BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16143.1
Length=2217
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946668 jgi|Araly1|946668|scaffold_702897.1 2765 0.0
Ahg923004 jgi|Araly1|923004|scaffold_104285.1 523 2e-147
Ahg941048 jgi|Araly1|941048|scaffold_601592.1 291 2e-77
Ahg943062 jgi|Araly1|943062|scaffold_603606.1 174 2e-42
> Ahg946668 jgi|Araly1|946668|scaffold_702897.1
Length=1792
Score = 2765 bits (1497), Expect = 0.0
Identities = 1572/1609 (98%), Gaps = 1/1609 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 201 GAGATTCGTATTAGC-CACCATGTCTTTGAGACCTAACGCTAAGACTGAGGTTCGCCGGA 259
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGATTCGTATTAGCAAACCATGTCTTTGAGACCTAACGCTAAGACTGAGGTTCGCCGGA 60
Query 260 ACCGCTACAAAGTGGCGGTGGATGCTGAGGAAGGAAGACGGAGGAGAGAGGACAACATGG 319
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 ATCGCTACAAAGTAGCGGTGGATGCTGAGGAAGGAAGACGGAGGAGAGAGGATAACATGG 120
Query 320 TCGAGATCCGTAAGAGTAAGCGTGAAGAAAGCTTACAGAAGAAGCGTCGTGAAGGCCTTC 379
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 TTGAGATCCGTAAAAGTAAGCGTGAAGAAAGCTTACAGAAGAAGCGTCGTGAAGGTCTTC 180
Query 380 AAGCTAATCAGCTACCTCAATTCGCTCCTTCTCCTGTTCCTGCTTCATCAACTGTTGAGA 439
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGCTAATCAGCTACCTCAATTCGCTCCTTCTTCTGTTCCTGCTTCATCAACTGTTGAGA 240
Query 440 AGAAGTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTAC 499
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 AGAAGTTGGAGAGTTTGCCTTCAATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGAAAGAAGTTTAC 300
Query 500 AGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 360
Query 560 AAGAAGTGATTGATGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACTAGAGAGGATT 619
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 361 AAGAGGTGATTGATGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACGAGAGAGGATT 420
Query 620 ATCCACAGCTTCAGTTTGAGGCTGCTTGGGCATTGACAAACATTGCTTCTGGGACTTCAG 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCCACAGCTTCAGTTTGAGGCTGCTTGGGCATTGACGAACATTGCTTCTGGGACTTCAG 480
Query 680 AGAATACAAAGGTGGTCATTGAACATGGTGCTGTTCCGATTTTTGTTCAACTATTGGCTT 739
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 481 AGAATACTAAGGTGGTCATTGATCATGGTGCTGTTCCGATTTTTGTTCAACTGTTGGCTT 540
Query 740 CTCAGAGTGATGATGTCCGTGAGCAGGCTGTGTGGGCATTAGGGAATGTTGCTGGTGATT 799
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCAGAGTGATGATGTCCGTGAGCAGGCTGTTTGGGCATTAGGGAATGTTGCTGGTGATT 600
Query 800 CTCCACGGTGCAGAGATCTTGTCCTTGGTCAAGGAGCTTTGATACCATTACTCTCTCAGT 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 CTCCACGGTGCAGAGATCTTGTCCTTGGTCAAGGAGCTTTGATACCATTGCTCTCTCAGT 660
Query 860 TGAATGAGCATGCTAAACTCTCGATGCTGAGAAATGCTACTTGGACCCTCTCTAATTTCT 919
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 661 TGAATGAGCATGCTAAACTCTCAATGCTGAGAAATGCTACTTGGACCCTCTCAAATTTCT 720
Query 920 GCAGGGGCAAGCCACAGCCTCCCTTTGACCAGGTCCGTCCAGCACTCCCAGCCCTTGAAC 979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 721 GCAGGGGCAAGCCACAGCCTCCCTTTGACCAGGTCCGTCCAGCACTTCCAGCCCTTGAAC 780
Query 980 GCCTGATTCATTCGACTGATGAGGAAGTGTTAACGGATGCATGTTGGGCTCTCTCTTACC 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCCTGATTCATTCGACTGATGAGGAAGTGTTAACGGATGCATGTTGGGCTCTCTCTTACC 840
Query 1040 TTTCCGATGGCACAAATGACAAAATCCAATCTGTCATTGAGGCAGGTGTTGTTCCTCGAC 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTTCCGATGGCACAAATGACAAAATCCAATCTGTCATTGAGGCAGGTGTTGTTCCTCGAC 900
Query 1100 TCGTCGAGCTTCTCCAGCATCAATCACCATCTGTGCTTATTCCTGCCCTTCGTAGTATTG 1159
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 901 TCGTCGAGCTTCTCCAGCATCAATCACCTTCTGTGCTTATTCCTGCGCTTCGTAGTATTG 960
Query 1160 GTAACATTGTCACTGGAGATGATCTGCAGACACAGTGTGTAATTAGTCATGGTGCACTTC 1219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GTAACATTGTCACTGGAGATGATCTGCAGACACAGTGTGTAATTAGTCATGGTGCACTTC 1020
Query 1220 TTAGCCTTTTGAGCCTTCTGACTCACAATCATAAGAAGAGCATCAAAAAGGAAGCTTGCT 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTAGCCTTTTGAGCCTTCTGACTCACAATCATAAGAAGAGCATCAAAAAGGAAGCTTGCT 1080
Query 1280 GGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAGGCTGTGTGTGAAGCTG 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1081 GGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAGGCTGTTTGTGAAGCTG 1140
Query 1340 GTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAG 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAG 1200
Query 1400 CTGCGTGGGCAATATCAAATGCCACTTCAGGTGGTTCTCCTGACCAAATCAAGTACATGG 1459
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1201 CTGCATGGGCAATATCAAATGCCACTTCAGGCGGTTCTCCCGACCAGATCAAGTACATGG 1260
Query 1460 TGGAACAGGGAGTCGTGAAACCACTGTGTGATCTTTTGGTGTGCCCTGATCCAAGGATTA 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGAACAGGGAGTCGTGAAACCACTGTGTGATCTTTTGGTGTGCCCTGATCCAAGGATTA 1320
Query 1520 TCACTGTGTGTCTGGAAGGATTGGAGAACATTTTGAAAGTTGGGGAAGCTGAAAAGGTCA 1579
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1321 TCACAGTGTGTCTGGAAGGATTGGAGAACATTTTGAAAGTCGGGGAAGCTGAAAAGGTTA 1380
Query 1580 CAGGAAATACCGGGGATGTAAACTTTTATGCACAGCTGATCGATGATGCTGAGGGATTAG 1639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1381 CAGGAAATACCGGGGATGTAAACTTTTATGCACAGCTGATCGATGATGCTGAAGGTTTAG 1440
Query 1640 AAAAGATTGAGAATCTGCAGAGTCATGACAACAGCGAAATCTATGAGAAGGCAGTGAAGA 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AAAAGATTGAGAATCTGCAGAGTCATGACAACAGCGAAATCTATGAGAAGGCAGTGAAGA 1500
Query 1700 TTCTTGAAACGTACTGGTTGGAAGAGGAAGATGAAACTTTACCACCTGGTGATCCCTCTG 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1501 TTCTTGAAACGTACTGGTTGGAAGAGGAAGATGAAACTTTACCACCTGGTGATCCCTCCG 1560
Query 1760 CACAAGGCTTCCAGTTTGGAGGAGGTAATGATGCAGCCGTACCACCAGG 1808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1561 CACAAGGCTTCCAGTTTGGAGGAGGTAATGATGCAGCCGTACCGCCAGG 1609
Score = 233 bits (126), Expect = 3e-60
Identities = 145/153 (95%), Gaps = 5/153 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2061 GGTTTATAAGTTTTTAAAGTGTGATCTGATGAGAATGTGTCTCTCTGGGTTTTTGTTACA 2120
|||||||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 GGTTTATATGTTTTTTAA--GTG---TGATGAGAATGTGTCTCTCTGGGTTTTTGTTACA 1697
Query 2121 TTTGTACTACACAACACTGCAAAGTCAAACATAAAAAAGTTGGTCAAACTTTATTTGGTC 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 TTTGTACTACACAACACTGCAAAGTCAAACATAAAAAAGTTGGTCAAACTTTATTTGGTC 1757
Query 2181 TTATTGGTGACATAAAAGCCCAATTGGTTCGTC 2213
|| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 TTGTTGGTGACATAAAAGCCCAATTGGTTCGTC 1790
> Ahg923004 jgi|Araly1|923004|scaffold_104285.1
Length=893
Score = 523 bits (283), Expect = 2e-147
Identities = 312/326 (96%), Gaps = 1/326 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 440 AGAAGTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTAC 499
|||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 338 AGAA-TTGGAGAGTTTGCCTTCAATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTAC 396
Query 500 AGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 559
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 AGCTTGAAGCAACTACTCAGTTCCGGAAGTTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 456
Query 560 AAGAAGTGATTGATGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACTAGAGAGGATT 619
|||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 457 AAGAGGTGATTCAAGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACGAGAGAGGATT 516
Query 620 ATCCACAGCTTCAGTTTGAGGCTGCTTGGGCATTGACAAACATTGCTTCTGGGACTTCAG 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 ATCCACAGCTTCAGTTTGAGGCTGCTTGGGCATTGACGAACATTGCTTCTGGGACTTCAG 576
Query 680 AGAATACAAAGGTGGTCATTGAACATGGTGCTGTTCCGATTTTTGTTCAACTATTGGCTT 739
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 577 AGAACACAAAGGTGGTCATTGAACATGGTGCTGTTCCGATTTTTGTTCAACTCTTGGCTT 636
Query 740 CTCAGAGTGATGATGTCCGTGAGCAG 765
|| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 637 CTTAGAGTGATGATGTTCGTGAGCAG 662
Score = 141 bits (76), Expect = 2e-32
Identities = 101/112 (90%), Gaps = 6/112 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 244 ACTGAGGTTCGCCGGAACCGCTACAAAGTGGCGGTGGATGCTGAGGAAGGAAGACGGAGG 303
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 228 ACTGAGGTTCGTCGGAACCGCTACAAAGTAGCGGTGGATGCAGAAGAAGGAAGACGGAGG 287
Query 304 AGAGAGGACAACATGGTCGAGATCCGTAAGAGTAAGCGTGAAGAAAGCTTAC 355
||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 AGAGAGGACAACATGGTTGAGA-----AA-AGTAAGCGTGAAGAAAGCTTAC 333
> Ahg941048 jgi|Araly1|941048|scaffold_601592.1
Length=730
Score = 291 bits (157), Expect = 2e-77
Identities = 182/194 (94%), Gaps = 1/194 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 440 AGAAGTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTAC 499
|||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 AGAA-TTGGGGAGTTTGCCTTCAATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTAC 417
Query 500 AGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 559
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 418 AGCTTGAAGCAACTACTCAGTTCCGGAAGTTGCTTTCTATTGAGTGTAATCCTCCGATTG 477
Query 560 AAGAAGTGATTGATGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACTAGAGAGGATT 619
|||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 478 AAGAGGTGATTCAAGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACGAGAGAGGATT 537
Query 620 ATCCACAGCTTCAG 633
||||||||||||||
Sbjct 538 ATCCACAGCTTCAG 551
> Ahg943062 jgi|Araly1|943062|scaffold_603606.1
Length=241
Score = 174 bits (94), Expect = 2e-42
Identities = 132/149 (89%), Gaps = 7/149 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 244 ACTGAGGTTCGCCGGAACCGCTACAAAGTGGCGGTGGATGCTGAGGAAGGAAGACGGAGG 303
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 99 ACTGAGGTTCGTCGGAACCGCTACAAAGTAGCGGTGGATGCAGAAGAAGGAAGACGGAGG 158
Query 304 AGAGAGGACAACATGGTCGAGATCCGTAAGAGTAAGCGTGAAGAAAGCTTACAGA-AGAA 362
||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 159 AGAGAGGACAACATGGTTGAGA-----AA-AGTAAGCGTGAAGAAAGCTTACTTTTAGAA 212
Query 363 GCGTCGTGAAGGCCTTCAAGCTAATCAGC 391
||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 213 GCGTCCTGAAGGTCTTCAAGCTAATCAGC 241
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83455726795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5