BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G15720.1
Length=2081
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946734 jgi|Araly1|946734|scaffold_702963.1 2719 0.0
> Ahg946734 jgi|Araly1|946734|scaffold_702963.1
Length=1870
Score = 2719 bits (1472), Expect = 0.0
Identities = 1709/1824 (94%), Gaps = 13/1824 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 164 GTCCCTCAGTACAAAAACGACTTCTTTCATCTCAAAACCAAAGCTTTCTTGGTTCACAAG 223
|||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 54 GTCCCTCACAACCAAAACGAGTTCTTTTATCTCAAAACCAAAGCTTTCTTGGTCCACAAG 113
Query 224 CTTTCAGAATCTACCA-ACGCTGCTT-TCACGAATTTACTACATACTCTGACTCTGAAAC 281
||||||||| ||| || || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 114 CTTTCAGAACCTA-CAGAC-CTATTTCTCACGAATTTACTACATGCTCTGACTCTGAAAC 171
Query 282 TTGGGTTCGCGAGCGACACTTTCACTGTGAATCACCTAGTTATTAGTTATGTCAAGCTCA 341
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 172 TTGGGTTCGCGAGTAACACTTTCACTGTGAATCACCTCGTTAATAGTTATGTCAAGCTCA 231
Query 342 AAGAAATCAACACTGCACGCAAACTGTTTGATGAAATGTGTGAACCAAATGTGGTTTCAT 401
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 232 AAGAAATCAACACTGCACGCAAGGTGTTTGATGAAATGTCTGAACCAAATGTGGTTTCAT 291
Query 402 GGACTTCGGTTATTTCTGGGTATAACGACATGGGTAAACCTCAAAATGCTCTTTCTATGT 461
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 292 GGACTTCGGTTATTTCTGGGTATAACGACATGGGTCAACCTCAAACTGCTCTTTCTATGT 351
Query 462 TTCAGAAGATGCATGAAGATAGACCTGTGCCTCCCAATGAGTACACGTTTGCTAGTGTCT 521
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 TTCAGGAGATGCATGAAGATAGATCTGTGCCTCCCAATGAGTACACGTTTGCTAGTGTCT 411
Query 522 TTAAAGCATGTTCTGCTTTGGCTGAATCAAGAATCGGTAAAAACATCCATGCCCGTCTGG 581
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 412 TTAAAGCTTGTTCTGCTTTGGCTGAATCAAGAATCGGGAAAAACATCCATGCCCGTCTTG 471
Query 582 AGATTTCAGGGCTCAGAAGGAATATTGTAGTGAGTTCCTCTCTTGTTGACATGTATGGGA 641
|| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AGGTATCCGGGCTCAGAAGGAATATTGTGGTGAGTTCCTCTCTTGTTGACATGTATGGGA 531
Query 642 AATGCAACGATGTGGAAACCGCTAGACGGGTTTTCGACTCGATGATTGGTTATGGAAGAA 701
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 532 AATGCAACGATGTGGAAATGGCTAGACGGGTTTTTGACTCGATGATTGGTTATGGCAGAA 591
Query 702 ATGTTGTTTCTTGGACCTCGATGATCACTGCTTATGCGCAGAACGCTCGTGGCCATGAAG 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 ATGTTGTTTCTTGGACCTCGATGATCACTGCTTATGCGCAGAACGCTCGTGGCCATGAAG 651
Query 762 CTATTGAGTTGTTTAGATCATTCAATGCTGCTTTGACGTCGGATAGGGCGAATCAGTTTA 821
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 652 CTATTGAGTTGTTTAGATCATTCAATGCTGATTCGACGTCGGATAGGCCGAATCAGTTTA 711
Query 822 TGCTGGCTAGTGTAATTAGCGCATGCTCTAGTTTAGGTAGGCTGCAATGGGGG-AAAGTT 880
|||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||
Sbjct 712 TGCTGGCTAGTGTAATTAATGCCTCCTCTAGTTTAGGTAGGCTACAATGGGGGCAAATTT 771
Query 881 GCTCACGGGTTAGTTACTCGAGGTGGTTATGAATCGAACACTGTGGTTGCTACCTCTCTT 940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||
Sbjct 772 -CTCACGGGTTAGTTACTCGAGGTGGTTATGAATCGAACAATGTGGTTGCAACCTCGCTT 830
Query 941 CTAGATATGTACGCGAAATGCGGATCTCTAAGCTGTGCGGAGAAAATCTTCTTGAGAATT 1000
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 831 CTAGATATGTACGCGAAATGCGGGTCTCTAACCTGTGCAGAGAAAATCTTCTTCAGAATT 890
Query 1001 CGTTGTCATTCTGTTATTTCGTACACATCTATGATCATGGCGAAGGCAAAGCATGGACTT 1060
|| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 891 CGCTGTCATTCTGTAATATCTTACACATCTATGATCATGGCAAAGGCAAAGCATGGACTT 950
Query 1061 GGAGAAGCAGCGGTTAAACTATTCGATGAAATGGTTGCAGGGAGAATAAATCCTAACTAT 1120
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 951 GGAGAAGCAGCGCTTCAACTATTCGATGAAATGGTTGCAGGGAGAATAAAGCCTAACTAT 1010
Query 1121 GTAACATTACTTGGCGTGTTACACGCTTGTAGCCATTCGGGTCTGGTTAACGAAGGCCTA 1180
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1011 ATAACGTTACTTGGCGTGTTACACGCTTGTAGCCATTCGGGTCTGGTTAACGAAGGCTTA 1070
Query 1181 GAATACTTGAGTTTAATGGCTGAGAAGTATGGTGTGGTTCCTGACTCGAGGCATTACACT 1240
|||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1071 GAATTCTTGAATTCAATGGCTGAGAAGTATGGTGTGATTCCTGACTCGAGGCATTATACA 1130
Query 1241 TGTGTTGTTGATATGCTTGGAAGATTTGGTCGTGTTGATGAAGCTTATGAATTGGCGAAA 1300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1131 TGTGTTGTTGATATGCTTGGAAGATTTGGTCGTGTTGATGAAGCTTATGATTTGGCAAAA 1190
Query 1301 ACTATAGAAGTTGGAGCAGAGCAAGGTGCGCTCTTGTGGGGAGCTCTTCTCTCAGCTGGT 1360
|| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1191 ACAATAGACGTTGGAGCAGAGCAAGGTGCGCTATTGTGGGGAGCTCTTCTTTCAGCTGGT 1250
Query 1361 AGGTTACATGGAAGAGTTGAGATTGTAAGTGAAGCGAGCAAGCGATTAATACAATCTAAT 1420
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1251 AGGTTACATGGAAGAGTTGAGATTGTTAGTGAAGCGAGCAAGCGATTAATACAATCGAAT 1310
Query 1421 CAGCAAGTGACAAGTGCGTACATCGCATTATCCAATGCTTATGCTGTGTCTGGAGGATGG 1480
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1311 CAGCAAGTAACAAGTGCGTACATCGCATTATCCAATGCTTATGCTGTGGCTGGAGGATGG 1370
Query 1481 GAAGATTCAGAATCTCTTCGATTAGAGATGAAACGTAGTGGAAATGTGAAAGAACGAGCT 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 GAAGATTCAGAATCTCTTCGATTAGAGATGAAACGTAGTGGAAATGTGAAAGAACGAGCT 1430
Query 1541 TGTAGCTGGATTGAAAATAAAGATTCAGTTTATGTTTTTCATGCTGGGGATTTGTCATGT 1600
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1431 TGTAGCTGGATTGAGAATAAGGATTCAGTTTATGTTTTTCATGCCGGGGATTTGTCATGT 1490
Query 1601 GATGAGAGCGGTGAGATTGAA-AGGTTCCTGAAAGATCTAGAGAAGAGAATGAAAGAAAG 1659
|||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||
Sbjct 1491 GATGAGAGCGGTAAGATT-AAGAGGTTCCTGAAAAATCTGGAAAAGAGAATGAAGGAAAG 1549
Query 1660 AGGACACAGAGGAAGTAGTAGTATGATCACAACAAGTTCATCGGTTTTTGTCGATGTTGA 1719
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 1550 AGGACACAGAGGAAGTAGTAGTATGATCACAA---GTTCGTCGGTTTTCGTAGATGTTGA 1606
Query 1720 TGAGGAAGCTAAAGATGAAATGGTGAGTTTGCATTGTGAAAGATTGGCTTTAGCATATGG 1779
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 TGAGGAAGCTAAAGAGGAAATGGTGAGTTTGCATTGTGAGAGATTGGCTTTAGCATATGG 1666
Query 1780 ATTGCTTCATTTGCCTGCAGGATCAACAATTAGGATTATGAACAATTTGAGGATGTGTAG 1839
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 ATTGCTTCATCTGCCTGCGGGATCAACAATTAGGATAATGAACAATTTGAGGATGTGTAG 1726
Query 1840 AGATTGCCATGAGGCTTTCAAGCTGATCAGTGAGATTGTGGAGAGGGAAATTGTTGTCAG 1899
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1727 AGATTGTCATGAGGCTTTCAAGCTGATCAGTGAGATTGTCGAGAGAGAAATTGTTGTTAG 1786
Query 1900 GGATGTGAATAGGTTTCATTGCTTTAAGAATGGCTCTTGCACTTGTCGTGATTATTGGTG 1959
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1787 GGATGTGAATAGGTTTCATTGTTTTAAGAATGGATCTTGCACTTGTCGTGATTTTTGGTG 1846
Query 1960 AACTT-TTTA-CTAAATTATATTG 1981
|| || |||| ||| ||| ||||
Sbjct 1847 AATTTGTTTAACTAGTTTAGATTG 1870
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78275453475
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5