BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G15890.1
Length=4182
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493296 jgi|Araly1|493296|fgenesh2_kg.7__2729__AT4G15890.1 6606 0.0
> Ahg493296 jgi|Araly1|493296|fgenesh2_kg.7__2729__AT4G15890.1
Length=4093
Score = 6606 bits (3577), Expect = 0.0
Identities = 3933/4104 (96%), Gaps = 27/4104 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGAAGAGCTTCTGCTCACTAGAATCCTTGCAGGAATCGAAGGAGGA-GA--CGAT 57
||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1 ATGGATGAAGAGCTTTTACTTACTAGAATCATTGCAGGAATCGAAGGAGGAGGAGGCGAT 60
Query 58 GAATCTGACTATCATGAACTCGTCACGGATCTCAAATCTCTACTTGATACAGACGATGAT 117
||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 61 GAAGCTTACTATCACGAACTCGTCACGGATCTCAAATCTCTACTCGATACAGACGACGAT 120
Query 118 GAAATTCTCAATCGATTCTACGGTAGTCTCTCCTCAATGGCTTCTTCGTTTCTCCGCTGT 177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GAAATTCTCAATCGATTCTACGGTAGTCTCTCCTCAATGGCTTCGTCGTTTCTCCGCTGT 180
Query 178 ATCTCCGCCGCCATGGATTCTCCGGTTGAATCAGGCCGTCTTGCTATTTTAGCCTCCGAC 237
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTCTCCGCCGCCATGGATTCGCCGGTTGAATCAGGCCGTCTTGCTATTTTAGCCTCCGAC 240
Query 238 GCTTATCTCAGTCTGCTTCTTTCCACGAATTGCCCCGTTTTCACTTTCTTCTCTCCGATT 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 GCTTATCTCAGTCTGCTTCTTTCCACGAATTGCCCCGTTTTCACTTTCTTCTCGCCGATT 300
Query 298 GCGTTTCTTTCTCTACTTGGCTCAATTCGCCGCTACCTCAAACGCCGTGATGATTCCGCC 357
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 301 GCGTTTCTTTCTCTACTCGGCTCAATCCGCCGCTACCTCAAACGCCGGGACGATTCGGCC 360
Query 358 GGTCAAGGGAGTAATTCGCAGCGAGAGAAAGGGAATAAGAAGAAGAGAGGACGTGGTAAG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGTCAAGGGAGTAATTCGCAGCGAGAGAAAGGGAATAAGAAGAAGAGAGGACGTGGTAAG 420
Query 418 AGGAATTTAGGGTATGAAGATGGGGAAGAGACTGAAGAAGGTGGATTTGATGCGAAATTG 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 AGGAATTTAGGGTATGAAGATGGGGAAGAGACTGAAGAAGGTGGATTCGATGCGAAATTG 480
Query 478 ATGTTTATAGTGTTAGAGAAGCTTGGCTCGGTTCTGAGTTTTGTTCATTTAGATAGATTT 537
||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 CTGTTTATAGTGCTGGAGAAGCTGGGCTCGGTTCTGAACTTTGTTCACTTAGATAGATTT 540
Query 538 CCTGATAGTTTGAAATCTTTGGTACAAACTGTGAGTGAGATTCCTTTATTGGCGTTGGAG 597
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCTGATAGCTTGAAATCTTTGGTACAGACTGTGAGTGAGATTCCTTTATTGGCGTTGGAG 600
Query 598 CACTCTGGAG-TTTTGAATTATGATCGATTGATGGAAATGTGTGGGAAGATTCTGGGAGG 656
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 601 TACTCTGG-GTTTTTGAATTATGATCGATTGATGGAAATGTGTGGGAAGATTTTGGGTGG 659
Query 657 AGTGTTGAATTCTGACCATGGAGATATGGCACTCACTGCTGCTGAGATTTCAAAGTCTTT 716
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGTGTTGAATTCCGATCATGGAGATATGGCACTCACTGCTGCTGAGATTTCAAAGTCTTT 719
Query 717 GACACCGTTGCTTCTTATGGGGAAACATCAA-GCGAGAAGTTTTGCGTTGGGATTTGTGT 775
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 720 GACACCGTTGCTTCTTATGGGGAAACATCAAGGC-AGAAGTTTTGCGTTAGGTTTTGTGT 778
Query 776 CAAGGAAATTGATGAGTTTGGCTAAAGATAACCCTGAATTGAAAAAAGTTGTGTCTAATT 835
| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 779 CTAGGAAATTGATGGGTTTGGCTAAAGATAACTGTGAATTGAAAAAAGTTGTTTCTAATT 838
Query 836 TGCCTAAGTTTCTGGTTCATAAGGCACCTGAGAAGGCCGAGCCGCGTGGATTTGCAGTGG 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 839 TGCCTAAGTTTCTGGTTCATAAGGCACCTGAGAAGGCCGAGCCACGTGGATTTGCAGTGG 898
Query 896 AGGCGGTACTGGAGATTGTAAAGGCAATGGAGGTTGAGGGCCAATCAGAGTTTGTTGATT 955
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 899 AGGCGGTACTGGATATTGTAAAGGCAATGGAGGTTGAGGACCAATCAGACTTTGTTGATT 958
Query 956 TTGTAATGAAGATGTGTCAAGGGAAGTCTAATTTTA-GAGTATTAGCTGTTGATATTATA 1014
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 959 TTGTGATGAAGATGTGTCAAGGGAAGTCTAATTTTAGGA-TATTAGCTGTTGATCTTATA 1017
Query 1015 CCTCTGTTGATAAGCTCATTAGGAAACCCTCTAGGAGATATTAGTTCAGAGAATGGGTTG 1074
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CCTCTGTTGATAAGCTTATTAGGAAACCCTTTAGGAGATATTAGTTCAGAGAATGGGTTG 1077
Query 1075 AAAGATTCGTGGGGCTTGGGTTGTATTGATGCTTTAGTTCAGCGGTGTTCAGACACGAGC 1134
||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1078 AAAGAATCGTGGGGCGTGGGTTGTCTTGATGCGTTACTTCAGCGGTGCTCAGACACGAGC 1137
Query 1135 GCTTTGATTAGAGCTCGAGCTTTGTCCAACTTGGCTCAAGTTGTGGAGTTCTTGTCTGGT 1194
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1138 GCTTTGATTAGAGCTCGTGCTTTGTCCAACTTGGCTCAAGTTGTGGGGTTCTTGTCTGGT 1197
Query 1195 GATGAAAGGAGTAGGTCGATCCTGAAACAAGCCCTTGGGTTTAACGGTGAGACTTCAGAG 1254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GATGAAAGGAGTAGGTCGATCCTGAAACAAGCCCTTAGGTTTAACGGTGAGACTTCAGAG 1257
Query 1255 GGAAAAGGTGCAGTAACTGACCTTTTGAAGAAAAGATGTGTGGATGAGAAGGCGGCTGTA 1314
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GGAAACGGTTCAGTAACTGACCTTTTGAAGAAAAGATGTGTGGATGAGAAGGCGGCTGTA 1317
Query 1315 AGGAGAGCAGCTCTTCTTCTGGTGACAAAATTGACATCGCTTATGGGTGGTTGCTTTGAT 1374
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 AGGAGAGCAGCTCTTCTTCTGGTGACTAAATTGACATCCCTTATGGGTGGTTGCTTTGAT 1377
Query 1375 GGTAGTATCCTAAAGACAATGGGTACATCTTGTTCTGATCCGCTAATAAGTATAAGAAAG 1434
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 AGTAGTATCCTAAAGACAATGGGAACATCTTGTTCTGATCCGCTCATAAGTATAAGAAAG 1437
Query 1435 GCTGCAGTTTCAGCTATTTCCGAGGCATTCAGAATATGTACAGATGAAATTGTGACCACT 1494
|||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GCTGCAATTTCAGCTCTTTCCGAGGCCTTCAGAATATGTACAGATGAAATTGTGACCACT 1497
Query 1495 GAATGGTTACATTCTGTTCCTCGGATGATCATGGACAATGAAACTAGCATCCAAGAAGAA 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAATGGTTACATTCTGTTCCTCGGATGATCATGGACAATGAAACTAGCATCCAAGAAGAA 1557
Query 1555 TGCGAGAATGTCTTTCATGAATTAGTTCTGGAGAGAATATTACGAGCTGGAAATGTGCTT 1614
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TGCGAGAATGTCTTTCATGAACTAGTTCTGGAGAGAATATTACGAGCTGGAAATGTGCTT 1617
Query 1615 TCTCCAGACAGTGCTTCTCTCCCTAACAACCGGAACACTACTTCAAAAGATCTAGACAGA 1674
||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TCTCCAG--A---C-TCTCTCCCTAACAACCGGAACAATACTTCAAAAGATCTAGACAGA 1671
Query 1675 GACATTGAAGCCTTGTTTCCAGAAGGAGTTTTGGTTCTCTTAAGGGAGCTTTGCAACAGT 1734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GACATTGAAGCCTTGTTTCCAGAAGGAGTTTTGGTTCTGTTAAGGGAGCTTTGCAACAGC 1731
Query 1735 GAGGTTTCTCCTTGGGTTACGAAAATATGTGGAAGTTTGGGAAAGAAGAAGCGACTAAAA 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 GAGGTTTCTCCTTGGGTTACGAAAATATGTGGAAGTTTGGGAAAGAAGAAGCGACTAAAA 1791
Query 1795 CCAAGAGTTGCCCTTGCGCTTCAGTGTATCATAAAGGAATCTGAATCACTGTGGTTGAGT 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 CCAAGAGTTGCCCTTGCGCTTCAGTGTATCATAAAGGAATCTGAATCACTGTGGTTGAGC 1851
Query 1855 CGTTCAATGCCAATAAATAGATGGACAGCTCCTGCTGGTGCTTGGTTCCTTCTATCAGAG 1914
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1852 CGTTCAATGCCAATAAATAAATGGACAGCTCCTGCTGGTGCTTGGTTTCTTCTATCAGAG 1911
Query 1915 GTTTCAGTTTATCTTTCAAAGTCTGTCGAATGGGAATTTCTTCACCATCATTGGCAGTTG 1974
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 GTTTCAGTTTATCTTCCAAAGTCTGTCGAATGGGAATTTCTTCACCATCATTGGCAGTTG 1971
Query 1975 CTTGACAAGAATGACGTACAAGGGCTAGATGAACAAGGTGATGAACAGGGGGTCGAGTGT 2034
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1972 CTTGACAAGAATGACGTGCAAGGGCTAGATGAACAAGGTGATGAACAGGGTGTCGAGTGT 2031
Query 2035 AATTCTTCTACATGGGCTGGCGATCGAGTTTGTCTTTTGCAAACAATCTCCAATGTTTCC 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 AATTCTTCTACATGGGCTGGCGATCGAGTTTGTCTTTTGCAAACAATCTCCAATGTTTCT 2091
Query 2095 CTTCAGCTGCCAGCAGAGCCTGCTGCAGATCTGGCTGACAATTTGCTGAAGAAAATCGAA 2154
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 CTTCAGCTGCCAGCAGAGCCTGCTGCAGATCTCGCTGACAATTTGCTGAAGAAAATCGAA 2151
Query 2155 AATTTTAACCTGCATTCTGCTGAGGTCGATGCACATGTCAAAGCATTAAAAACTTTGTGC 2214
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 AAGTTTAACCTGCATTCTGCTGAGGTCGATGCACATGTTAAAGCATTAAAAACTTTGTGC 2211
Query 2215 AAAAAGAAGGCAAGCACCTCTGAGGAGGCCGATATGCTTGTCAAGAAGTGGGTAGAACAA 2274
|||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2212 AAAAAGAAGGCACGCACCTCTGAGGAGTCTGATATGCTTGTCAAGAAGTGGGTAGACCAA 2271
Query 2275 GTTTCATTGAAAGCATCTAAGGTCACTGAGAAGTACATCGAGGGGGTTTCCAGTCATAAT 2334
|||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2272 GTTTTAGCCAAGGCATCTAAGGTCACTGAGAAGTACATCGAGGGGGTCTCCAGTAATAAT 2331
Query 2335 CATTCTTTTGTTACACCAGCAACACTCGGAAGTAGAAGAAGCAAGAGACTGGATACTGTG 2394
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2332 CATTCTTTTGTTACACCAGCAACACTTGGAAGTAGAAGAAGCAAGAGACTGGATTCTGTG 2391
Query 2395 TCCAAGAAATTATCAAAAGCAGTCACAGCAGTATACACCATTGGATCTTGTGTCATTATA 2454
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 TCCAAGAAATTATCAAAAGCAGTCACAGCTGTATACACCATTGGATCTTGTGTCATTATA 2451
Query 2455 TATCCTTCAGCTGACACGACCAAAATTGTTCCGTTCTTACATACTGTCATCACTTCAGGA 2514
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 TTTCCTTCAGCTGACACGACCAAAATTGTTCCGTTCTTACATACTGTCATCACTTCAGGA 2511
Query 2515 AATTCAGACTCAAAGCTGAAAAACAAACTGCCGCAAGCTAATGTTTGCTTGAAGCAAAAA 2574
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2512 AATTCAGACTCAAAGCTGAAAAACAAAATGCCCCAAGCTAATGTTTGCTTGAAACAAAAG 2571
Query 2575 GCTCCTCTTCTCTATAGTCAGTCTTGGTTAACCATGGCGAAGATGTGTTTGGCTGACGGG 2634
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 GCTCCTCTTCTCTATTGTCAGTCTTGGTTGACCATGGCGAAGATGTGTTTGGCTGACGGG 2631
Query 2635 AAGCTTGCTAAAAGATATCTCCCTCTCTTTGCACAGGAACTTGAAAAGAGTGATTGTGCA 2694
|| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 AAACTTGCTAAAAGATATATTCCTCTCTTTGCACAGGAGCTTGAAAAGAGTGATTGTGCA 2691
Query 2695 GCCTTGCGTAACAATCTTGTAGTAGCGATGACAGACTTTTGTGTTCACTATACAGCCATG 2754
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 GCCTTGCGTAACAATCTTGTAGTGGCAATGACAGACTTTTGTGTTCACTATACAGCCATG 2751
Query 2755 ATTGAGTGTTACATACCGAAGATTACTAAACGTCTTCGGGATCCTTGTGAAGTTGTTAGA 2814
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 ATCGAGTGTTACATACCGAAGATTACTAACCGTCTACGGGATCCTTGTGAAGTTGTTAGA 2811
Query 2815 AGGCAAACCTTCATACTTCTCTCAAGGTTACTACAGAGAGACTACGTGAAATGGAGAGGA 2874
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2812 AGGCAGACCTTCATACTTCTCTCAAGGTTACTACAGAGAGACTACGTGAAGTGGAGAGGA 2871
Query 2875 GTTCTCTTCCTTCGATTCCTTCTATCGCTAGTGGATGAATCTGAAAAGATACGTCGACTT 2934
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 2872 GTTCTCTTCCTTCGATTCCTTTTATCGCTAGTGGATGAATCTGAAAAGATACGCCAACTT 2931
Query 2935 GCAGACTTTTTATTTGGAAGCATCCTTAAAGTAAAGGCGCCACTTCTAGCTTACAACAGT 2994
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 GCAGACTTCTTATTTGGAAGCATCCTTAAAGTAAAGGCGCCACTTCTAGCTTACAACAGT 2991
Query 2995 TTCGTGGAAGCTATTTATGTCTTAAACGACTGCCATGCCCACACTGGCCATAGTAATCCA 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 TTCGTGGAAGCTATTTATGTCTTAAACGACTGCCATGCCCACACTGGCCATAGTAATCCA 3051
Query 3055 GATTCTAAACAATCAAGAACAAAGGATCAAGTTTTTTCTATCAGAGGGAATGATGAAAGG 3114
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3052 GATTCTAAACAATCAAGAACAAAGGAGCAAGCTTTTTCTATCAGAGGGAATGATGAAAGG 3111
Query 3115 GCTAGGTCTAAAAGAATGCAGATCTACGTTACTTTGCTTAAACAAATGGCCCCAGAACAC 3174
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3112 GCTAGGTCTAAAAGAATGCAGATCTACATTACTCTGCTTAAACAAATGGCTCCAGAACAC 3171
Query 3175 CTTTTGGCCACATTCGCCAAGTTATGTGCAGAGATCCTCGCAGCTGCTTCTGATGGAATG 3234
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 CTTTTGGCCACATTCGCCAAGTTATGTGCTGAGATCCTGGCAGCTGCTTCTGATGGAATG 3231
Query 3235 CTCAACATAGAAGATGTCACTGGTCAATCAGTTCTACAGGATGCGTTTCAGATCTTGGCG 3294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3232 CTCAACATAGAAGATGTCACTGGTCAATCAGTTCTACAGGATGCGTTTCAGATCTTGGCG 3291
Query 3295 TGCAAAGAGATCCGTTTATCAGTTTCCAGAGGAGCATCGTCGGAGACAGCAGATATAGAG 3354
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3292 TGCAAAGAGATCCGTTTGTCAGTTTCCAGAGGAGCATCGTCGGAGACAGCAGAGATAGAG 3351
Query 3355 GAAGAAGGTGGAG------ATGCAGCAACTGCAAAAGGAAGGGCCATAACGC-ACGCTGT 3407
|| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 3352 GACGAAGGTGGAGATTCCAATGCAGCGGCTGCGAAAGGAAGGGCCATAACGCTA-GCTGT 3410
Query 3408 TAGAAAAGGTTTGATTCAGAACACGATTCCAATCTTCATTGAGCTCAAGAGGCTATTGGA 3467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3411 TAGAAAAGGTTTGATTCAGAACACGATTCCAATCTTCATTGAGCTCAAGAGGCTATTGGA 3470
Query 3468 GAGCAAGAACAGTCCTCTCACAGGTTCGCTCATGGACTGCCTCCGTGTCCTCCTCAAAGA 3527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3471 GAGCAAGAACAGTCCTCTCACAGGTTCGCTCATGGACTGCCTCCGTGTCCTCCTCAAAGA 3530
Query 3528 CTACAAGAACGAGATCGAAGAAATGCTTGTCGCTGACAAACAGCTTCAGAAAGAGCTTGT 3587
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3531 TTACAAGAACGAGATCGAAGAAATGCTTGTCGCTGACAAACAGCTTCAGAAAGAGCTCGT 3590
Query 3588 TTACGATATGCAGAAGCACGAGGCTGCAAAGGCAAGGTCCATGGCTAACCAAGGGGTTGC 3647
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3591 TTACGATATGCAGAAGCACGAGGCTGCAAAGGCAAGGTCCATGGCTAACCAAGGGGGTGC 3650
Query 3648 CTGCGGGACAAGTCATAGAAACGGTGAACCTGAAGCATCAGCAGCAAGCGAGGAGAATGT 3707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3651 CTGCGGGACAAGTCATAGAAACGGTGAACCTGAAGCACCAGCAGCAAGCGAGGAGAATGT 3710
Query 3708 TAGAGATTCGGGATTGGAATCAAGAGTGGTTTCTGCGGCTGCTGATGTGGTGGCGGCTAA 3767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3711 TAGAGATTCGGGATTGGAATCAAGAGTGGTTTCTGCGGCTGCTGATGTGGTGGCGGCTAA 3770
Query 3768 GGCAGCTAGGTCGGTGTTGAGAGAAGTGAACGGTGGAGCTGCAACGCCGCCTCTGAGCGC 3827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3771 GGCAGCTAGGTCGGTGTTGAGAGAAGTGAACGGTGGAGCTGCAACGCCGCCTCTGAGCGC 3830
Query 3828 AATGAGTGTTCCGAAGCTAAGGTCGAGCCGTGGAGTTAGCCAGAGTGGTCGACCATCAGC 3887
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3831 AATGAGTGTTCCAAAGCTAAGGTCGAGCCGTGGAGTTAGCCAGAGTGGTCGACCATCAGC 3890
Query 3888 TGATGTGTTGGAGTCTCTGAGAAGAAGACCAACTTTCATGTCTGATGATGAGAGTTAGAA 3947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3891 TGATGTGTTGGAGTCTCTGAGAAGAAGACCAACTTTCATGTCTGATGATGAGAGTTAGAA 3950
Query 3948 CTTAAAAATGAGA--CTGTAGAAAATAGCTTTTGCTGTAAATGCATGACTTCGATTTTTC 4005
||||||| ||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 3951 CTTAAAATTGAGAGACTCTAGAAA-TAGCTTTTGTTGTATATGCATAACTTCGATTTTTC 4009
Query 4006 TTTTTGG-GAGATTAGATCGAGACTCTATTAAAGTCTAAATCGTATTTATAAACCGCATA 4064
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4010 TTTTTGTTGAGATTAGATCGAGACTCTACTAAAGTCTAAATCGTATTTATGAACCGCATA 4069
Query 4065 AGACACTAAAACCTGgtgtgtgtg 4088
||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4070 AGACACTAAAACCAGGTGTGTGTG 4093
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158129215815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5