BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G14570.1
Length=2529
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946922 jgi|Araly1|946922|scaffold_703151.1 3611 0.0
> Ahg946922 jgi|Araly1|946922|scaffold_703151.1
Length=2338
Score = 3611 bits (1955), Expect = 0.0
Identities = 2202/2322 (95%), Gaps = 13/2322 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 TTGGATTCGAAGATTTGTAGCTATGGATTCTTCTGGAACTGATTCGGCTAAAGAATTGCA 144
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 TTGGATTCGGAGATTTGTAGCTATGGATTCTTGTGGAACTGATTCGGCTAAAGAAGTGCA 60
Query 145 TGTTGGTTTGGACCCAACTACAGAGGAAGAGTATGCCACACAGTCAAAGTTACTTCAAGA 204
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 TGTTGGTTTGGACTCAACTACTGAGGAAGAGTATGCCACACAGTCAAAGTTACTTAAAGA 120
Query 205 GTTCATTAATATTCCCAGCATTGATAAAGCTTGGATTTTTAATTCTGATTCTGGTTCTCA 264
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 121 GTTCATTAATATTCCCAGTATTGACAAAGCTTGGATTTTTAACTCTGGTTCTGGTTCTCA 180
Query 265 GGCAATGTTTGCCTTGAGTCAAGCAAACCTTTTGGCTAATAAAAAGAAGAAGTTTATGTT 324
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 GGCAATGTTTGCCATGAGTCAAGCAAACCTTTTGGCTAATAAAAGGAAGAAGTTTATGTT 240
Query 325 GTCGGGTCATATTTCGAACGAAAGTAACCAATCTGTAAACTTTCACTGGGCGCCATTTCC 384
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTCGGGTCATATCTCGAAAGAAAGTAACCAATCTGTAAACTTTCACTGGGCGCCATTTCC 300
Query 385 CATCGAGATGACTGGTGCATCGGCTTTTGTCCCATCTCCATCGGGAT-TGAAGCTCCTTG 443
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 301 CATCGAGATGACTGGTGCATCGGCTTTTATCCCATCTCCATCGGG-TCTGAAGCTCCTTG 359
Query 444 TAATTCGAAATCCTGAAAATGAATCTCCTACAAAGTTTGAGATATGGAATTCTTCTCAGC 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 360 TAATTCGAAATCCTGAAAATGAATCTCCTACAAAGTTTGAGATATGGAATTCGTCTCATC 419
Query 504 TAGAGAAGGAGTTCCATATTCCACAGAAAGTTCATGGCTCTGTATACGTTGATGGATGGT 563
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 420 TAGAAAAGGAGTTCCATATTCCACAGAAAGTTCATGGCTCTGTATATGTTGATGGATGGT 479
Query 564 TTGAAGGGATCTCTTGGGATTCAGATGAGACTCATGTTGCGTATGTCGCCGAGGAGCCAT 623
|||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTGAAGGGATATCTTGGAATTCAGATGAGACTCGTGTTGCATATGTCGCCGAGGAGCCAT 539
Query 624 CTCGTCCCAAGCCTACATTTGATCATCTTGGTTATTACAAGAAAGAAAATTCTTTGGACA 683
||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 540 CTCGTCCGAAGCCTACATTTGACCATCTAGGTTATTACAAGAAAGGAAATTCTTTGGAAA 599
Query 684 AGGGTATTGGAAGCTGGAAAGGTGAAGGGGATTGGGAAGAGGAATGGGGAGAAGCATACG 743
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 600 AGGATATTGGAAGCTGGAAAGGTGAAGGAGATTGGGAAGAGGAATGGGGAGAAGCATATG 659
Query 744 CCGGAAAAAGGCAGCCTGCACTGTTTGTTATCAATGTTGACAGTGGAGAGGTCGAGCCAA 803
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 660 CCGGAAAAAGGCAGCCTGCACTGTTTGTTATCGATGTTGACAGTGGAGAGGTCGAGCTAA 719
Query 804 TCAAAGGAATTCCTAGATCAATAAGTGTTGGACAGGTTGTTTGGAGTCCAAACAGTAATG 863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 720 TCAAAGGAATTCCTAGATCAATAAGTGTTGGACAGGTTGTTTGGAGTCCAAACAGTAACG 779
Query 864 GATCAGCTCAATATTTGGTTTTTGCCGGTTGGTTAGGAGATAAAAGAAAGTTTGGTATTA 923
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 780 GATCAGCTCAATATTTGGTTTTTGCCGGGTGGTTAGGAGATAAAAGAAAGTTTGGGATTA 839
Query 924 AGTACTGCTACAACAGACCATGTGCCATATACGCAATTAAGTTCACATCGGATGAACCAA 983
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 840 AGTACTGCTACAACAGACCTTGTGCCATATATGCAATTAAGTTCATATCGGATGAGCCAA 899
Query 984 AAGATGATGACGCAAATGAATTCCCTATTCATAATTTGACTAAGAGCATAAGCAGCGGGT 1043
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 900 AAGATGAT---GCAAATGAATTCCCTATTCATAATTTGACTAAGAGCATAAGCAGCGGTT 956
Query 1044 TTTGTCCTCGGTTCAGCAAAGATGGCAAATTTCTTGTGTTTGTATCCGCAAAGACCGCTG 1103
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 957 TTTGTCCTCGGTTCAGCAAAGATGGAAAATTTCTTGTGTTTGTATCCGCAAAGAGCGCTG 1016
Query 1104 TTGATTCTGGGGCGCATTGGGCAACCGAGTCACTTCATAGGATTGACTGGCCAAGTGATG 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1017 TTGATTCTGGGGCGCATTGGGCAACCGAGTCACTTCACAGGATTGACTGGCCAAGTGACG 1076
Query 1164 GGAAACTTCCTGAGTCAACAAATATCGTTGATGTGATTCAAGTTGTGAATTGTCCTAAGG 1223
||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1077 GGAAACTTCCTGAATCAACAAATATTGTTGACGTGATTCAAGTTGTGAATTGTCCTGACG 1136
Query 1224 ACGGTTGTTTCCCTGGGCTCTATGTTACCGGCCTTCTGAGTGATCCATGGCTGTCAGATG 1283
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 1137 ACGGTTGTTTCCCTGGGCTCTATGTTACCGGCCTTCTGTGTGATCCGTGGCTGTCAGATG 1196
Query 1284 GACATAGCCTTATGTTGTCTACCTACTGGCGCAGTTGTCGAGTTATACTCAGCGTAAATT 1343
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GACATAGCCTTATCTTGTCTACCTACTGGCGCAGTTGTCGAGTTATACTCAGCGTAAATT 1256
Query 1344 TGCTAAGCGGTGAAGTGTCACGTGCCAGCCCTAGTGATTCAGATTATTCATGGAAC-GCT 1402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||
Sbjct 1257 TGCTAAGCGGTGAAGTGTCACGTGCCAGCCCTAGTGATTCAGATGATTCGTGGA-CTGCT 1315
Query 1403 CTTGCGCTAGATGGTGATAGTATTGTTGCTGTGTCTAGCAGCCCGGTGAGTGTTCCTGAA 1462
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TTTGCGCTAGATGGTGATAATATTGTTGCCGTGTCTAGCAGTCCGGTGAGTGTTCCTGAA 1375
Query 1463 ATTAAGTATGGAAAGAAAGGTCTCGATTCAGCTGGGAAGCCTTCATGGCTCTGGTCGAAT 1522
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1376 ATTAAGTATGGAAAGAAAGTTCTCGATTCAGTTGGGAAGCCTTCATGGCAGTGGTCGAAT 1435
Query 1523 ATCCAAAGCCCGATCAGATACTCTGAGAAGGTTATGGCAGGGCTTTCATCTCTTCAGTTT 1582
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 ATCCAAAACCCGATCAGATGTTCTGAGAAGGTTATGTCAGGGCTTTCATCTCTTCAGTTT 1495
Query 1583 AAAATTCTAAAAGTACCAATTAGTGATGTTTCTGAAGGTCTTGCCGAAGGAGCCAAAAAT 1642
||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1496 AAATTTCTAAAAGTACCGATTATTGATGTTTCTGAAGGTCTTGCCGAAGGGGCCAAAAAA 1555
Query 1643 CCTATTGAAGCAATATATGTATCGTCATCCAAGTCTAAGGAGAATGGGAAATGTGATCCC 1702
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 CCTATTGAAGCTATATATGTATCGTCCTCCAAGTCTAAGGAGAATGGGAAATGTGATCCG 1615
Query 1703 TTAATTGCTGTTCTTCATGGAGGTCCTCATTCTGTTTCACCATGCAGCTTCTCCAGGACT 1762
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1616 TTAATTGCGGTCCTTCATGGAGGTCCTCATTCTGTTTCACCATGCAGCTTCTCCAGGAAT 1675
Query 1763 ATGGCCTATCTCTCCTCAATTGGATATAGTCAGCTGATTATAAATTACAGGGGTTCATTA 1822
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ATGGCCTATCTCTCCTCAATTGGATACAGTCAGCTGATTGTAAATTACAGGGGTTCATTG 1735
Query 1823 GGATATGGGGAAGATGCTTTGCAGTCTCTACCTGGCAAAGTTGGATCGCAGGACGTGAAA 1882
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GGATATGGAGAAGATGCTTTGCAGTCTCTACCTGGCAAAGTTGGATCGCAGGACGTGAAA 1795
Query 1883 GAT-TGTCTCTTGGCTGTAGA-TCATGCCATTGAAATGGGAATTGCAGACCCGTCTAGAA 1940
||| || ||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 1796 GATGTG-CTCGCGGCTGTCGACT-ATGCCATTGAAATGGGACTTGCAGACCCATCTAAAA 1853
Query 1941 TAACCGTGCTAGGTGGTTCTCATGGTGGGTTTCTGACCACTCACTTGATTGGCCAGGCCC 2000
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1854 TAACCGTGTTAGGTGGTTCTCATGGTGGGTTTTTGACCACTCACTTGATTGGCCAGGCGC 1913
Query 2001 CGGATAAATTTGTGGCAGCAGCTGCAAGGAATCCCGTATGCAACATGGCATCAATGGTTG 2060
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1914 CGAATAAATTTGTGGCAGCAGCTGCTAGGAATCCCGTATGCAACATAGCATCAATGGTTG 1973
Query 2061 GGATTACAGATATACCTGATTGGTGTTTCTTTGAAGCCTATGGGGACCAGAGTCACTATA 2120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1974 GGATTACAGATATACCTGATTGGTGTTTCTTTGAAGCCTATGGAGACCAGACTCACTATA 2033
Query 2121 CAGAAGCCCCCTCAGCCGAAGATCTCTCTCGGTTTCATCAAATGTCTCCTATATCACACA 2180
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2034 CAGAAGCCCCCTCACCCGAAGATCTTTCTCGGTTTCATCAAATATCTCCTATATCACACA 2093
Query 2181 TCTCAAAGGTGAAAACACCTACTTTGTTTCTTTTGGGAACTAAGGATCTCCGTGTTCCCA 2240
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||
Sbjct 2094 TATCAAAGGTGAAAACACCCACTTTGTTTCTTTTGGGATCTCAGGACCTCCGTGTTCCCA 2153
Query 2241 TATCAAACGGATTTCAATACGTGAGGGCGTTGAAGGAGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTC 2300
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 TATCAAACGGATTTCAATATGTGAGGGCGTTGAAGGAGAAAGGAGTTGAGGTTAAAGTTC 2213
Query 2301 TTG-TATTTCCCAATGACAATCATCCCTTAGATAGACCACAGACGGATTATGAAAGCTTT 2359
||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 TTGCT-TTTCCCAATGACAATCATCCCCTAGACAGACCACAGACGGATTATGAAAGCTTT 2272
Query 2360 CTCAACATTGCTGTCTGGTTCAACAAGTACTGCAAGCTGTGA 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 CTCAACATTGCTGTCTGGTTCAACAAGTACTGCAAGCTGTGA 2314
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95339883235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5