BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G13710.1
Length=1980
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg355442 jgi|Araly1|355442|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002615 2052 0.0
> Ahg355442 jgi|Araly1|355442|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002615
Length=1455
Score = 2052 bits (1111), Expect = 0.0
Identities = 1207/1254 (96%), Gaps = 3/1254 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 278 AGGAAGCTGAAAACAGAGGAGTTTCAGAGCTTAAACAGCTCAACAATGGCGGCGACAAGG 337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 205 AGGAAGCTGAAAACAGAGGAGTTTCAGAGCTTAAACAGCTCAACAATGGCGGCGACAAGG 264
Query 338 CTTGATGGTGAACCACAACAACAACAACACGCCGTTGCTGATGATCCAGATATGGTTGCT 397
|||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 265 CTTGATGGTGAA-C-C-ACAACAACAACACGCCGTTGCTGCTGATCCAGATATGGTTGCT 321
Query 398 GATGAAGTCGCTAAGCTTGTTCAAATGAGTGAACAGAACAGGACAGCAAGAAGGAAGCTA 457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 GATGAAGTCGCTAAGCTTGTTCAAATGAGTGAACAGAACAGGACAGCAAGAAGGAAGCTA 381
Query 458 GGATTCTTCTCATGTGGAACTGGTAATCCAATTGATGACTGTTGGCGTTGTGACCGTAAC 517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 GGATTCTTCTCATGTGGAACTGGTAATCCAATTGATGACTGTTGGCGTTGTGACCGTAAC 441
Query 518 TGGCACAAGAACCGTAAACGCCTTGCGGATTGTGGCATTGGTTTTGGAAGAAACGCAATT 577
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 442 TGGCACAAGAACCGTAAACGCCTTGCGGATTGTGGGATTGGTTTTGGAAGGAACGCAATT 501
Query 578 GGTGGTCGTGATGGACGCTTCTACATTGTTACTGACCCGACTGATGAAGACGTTGTTAAT 637
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 502 GGTGGTCGTGATGGACGCTTCTACGTTGTTACTGACCCTACTGATGAAGATGTTGTTAAT 561
Query 638 CCCAAACCTGGTACTCTACGCCATGCTGTCATCCAGGAGGAGCCTCTGTGGATTGTGTTC 697
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 CCCAAACCTGGAACTCTACGCCATGCTGTCATCCAGGAGGAGCCTCTGTGGATTGTGTTC 621
Query 698 AAAAGGGATATGGTGATAGAGCTGAAACAGGAGCTGATCATGAATAGTTTCAAGACCATT 757
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 622 AAGAGGGATATGGTTATAGAGCTGAAACAGGAGCTGATCATGAACAGTTTCAAGACCATT 681
Query 758 GATGCCCGTGGCTCCAACGTCCATATAGCCAATGGTGCTTGCATCACCATCCAGTTTATC 817
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 682 GATGGCCGTGGCTCCAATGTCCATATAGCCAATGGTGCTTGCATCACCATTCAGTTTATA 741
Query 818 ACCAATGTCATCATTCATGGTCTTCACATTCATGATTGCAAGCCTACTGGAAATGCAATG 877
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 ACCAATGTCATCATTCATGGACTTCATATTCATGATTGCAAGCCTACTGGAAATGCAATG 801
Query 878 GTTAGAAGCTCGCCATCTCACTTTGGTTGGAGGACAATGGCTGATGGTGATGCTGTCTCT 937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 802 GTTAGAAGCTCGCCATCTCACTTTGGTTGGAGGACAATGGCTGATGGTGATGCAGTCTCC 861
Query 938 ATTTTTGGATCATCTCATATCTGGATTGATCATAACTCTCTCTCTCACTGTGCTGATGGC 997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 862 ATTTTTGGATCATCTCATATCTGGATTGATCATAACTCTCTCTCCCACTGTGCTGATGGC 921
Query 998 CTTGTCGATGCTGTCATGGGTTCTACTGCTATTACCGTTTCCAATAACCACTTTACCCAC 1057
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 CTTGTTGATGCTGTCATGGGTTCTACTGCTATTACTGTTTCCAATAACCACTTTACCCAC 981
Query 1058 CACAATGAGGTGATGTTGCTTGGGCATAGTGACTCGTACACAAAGGACAAGCTGATGCAA 1117
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 982 CACAATGAGGTGATGTTGCTTGGGCACAGTGACTCGTACACAAAAGATAAGCTAATGCAA 1041
Query 1118 GTAACCATTGCTTACAACCATTTTGGAGAAGGACTGGTTCAGAGAATGCCAAGGTGCAGA 1177
|| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 GTGACCATTGCTTACAATCATTTTGGAGTCGGACTAGTTCAGAGAATGCCAAGGTGCAGA 1101
Query 1178 CATGGGTACTTCCATGTGGTTAACAACGACTACACACATTGGGAGATGTACGCCATTGGT 1237
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 CATGGGTATTTCCATGTGGTTAACAATGACTACACACACTGGGAGATGTACGCCATTGGT 1161
Query 1238 GGGAGTGCAGAGCCAACCATCAACAGTCAAGGAAACAGATATGCTGCTCCCATGGACCGC 1297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1162 GGGAGTGCAGAGCCAACCATCAACAGTCAAGGAAACAGATATGCTGCTCCAATGGACCGC 1221
Query 1298 TTCGCCAAAGAGGTGACAAAAAGAGTAGAGACAGATGCAAGCGAGTGGAAGAAGTGGAAT 1357
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1222 TTCGCCAAAGAGGTGACGAAAAGAGTGGAGACAGATGCAAGTGAGTGGAAGAAGTGGAAT 1281
Query 1358 TGGAGATCGGAAGGAGACCTTCTACTGAATGGAGCATTCTTCAGGCCATCAGGAGCAGGA 1417
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 TGGAGGTCAGAAGGAGACCTTCTACTGAATGGAGCATTCTTCAGGCCATCAGGAGCAGGA 1341
Query 1418 GCATCTGCTAGCTATGGACGAGCCTCAAGCTTAGCAGCTAAACCATCATCTATGGTCGAC 1477
||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 GCATCAGCTAGCTATGGAAGAGCATCAAGCTTAGCAGCTAAACCATCATCTATGGTCGAC 1401
Query 1478 ACTATTACCTCTACTGCAGGAGCACTAGGTTGCCGTAAGGGAAGACCTTGCTAG 1531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1402 ACTATTACCTCTACTGCAGGAGCACTAGGTTGCCGTAAGGGCAGACCTTGTTAG 1455
Score = 276 bits (149), Expect = 5e-73
Identities = 157/161 (98%), Gaps = 0/161 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 119 ATGGCGTCGTCTTCTCAGAAACTGATCAGTGTTTGTGTCGCTGTGCTCGTCGTCTTAGCT 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCGTCGTCTTCTCAGAAACTGATCAGTGTTTGTGTCGCTCTGCTCGTCGTTTTAGCT 60
Query 179 CTCACGGCGATGATTTTCCGGAACAGTGAAATCTCTCTCTCTAGGAAGCTGAAAACAGAG 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCACGGCGATGATTTTCCGGAACAGTGAAATCTCTCTCTCCAGGAAGCTGAAAACAGAG 120
Query 239 GTGATTCAGAGCTCAAATAGCTCAACAATGGCGGCGATAAG 279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GTGATTCAGAGCTCAAATAGCTCAACAATGGCGGCGACAAG 161
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74428338730
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5