BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16130.1
Length=3410
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg355153 jgi|Araly1|355153|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002326 5014 0.0
> Ahg355153 jgi|Araly1|355153|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002326
Length=2970
Score = 5014 bits (2715), Expect = 0.0
Identities = 2887/2972 (97%), Gaps = 4/2972 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 159 ATGAGGATTGATGAGAACGAAGGTGTCTCTGCTTCAAGCAAGCACCTAGTCTTCGCTTAC 218
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGGATTGATGAGAACGAAGGCGTCTCTGCTTCAAGCAAGCACCTAGTCTTCGCTTAC 60
Query 219 TACGTCACTGGACATGGTTTCGGTCACGCCACTCGAGTCGTCGAGGTTGTCCGTCACCTG 278
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TACGTCACTGGACATGGCTTCGGTCACGCCACTCGTGTCGTCGAGGTTGTCCGTCACCTG 120
Query 279 ATCGCGGCGGGGCATGATGTTCATGTTGTCACCGGCGCGCCTGATTTTGTCTTCACATCT 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 ATCGCGGCGGGGCATGATGTTCATGTTGTCACCGGCGCGCCTGATTTCGTCTTCACATCC 180
Query 339 GAAATTCAGTCTCCGAGGCTCAAAATTCGAAAGGTTCTTTTGGATTGTGGGGCTGTACAA 398
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 GAAATTCAGTCACCGAGGCTCAAAATTCGAAAGGTTCTTTTGGATTGTGGGGCTGTGCAA 240
Query 399 GCTGATGCATTGACCGTTGATCGTCTTGCCTCGTTAGAAAAGTATGTGGAAACAGCTGTG 458
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 GCTGATGCATTGACCGTTGATCGGCTTGCCTCGTTAGAAAAGTATGTCGAAACAGCTGTG 300
Query 459 GTTCCTCGAGCTGAAATATTGGAAACTGAAGTGGAGTGGCTTCATTCTATCAAAGCTGAT 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTCCTCGAGCTGAAATATTGGAAACTGAAGTGGAGTGGCTTCATTCTATCAAAGCTGAT 360
Query 519 TTTGTGGTGTCTGATGTTGTCCCTGTCGCATGCCGTGCTGCGGCTGATGCTGGGATACGT 578
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTTGTGGTGTCTGATGTTGTCCCCGTCGCGTGCCGTGCAGCAGCTGATGCTGGGATACGT 420
Query 579 TCTGTTTGTGTCACCAATTTCAGCTGGGATTTTATCTATGCTGAGTACGTGATGGCTGCT 638
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCTGTCTGTGTTACCAATTTCAGCTGGGATTTTATCTATGCTGAGTACGTGATGGCTGCT 480
Query 639 GGATATCACCATCGCTCCATCGTTTGGCAGATAGCTGAAGATTATTCTCATTGCGAGTTC 698
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GGATATCACCATCGCTCCATAGTTTGGCAGATAGCTGAAGATTATTCTCATTGCGAGTTC 540
Query 699 CTAATTCGCCTCCCAGGATATTGTCCAATGCCTGCTTTTCGTGATGTCATCGATGTACCG 758
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTAATCCGCCTCCCAGGATATTGTCCAATGCCTGCTTTTCGTGATGTCATCGATGTACCT 600
Query 759 TTAGTTGTGAGGAGACTTCACAAATCTCGCAAGGAGGTGAGGAAAGAACTCGGCATTGCT 818
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 601 TTAGTTGTGAGGAGACTTCATAAATCTCGCAAGGAGGTGAGGAAAGAACTCGGCATTGGT 660
Query 819 GAAGATGTGAATGTTGTTATACTCAATTTTGGTGGACAGCCCTCAGGGTGGAACTTGAAG 878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAAGATGTGAATGTTGTTATACTCAATTTTGGTGGACAGCCTTCAGGGTGGAACTTGAAG 720
Query 879 GAAACATCACTACCGACTGGGTGGCTGTGTCTGGTTTGTGGCGCATCTGAGACCCTGGAG 938
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 721 GAAACATCACTACCGACTGGCTGGCTGTGTCTGGTCTGTGGCGCATCTGAGACCCAGGAG 780
Query 939 CTTCCACCAAATTTTATAAAGCTTGCTAAGGATGCTTATACGCCTGATATTATAGCGGCA 998
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 781 CTTCCACCAAATTTTATAAAGCTTGCTAAGGATGCTTATACGCCTGATATTATAGCTGCA 840
Query 999 TCTGACTGTATGCTTGGGAAAATTGGTTATGGCACTGTCAGTGAAGCCCTATCCTACAAG 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 TCTGACTGTATGCTTGGGAAAATTGGTTATGGCACTGTCAGTGAAGCCCTATCGTACAAG 900
Query 1059 GTGCCGTTTGTCTTTGTACGCAGAGATTATTTCAATGAGGAACCTTTTCTGAGAAATATG 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTGCCGTTTGTCTTTGTACGCAGAGATTATTTCAATGAGGAACCTTTTCTGAGAAATATG 960
Query 1119 CTTGAGTTTTATCAATGTGGTGTTGAGATGATCAGGAGAGACCTATTAATGGGCCAATGG 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CTTGAGTTTTATCAATGTGGTGTTGAGATGATCAGGAGAGACCTATTAATGGGCCAATGG 1020
Query 1179 ACGCCATATCTTGAACGTGCAGTTAGCTTGAAACCTTGCTATGAGGGTGGCATCAATGGT 1238
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAGCCATATCTTGAACGTGCAGTTAGCTTGAAACCTTGCTACGAGGGTGGCATCAATGGT 1080
Query 1239 GGTGAGATTGCAGCTCACATCTTACAGGAGACAGCCATTGGAAGACACTGCGCATCTGAT 1298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGTGAGATTGCAGCTCACATCTTACAGGAGACAGCCATTGGAAGACACTGCGCATCTGAT 1140
Query 1299 AAGTTAAGTGGTGCAAGAAGATTACGTGATGCAATTATCCTGGGGTATCAGCTACAGAGA 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAGTTAAGTGGTGCAAGAAGATTACGTGATGCAATTATCCTAGGGTATCAGCTACAGAGG 1200
Query 1359 GTCCCTGGAAGAGACATTGCTATTCCGGAGTGGTATTCAAGGGCTGAAAATGAACTAGGT 1418
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1201 GTCCCTGGAAGGGACATTGCTATTCCGGAGTGGTATTCAAGGGCTGAAAATGAAATAGGT 1260
Query 1419 CAATCTGCTGGATCATCACCTACTGTTCAAGCGAATGAGAACAACTCATTGGTGGAGTCG 1478
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CAATCTGCTGGATCATCACCTACAGTTCAAGCGAACGAGAACAACTCATTGGTGGAGTCG 1320
Query 1479 TGCATCGATGATTTTGATATCCTTCAAGGTGATGTTCAAGGTCTTTCAGATACGTGTACA 1538
| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1321 TCCACCGATGATTTTGATATCCTTCAAGGAGATGTTCAAGGTCTTTCAGATACATGGACA 1380
Query 1539 TTTCTTAAGAGTTTAGCTATGCTAGATGCTATTCATGATTCTGAAAAGAGTACGGAGAAG 1598
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||
Sbjct 1381 TTTCTTAAGAGTTTAGCCATGCTAGATGCTATACATGATTCTCAAAAGAATGTGGAGAAG 1440
Query 1599 AAGACCGTGCGTGAAAGAAAAGCTGCTGGTGGTCTCTTCAATTGGGAGGAAGAAATCTTT 1658
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AAAACCATGCGTGAAAGAAAAGCTGCTGGTGGTCTCTTCAATTGGGAGGAAGAAATCTTT 1500
Query 1659 GTTGCCAGAGCACCTGGAAGGTTAGATGTGATGGGTGGAATTGCTGACTATTCAGGAAGC 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GTTGCCAGAGCACCTGGAAGGTTAGATGTGATGGGTGGAATTGCTGACTATTCAGGAAGC 1560
Query 1719 CTTGTCTTGCAGATGCCAATAAGGGAAGCTTGCCATGTAGCTGTTCAAAGAAACCTTCCT 1778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CTTGTCTTGCAGATGCCAATAAGGGAAGCTTGCCATGTAGCTGTTCAAAGAAACCTTCCT 1620
Query 1779 GGAAAACATAGACTGTGGAAACATGCCCAAGCCCGACAGCAAGCTAAGGGACAAGTACCA 1838
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGAAAACATAGACTGTGGAAACATGCGCAAGCCCGACAGCAAGCTAAGGGACAAGTACCA 1680
Query 1839 ACACCAGTTCTGCAAATTGTCTCATATGGATCAGAGATCAGCAATCGTGCCCCCACTTTT 1898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACACCAGTTCTGCAAATTGTCTCATATGGATCAGAGATCAGCAATCGTGCCCCCACTTTT 1740
Query 1899 GACATGGATTTGTCTGATTTTATGGATGGAGATGAACCAATTTCTTATGAAAAAGCAAGA 1958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GACATGGATTTGTCTGATTTTATGGATGGAGATGAACCAATTTCTTATGAAAAAGCAAGG 1800
Query 1959 AAGTTCTTTGCTCAGGATCCAGCACAAAAGTGGGCAGCATATGTTGCTGGGACAATCTTG 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AAGTTCTTTGCTCAGGATCCAGCACAAAAGTGGGCAGCATATGTTGCTGGGACAATCTTG 1860
Query 2019 GTATTGATGATAGAACTTGGTGTGCGTTTTGAGGATAGCATCAGCTTGCTGGTTTCTTCT 2078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GTATTGATGATAGAACTTGGTGTGCGTTTTGAGGATAGCATCAGCTTGCTGGTTTCTTCT 1920
Query 2079 GCTGTACCTGAAGGTAAAGGTGTATCTTCATCTGCTGCTGTGGAGGTGGCGAGCATGTCC 2138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1921 GCTGTACCTGAAGGTAAAGGTGTATCTTCATCTGCTGCTGTAGAGGTGGCAAGCATGTCG 1980
Query 2139 GCAATAGCTGCTGCACATGGACTGAGTATC-GACCCCAGAGATCTTGCTATACTCTGCCA 2197
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GCAATAGCTGCTGCACATGGACTGAGTATCAG-CCCCAGAGATCTTGCTATACTCTGCCA 2039
Query 2198 AAAGGTGGAGAATCACATTGTTGGAGCTCCATGTGGTGTTATGGATCAGATGACTTCTTC 2257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2040 AAAGGTGGAGAATCACATTGTTGGAGCTCCATGTGGTGTTATGGATCAGATGACTTCGTC 2099
Query 2258 CTGTGGGGAAGCCAATAAACTGTTGGCCATGATCTGCCAACCTGCAGAAGTAGTTGGGCT 2317
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTGTGGGGAAGCCAACAAACTGTTGGCCATGATCTGCCAACCTGCAGAAGTAGTTGGGCT 2159
Query 2318 TGTTGAGATTCCCAACCATGTCAGATTTTGGGGAATTGATTCCGGAATTCGACACAGCGT 2377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TGTTGAGATTCCCAACCATGTCAGATTTTGGGGAATTGATTCCGGAATTCGACACAGCGT 2219
Query 2378 TGGAGGTGCAGACTATAGGTCGGTCAGAGTTGGCGCTTACATGGGGAGAAAGATGATCAA 2437
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2220 TGGAGGTGCAGACTATAGGTCGGTGAGAGTTGGTGCTTACATGGGGCGAAAGATGATCAA 2279
Query 2438 GTCAATGGCGTCTTCTATTCTGTCACCATCAGCGTCAAGTGCTAATGGAGGCAACCCGGA 2497
|||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GTCAATGGCGTCTTCTATTCTGTCACAAGCAGCGTTAAGTGCTAATGGAGGCAACCCGGA 2339
Query 2498 AGAACTAGAGGATGAAGGGATTGACCTACTTGAGGCCGAAGCTTCATTAGATTACTTGTG 2557
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 AGAACTAGAGGATGAAGGAATTGACTTACTTGAGGCCGAAGCTTCATTAGATTACTTGTG 2399
Query 2558 CAATTTGTCGCCTCACAGATATGAAGCCCGTTATGCAGATAAGCTTCCAGATATCATGTT 2617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2400 CAATTTGTCGCCTCACAGATATGAAGCCCGTTATGCAGATAAGCTTCCAGATATCATGCT 2459
Query 2618 GGGTCAGACATTCATTGAGGAATA-TGCGGATCATGACGATCCGGTCACAGTGATTGATC 2676
|||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GGGTCAGACATTTATTGAGGAATACT-CGGATCATGATGATCCGGTCACAGTGATTGATC 2518
Query 2677 AAAAGCGTTCTTACAGTGTAAAAGCTCCTGCCAGACACCCTATTTACGAAAACTTCCGGG 2736
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2519 AAAAGCGTTCTTACAGTGTTAGAGCTCCTGCCAGACACCCGATATACGAAAACTTCCGGG 2578
Query 2737 TCAAGACATTTAAAGCTCTATTGACTTCTGCAACATCAGATGAGCAACTTACTGCTCTTG 2796
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TCAAGACATTTAAAGCCCTATTGACTTCTGCAACATCAGATGAGCAACTTACTGCTCTTG 2638
Query 2797 GAGGACTTCTTTATCAGTGTCACTATAGTTACAGCGCATGCGGACTAGGATCGGATGGAA 2856
| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GGGGGCTTCTTTATCAGTGTCACTATAGCTACAGCGCATGCGGACTAGGATCGGATGGAA 2698
Query 2857 CCAACCGGCTGGTGCAGTTAGTACAAGGGATGCAGCATAACAAGTCTAATTCTGAGGATG 2916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2699 CCAACCGGCTGGTGCAGTTAGTACAAGGGATGCAGCATAACAAGTCTAATTCCGAGGATG 2758
Query 2917 GAACATTGTATGGAGCCAAAATCACAGGCGGTGGATCAGGTGGAACAGTCTGCGTCGTAG 2976
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2759 GAACATTGTATGGAGCCAAAATCACAGGTGGTGGATCAGGTGGAACAGTCTGCGTCATAG 2818
Query 2977 GCCGTAACTCATTGCGCAGCAGCCAACAAATTCTCGAGATTCAGCAGAGATACAAAGCTG 3036
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 GCCGCAACTCATTGCGCAGCAGCCAACAAATTCTCGAGATTCAGCAGAGATACAAAGCTG 2878
Query 3037 CGACAGGGTATTTACCGCTGATATTCGAAGGTTCGTCACCTGGAGCTGGCAAGTTTGGTT 3096
||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 CGACAGGGTATTTGCCACTGATATTCGAAGGATCATCACCTGGAGCTGGCAAGTTTGGTT 2938
Query 3097 ACCTCCGGATCCGACGTCGTATCTCTCTCTGA 3128
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 ACCTCCGGATCCGACGTCGTATCTCTCTCTGA 2970
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128748769459
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5