCTTGGACAACAATGATTGCAGGTTACACGCAATACAATTTCGACGACAA 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AGATGTTGTGTCTTGGACAACAATGATTGCAGGTTACACGCAATACAATTTCGACGACAA 1675
Query 1722 AGCTTTAACAACTTTCAGGCAGATGTTGGATCGAGGGATTCGGTCTGATGAAGTTGGATT 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AGCTTTAACAACTTTCAGGCAGATGTTGGATCGAGGGATCCGGTCTGATGAAGTTGGATT 1735
Query 1782 GACAAATGCAGTTAGTGCATGTGCTGGTCTTCAAGCCTTAAAGGAAGGACAGCAAATTCA 1841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AACAAATGCAGTTAGTGCATGTGCTGGTCTTCAAGCCTTAAAGGAAGGACAGCAAATTCA 1795
Query 1842 TGCTCAAGCTTGTGTATCTGGTTTCTCATCTGACCTGCCATTTCAAAATGCACTGGTTAC 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TGCTCAAGCTTGTGTATCTGGTTTCTCATCTGACCTGCCATTTCAAAATGCACTGGTTAC 1855
Query 1902 ACTTTATTCTAGATGCGGAAAAATAGAGGAATCGTATTTAGCGTTTGAACAAACTGAAGC 1961
||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 ACTTTATTCTAAATGCGGAAATATAGAGGAAGCATATTTAGCGTTTGAACAAACTGAAGC 1915
Query 1962 TGGAGATAATATAGCATGGAATGCTCTGGTATCCGGATTTCAGCAGAGTGGAAACAATGA 2021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1916 TGGAGATAATATAGCATGGAATGCTCTGGTATCCGGATTTCAGCAGAGCGGAAACAATGA 1975
Query 2022 AGAAGCACTTCGTGTCTTCGTTCGAATGAACAGAGAAGGAATTGACAATAATAATTTCAC 2081
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1976 AGAAGCACTTCGTGTCTTTGCTCGAATGAACAGAGAAGGAATTGACAGTAATAATTTCAC 2035
Query 2082 GTTTGGGTCTGCTGTGAAAGCTGCTTCTGAGACAGCTAACATGAAACAAGGGAAGCAGGT 2141
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GTTTGGGTCTGCTGTGAAAGCTGCTTCTGAGACAGCAAACATGAAACAAGGGAAGCAGGT 2095
Query 2142 TCATGCTGTGATCACCAAAACCGGATACGATTCAGAAACCGAAGTTTGCAATGCTTTAAT 2201
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2096 TCATGCTGTGATCACCAAAACCGGATATGATTCAGAAACCGAAGTTTGTAATGCTATAAT 2155
Query 2202 CTCTATGTATGCCAAGTGTGGGAGCATTTCTGATGCAGAGAAGCAGTTCCTTGAAGTCTC 2261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2156 CTCTATGTATGCCAAGTGTGGGAGCATTTCTGATGCAAAGAAGCAGTTCCTCGAACTCTC 2215
Query 2262 CACGAAAAATGAAGTTTCGTGGAATGCGATAATTAATGCTTATTCTAAACATGGGTTTGG 2321
|| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CATGAAAAATGAAGTTTCTTGGAATGCGATGATCAATGCTTATTCTAAACATGGGTTTGG 2275
Query 2322 TTCTGAAGCACTAGATTCTTTTGACCAGATGATACATTCTAATGTAAGGCCTAATCATGT 2381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TTCTGAAGCACTAGATTCTTTTGACCAGATGATACATTCTAATGTAAGGCCTAATCATGT 2335
Query 2382 GACGCTTGTGGGAGTTCTATCAGCATGTAGCCACATAGGACTAGTGGACAAGGGGATTGC 2441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GACGCTTGTGGGAGTTCTATCAGCATGTAGCCACATAGGACTAGTGGACAAGGGGATTGA 2395
Query 2442 ATACTTTGAATCCATGAATTCAGAATATGGATTATCTCCTAAACCGGAACACTATGTGTG 2501
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2396 ATACTTTGAATCCATGAATTCAGAATATGGAATAGCTCCTAAGCCAGAACACTATGTGTG 2455
Query 2502 TGTAGTGGATATGCTAACTCGAGCTGGTCTTTTGAGCCGTGCGAAAGAGTTCATTCAGGA 2561
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2456 TGTAGTGGATATGCTAACCCGAGCTGGTCTTTTGAGTCGTGCGAAAGATTTTATTCAGGA 2515
Query 2562 AATGCCTATTA-AGCCAGATGCCTTGGTCTGGAGAACACTTTTGAGTGCTTGTGTAGTGC 2620
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2516 GATGCCTAT-AGAGCCAGATGCCTTGGTCTGGAGAACACTTTTGAGTGCTTGTGTGGTAC 2574
Query 2621 ACAAGAACATGGAAATAGGAGAATTTGCAGCGCATCATCTCCTAGAGTTAGAACCTGAAG 2680
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2575 ACAAGAACATGGAAATAGGAGAATTTGCTGCGCATCATCTCCTAGAGTTAGAACCGGAAG 2634
Query 2681 ACTCAGCAACATATGTTCTTCTGTCAAATCTGTATGCGGTGTCCAAGAAATGGGATGCTA 2740
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2635 ACTCAGCAACATATGTACTTCTGTCAAATCTGTATGCGGTGTGCAGGAAATGGGATGCTA 2694
Query 2741 GGGATCTTACAAGACAAAAGATGAAAGAAAAGGGTGTGAAGAAAGAACCGGGACAAAGTT 2800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2695 GGGATCTTACAAGACAAAAGATGAAAGAAAAGGGTGTGAAAAAAGAACCGGGACAAAGTT 2754
Query 2801 GGATTGAAGTTAAAAACTCAATTCACTCTTTCTATGTTGGTGACCAGAATCACCCGTTAG 2860
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2755 GGATTGAAGTTAAAAACTCGATTCACTCTTTCTATGTTGGTGACCAGAATCACCCATTGG 2814
Query 2861 CAGATGAGATACATGAATACTTCCAAGATCTTACCAAACGAGCATCTGAAATCGGGTATG 2920
||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2815 CAGATGAAATACACGAATATTTCAAAGATCTAACCAAACGAGCATCTGAGATCGGGTATG 2874
Query 2921 TGCAAGACTGTTTCAGCCTATTGAATGAACTGCAGCACGAGCAAAAAGATCCAATAATTT 2980
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | || |
Sbjct 2875 TGCAAGACTGTTTCAGCCTCCTGAATGAACTGCAGCAAGAGCAAAAAGATCCGACGATAT 2934
Query 2981 TCATCCACAGCGAGAAATTAGCAATTTCATTTGGACTCCTTAGCTTGCCTGCAACAGTGC 3040
|||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2935 TCATTCACAGCGAGAAACTAGCGATTTCTTTTGGACTCCTTAGCTTGCCTGCAACAATGC 2994
Query 3041 CTATAAATGTAATGAAGAACCTACGTGTTTGCAACGATTGCCATGCTTGGATAAAGTTTG 3100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2995 CTATAAATGTAATGAAGAACCTACGTGTTTGCAACGATTGCCATGATTGGATAAAGTTTG 3054
Query 3101 TATCTAAGGTATCAAATCGAGAAATCATAGTGAGGGATGCATATAGGTTTCATCATTTTG 3160
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3055 TATCCAAGGTATCAAATAGAGAAATCATAGTGAGGGATGCTTATAGGTTTCATCATTTTG 3114
Query 3161 AAGGAGGTGCTTGCTCTTGTAAAGATTACTGGTAAGAGCCAAAGCCTGGTAGCTCACTCG 3220
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 3115 AAGGAGGTGCTTGTTCATGTAAAGATTACTGGTAAGAGACAAAGCTTGGTAGCTCACTCG 3174
Query 3221 CCTCTTTTGGGAAGGTTAAGTCTGTGTTCCAAAGTTCGAGCTCTGGTTCTCGCTCAAAGA 3280
|||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 3175 CCTCTTGTGGGAAGGTTAAGTCTATGTTCCTAAGTTCGAGCTCTGGTTCTAGCTTGAAGA 3234
Query 3281 AGGAGATCATGGACCAAACCTTACGGGTAAGCTGAATTCTCAGCAATGAT 3330
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3235 AGGATATCATGGACCAAAGCTTACGGGTAAGCTGAATTTTCAGCGATGAT 3284
> Ahg318888 jgi|Araly1|318888|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001904
Length=1572
Score = 54.7 bits (29), Expect = 5e-06
Identities = 40/45 (89%), Gaps = 2/45 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 421 AAGGTGTTTGACGAAATGCCTGAGAGAA-CGATTTTTACTTGGAA 464
|||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||
Sbjct 304 AAGGTGTTTGACGAAATGCCTGAGAGAAACG-TAGCTACTTGGAA 347
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145075468276
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5