BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G14210.1
Length=2213
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493490 jgi|Araly1|493490|fgenesh2_kg.7__2923__AT4G14210.1 3229 0.0
> Ahg493490 jgi|Araly1|493490|fgenesh2_kg.7__2923__AT4G14210.1
Length=2082
Score = 3229 bits (1748), Expect = 0.0
Identities = 1994/2107 (95%), Gaps = 40/2107 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 116 ACATGTTTCGTAAGCAACAAAAGAGCTTGGTCTGAAAACCAAACAAGACC--AT-ATGGG 172
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||
Sbjct 1 ACATATTTCGTAAGCAACAAAAGAGCTTGGTCTGAAAACCAACCAAGACCATATGATGGG 60
Query 173 CACTCGAATACTCCATTTTGTTATCGGCTACTTCCACTAGCCTCCTCCTTCGCTGCG--T 230
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |
Sbjct 61 CACTCAAAGCCTCCATTTTGTTATCGGCTACTTCCACTAGCTTCCTTCTTCTCTGCGTCT 120
Query 231 -CTCCTGTTTCTCTACTTCACGATTACTCGCTAGATTCATTGAAGCAGTTGTGAGTTAAG 289
|||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 CCTCCTGGTTCTCTACTTTACGATTGCTCACTAGATTCATTGAAGCAGTTGTGACTTAAG 180
Query 290 TTGGAGAAAATGGTTGTGTTTGGGAATGTTTCTGCGGCGAATTTGCCTTATCAAAACGGG 349
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTGGAG-AAATGGTTGTGTTTGGGAATGTTTCTGCGGCGAATTTGCCTTATCAAAACGGG 239
Query 350 TTTTTGGAGGCAC--T-TTCATCTGGAGGT-TGTGAACTAATGGGACATAGCTTTAGGGT 405
||||||||||||| | ||||||||||||| | |||| | |||||||| |||||||||||
Sbjct 240 TTTTTGGAGGCACTTTCTTCATCTGGAGGTAT-TGAATTGATGGGACACAGCTTTAGGGT 298
Query 406 TCCCACTTCTCAAGCGCTTAAGACAAGAACAAGGAGGAGGAGTACTGCTGGTCCTTTGCA 465
||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 299 TCCGACTTTTCAAGCACTTAAGACAAGAACAAGGAGGAGAAGTAGTGCTGGTCCTTTGCA 358
Query 466 GGTAGTTTGTGTGGATATTCCAAGGCCAGAGCTAGAGAACACTGTCAATTTCTTGGAAGC 525
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GGTGGTTTGTGTGGATATTCCAAGGCCAGAGCTAGAGAATACTGTCAATTTCTTGGAAGC 418
Query 526 TGCTAGTTTATCTGCATCCTTCCGTAGTGCTCCTCGTCCTGCTAAGCCTTTGAAAGTTGT 585
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 419 TGCTAGTTTATCTGCATCTTTCCGTAGTGCTCCTCGTCCTGCAAAGCCTTTAAAAGTTGT 478
Query 586 AATTGCTGGTGCTGGATTGGCTGGATTGTCAACTGCAAAGTACCTGGCTGATGCAGGCCA 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AATTGCTGGTGCTGGATTGGCTGGATTGTCAACTGCAAAGTACCTGGCTGATGCAGGCCA 538
Query 646 CAAACCTCTGTTGCTTGAAGCAAGAGATGTTCTTGGTGGAAAGATAGCTGCATGGAAGGA 705
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CAAACCTCTGTTACTTGAAGCAAGAGATGTTCTTGGTGGAAAGATAGCTGCATGGAAGGA 598
Query 706 TGAAGATGGGGACTGGTATGAGACTGGTTTACATATTTTCTTCGGTGCTTATCCGAATGT 765
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 599 TGAAGATGGGGACTGGTATGAAACTGGTTTACATATATTCTTCGGTGCTTATCCAAATGT 658
Query 766 GCAGAATTTATTTGGAGAACTTGGGATCAATGATCGGTTGCAGTGGAAGGAACACTCCAT 825
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GCAGAACTTATTTGGAGAACTTGGGATCAATGATCGGTTGCAGTGGAAGGAACACTCCAT 718
Query 826 GATTTTTGCTATGCCAAGTAAACCTGGAGAATTTAGTAGATTTGACTTCCCAGATGTCCT 885
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GATTTTCGCTATGCCAAGTAAACCTGGAGAGTTTAGTAGATTTGACTTCCCAGATGTCCT 778
Query 886 ACCAGCACCCTTAAATGGTATTTGGGCTATTTTGCGGAACAACGAGATGCTGACATGGCC 945
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 ACCAGCACCCTTAAACGGTATTTGGGCTATTTTGCGGAACAACGAGATGCTGACATGGCC 838
Query 946 AGAGAAAATAAAGTTTGCTATTGGACTTTTGCCAGCCATGGTCGGCGGTCAGGCTTATGT 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 839 AGAGAAAATAAAGTTTGCTATTGGACTTTTGCCAGCCATGGTCGGCGGCCAGGCTTATGT 898
Query 1006 TGAGGCCCAAGATGGTTTATCAGTCAAAGAATGGATGGAAAAGCAGGGAGTACCTGAGCG 1065
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGAAGCCCAAGATGGTTTATCAGTCAAAGAATGGATGGAAAAGCAGGGAGTACCTGAGCG 958
Query 1066 CGTGACCGACGAGGTGTTTATTGCCATGTCAAAGGCGCTAAACTTTATAAACCCTGATGA 1125
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 959 TGTGACTGACGAGGTGTTTATTGCCATGTCAAAGGCGCTAAACTTTATCAACCCTGATGA 1018
Query 1126 ACTGTCAATGCAATGCATTTTGATAGCTTTGAACCGGTTTCTTCAGGAAAAACATGGTTC 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ACTGTCAATGCAATGCATTTTGATAGCTTTGAACCGGTTTCTTCAGGAAAAACATGGTTC 1078
Query 1186 CAAGATGGCATTCTTGGATGGTAATCCTCCGGAAAGGCTTTGTATGCCAGTAGTGGATCA 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1079 CAAGATGGCATTCTTGGATGGTAATCCTCCGGAAAGGCTTTGTATGCCAATAGTGGATCA 1138
Query 1246 TATTCGATCACTAGGTGGGGAAGTGCAACTTAATTCTAGGATAAAGAAAATTGAGCTCAA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TATTCGATCACTAGGTGGGGAAGTGCAACTTAATTCTAGGATAAAGAAAATTGAGCTCAA 1198
Query 1306 TGACGATGGCACGGTTAAGAGTTTCTTACTCACTAATGGAAGCACTGTCGAAGGAGACGC 1365
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TAACGATGGCACGGTTAAGAGTTTCTTACTAACTAACGGAAGCACTGTCGAAGGAGACGC 1258
Query 1366 TTATGTGTTTGCCGCTCCAGTCGATATCCTGAAGCTCCTTTTACCAGATCCCTGGAAAGA 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTATGTGTTTGCCGCTCCAGTCGATATCCTGAAGCTCCTTTTACCAGATCCCTGGAAAGA 1318
Query 1426 AATACCGTACTTCAAGAAATTGGATAAATTAGTTGGAGTACCAGTTATTAATGTTCATAT 1485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AATACCGTACTTCAAGAAATTGGATAAATTAGTTGGAGTGCCAGTTATTAATGTTCATAT 1378
Query 1486 ATGGTTTGATCGAAAACTGAAGAACACATATGATCACCTACTCTTTAGCAGAAGTAACCT 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ATGGTTTGATCGAAAACTGAAGAACACATATGATCACCTACTCTTTAGCAGAAGTAACCT 1438
Query 1546 TCTGAGCGTGTATGCCGACATGTCCTTAACTTGTAAGGAATATTACGATCCTAACCGGTC 1605
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TCTTAGCGTGTATGCCGACATGTCCTTAACTTGTAAGGAATATTACGATCCTAACCGGTC 1498
Query 1606 AATGCTGGAGCTAGTATTTGCACCAGCAGAGGAATGGATATCACGGACTGATTCTGACAT 1665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1499 GATGCTGGAGCTAGTATTTGCACCAGCAGAGGAATGGATATCACGAACTGACTCTGACAT 1558
Query 1666 CATAGATGCAACAATGAAAGAACTTGAGAAACTCTTCCCTGATGAAATCTCAGCTGACCA 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CATAGATGCAACAATGAAAGAACTTGAGAAACTCTTCCCTGATGAAATCTCAGCTGACCA 1618
Query 1726 AAGCAAAGCTAAAATTCTGAAGTACCATGTCGTTAAGACTCCAAGATCTGTGTACAAGAC 1785
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1619 AAGCAAAGCTAAAATTCTGAAGTACCATGTCGTTAAAACTCCAAGGTCTGTGTATAAGAC 1678
Query 1786 CATCCCAAACTGTGAACCATGTCGTCCTCTACAAAGATCACCTATTGAAGGATTCTACTT 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1679 CATCCCAAACTGTGAACCATGTCGTCCTCTACAGAGATCACCTATTCAAGGGTTCTACTT 1738
Query 1846 AGCTGGAGATTACACAAAACAGAAGTACTTAGCTTCCATGGAAGGCGCTGTCCTCTCTGG 1905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1739 AGCTGGAGATTACACAAAACAGAAGTACTTAGCTTCCATGGAAGGCGCGGTTCTCTCTGG 1798
Query 1906 CAAATTCTGCTCTCAGTCTATTGTTCAGGATTACGAGCTACTGGCTGCGTCTGGACCAAG 1965
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 1799 CAAATTCTGCTCACAGTCTATTGTGCAGGATTACGAGCTACTGGCTGCATCTGGATCGAG 1858
Query 1966 AAAGTTGTCGGAGGCAACAGTATCATCATCATGA----GA-AGAGGACAAAACTTAAAGA 2020
|||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||
Sbjct 1859 AAAGTTATCGGAGGCAACAGTATCATCATCATCATCATGAGAGAGGACAAAGCTTAAAGA 1918
Query 2021 TGATTTGCTTGTAAGCATTATTATTTGTGTATAAATCTCATTGCAATCCAAACTTAACCT 2080
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 1919 TGATTT-CTTGTAAGCATTATTATTTGTGTATAAATCTCACTGCAATCCAAAATTGACCC 1977
Query 2081 TACTCTCTTCAGTAAATGAATCTCACAGATTTGACATCTCACGTTTCTGTCAATTTTATA 2140
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || | |
Sbjct 1978 TACTCTCTTCAGTAAATGAATCTCACAAATTTGACATCTC---TTT-----AA----A-A 2024
Query 2141 ATTTTTAAAAAGTAATTACTGTCGACCTTTTGTAATCATAGTGATTTATCATTATGTCTC 2200
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 G-----A----GTAATTACTGTCGAGCTTTTGTAATCATAGTGATTTATCATTATGTCTC 2075
Query 2201 TCTTTTT 2207
||| |||
Sbjct 2076 TCTCTTT 2082
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83303365815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5