BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G14300.1
Length=1955
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493480 jgi|Araly1|493480|fgenesh2_kg.7__2913__AT4G14300.1 2259 0.0
> Ahg493480 jgi|Araly1|493480|fgenesh2_kg.7__2913__AT4G14300.1
Length=1545
Score = 2259 bits (1223), Expect = 0.0
Identities = 1374/1446 (95%), Gaps = 13/1446 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 160 TTCATGGATTCGGATCAAGGAAAGCTTTTTGTCGGTGGTATTTCATGGGAAACTGATGAA 219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 112 TTCATGGATTCGGATCAAGGAAAGCTTTTTGTCGGTGGTGTTTCATGGGAAACTGATGAA 171
Query 220 GATAAGCTGAGAGAACATTTCACCAACTATGGAGAGGTTTCTCAGGCTATTGTGATGAGA 279
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 172 GATAAGCTAAGAGAACATTTCAGTAACTATGGAGAGGTTTCGCAAGCTATTGTGATGAGA 231
Query 280 GACAAGCTCACAGGTCGACCTAGGGGTTTTGGGTTCGTTATCTTCTCGGATCCTTCTGTT 339
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 GACAAGCTCACAGGTAGACCTAGGGGTTTTGGGTTCGTTATCTTCTCGGATCCTTCTGTT 291
Query 340 CTCGATAGGGTTCTTCAAGAGAAACACAGCATTGATACCAGAGAGGTTGATGTGAAGAGA 399
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 292 CTCGATAGGGTTCTTCAAGACAAACACAACATTGATACTAGAGAGGTTGATGTGAAGAGG 351
Query 400 GCCATGTCAAGAGAGGAGCAGCAAGTCTCTGGAAGAACTGGGAATCTTAATACATCTAGA 459
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 352 GCCATGTCAAGAGAGGAGCAGCAAGTCTCTGGTAGAACTGGTAACCTTAATACATCTAGA 411
Query 460 AGTTCTGGAGGTGATGCTTACAATAAAACCAAGAAGATCTTTGTTGGAGGCTTGCCACCT 519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 AGTTCTGGAGGTGATGCTTACAATAAAACCAAGAAGATCTTTGTTGGAGGCTTGCCACCT 471
Query 520 ACTTTGACTGATGAAGAGTTTCGCCAGTACTTTGAAGTTTATGGCCCTGTGACTGATGTT 579
|||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 472 ACTTTGACAGATGAAGAGTTTCGTCAGTATTTTGAAGTTTATGGTCCTGTGACTGATGTT 531
Query 580 GCAATCATGTATGACCAGGCTACCAACCGTCCTCGTGGGTTTGGATTTGTTTCCTTCGAC 639
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 532 GCAATCATGTATGACCAGGCTACTAACCGTCCTCGTGGGTTTGGATTTGTTTCCTTTGAC 591
Query 640 TCTGAAGATGCGGTAGACAGTGTTTTGCACAAGACTTTCCATGATTTGAGCGGTAAACAA 699
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 592 TCTGAAGATGCGGTAGACCGTGTGTTGCACAAGACTTTCCATGATTTGAGTGGTAAGCAA 651
Query 700 GTTGAAGTAAAGCGTGCTCTTCCTAAAGATGCCAATCCtggaggtggtggacgatcaatg 759
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 652 GTTGAAGTTAAGCGTGCTCTTCCTAGAGATGCCAATCCTGGA---GGTGGACGATCAA-- 706
Query 760 ggtggtggtggctctggtggttaccagggttatggtggCAATGAAAGCAGTTATGATGGA 819
| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 707 --T-G-GGTGG---TGGTGGTTACCAGGGTTATGGTGGTAATGAAAGCAATTATGATGGA 759
Query 820 CGTATGGATTCCAATAGGTTTTTGCAGCATCAAAGTGTTGGAAATGGTTTACCATCTTAT 879
||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 760 CGTGTGGATTCCAGTAGGTTTATGCAGCATCAAAATGTTGGAAATGGTTTACCATCTTAT 819
Query 880 GGTTCTTCTGGTTATGGCGCTGGCTATGGAAATGGTAGTAATGGTGCCGGGTATGGTGCC 939
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 820 GGTTCTTCTGGTTATGGCGGTGGGTATGGAAATGGTAGTAATGGTGCCGGGTATGGTGGC 879
Query 940 TATGGAGGTTACACTGGTTCTGCTGGAGGTTATGGCGCTGGTGCTACTGCTGGATATGGA 999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 880 TATGGAGGTTACACTGGTTCTGCTGGAGGTTATGGCGCTGGTGCTACTGCTGCATATGGA 939
Query 1000 GCAACGAACATTCCAGGTGCTGGCTATGGAAGTAGTACTGGAGTTGCTCCGAGAAACTCA 1059
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 940 GCAACGAACATTCCAGGTGCCGGCTATGGAAGTAGTTCTGGAGTTGCCCCGAGAAACTCA 999
Query 1060 TGGGACACTCCAGCTTCTAGTGGTTATGGGAACCCAGGCTATGGGAGTGGTGCTGCTCAT 1119
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000 TGGGACACTTCAGCTCCTAGTGGTTATGGGAACCCAGGCTATGGGAGTGGTGCTGCTCAT 1059
Query 1120 AGTGGATATGGAGTTCCTGGTGCAGCTCCTCCTACGCAGTCACCATCTGGCTATAGTAAC 1179
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1060 AGTGGATATGGGGTTCCTGGTGCAGCTCCTCCTGCGCAGTCACCATCTGGCTATAGTAAC 1119
Query 1180 CAAGGCTACGGTTATGGAGGGTACAGTGGAAGTGATTCTGGTTATGGAAATCAAGCTGCA 1239
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 CAAGGCTACGGATATGGAGGGTACAGTGGAAGTGATTCTAGTTATGGAAATCAAGCTGCA 1179
Query 1240 TATGGTGTGGTTGGAGGGCGTCCTAGTGGTGGCGGTTCAAACAACCCTGGTAGTGGTGGC 1299
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180 TATGGTGTGGTTGGAGGGCGTCCTAGTGGTGGTGGTTCAAACAACCCTGGTAGTGGTGGC 1239
Query 1300 TACATGGGAGGTGGTTATGGTGATGGATCTTGGCGATCTGACCCGTCACAAGGTTATGGT 1359
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1240 TACATGGGAGGGGGTTATGGTGATGGATCTTGGCGATCTGACCCTTCACAAGGTTATGCT 1299
Query 1360 GGTGGGTACAATGATGGTCAGGGTCGACAAGGCCAGTAGTGACTGTGTAAGGGGATTATG 1419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |
Sbjct 1300 GGTGGGTACAATGATGGTCAGGGTCGACAAGGCCAGTAGTGACTATTTAAGGGGATTGTC 1359
Query 1420 ACCGCCCTGGTTTCTGGATCCTTGTCAAGAAGAATTTAGCTCAAATCAAAGGTTCCACAA 1479
||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1360 ACCACCCTGGTTTTTGGATCCTTTTCAAGAAGAATTTAGCTCAAATCAAAGGTTCCTCGA 1419
Query 1480 CTTCCTAACGGGTTGGACTGCTTGAATCTCTTTATAAGCATGTGCTATCTATTACAATAA 1539
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 CTTCATAACGGGTTGGACTGCTTGAATCTCTTTATAAGCATGTGCTATCTATTACAATAA 1479
Query 1540 GTCACTTCTATT-AAGTTATTTTTCGGTTGAGTGTACTTTTGAGTTTTGGCAGAGTTATT 1598
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480 GTCACTTCTATTTAAGTTATTTTTCGGTTGAGTGTACTTTTGAGTTTTGGCAGAGTTATT 1539
Query 1599 ATAACT 1604
||||||
Sbjct 1540 ATAACT 1545
Score = 126 bits (68), Expect = 5e-28
Identities = 106/122 (87%), Gaps = 11/122 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 TCTTCCTCCTCTCAAATCGGCTACAGCCATTGGAAAAGCTAAAGCCTTTTCGTAA-TTTC 72
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 TCTTCTTCCTCTCAAATCGGCTACAGCCATTGGAAAAGCTAAAGCCTTTTCGTAAATTTT 60
Query 73 TGGAAGTTTCTGCAGTCGGTTTTCACGGTTTCGTAGATTGAGGTGGATTTGTGATTCTGG 132
| ||||||||||||| |||||| | | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 TC-AAGTTTCTGCAGTGGGTTTT---G-T-----AGATTGAGGTGGGTTTGTGATTCTGG 110
Query 133 GT 134
||
Sbjct 111 GT 112
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73476082605
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5