BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G15530.5
Length=2945
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946761 jgi|Araly1|946761|scaffold_702990.1 4619 0.0
Ahg896393 jgi|Araly1|896393|Al_scaffold_0005_359 363 6e-99
> Ahg946761 jgi|Araly1|946761|scaffold_702990.1
Length=2911
Score = 4619 bits (2501), Expect = 0.0
Identities = 2769/2900 (95%), Gaps = 11/2900 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 48 TGGTTTATGCTTTATATAAGAAAGAAAATGACAAGTATGATCGTGAAGACAACGCCGGAG 107
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGGTTTATGCTTTATAT----AAGAAAATGACAAGTATGATCGTGAAGACAACGCCGGAG 56
Query 108 CTCTTCAAAGGAAATGGAGTGTTCCGTACGGATCATCTCGGAGAAAACCGAATGGTTAGT 167
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 57 CTCTTCAAAGGAAATGGAGTGTACCGTACGGATCATCTCGGCGAAAACCGAATGGTTAGT 116
Query 168 CGATCAAACCGGCTAGGTGATGGATCAAACCGTTTCCCTAGAACCGGTACAATCCATTGC 227
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 CGATCAAACCGGCTAGGTGATGGATCCAACAGTTTCCCTAGAACCGGTACAATCCATTGC 176
Query 228 CAACGGTTAAGCATAGCAAAG-ACCGGTTTGCATCGTGAGACGAAGGCTCGAGCCATACT 286
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 177 CAACGGTTAAGCATAGC-AAGAACCGGTTTGCATCGTGATACAAAGGCTCGAGCCATCCT 235
Query 287 TAGCCCTGTGTCCGATCCGGCCGCTTCCATAGCCCAAAAGCGAGTATTCACCTTTGGAAA 346
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 236 TGGCCTTGTGTCCGATCCGGCCGCTTCCATAGCCCAAAAGCGTGTATTCACCTTTGGGAA 295
Query 347 AGGAAGAAGCGAAGGCAACAAGGGCATGAAGTCCTTGTTGGGAGGGAAAGGAGCCAACCT 406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 296 AGGAAGAAGCGAAGGCAACAAGGGCATGAAGTCCTTGTTGGGAGGGAAAGGAGCAAACCT 355
Query 407 GGCGGAGATGGCTAGCATAGGCTTGTCGGTGCCGCCGGGGCTAACCATATCGACGGAGGC 466
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 356 GGCGGAGATGGCGAGCATAGGCTTGTCGGTGCCGCCGGGGCTAACCATATCTACGGAGGC 415
Query 467 TTGTCAGCAGTATCAGATCGCCGGCAAAAAGCTTCCAGAAGGTTTATGGGAAGAGATCTT 526
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 TTGTCAGCAGTATCAGATCGCCGGCAAGAAGCTTCCAGAAGGTTTATGGGAAGAGATCTT 475
Query 527 AGAAGGTCTTAGCTTCATCGAACGTGACATTGGAGCTTCCCTCGCTGATCCCTCCAAGCC 586
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 476 GGAAGGTCTTTGCTTCATCGAACGTGACATTGGAGCTTCCCTCGCCGATCCCTCTAAGCC 535
Query 587 ACTCCTCCTCTCTGTTCGCTCCGGCGCCGCCATCTCAATGCCTGGTATGATGGACACTGT 646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 ACTCCTCCTCTCTGTTCGCTCCGGCGCCGCCATCTCAATGCCTGGTATGATGGACACTGT 595
Query 647 ACTTAACCTTGGCTTGAACGACCAAGTCGTCGTTGGTCTGGCCGCAAAAAGCGGAGAGCG 706
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||
Sbjct 596 ACTTAACCTTGGCTTAAACGACCAAGTCGTCGTTGGTTTGGCTGCCAAAAGCGGAGAGCG 655
Query 707 TTTTGCTTACGATTCGTTCCGGCGTTTTCTTGATATGTTTGGTGATGTTGTGATGGGAAT 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 656 TTTTGCTTACGATTCGTTCCGGCGTTTTCTTGATATGTTTGGCGATGTTGTGTTGGGAAT 715
Query 767 TCCACACGCCAAGTTTGAAGAGAAGTTAGAGAGAATGAAGGAGAGGAAAGGAGTTAAAAA 826
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 716 TCCACACGCCAAGTTTGAAGAGAAGTTAGAGAGGATGAAGGAGAGAAAAGGAGTAAAAAA 775
Query 827 TGACACTGACTTAAGCGCGGCTGATCTCAAGGAATTGGTTGAGCAGTACAAGAGTGTTTA 886
|||||| || |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TGACACAGAATTAAGCGCCACTGATCTTAAAGAATTGGTTGAGCAGTACAAGAGTGTTTA 835
Query 887 CTTAGAGGCCAAGGGTCAAGAGTTTCCTTCAGATCCAAAGAAGCAATTGGAGCTAGCGAT 946
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 CGTAGAGGCCAAGGGTCAAGAGTTTCCTTCAGATCCGAAGAAGCAATTGGAGCTAGCGAT 895
Query 947 TGAAGCGGTATTCGATTCTTGGGATAGCCCGAGAGCGAACAAGTACAGAAGTATTAACCA 1006
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGAAGCGGTATTCGATTCTTGGGATAGCCCTAGAGCGAACAAGTACAGAAGTATTAACCA 955
Query 1007 GATAACTGGATTGAAAGGAACCGCGGTTAACATTCAGTGTATGGTGTTTGGAAACATGGG 1066
|||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 GATAACCGGATTGAAGGGAACCGCGGTAAACATTCAGTGTATGGTGTTTGGAAACATGGG 1015
Query 1067 GGACACTTCAGGGACTGGTGTTCTCTTCACTAGGAACCCTAGCACAGGAGAGAAGAAGCT 1126
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1016 GGACACTTCAGGGACTGGTGTTCTCTTCACCAGGAACCCTAGCACCGGAGAGAAGAAGCT 1075
Query 1127 TTATGGCGAGTTTCTAGTTAATGCTCAGGGAGAGGATGTGGTTGCAGGGATAAGAACACC 1186
|| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1076 CTACGGAGAGTTTCTAGTCAATGCTCAGGGAGAGGATGTGGTGGCAGGGATTAGAACACC 1135
Query 1187 AGAAGATTTGGATACAATGAAGAGATTTATGCCTGAGGCTTACGCTGAACTTGTTGAGAA 1246
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1136 CGAAGATTTGGATACAATGAGGAGATTAATGCCTGAGGCTTATGCAGAACTTGTTGAGAA 1195
Query 1247 CTGCAACATCTTAGAAAGACATTACAAAGACATGATGGATATTGAATTCACAGTACAAGA 1306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1196 CTGCAACATCTTAGAAAGACATTACAAAGACATGATGGATATCGAATTCACCGTACAAGA 1255
Query 1307 AGAGAGATTGTGGATGCTGCAATGCAGAGCGGGTAAGCGAACGGGTAAAGGCGCCGTGAA 1366
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1256 GGAGAGATTGTGGATGCTGCAATGTAGAGCGGGTAAGCGAACGGGTAAAGGCGCGGTGAA 1315
Query 1367 GATAGCAGTTGATATGGTAGGTGAAGGGCTTGTTGAGAAATCTTCTGCTATCAAAATGGT 1426
||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1316 GATAGCAGTTGATATGGTAAGTGAAGGGCTTGTAGATAAATCTTCTGCAATCAAAATGGT 1375
Query 1427 GGAGCCTCAACATCTTGATCAACTACTTCACCCACAGTTTCATGATCCATCGGGGTATCG 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GGAGCCTCAACATCTTGATCAACTACTTCACCCACAGTTTCATGATCCATCGGGGTATCG 1435
Query 1487 TGAAAAAGTGGTGGCCAAAGGCTTACCTGCGTCACCAGGAGCGGCGGTTGGACAGGTTGT 1546
||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1436 TGAAAAAGTTGTGGCGAAAGGCTTACCGGCGTCACCAGGAGCTGCGGTTGGGCAGGTTGT 1495
Query 1547 GTTCACGGCGGAGGAAGCCGAAGCTTGGCATTCTCAGGGTAAAACTGTGATTCTGGTTCG 1606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1496 GTTCACGGCGGAGGAAGCCGAAGCTTGGCATTCTCAAGGAAAAACCGTGATTCTAGTTCG 1555
Query 1607 AACTGAGACAAGCCCTGACGATGTGGGAGGTATGCACGCAGCGGAAGGTATATTGACGGC 1666
||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1556 AACGGAGACAAGCCCTGATGATGTTGGAGGTATGCACGCAGCCGAAGGTATATTGACGGC 1615
Query 1667 TAGAGGAGGAATGACGTCACACGCGGCTGTTGTTGCTCGCGGTTGGGGAAAATGTTGCAT 1726
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GAGAGGTGGAATGACGTCACACGCGGCGGTTGTTGCTCGCGGTTGGGGAAAATGTTGCAT 1675
Query 1727 TGCTGGTTGTTCCGAGATTCGTGTCGACGAGAACCACAAGGTTCTATTGATTGGAGATTT 1786
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CGCTGGTTGCTCCGAAATTCGTGTCGACGAGAACCATAAGGTTCTATTGATTGGAGATTT 1735
Query 1787 GACGATTAATGAAGGCGAATGGATCTCAATGAACGGATCAACCGGTGAGGTTATATTAGG 1846
||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GACTATTCATGAAGGCGAATGGATCTCGATGAACGGATCAACCGGTGAGGTTATATTAGG 1795
Query 1847 GAAACAAGCATTGGCTCCTCCGGCTTTAAGTCCAGATTTGGAGACTTTCATGTCCTGGGC 1906
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GAAACAAGCATTGGCTCCTCCGGCTTTGAGTCCAGATTTAGAGACTTTCATGTCCTGGGC 1855
Query 1907 TGATGCAATCAGACGTCTCAAGGTTATGGCGAATGCGGATACACCTGAAGACGCCATTGC 1966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1856 TGATGCAATCAGACGTCTCAAGGTTATGGCGAATGCGGATACCCCTGAAGACGCGATTGC 1915
Query 1967 AGCTAGGAAAAACGGAGCTCAAGGAATCGGGCTTTGTAGGACAGAGCATATGTTCTTTGG 2026
||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1916 AGCAAGGAAAAACGGCGCTCAAGGGATCGGGCTTTGTAGGACCGAACATATGTTCTTTGG 1975
Query 2027 AGCAGATAGGATTAAAGCAGTGAGAAAGATGATAATGGCGGTAACAACAGAGCAAAGGAA 2086
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CGCAGATAGGATTAAAGCAGTGAGAAAGATGATAATGGCGGTAACAACAGAGCAAAGGAA 2035
Query 2087 AGCTTCTCTCGACATCTTGCTTCCTTACCAACGTTCGGATTTCGAAGGGATCTTCCGTGC 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2036 AGCTTCTCTCGACATCTTGCTTCCTTACCAACGTTCGGATTTCGAAGGGATCTTCCGCGC 2095
Query 2147 TATGGATGGTTTACCGGTAACAATCCGTTTGTTAGACCCTCCGCTTCACGAGTTTCTCCC 2206
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2096 TATGGATGGTTTACCGGTAACAATTCGCCTGTTAGACCCTCCACTTCACGAGTTTCTCCC 2155
Query 2207 GGAAGGCGACTTGGACAACATTGTACATGAGCTAGCTGAAGAAACTGGTGTGAAAGAAGA 2266
||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| || |||||||||||
Sbjct 2156 GGAAGGCGATTTGGACAACATTGTAAATGAGTTAGCTGCAGAAACAGGCGTGAAAGAAGA 2215
Query 2267 TGAAGTCTTGTCACGGATAGAGAAACTCTCTGAAGTGAATCCAATGCTTGGTTTCCGCGG 2326
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CGAAGTCTTGTCACGAATAGAGAAACTCTCTGAAGTGAATCCAATGCTTGGTTTCCGCGG 2275
Query 2327 TTGCAGGCTCGGAATATCGTATCCAGAGCTAACGGAGATGCAAGCGCGTGCAATTTTTGA 2386
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TTGCAGGCTCGGAATATCGTATCCTGAGCTAACGGAAATGCAAGCGCGTGCAATTTTTGA 2335
Query 2387 AGCTGCAGCGTCAATGCAGGACCAAGGTGTTACTG-TCATTCCTGAGATTATGGTTCCAC 2445
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 AGCAGCAGCGTCAATGCAGGACCAAGGTGTTACTGTTC-TTCCTGAGATTATGGTTCCAC 2394
Query 2446 TTGTAGGAACTCCTCAGGAATTGGGTCACCAAGTTGATGTAATTCGTAAAGTTGCAAAGA 2505
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 2395 TTGTAGGAACTCCTCAGGAATTGGGTCACCAAGTTAATGTAATCCGAAAAGTGGCAAAGA 2454
Query 2506 AAGTATTTGCTGAGAAGGGTCATACCGTGAGCTACAAGGTTGGGACAATGATTGAGATCC 2565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 AAGTATTTGCTGAGAAGGGTCATACCGTGAGCTACAAGGTTGGGACAATGATTGAGATCC 2514
Query 2566 CTCGAGCCGCGCTCATTGCAGATGAGATTGCGAAAGAGGCGGAGTTTTTCTCGTTCGGGA 2625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 CTCGAGCCGCGCTCATTGCAGATGAGATTGCGAAAGAGGCGGAGTTTTTCTCGTTCGGGA 2574
Query 2626 CAAACGACTTGACGCAGATGACGTTTGGATACAGTAGAGACGATGTCGGCAAGTTTCTAC 2685
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2575 CAAATGACTTGACGCAGATGACGTTTGGATACAGTAGAGACGATGTTGGCAAGTTTCTAC 2634
Query 2686 CGATTTACCTCGCCAAAGGAATCTTACAGCACGACCCTTTTGAGGTTCTTGATCAGCAAG 2745
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 CGATTTACCTCGCCCAAGGAATCTTACAGCACGACCCTTTTGAGGTTCTTGATCAGCAAG 2694
Query 2746 GTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCAGCTAGGCCTAGCCTCA 2805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 GTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCAGCTAGGCCTAGCCTCA 2754
Query 2806 AGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCTTCTGTGGGATTCTTTGCTGAAG 2865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 AGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCGTCTGTGGGATTCTTTGCTGAAG 2814
Query 2866 CAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGGGTTCCAATTGCAAGGCTTGCAGCTG 2925
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 CAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGAGTTCCAATTGCAAGGCTTGCAGCTG 2874
Query 2926 CTCAAGTAGTTGTTGCATGA 2945
||||||| | |||||||||
Sbjct 2875 CTCAAGT--T-GTTGCATGA 2891
> Ahg896393 jgi|Araly1|896393|Al_scaffold_0005_359
Length=213
Score = 363 bits (196), Expect = 6e-99
Identities = 210/216 (97%), Gaps = 3/216 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2730 GTTCTTGATCAGCAAGGTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCA 2789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTTCTTGATCAGCAAGGTGTAGGGCAATTGATCAAGATGGCGACAGAAAAAGGACGAGCA 60
Query 2790 GCTAGGCCTAGCCTCAAGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCTTCTGTG 2849
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 GCTATGCCTAGCCTCAAGGTTGGGATATGTGGAGAACATGGAGGAGATCCATCGTCTGTG 120
Query 2850 GGATTCTTTGCTGAAGCAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGGGTTCCAATT 2909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 GGATTCTTTGCTGAAGCAGGACTTGACTATGTCTCTTGTTCTCCTTTCAGAGTTCCAATT 180
Query 2910 GCAAGGCTTGCAGCTGCTCAAGTAGTTGTTGCATGA 2945
||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 181 GCAAGGCTTGCAGCTGCTCAAGT--T-GTTGCATGA 213
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111185425155
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5