BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G14820.1
Length=2169
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493412 jgi|Araly1|493412|fgenesh2_kg.7__2845__AT4G14820.1 3236 0.0
> Ahg493412 jgi|Araly1|493412|fgenesh2_kg.7__2845__AT4G14820.1
Length=2178
Score = 3236 bits (1752), Expect = 0.0
Identities = 2023/2152 (94%), Gaps = 26/2152 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 GCCGCGAATACAATTCTAGAGAAACTCTCATTCTGCAAATCACTCAACCACATCAAGCAA 90
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 40 GCCGCAAATACAATTCTAGAGAAACTCTCATTCTGCAAATCACTCAACCACATCAAGCAA 99
Query 91 CTCCATGCTCACATCCTCCGTACAGTGATCAACCACAAACTCAACTCCTTTCTCTTTAAC 150
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 100 CTCCATGCTCACATCCTTCGTACAGTGATCAACCACAAACTCAACTCCTTTCTCTTTAAT 159
Query 151 CTCTCCGTCTCTTCTTCCTCTATCAATCTCAGCTACGCTCTCAATGTCTTTTCATCTATT 210
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 160 CTCTCCTTCTCTTCTTCCTCTATCAATCTCAGCTACGCTCTCAATCTCTTCTCATCTATT 219
Query 211 --CCCTCTCCGCCTGAATCCATCGTCTTCAATCCAT-TTCTCCGGGATCTATCTCGTTCC 267
|||||| || |||||||| ||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 220 AGCCCTCT--ACCGGAATCCATTGTCTTCAATTC-TCTTCTCCGGGATCTCTCTCGTTCC 276
Query 268 AGTGAACCTAGAGCGACGATTCTGTTCTATCAGAGGATTAGACATGTTGGTGGTCGTCTT 327
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 277 GGTGAACCTAAAGCAACGATTCTGTTCTATCAGAGGATTAGACATGTTGGTGGTCGTTTT 336
Query 328 GATC-AATTCAGCTTCCTTCCGATTCTTAAAGCAGTTTCCAAAGTCTCGGCCTTGTTCGA 386
|||| || |||| |||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 337 GATCGAA-TCAGTTTCCCTCCGATTCTTAAAGCGGCTTCGAAAGTCTCGGCCTTGTTCGA 395
Query 387 GGGTATGGAGCTTCACGGCGTTGCGTTCAAGATTGCGACTTTGTGC-GACCCTTTTGTTG 445
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 396 GGGTATGGAGCTTCACGGCTTTGCGTTCAAGATTGCGACTTTGT-CTGACCCTTTTGTTG 454
Query 446 AGACTGGTTTTATGGATATGTACGCGTCTTGTGGTAGAATTAACTACGCGCGCAATGTGT 505
|||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 455 AGACTGGTCTTATGGATATGTATGCGGCTTGTGGTAGAATTAATTACGCACGCAATGTGT 514
Query 506 TCGACGAAATGTCGCATAGAGATGTTGTTACGTGGAATACTATGATTGAGAGGTATTGCC 565
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515 TCGACGAAATGTCTCAAAGAGATGTTGTTACGTGGAATACTATGATTGAGAGGTATTGCC 574
Query 566 GATTCGGTCTTGTAGATGAAGCCTTTAAGCTTTTTGAGGAGATGAAGGATTCTAATGTGA 625
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 575 GATTCGGTCTTTTAGATGAAGCATTTAAGCTTTTTGAGGAGATGAAGGATTCTAATGTGA 634
Query 626 TGCCAGATGAAATGATTCTCTGTAACATTGTCTCTGCATGTGGTCGTACTGGGAATATGA 685
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 635 TGCCAGATGAGATGATTCTCTGTAACATTGTCTCGGCATGTGGTCGTACTGGAAATATGA 694
Query 686 GATATAACAGAGCT-ATTTACGAGTTTTTGATAGAAAATGATGTTAGGATGGATACTCAT 744
|||||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695 GATATAACAGAG-TGATTTACGATTTTTTGGTAGAGAATGATGTTAGGATGGATACTCAT 753
Query 745 TTGTTGACTGCTCTTGTTACTATGTATGCTGGAGCTGGTTGTATGGATATGGCAAGGGAG 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 754 TTGTTGACTGCTCTTGTTACTATGTATGCTGGAGCTGGTTGTATGGATATGGCAATGGAG 813
Query 805 TTTTTTAGGAAGATGTCAGTGAGAAACTTGTTTGTTTCGACTGCCATGGTTTCTGGGTAT 864
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 TTTTTTAGGAAGATGTCAGTGAGAAATTTGTTTGTTTCGACTGCCATGGTTTCTGGGTAT 873
Query 865 TCAAAATG-TGGGAGACTCGATGATGCTCAGGTTATATTTGACCAAACGGAAAAGAAAGA 923
|||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 874 TCAAAA-GCTGGGAGACTCGACGATGCTCGGGTTATATTTGACCAAACGGAAAGGAAAGA 932
Query 924 TTTGGTGTGTTGGACCACAATGATTTCGGCTTATGTTGAAAGTGATTATCCTCAAGAAGC 983
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 933 TTTGGTTTGTTGGACCACAATGATTTCGGCTTATGCTGAAAGTGATCATCCTCAAGAAGC 992
Query 984 TTTAAGAGTTTTTGAGGAAATGTGTTGCTCTGGGATCAAACCTGATGTGGTTAGCATGTT 1043
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 993 TTTGAGAGTTTTTGAGGAAATGTGTTGCTCTGGGATCAAACCTGATGTGGTTACCATGTT 1052
Query 1044 CAGTGTTATATCTGCTTGTGCT-AACCTTGGTATTCTGGATAAAGCGAAATGGGTTCACA 1102
||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 GAGTGTTATATCAGCTTGTG-TGAACCTTGGTACTCTGGATAAAGCGAAATGGGTTCACC 1111
Query 1103 GTTGCA-TACATGTTAACGGGTTGGAATCAGAGTTGTCAATAAATAATGCCCTCATTAAC 1161
||| || | ||| ||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1112 GTTACACT-CATCTTAACGGGTTGGAGTCAGTGTTGCCAATAGATAATGCCCTCATTAAC 1170
Query 1162 ATGTATGCGAAATGTGGAGGTTTGGATGCAACAAGAGACGTGTTTGAGAAGATGCCAAGG 1221
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1171 ATGTATGCGAAATGTGGAGGTTTAGATGCAGCAAGAGACGTGTTTGAGAAGATGCCAAAG 1230
Query 1222 AGGAATGTAGTGTCGTGGAGCTCTATGATCAATGCGTTATCTATGCATGGAGAAGCCAGT 1281
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1231 AGGAATGTAGTATCGTGGAGCTCTATGATCAATGCCTTTTCTATGCATGGGGAAGCCAGT 1290
Query 1282 GATGCACTTAGCTTATTTGCCCGAATGAAACAGGAAAATGTCGAGCCCAATGAAGTCACT 1341
||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1291 GATGCGCTTAGCTTATTCGCCCAAATGAAACAGGAAAATGTCGAGCCCAATGAAGTTACT 1350
Query 1342 TTTGTAGGAGTTCTCTATGGTTGTAGCCACTCAGGACTAGTTGAAGAAGGTAAAAAGATC 1401
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 TTTGTGGGAGTGCTCTATGGTTGTAGCCACTCAGGACTAGTTGAAGAAGGTAAAAAGATC 1410
Query 1402 TTTGCATCAATGACTGATGAATACAATATTACTCCAAAACTTGAGCATTATGGATGCATG 1461
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 TTTGCATCAATGACTGATGAATACAACATTACTCCAAAAATTGAGCATTATGGATGCATG 1470
Query 1462 GTGGATCTCTTTGGCCGAGCTAATCTCTTACGAGAAGCTCTTGAGGTTATAGAATCAATG 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 GTGGATCTCTTTGGCCGAGCTAATCTCTTACGAGAAGCTCTTGAGGTTATAGAATCAATG 1530
Query 1522 CCAGTAGCGTCTAATGTAGTCATATGGGGATCACTGATGTCAGCTTGTAGAATCCATGGT 1581
||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1531 CCAATGGCGCCTAATGTAGTCATATGGGGATCACTGATGTCAGCTTGTAGGGTCCACGGT 1590
Query 1582 GAGCTTGAGTTAGGCAAATTTGCAGCCAAACGTATCCTCGAGCTGGAGCCTGATCATGAC 1641
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1591 GAGCTTGAGTTAGGCGAATTAGCAGCCAAACGTATCCTCAAACTGGAGCCTGATCATGAC 1650
Query 1642 GGGGCTCTTGTGTTAATGTCCAATATATACGCTAGAGAACAGAGATGGGAGGACGTAAGG 1701
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1651 GGGGCTCTTGTGTTGATGTCCAATATATATGCTAGAGAACATAGATGGGACTACGTAAGG 1710
Query 1702 AACATAAGACGTG-TAATGGAGGAAAAGAATGTGTTCAAGGAGAAAGGTCTTAGCCGGAT 1760
| ||||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 ATCATAAGATG-GATAATGGAGAAAAAGAAGGTGTTCAAGGAGAAAGGTCTTAGCCGGAT 1769
Query 1761 TGACCAAAACGGGAAATCACACGAGTTTCTCATCGGTGACAAGAGACATAAGCAATCAAA 1820
|||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1770 TGACCAAAACGGGATATCGCACGAGTTTCTCATTGGTGACAAGAGGCATAAGCAATCAAA 1829
Query 1821 TGAGATTTATGCGAAGCTAGACGAGGTTGTAAGTAAACTGAAGCTAGCCGGTTACGTTCC 1880
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 TGAGATTTATACGAAGCTATACGAGGTTGTAAGTAAACTGAAGCTAGCCGGTTACGTTCC 1889
Query 1881 AGACTG-TGGTAGCGTTTTGGTGGATGTAGAGGAGGAAGAAAAGAAGGATTTGGTTCTAT 1939
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 AGA-TGGTGGTAGCGTTTTGGTGGATGTAGAGGAGGAAGAAAAGAAGGATTTGGTTCTAT 1948
Query 1940 GGCATAGCGAAAAGCTCGCGCTCTGCTTCGGTCTGATGAATGAGGAAAAAGAAGAAGAGA 1999
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1949 GGCATAGCGAAAAGCTTGCGCTCTGCTTCGGTCTGATGAATAAGGAAAAAGAAGAAGAGA 2008
Query 2000 AAGACTCGTGCGGTGTTATTAGAATAGTGAAGAATCTAAGGGTGTGTGAGGATTGTCAC- 2058
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 AAGGCTCGTGCGGTGTTATTAGAATAGTGAAGAATCTAAGGGTGTGTGAGGATTGTCACA 2068
Query 2059 CTTTTCTTCAAGCTCGTCTCTAAAGTGTATGAAC-GAGAGATCATAGTGAGAGATCGAAC 2117
| || ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 CGTT-CTTCAAGCTGGTCTCTAAAGTGTATGAACTG-GAGATCATAGTGAGAGATCGAAC 2126
Query 2118 TAGGTTTCACTGTTATAAAAACGGTCTGTGTTCTTGCAGAGATTACTGGTGA 2169
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 TAGGTTTCACCGTTATAAAGACGGTCTGTGTTCTTGCAGAGATTACTGGTGA 2178
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81627395035
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5