BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G14970.1
Length=4681
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946845 jgi|Araly1|946845|scaffold_703074.1 4383 0.0
> Ahg946845 jgi|Araly1|946845|scaffold_703074.1
Length=4201
Score = 4383 bits (2373), Expect = 0.0
Identities = 2665/2806 (95%), Gaps = 20/2806 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1563 AGATTCTAGGTGCCCTAGTGACACATGTGGGATCTGATAACAAATTTGAGGTCAGTTCTG 1622
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 AGATTCTAGGTGCCCTTGTGACACATGTGGGATCTGATAACAAATTTGAGGTCAGTTCTG 1311
Query 1623 TCTTGGAGATGATGACAGCTCTGGTGAAAAAATATGCACAGCAACTCCTCCCCTTTTCTT 1682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1312 TCTTGGAGATGATGACAGCTCTGGTGAAAAAATATGCACTGCAACTCCTTCCCTTTTCTT 1371
Query 1683 CCCACATAAATGGTATCTCTGGAACTTGTATTTTGGACTACTTAGAGGGATTTACTATTG 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1372 CCCACATAAATGGTATCTCTGGAACTTGTATTTTGGACTACTTAGAGGGATTTACAATTG 1431
Query 1743 ATAATTTGCATAAGGTCTATGAGGTTTTCAGCCTCCTCGCACTATCAGCTCGTGCAAGTG 1802
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 AAAATTTGCATAAGGTCTATGAGGTTTTCAGTCTCCTCGCACTATCAGCTCGTGCAAGTG 1491
Query 1803 GTGATTCTTTTCGATCTTCAATCTCAAATGAACTTATGATGATAGTAAGGAAGCAGGTTA 1862
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GCGATTCTTTTCGATCTTCAATTTCAAATGAACTTATGATGATAGTAAGGAAGCAGGTTA 1551
Query 1863 GTCATCCAGACCTCAAGTACAAAAAGATGGGCTTAGTTGGAAGTCTTAGGATTGTTTCGT 1922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1552 GTCATCCAGACCTCAAGTACAAAAAGATGGGCTTAGTTGGAAGTCTTACAATTGTTTCGT 1611
Query 1923 CACTTGGGGATGCAAAGAGTGTTCCTGACTTTTCATCATCGCAGGTTTCAGATTGTGGGG 1982
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 CACTTGGGGATGCAAATAGTGTTCCTGACTTCTCATCATCGCAGGTTTCAGATTGTGGGG 1671
Query 1983 AGATTTTGGAGCTCTTAAAGACATCTGTTGAATCTTGCAGACAGTCGAACTTAGCCCTAA 2042
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1672 AGATTTTGGAGCTCTTAAAGACATCTGTTGACTCTTGCAGACAGTCTAACTTAGCCCTAA 1731
Query 2043 TTATGTTCTATGATGAATTCGCTACCATTCTTAGCCATAAATTACTTCAACCAGAAATTA 2102
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 TTATGTTCTATGATGAATTTGCTACCATTCTTAGCCAAAAATTACTTCAACCAGAAATTA 1791
Query 2103 TGGAGTGGATTGGGAAGCATCTGGGAGAATTTGAGTCGCTTTTTCTAGCCGATCTTGAAA 2162
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TGGAGTGGATTGGGAAGCATCTGGGGGAATTTGAGTCGCTATTTCTAGCCGATCTTGAAA 1851
Query 2163 AC-GAAAAGATGGCCGAAAAGGGTTCATATTCTGGACTAGAAGGGGATCTTTGGATGAAC 2221
|| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 ACGGAAAA-ATGGCTGATAAGGGTTCATATTCTGGACTAGAAGGGGATCTTTGGATGAAC 1910
Query 2222 TTGGATGGTAGTATATCACCAATCTGTTTGAATATTTTGGCCCTGGCATCTTCATCCTCA 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 TTGGATGGTAGTATATCACCAATCTGTTTGAATATTTTGGCCCTGGCATCTTCATCCTCA 1970
Query 2282 GAGTCCTGTTGTCTGCAGATTCTTCCTTCAAATTTTCTTTTGCTATCAACTGTTGAGAGG 2341
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 GAGTCCTGTTGTCTGCAAATTCTTCCTTCAAATTTTCTTTTGCTATCAACTGTTGAGAGG 2030
Query 2342 TTGACAAATGATGGATCCCTTGCCGGGGTTGATGCTCTGCTCGGATGCCCTTTGCACCTT 2401
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 TTGACAAATGATGGATCCCTTGCCGGGATTGATGCTCTGCTCGGATGCCCTTTGCACCTT 2090
Query 2402 CCTTCTTCAAAGTACTTTGCTGCAGCTGGTTGGCAGTCTCTGGCAAAGAAGCAGAAAGAA 2461
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 CCTTCTTCAAAGTACTTTGCTGCAGCTAGTTGGCAGTCGCTGGCAAAGAAGCAGAAAGAA 2150
Query 2462 ATCCTCTCCCTCTCGTTATATTATGCTGCAAACTGGATACGAGAACTCCTGAACGCCTTC 2521
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 ATCCTCTCTCTCTCTTTATATTATGCTGCAAACTGGATACGAGAACTCCTGAACGCCTTT 2210
Query 2522 AGTTCCCAAATTGATGAAAAAATTGGTTGCATTAGTCAGGCTACTGTAAAGGATGTAACA 2581
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||
Sbjct 2211 AGTTCCCAAATTGATGAAAAAATTGGTTGCATTAGTCAGGCTACAGAAAAGGATGTTACA 2270
Query 2582 ACAAAGCTTCTAAAACGCCTCAGAAATTTAGTATTCTTGGAAAGCTTATTGAGTAATTTG 2641
|||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2271 ACAAAGCTTCTAAAGCGACTCAGAAATTTAGTATTCCTGGAAAGCTTATTGAGCAATTTG 2330
Query 2642 ATTACACTATCTCCTCAGTCTCTACCGGAGCTCCACCCTTATTCTGAATCTCATGTAGAA 2701
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 ATTACACTATCTCCTCAGTCTCTACCAGAGCTCCACCCTTATTCTGAATCTCATGTAGAA 2390
Query 2702 CATCCGAGGAAGAAGAACGAGAAGAGGAAGCTGGACGATGATGCCTCCCAACGCAAGGTA 2761
||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2391 AATCCGGGGAAGAAGAACGAGAAAAGGAAGCTAGACGATGATGCCTCCCAACGCAAGGGA 2450
Query 2762 AGCATGAAAAATAACTTGAAAAAATCAAAGCACTCAGATGTGAATGAAAAGCTGCGACAG 2821
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 AGCATGAAAAATAACTTGAAAAAATCAAAGCACTCAAATGTGAATGAAAAGCTGCGACAG 2510
Query 2822 CCAACTATTATGGACGCATTCAAGAAAGCAGGAGCAGTGATGAGTCATAGTCAAACACAG 2881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2511 CCAACTATTATGGACGCATTCAAGAAAGCAGGAGCAGCGATGAGTCAAAGTCAAACACAG 2570
Query 2882 TTACGTGGAACCCCTTCCCTTCCATCTATGGATGGCAGCACAGCAGCGGGGTCAATGGAC 2941
||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2571 CTACATGGAACCCCTTCCCTCCCATCTTTAAATGGCAGCACAGCAGCAGGGTCCGTGGAC 2630
Query 2942 GAAAATTGTTCTGATAATGAATCTCTAATTGTGAAGATTCCTCAAGTTTCCTCGGCACTT 3001
|| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 GACAACTGTTCTGATAATGAATCTTTAATTGTGAAGATTCCTCAAGTTTCCTCGGCACTT 2690
Query 3002 GAAGCTCAAAGATTTAAGTTCAGGCCTCTTCTTCCTCAATGCCTTTCCATCTTAAATTTT 3061
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 GAAGCTCAAAGATTCAAGTTCAGGCCTCTTCTTCCTCAATGCCTTTCCATCTTAAATTTT 2750
Query 3062 CCAAAGGTTCTAAGCCAAGACATGGGCAGCCCTGAGTATAGAGCTGAGCTGCCTTTGTAT 3121
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 2751 CCAAAGGTTCTAAGCCAAGACATAGGCAGCCCTGAGTATAAAGCTGAGCTACCCGTGTAT 2810
Query 3122 TTGTATCTCTTACATGATCTTCACACCAAGCTGGATTGTCTTGTTCCTCCTGGTAAACAA 3181
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2811 CTGTATCTCTTACATGATCTTCACAACAAGCTGGATTGTCTTGTTCCTCATGGTAAACAA 2870
Query 3182 CATCCTTTTAAACGTGGAAGCGCTCCAGGTTATTTCGGGAGATTCAAATTGGTTGAACTT 3241
|| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2871 CAACCTTTTAAACGTGGAAGTGCTACAGGTTATTTCGGGAGATTCAAATTGGTTGAACTT 2930
Query 3242 CTCAACCAAATTAAAAGACTTTTTCCAAGCCTCAGGATACATTTGAATATAGCTATTTCC 3301
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2931 CTCAGTCAAATTAAAGGACTTTTTCCAAGCCTCAGGATACATTTGAATATAGCTATTTCC 2990
Query 3302 TTGCTAATAAGAGGTGATGAAACTTCTCAAACTACTTGGAGAGATGAGTTTGCTTTGTCC 3361
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2991 TTGCTAATAAAAGGTGATGAAACTTCTCAAACTAGTTGGAGAGATGAGTTTGCTATGGCC 3050
Query 3362 GGAAATCCGAACACATCCAGTATTGTGGTTTCTGAATCTCTGGTTTACACAATGGTGTGC 3421
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3051 GGAAATCCGAACATGTCCAATATTGTGGTTTCTGAATCTCTGGTTTACACAATGGTGTGC 3110
Query 3422 AAAGAAGTATTATACTGTTTCAGCAAGATATTGACCCTCCCCGAGTTTGAAACAGACAAG 3481
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3111 AAAGAAGTTTTATACTGTTTCAGCAAGATGTTGACCCTCCCTGAGTTTGAAACAGACAAG 3170
Query 3482 TCACTGTTGCTGAATCTTCTTGAAGCCTTCCAGCCAACTGAAATACCAGTAGCTAACTTT 3541
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3171 TCACTGCTGCTGAATCTTCTTCAAGCCTTCCAGCCAACTGAAATACCAGTAGCTAGCTTT 3230
Query 3542 CCGGACTTTCAACCTTTTCCGTCACCGGGGACAAAGGAGTACTTGTATATTGGCGTTTCT 3601
||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3231 CCGGACTTTCAACATTTCCCGTCACCTGGGACAAAGGAGTACTTGTATATTGGCGTTTAT 3290
Query 3602 TATTTCTTTGAAGATATTTTGAATAAAGGTAACTATTTTTG-TTCGTTTACTGATGATTT 3660
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||
Sbjct 3291 TATTTCTTTGAAGATATTTTGAATAAAGGTAATTATTTT-GCTTGGTTTACTGATGATTC 3349
Query 3661 CCCCTATCCATGTTCCTTCTCCTTTGATCTGGCCTTTGAATGTCTTCTCACTCTACAGTT 3720
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3350 CCCCTATGCATGTTCCTTCTCCTTTGATCTGGCCTTTGAATGTCTTCTCATTCTACAGTT 3409
Query 3721 AGTGGTGACCTCTGTACAAAAATATCTTGGTAAGGTATCTGAAGAAGCTAACAGAAAGAG 3780
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3410 GGTGGTGACCTCTGTACAAAAATATATTGGTAAGGTATCTGAAGAGGCTAACAAAAAGAG 3469
Query 3781 AAACCCAGGTCATTTTCATGGTCTTGTACCCAATCTACATGCCAAACTGGGAACTTCTGC 3840
|||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3470 AAACCCGGGTCATTTTCAGGGTCTTGTACCCAGCCTACATGCCAAACTGGGAACTTCTGC 3529
Query 3841 TGAGAAACTTCTCAGGCATAAATGGGTCGATGAAAGTACTGATAATAAGGGCTTAAAGAA 3900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3530 TGAGAAACTTCTCAGGCATAAATGGGTCGATGAAAGTACTGATAATAAGGGTTTAAAGAA 3589
Query 3901 CAAAGTATGTCCATTTGTGTCAAATTTGCGGATAGTACAATTTACAGG-TGAAATGGTTC 3959
|||||||||||||||||| | |||| || | | | |||| |||||||||||
Sbjct 3590 CAAAGTATGTCCATTTGT--C---TTTG-GGTT--TCCG-----CAGGGTGAAATGGTTC 3636
Query 3960 AGACCATATTGCGAATATACCTGGAAGCCAGTGGATCCACATCTGATTTGCTTGATGAGC 4019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3637 AGACCATATTGCGAATATACCTGGAAGCCAGTGGATCCACATCTGATTTGCTTGATGAGC 3696
Query 4020 TTGCTTGTACCATTTTACCTCAGGCCTCTCTATCCAAGTCAACAGGAGAAGATGATGATG 4079
||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3697 TTGCTTGTAACATTTTACCTCAGGCGTCTCTATCCAAGTCAACAGGAGAAGATGATGATG 3756
Query 4080 CCCGTGATCATGAATTCCCAACCCTATGCGCAGCTACTTTTAGAGGATGGTACAAGACAT 4139
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3757 CCTGTGATCATGAATTCCCTACCCTATGCGCAGCTACTTTCAGAGGATGGTACAAGACAT 3816
Query 4140 TGCTTGAAGAGAATCTTGCAATTCTCAACAAACTGGTGAAGACGGTTAGCTCAGAGAAAC 4199
||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3817 TGCATGAAGAAAATCTTGCAATTCTCAACAAAATGGTGAAAACGGTTAGCTCAGAGAAAC 3876
Query 4200 GACAAAACTGTCAACC-GAAAACTACTGAGGCACACTTGAAAAACATTCAGAAAACTGTA 4258
| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3877 GGCAAAACTGTCAATCTGAAG-CTACTGAAGCACACTTGAAAAACATTCAGAAAACTGTA 3935
Query 4259 AATGTGGTAGTATCTTTAGTCAACTTGTGCCGATCTCATGAAAAGGTCACAATTCATGGC 4318
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 3936 AATGTGGTAGTCTCTTTAGTCAACTTGTGCCGATCTCATGAAAAGGTTACAATCCATGGC 3995
Query 4319 ATGGCTATCAAGTATGGTGGGAAGTATGTGGACTCATTTCTTAAAG 4364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3996 ATGGCTATCAAGTATGGTGGGAAGTATGTGGACTCATTTCTAAAAG 4041
Score = 1845 bits (999), Expect = 0.0
Identities = 1168/1250 (93%), Gaps = 9/1250 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 189 TCTCCGTCGCCGTCACTGGAAAAATGGTGTTTCTCTCTCGCAAAAAGCCTCCA----C-C 243
|||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
Sbjct 1 TCTCCGTCGCAATCTCCGGAAAAATGGTGTTTCTCTCTCGCAAAAAACCTCCACCGCCAC 60
Query 244 -GCCTCCGTCGTCATCCTCAGCTGCTCCGTCTCTCAAAATCCCCCAGCCGCAAAAGGAAT 302
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCCTCCGTCGTCGTCCTCAGCTGCTCCGTCTCTCAAAATTCCCCAGCCGCAAAAGGAAT 120
Query 303 CCGTTGAGCCCGACGCGGTGGAGAAGATGACTGCCATTCTAGCCGAAGTTGGATGCACAC 362
|||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 121 CCGTCGAGCCCGACGCGGTGGAGAATATGACTGCGATTCTAGCGGAAGTCGGATGCACAC 180
Query 363 TGATGAATCCGTACGGTCCGCCGTGTCTTCCTTCCGATCTACACGCTTTCCGCCGCAATC 422
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGATGAATCCGTACGGTCCGCCGTGCCTTCCTTCCGATTTACACGCTTTCCGCCGCAATC 240
Query 423 TCACTGGTCGCTTATCGTCTTTCTCCGCCAATTCCGGCGAGAGAGATAACGTCGGTGCTC 482
||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 TCACTACTCGCTTATCGTCTTGCTCCGCCAATCCCGGTGAGAGAGATCACGTCGGTGCTC 300
Query 483 TTTGCTCAGTTTTCGTAGCTGGATTTTCATTGTATATTCAATCTCCGAGTAATCTTCGAA 542
|| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 301 TTCGCTCAGTTTTCGTAGCTGGATTTTCATCGTACATTCAATCTCCGAGTAATCTTCGTA 360
Query 543 GAATGC--T-TTCTTCTTCTTCAACAACTAAGAGAGACGAGAGTTTAGTTCGAAATCTCC 599
|| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 361 GAGTGCTTTCTTCTTCTTCTTCAACAACTAATAGAGACGAGAGTTTAGCTCGAAATCTCT 420
Query 600 TGCTTGTATCTCCGATTCAACTCGATATTCAGGAAATGCTACTCGAGAAGCTTCCGGAGT 659
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 421 TGCTTGTATCTCCGATCCAACTTGATATTCAGGAAATGCTACTCGAGAAACTTCCGGAGT 480
Query 660 ACTTTGATGTAGTTACAGGATGTTCTTTGGAGGAAGATGTTGCTCGCCTTATCATCAACC 719
||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 481 ACTTTGACGTTGTTACAGGATGTTCTTTGGAGGAGGATGTTGCTCGCCTAATCATCAATC 540
Query 720 ATTTTCGTTGGCTCGATTTCATTGTTAATCCCCATGTGTTCACCGATAAGTTAATGCAAG 779
|||| |||||| | || ||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||||
Sbjct 541 ATTTCCGTTGGTTAGACTTCATTGTTAATCCCAATTTGTTCACCGATAAGCTGATGCAAG 600
Query 780 TTCTATCTATTTGTCCTTTGCACTTAAAGAAGGAAATTATTGGATCGTTGCCAGAGATTA 839
||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 601 TTCTATCAATTTGTCCTCTGCACTTAAAGAAAGAAATCATTGGATCCTTGCCAGAGATTA 660
Query 840 TTGGGGATCACAACTGTCAAGCTGTGGTTGATTCTTTAGAAAAGATGCTTCAGGAAGATT 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 661 TTGGGGATCACAACTGTCAAGCTGTGGTTGATTCTTTAGAAAAGTTGCTTCAGGAGGATT 720
Query 900 CTGCTGTTGTTGTTGCAGTGCTTGATTCTTTCTCCAACCTTAATTTAGATGATCAATTGC 959
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTGCTGTTGTTGTTCCAGTGCTTGATTCTTTCTCTAACCTCAATTTAGATGATCAATTGC 780
Query 960 AAGAACAGGCGATTACAGTAGCGATATCATGTATTAGAACAATCGACGGAGAGCATATGC 1019
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||
Sbjct 781 AAGAACAGGCGATTACAGTAGCAATATCATGTATTAGAACAATAGACGCAGAGCACATGC 840
Query 1020 CGTATCTACTTAGGTTTTTGCTTCTTGCTGCAACTCCTGTAAATGTTAGAAGGATAATCT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| || ||||
Sbjct 841 CGTATCTACTTAGGTTTTTGCTTCTTGCTGCTACTCCAGCAAATGTTAGAAGAATCATCT 900
Query 1080 CCCAGATAAGGGAACAGTTGAAATTCACCGGAATGTCACAACCTTGTGCTTCTCAAAATA 1139
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCCAGATACGCGAACAGTTGAAATTCACCGGAATGTCACAACCTTGTGCTTCTCAAAATA 960
Query 1140 AACTCAAAGGAAAAGTACCTGCATATAATGCAGAAGGTTCTATTCTCCATGCTTTAAGAT 1199
||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AACTCAAAGAAAAAATACCTGCATGTAATGCAGAAGGTTCTATTCTCCATGCTTTAAGAT 1020
Query 1200 CAAGCCTTCGATTTAAGAATATACTCTGTCAAGAAATTATAAAGGAGCTGAATAGTCTGG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAAGCCTTCGATTTAAGAATATACTCTGTCAAGAAATCATAAAGGAGCTGAATAGTCTGG 1080
Query 1260 AGAAACCTCGAGATTTCAAGGTAATCGATGTATGGCTGCTTATTCTCATGTACATGAATG 1319
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1081 AGAAACCTCGGGATTTCAAGGTAATCGATGTATGGCTGCTTATTCTCATGTACATGAACG 1140
Query 1320 GGGATCCTGTCCGGAAGAGCATCGAGAAGATATTTAAGAAGAAAGTGGTTGATGAATGCA 1379
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGGATCCTATCCGGAAGAGCATCGAGAAGATATTTAAGAAGAAAGTGGTTGATGAATGCA 1200
Query 1380 TACAAGAGGCCTTGCTTGATCAATGTATAGGTGGTAATAAAGAGTTTGTG 1429
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TACAAGAAGCCTTGCTTGATCAATGTATAGGTGGTAATAAAGAGTTTGTG 1250
Score = 231 bits (125), Expect = 3e-59
Identities = 135/140 (96%), Gaps = 0/140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4541 GGTAGCTTGAAACACAAGGACTTGAGAGGGCAAATAGTGAGTTCTCAGGCTTATATAGAT 4600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4041 GGTAGCTTGAAACACAAGGACTTGAGAGGGCAAATAGTGAGTTCTCAGGCTTATGTAGAT 4100
Query 4601 AACGAAGCCGATGAGGTTGAAGAAACCATGTCCGGAGAAGAAGAGCCCATGCAAGAGGAT 4660
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4101 AACGAAGCAGATGAGGTTGAAGAAACCATGTCCGGAGAAGAAGAACCCATGCAAGAGGAT 4160
Query 4661 GAACTTCCATTGACACCTTA 4680
||| |||| |||||||||||
Sbjct 4161 GAAATTCCCTTGACACCTTA 4180
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177119944742
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5