BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G15840.1
Length=2749
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg890688 jgi|Araly1|890688|Al_scaffold_0007_2674 3247 0.0
> Ahg890688 jgi|Araly1|890688|Al_scaffold_0007_2674
Length=2172
Score = 3247 bits (1758), Expect = 0.0
Identities = 1978/2086 (95%), Gaps = 8/2086 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 481 GATGATGATAATGCCTTTCGTGTTTTAGCTGCTGCTTCTTTTCTTGACCTTCAGGATTTG 540
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 91 GATGATGATAATGCCTTTCGCGTTTTAGCTGCTGCTTCTTTTCTTGATCTCCAGGATTTG 150
Query 541 TGTGCGATATGCACTGATTTTATTATTTCTGAGCTGAGGACTTCAAACTTCCTGGCATAT 600
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 151 TGTGCCATATGCACCGATTTTATTATTTCTGAGCTGAGGACTTCAAACTTCCTGGCATAT 210
Query 601 CAGGTATTTGCTGAGAGCCAAGACTATGGCATTCATGGAGAACGTGTAAGGAATGCTTGC 660
||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 CAGGTGTTTGCTGAGAGTCAAGACTATGGCATACATGGAGAACGTGTAAGGAATGCTTGC 270
Query 661 TGGGGTTATCTCTGTCAAAGTGGTGCCGTGGAACTGAGAGAGATGCTGCCGAAACTCTCA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 TGGGGTTATCTCTGTCAAAGTGGTGCCGTGGAACTGAGAGAGATGCTGCCGAAACTCTCT 330
Query 721 GCACAGACTCTATGTGCATTGCTGACATCTGATGAACTATGGGTGCCTAGTGAAGAAAAA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 GCACAGACTCTATGTGCATTGCTGACATCTGATGAACTATGGGTGCCTAGTGAAGAAAAA 390
Query 781 CGGTTTGAACTGGCATTGTACGCCTTCATAGCAAATAGTGCTCTCTCCAACTCAG-ATCA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |
Sbjct 391 CGGTTTGAACTGGCATTGTACGCCTTCATAGCAAATGGTGCTCTCTCCAACTCAGAAT-A 449
Query 840 TTCCAATCAAGATTCCAGATTTGAGAGAGAGACAAGCTTTCCTTTGGATTCTGCTATATC 899
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 450 TTCCAATCAAGATTCCAGGTTTGAGAGAGATACAAGCTTTCCTTTGGATTCTGCTACATC 509
Query 900 AAAGGGGAAAAATGTGATGGATGATTTCTCTTTCAGGAGTTTGGACTGTAAGTTAGGTCA 959
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 510 TAAGGGGAAAAGTGTGATGGATGATTTCTCTTTCAAGAGTTTGGACTGTAAATTAGGTCA 569
Query 960 TTTAGATATAGAAGCCGACCTACGAGATGCTAGTGATGATGTGATTGTTCCACTCACAGA 1019
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 570 TTTAGATATAGAAGACGACCTAAGAGATGCTAGTGATGACGTGATTGTTCCACTCGCAGA 629
Query 1020 AGGTGTTATTGATTTCCAAAGAGGTGTTTCAGGTTCAAACCTCGTGTTTCAGCAATCTTC 1079
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 630 AGGTGTTATTGATTTCCAAAGAGGTGTTTCTGGTTCAAACCTCGTGTTTCAGCAATCTCC 689
Query 1080 TAACTCACAAACGAA-TTTTGGTCGTCCTTGCACCAGTGTTGTTGATAAGACAGAAGGCA 1138
|||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 690 TAACTCACAAAC-AAGTTTTGGTCGTACTTGCACCAGTGTTGTTGATAAAACAGAAGGCA 748
Query 1139 GTGTGGTGGCAATTGAAGGACCTTCTGAAGAAGCATACCATTTGAGTAATGATAGTTGGT 1198
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 749 GTGGGGTGGCAATTGAAGGACCTTCTGAAGATGCATACCATTTGAGTAATGATAGTTGGT 808
Query 1199 TATCAGGAGCAGACTCTAGAAATTCTCCTACTTTAGGTTCTTCCTCTGATGGTTTCGTTG 1258
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 809 TGTCAGGAGCAGACTCTAGAAATTCTCCTACTTTAGGTTCTTCTTCTGATGGTTTTGTGG 868
Query 1259 TCAATGAGTGGGGTAACTGTGGTGTTTCTGCTCTAACCTGGGGTGGACGGGTTGTGGGGA 1318
||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 869 TCAGTGAATGGGGAAACTGTGGTGTTTCTGCTCTAACCTGGGGTGGGCGGGTTGTGGGGA 928
Query 1319 CAAGACAGGGTACAGGCTCTGTTAAAGGAAAATATGGATTTACTGAGGAAGAATACAGTG 1378
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 929 CAAGGCAGGGTACAGGCTCTGGTAAAGGAAAATATGGATTTACTGAGGAAGAATACAGTG 988
Query 1379 CATTTGTCAACACTTTTGAAGGTGGTTCACTTCTGTATTGCAATATGTCTTTTGAAATAC 1438
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 989 CATTTGTAAACACTTTTGAAGGTGGTTCACTTCTGTATTGCAATATGTCTTTTGAAATAC 1048
Query 1439 TATTGAACGCAAGAAAAGAACTTGAAGAGTTGGGTTTCCCTTGTAAAGCCGTGAATGATG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049 TATTGAACGCAAGAAAAGAACTTGAAGAGTTGGGTTTCCCTTGTAAAGCCGTGAATGATG 1108
Query 1499 GCCTCTGGTTGCAGATGCTTCTCAGTCAAAGGGTGCAGGAAGTTGCTGCCAACACATGCA 1558
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 GCCTTTGGTTGCAGATGCTTCTCAGTCAGAGGGTGCAGGAAGTTGCTGCCAACACATGCA 1168
Query 1559 AAAGGTGTTGCCTTATCAGTATTGCATGTGCGTGTAAACAAGGATTTGGGGTTTCACATG 1618
|||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1169 AAAGGTGTTGCCTTATTAGTGTTGCTTGCGCGTGTAAACAGGGATTTGGGGTATCACATG 1228
Query 1619 GTGCAACCTTCAACAATTATTATTGCCAAGAAAACGTGCAGAACAATATGATGGGAGACA 1678
|||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 GTGCAACCTTTAACAATTATTATTGCCAAGACAATGTGCAGAACAATATGATGGGAGACA 1288
Query 1679 TGGATAACGTATATGTGCCGGAATCTTCTCAAGGCGATGGGATAGGCATCTTTAAGCCTG 1738
|||| || || |||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1289 TGGAAAATGTCTATGTGACGGAATCTTCTCAAGGAGAAGGAATAGGCATCTTTAAGCCTG 1348
Query 1739 TCAGGATCAGTGTCAGAGGACAACATATTGATGGACTTGCCGGCATTGGATGCGAAGCTA 1798
||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1349 TCAGGATCAGTGTGAGGGGACAACACATTGATGGACTTGCAGGCATTGGATGCGAAGCTA 1408
Query 1799 CATTTGTACCACCACCTGCTTGGCCTCCTACTCCTTTTGTGTACTCTCGTGTCCCTATTA 1858
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 CATTTGTGCCACCACCTGCTTGGCCTCCTACACCTTTTGTGTACTCTCGTGTCCCTATTA 1468
Query 1859 ACAGAAATGGTCAGCAATCTATTGCTAGTGATGGTTCTGAAGGTAGAATTGATCAGAGTG 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1469 ACAGAAATGGTCAGCAATCTATTGCTAGTGATGGTTGTGAAGGTAGAATTGACCAGAGTG 1528
Query 1919 GAGAAATTTCAAAAGATGGGCT-GACAGCTCTTGTTGGGTTGAGCCAAGGGACAAGCGGT 1977
|||||||||||||||| || || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 GAGAAATTTCAAAAGACGG-CTTGACAGCTCTGGTTGGGCTGAGCCAAGGGACAAGCGGT 1587
Query 1978 GTTGGTAACAATCCTCGTGGAGAACAAACTGAGGGAGGGCGTGGCAGTGGAGCTACTGTT 2037
|||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588 GTTGGTAATAATCCTCGTGGTGATCAAACTGAAGGAGGGCGTGGCAGTGGAGCTACTGTT 1647
Query 2038 GGAATGTCAGAACCAAAGGAACCTTCAGTAGGTACTGAGTGGGAGAACGCAAGTTGTACC 2097
|||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 GGAATGTCTGAACCAAAGGAATCTTCAGTGGGGACTGAGTGGGAGAACGCAAGTTGTACC 1707
Query 2098 ATATCACTTGATACAAAGACACCTTTGTGTCACTTTCCTCCCTTTCGTTTTGGAGTTGAA 2157
|||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708 ATATCACTCGACACAAGGACACCTTTGTGTCACTTTCCTCCCTTTCGTTTTGGAGTTGAA 1767
Query 2158 TTTGAAGATGTCCACAGACTCGCTAACGGTCATGTAGAGCATTCTCCTGAATTCTTCTAT 2217
||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1768 TTTGAGGATGTCCATAGGCTCGCTAATGGTCATGTGGAGCATTCTCCTGAGTTCTTCTAT 1827
Query 2218 GCTGGTTCTCTGTGGAAGATTAGCATACAGGCTTTCAATGATGAAGATCCTCAAGGACGC 2277
||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 GCTGGTTCTCTCTGGAAGATTAGCATTCAGGCGTTCAATGATGAAGATCCTCAAGGACGT 1887
Query 2278 CGAACTATCGGATTATTTCTTCACCGCCGCAAAGCAGAGATAGTGGATTCAGTAAGGAAG 2337
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888 CGAACTATTGGATTGTTTCTTCACCGCCGCAAAGCAGAGATAGTGGATTCAGTAAGGAAG 1947
Query 2338 GTCCATGTTTACATAGATCCTCGTGACAAAGTGACTGCACGTTACCAGCTTATCTGCCCG 2397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 GTCCATGTTTACATAGATCCTCGTGACAAAGTGACTGCACGTTACCAGCTTATCTGCCCA 2007
Query 2398 TCGAAAAGAGAAGTGATGTTGTTTGGGAGCTTTAAACAGAGAGGAACTCTTCTGCCTAAA 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 TCGAAAAGAGAAGTGATGTTGTTTGGGAGCTTTAAACAGAGAGGAACTCTTCTGCCTAAA 2067
Query 2458 GCTCCCAAAGGGTGGGGATGGCGCACCGCACTGCTCTTTGATGAGCTCTCGGAACTTCTC 2517
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2068 GCCCCCAAAGGGTGGGGATGGCGCACCGCACTGCTCTTTGATGAGCTCTCTGAACTTTTG 2127
Query 2518 CAGAACGGTGC-TCTGAGAGTGGCTGCTGTTGTTCAGCTCGTTTAG 2562
||||||||||| | | ||||| |||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 2128 CAGAACGGTGCGT-TAAGAGTAGCTGCTGTGGTTCAACTGGTTTAG 2172
Score = 141 bits (76), Expect = 3e-32
Identities = 86/91 (95%), Gaps = 0/91 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 355 ATGCTGCAAGGTCCATGGAAAGAAGCTAGCTCTCCTGTTGTGAACTTACTTGTGGATGAT 414
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCTCCAAGGTCCATGGAAAGAAGCAAGCTCTCCGGTTGTGAACTTACTTGTGGATGAT 60
Query 415 AAAAATGTTAATGGAGACGCAATTTCTGTTG 445
||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 61 AAAAATGTTAATGGAGATGCTATTTCTGTTG 91
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103719737135
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5