BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G14570.1 Length=2529 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg946922 jgi|Araly1|946922|scaffold_703151.1 3611 0.0 > Ahg946922 jgi|Araly1|946922|scaffold_703151.1 Length=2338 Score = 3611 bits (1955), Expect = 0.0 Identities = 2202/2322 (95%), Gaps = 13/2322 (1%) Strand=Plus/Plus Query 85 TTGGATTCGAAGATTTGTAGCTATGGATTCTTCTGGAACTGATTCGGCTAAAGAATTGCA 144 ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1 TTGGATTCGGAGATTTGTAGCTATGGATTCTTGTGGAACTGATTCGGCTAAAGAAGTGCA 60 Query 145 TGTTGGTTTGGACCCAACTACAGAGGAAGAGTATGCCACACAGTCAAAGTTACTTCAAGA 204 ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 61 TGTTGGTTTGGACTCAACTACTGAGGAAGAGTATGCCACACAGTCAAAGTTACTTAAAGA 120 Query 205 GTTCATTAATATTCCCAGCATTGATAAAGCTTGGATTTTTAATTCTGATTCTGGTTCTCA 264 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 121 GTTCATTAATATTCCCAGTATTGACAAAGCTTGGATTTTTAACTCTGGTTCTGGTTCTCA 180 Query 265 GGCAATGTTTGCCTTGAGTCAAGCAAACCTTTTGGCTAATAAAAAGAAGAAGTTTATGTT 324 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 181 GGCAATGTTTGCCATGAGTCAAGCAAACCTTTTGGCTAATAAAAGGAAGAAGTTTATGTT 240 Query 325 GTCGGGTCATATTTCGAACGAAAGTAACCAATCTGTAAACTTTCACTGGGCGCCATTTCC 384 |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GTCGGGTCATATCTCGAAAGAAAGTAACCAATCTGTAAACTTTCACTGGGCGCCATTTCC 300 Query 385 CATCGAGATGACTGGTGCATCGGCTTTTGTCCCATCTCCATCGGGAT-TGAAGCTCCTTG 443 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| Sbjct 301 CATCGAGATGACTGGTGCATCGGCTTTTATCCCATCTCCATCGGG-TCTGAAGCTCCTTG 359 Query 444 TAATTCGAAATCCTGAAAATGAATCTCCTACAAAGTTTGAGATATGGAATTCTTCTCAGC 503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 360 TAATTCGAAATCCTGAAAATGAATCTCCTACAAAGTTTGAGATATGGAATTCGTCTCATC 419 Query 504 TAGAGAAGGAGTTCCATATTCCACAGAAAGTTCATGGCTCTGTATACGTTGATGGATGGT 563 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 420 TAGAAAAGGAGTTCCATATTCCACAGAAAGTTCATGGCTCTGTATATGTTGATGGATGGT 479 Query 564 TTGAAGGGATCTCTTGGGATTCAGATGAGACTCATGTTGCGTATGTCGCCGAGGAGCCAT 623 |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 480 TTGAAGGGATATCTTGGAATTCAGATGAGACTCGTGTTGCATATGTCGCCGAGGAGCCAT 539 Query 624 CTCGTCCCAAGCCTACATTTGATCATCTTGGTTATTACAAGAAAGAAAATTCTTTGGACA 683 ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | Sbjct 540 CTCGTCCGAAGCCTACATTTGACCATCTAGGTTATTACAAGAAAGGAAATTCTTTGGAAA 599 Query 684 AGGGTATTGGAAGCTGGAAAGGTGAAGGGGATTGGGAAGAGGAATGGGGAGAAGCATACG 743 ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 600 AGGATATTGGAAGCTGGAAAGGTGAAGGAGATTGGGAAGAGGAATGGGGAGAAGCATATG 659 Query 744 CCGGAAAAAGGCAGCCTGCACTGTTTGTTATCAATGTTGACAGTGGAGAGGTCGAGCCAA 803 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 660 CCGGAAAAAGGCAGCCTGCACTGTTTGTTATCGATGTTGACAGTGGAGAGGTCGAGCTAA 719 Query 804 TCAAAGGAATTCCTAGATCAATAAGTGTTGGACAGGTTGTTTGGAGTCCAAACAGTAATG 863 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 720 TCAAAGGAATTCCTAGATCAATAAGTGTTGGACAGGTTGTTTGGAGTCCAAACAGTAACG 779 Query 864 GATCAGCTCAATATTTGGTTTTTGCCGGTTGGTTAGGAGATAAAAGAAAGTTTGGTATTA 923 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 780 GATCAGCTCAATATTTGGTTTTTGCCGGGTGGTTAGGAGATAAAAGAAAGTTTGGGATTA 839 Query 924 AGTACTGCTACAACAGACCATGTGCCATATACGCAATTAAGTTCACATCGGATGAACCAA 983 ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| Sbjct 840 AGTACTGCTACAACAGACCTTGTGCCATATATGCAATTAAGTTCATATCGGATGAGCCAA 899 Query 984 AAGATGATGACGCAAATGAATTCCCTATTCATAATTTGACTAAGAGCATAAGCAGCGGGT 1043 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 900 AAGATGAT---GCAAATGAATTCCCTATTCATAATTTGACTAAGAGCATAAGCAGCGGTT 956 Query 1044 TTTGTCCTCGGTTCAGCAAAGATGGCAAATTTCTTGTGTTTGTATCCGCAAAGACCGCTG 1103 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 957 TTTGTCCTCGGTTCAGCAAAGATGGAAAATTTCTTGTGTTTGTATCCGCAAAGAGCGCTG 1016 Query 1104 TTGATTCTGGGGCGCATTGGGCAACCGAGTCACTTCATAGGATTGACTGGCCAAGTGATG 1163 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 1017 TTGATTCTGGGGCGCATTGGGCAACCGAGTCACTTCACAGGATTGACTGGCCAAGTGACG 1076 Query 1164 GGAAACTTCCTGAGTCAACAAATATCGTTGATGTGATTCAAGTTGTGAATTGTCCTAAGG 1223 ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 1077 GGAAACTTCCTGAATCAACAAATATTGTTGACGTGATTCAAGTTGTGAATTGTCCTGACG 1136 Query 1224 ACGGTTGTTTCCCTGGGCTCTATGTTACCGGCCTTCTGAGTGATCCATGGCTGTCAGATG 1283 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| Sbjct 1137 ACGGTTGTTTCCCTGGGCTCTATGTTACCGGCCTTCTGTGTGATCCGTGGCTGTCAGATG 1196 Query 1284 GACATAGCCTTATGTTGTCTACCTACTGGCGCAGTTGTCGAGTTATACTCAGCGTAAATT 1343 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1197 GACATAGCCTTATCTTGTCTACCTACTGGCGCAGTTGTCGAGTTATACTCAGCGTAAATT 1256 Query 1344 TGCTAAGCGGTGAAGTGTCACGTGCCAGCCCTAGTGATTCAGATTATTCATGGAAC-GCT 1402 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||| Sbjct 1257 TGCTAAGCGGTGAAGTGTCACGTGCCAGCCCTAGTGATTCAGATGATTCGTGGA-CTGCT 1315 Query 1403 CTTGCGCTAGATGGTGATAGTATTGTTGCTGTGTCTAGCAGCCCGGTGAGTGTTCCTGAA 1462 |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1316 TTTGCGCTAGATGGTGATAATATTGTTGCCGTGTCTAGCAGTCCGGTGAGTGTTCCTGAA 1375 Query 1463 ATTAAGTATGGAAAGAAAGGTCTCGATTCAGCTGGGAAGCCTTCATGGCTCTGGTCGAAT 1522 ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1376 ATTAAGTATGGAAAGAAAGTTCTCGATTCAGTTGGGAAGCCTTCATGGCAGTGGTCGAAT 1435 Query 1523 ATCCAAAGCCCGATCAGATACTCTGAGAAGGTTATGGCAGGGCTTTCATCTCTTCAGTTT 1582 ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 ATCCAAAACCCGATCAGATGTTCTGAGAAGGTTATGTCAGGGCTTTCATCTCTTCAGTTT 1495 Query 1583 AAAATTCTAAAAGTACCAATTAGTGATGTTTCTGAAGGTCTTGCCGAAGGAGCCAAAAAT 1642 ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1496 AAATTTCTAAAAGTACCGATTATTGATGTTTCTGAAGGTCTTGCCGAAGGGGCCAAAAAA 1555 Query 1643 CCTATTGAAGCAATATATGTATCGTCATCCAAGTCTAAGGAGAATGGGAAATGTGATCCC 1702 ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 CCTATTGAAGCTATATATGTATCGTCCTCCAAGTCTAAGGAGAATGGGAAATGTGATCCG 1615 Query 1703 TTAATTGCTGTTCTTCATGGAGGTCCTCATTCTGTTTCACCATGCAGCTTCTCCAGGACT 1762 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1616 TTAATTGCGGTCCTTCATGGAGGTCCTCATTCTGTTTCACCATGCAGCTTCTCCAGGAAT 1675 Query 1763 ATGGCCTATCTCTCCTCAATTGGATATAGTCAGCTGATTATAAATTACAGGGGTTCATTA 1822 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1676 ATGGCCTATCTCTCCTCAATTGGATACAGTCAGCTGATTGTAAATTACAGGGGTTCATTG 1735 Query 1823 GGATATGGGGAAGATGCTTTGCAGTCTCTACCTGGCAAAGTTGGATCGCAGGACGTGAAA 1882 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 GGATATGGAGAAGATGCTTTGCAGTCTCTACCTGGCAAAGTTGGATCGCAGGACGTGAAA 1795 Query 1883 GAT-TGTCTCTTGGCTGTAGA-TCATGCCATTGAAATGGGAATTGCAGACCCGTCTAGAA 1940 ||| || ||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| || Sbjct 1796 GATGTG-CTCGCGGCTGTCGACT-ATGCCATTGAAATGGGACTTGCAGACCCATCTAAAA 1853 Query 1941 TAACCGTGCTAGGTGGTTCTCATGGTGGGTTTCTGACCACTCACTTGATTGGCCAGGCCC 2000 |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1854 TAACCGTGTTAGGTGGTTCTCATGGTGGGTTTTTGACCACTCACTTGATTGGCCAGGCGC 1913 Query 2001 CGGATAAATTTGTGGCAGCAGCTGCAAGGAATCCCGTATGCAACATGGCATCAATGGTTG 2060 || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1914 CGAATAAATTTGTGGCAGCAGCTGCTAGGAATCCCGTATGCAACATAGCATCAATGGTTG 1973 Query 2061 GGATTACAGATATACCTGATTGGTGTTTCTTTGAAGCCTATGGGGACCAGAGTCACTATA 2120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| Sbjct 1974 GGATTACAGATATACCTGATTGGTGTTTCTTTGAAGCCTATGGAGACCAGACTCACTATA 2033 Query 2121 CAGAAGCCCCCTCAGCCGAAGATCTCTCTCGGTTTCATCAAATGTCTCCTATATCACACA 2180 |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2034 CAGAAGCCCCCTCACCCGAAGATCTTTCTCGGTTTCATCAAATATCTCCTATATCACACA 2093 Query 2181 TCTCAAAGGTGAAAACACCTACTTTGTTTCTTTTGGGAACTAAGGATCTCCGTGTTCCCA 2240 | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| Sbjct 2094 TATCAAAGGTGAAAACACCCACTTTGTTTCTTTTGGGATCTCAGGACCTCCGTGTTCCCA 2153 Query 2241 TATCAAACGGATTTCAATACGTGAGGGCGTTGAAGGAGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTC 2300 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2154 TATCAAACGGATTTCAATATGTGAGGGCGTTGAAGGAGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTC 2213 Query 2301 TTG-TATTTCCCAATGACAATCATCCCTTAGATAGACCACAGACGGATTATGAAAGCTTT 2359 ||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2214 TTGCT-TTTCCCAATGACAATCATCCCCTAGACAGACCACAGACGGATTATGAAAGCTTT 2272 Query 2360 CTCAACATTGCTGTCTGGTTCAACAAGTACTGCAAGCTGTGA 2401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2273 CTCAACATTGCTGTCTGGTTCAACAAGTACTGCAAGCTGTGA 2314 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 95339883235 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5