BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16180.2
Length=2667
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg890636 jgi|Araly1|890636|Al_scaffold_0007_2622 4043 0.0
> Ahg890636 jgi|Araly1|890636|Al_scaffold_0007_2622
Length=2469
Score = 4043 bits (2189), Expect = 0.0
Identities = 2378/2470 (96%), Gaps = 10/2470 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATGGAGTTGAGATCGGATTCACGATCGAGTTCGTTTTCTTCTCTCCTATTCGTCG-CGTT 171
||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1 ATGAAGTTGAGATCGGATTCACGATCTACTTCGTTTTCTTCTCTCCTATTCGTCGTC-TT 59
Query 172 TCTCTTGTTTCTATGCGGACTCGTTTCTCGTACCGACTCGGCTCAGCAACCTTTCCGTCG 231
||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 60 TCTCTCGGTTCTAAGCGGACTCGTTTCTCGTACCGAGTCGGCTCAGCAACCTTTCCGCCG 119
Query 232 CGAGCCAGGTCATCCTCACTGGCATCACAGTGCTTTCCTTGACGTACGAGAGAGTGTTCG 291
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CGAGCCAGGTCATCCTCACTGGCATCACAGCGCTTTCCTCGACGTACGAGAGAGTGTTCG 179
Query 292 ATCCGATGTCCGCCGTATGCTTCACTCCCGTGCCGAGGTACCATTTCAGGTTCCTTTGGA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 ATCCGATGTCCGCCGTATGCTTCACTCCCGTGCCGAGGTACCATTTCAGGTTCCTTTGGA 239
Query 352 AGTGAATATAGTGCTTGTGGGTTTGAATGGAGATGGAGGTTACAGGTATTCAGTGGATCC 411
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 AGTGAATATAGTGCTTGTAGGTCTGAATGGAGATGGAGGTTACAGGTATTCCGTGGATCC 299
Query 412 TCAAAAACTAGAAGAGTTCCTAAGAGCCAGTTTTTCAACACATAGGCCTTCATGCCAAGA 471
||||||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCAAAAATTAGAGGAGTTCTTAAGAGCTAGTTTCTCAACACATAGGCCTTCATGCCAAGA 359
Query 472 GAC-GGGCGAGCCACTTGATATTGAGCATCGAGTTGTTTATAATATCTTTCCTAGTGGGC 530
||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GACAGGG-GAGCCACTTGATATCGAGCATCGAGTTGTTTATAATATCTTTCCTAGTGGGC 418
Query 531 AACCTGAATTAATAGCTCTGGAGAAGGCAGTGAAAGAAGCCATGGTGCCTGCTGGAACTG 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AACCTGAATTAATAGCTCTGGAGAAGGCAGTGAAAGAAGCCATGGTGCCTGCTGGAACTG 478
Query 591 CACTAGA-G--G---CTGATTTTGGAAGACACTTACCTGCCTATGACGTAGAGGCAATAA 644
||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 479 CACTAGAGGTTGCTACTGATTTTGGAAGACACTTACCTGCCTTTGACGTAGAGGCAACAA 538
Query 645 AAGTGGAGTCCGCATTTAACCAGCTTTACTCGTATATATTTGATATTGATGTGGGTTCTG 704
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 539 AAGTTGAGTCCGCATTTAACCAGCTTTACTCGTATATATTTGATATTGATGTGGGAGCTG 598
Query 705 GATCAGCCGCAACGGCAGATAAACCTATACCAAGTGCCATATTTGTAGTGAATTTTGATA 764
||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 599 GATCAGCAGCCACGGCGGATAAACCTATACCAAGTGCCATATTTGTTGTGAATTTTGATA 658
Query 765 AGGTAAGAATGGATCCTAAAAATACAGAGATTGATCTAGACAGCTTGATGTTTGCAAAGC 824
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AGGTAAGAATGGATCCTCGAAATACAGAGATTGATCTAGACAGCTTGATGTTTGCAAAGC 718
Query 825 TACCAGAGCTTAGTGATGCAGACAAGGAGAAACAAGAGGCAGATTATATTTATCGATATA 884
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 719 TACCAGAGCTTAGTGATGTAGACAAGGAGAAACAAGAGGCAGATTACATTTATCGATATA 778
Query 885 GATACAATGGTGGAGGAGCATCCCAAGTTTGGCTTGCATCAGGCAGATATGTTGTCATAG 944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GATACAATGGTGGAGGAGCATCCCAAGTTTGGCTTGGATCAGGCAGATATGTTGTCATAG 838
Query 945 ATTTGTCTGCGGGGCCTTGTACATATGGGAAGATTGAAACTGAAGAGGGCAGTGTTAGTC 1004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 839 ATTTGTCTGCGGGGCCTTGTACATATGGGAAGATTGAAACTGAAGAGGGAAGTGTTAGTC 898
Query 1005 CCAGAACAGTGCCAAGGATACGAAACATTGTGCTTCCAGGAAATGTTAGCCCTGTTGGTC 1064
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 899 CCAGAACAGTGCCAAGGATACGAAACATAGTGCTTCCAGGAAATGTTAGTCCTGTTGGTC 958
Query 1065 ATCAGTCTACCCATGATATCTTTTCTGGTCAGTTAGCAGCGTTGGTAGCTACTACAATTG 1124
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 959 ATCAGTCTACCCATGATATATTTTCTGGTCAGTTAGCAGCGTTAGTAGCTACTACAATTG 1018
Query 1125 AGCATGTCATAGCTCCTGATGTCAGGTTTGAGACGGTTGATCTAGCAACTAGGGTGCTGG 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGCATGTCATAGCTCCTGATGTCAGGTTTGAGACGGTTGATCTAGCAACTAGGGTGCTGG 1078
Query 1185 TACCTATCATTGTGCTCCAAAACCACAATCGATATAATATCATGGAAAGAGGACAAAACT 1244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TACCTATCATTGTGCTCCAAAACCACAATCGATATAATATCATGGAAAGAGGACAAAACT 1138
Query 1245 ACAGCATAAATATTGAAGAGATAGAATCTGAGGTAAAGAAAATGATTCATCATGGCCAAG 1304
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 ACAGCATAAATATTGAAGAGATAGAATCCGAGGTAAAGAAAATGATTCATCATGGGCAAG 1198
Query 1305 AAGTAGTGATCGTTGGAGGGGCTCATCCATTACATCGTCATGAGAAGTTAGCTATAGCCG 1364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 1199 AAGTAGTGATCGTTGGAGGGGCTCATCCATTACATCGTCATGAGAAATTAGCTATTGCTG 1258
Query 1365 TCTCAAAAGCTATGCGTGGGCATTCCCTTCAGGAAACGAAGAAGGACGGAAGATTTCATG 1424
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCTCAAAAGCCATGCGTGGGCATTCCCTTCAAGAAACTAAGAAGGACGGAAGATTTCATG 1318
Query 1425 TGCATACCAAAACATACCTAGATGGTGCTATCCTCAAAGAAGAGATGGAAAGGTCGACTG 1484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1319 TGCATACCAAAACATACCTAGATGGTGCTATCCTCAAAGAAGAGATGGAAAGGTCTACTG 1378
Query 1485 ATGTTCTAGCTGCTGGTTTGCTCGACGTGTCTGACCCTGGGCTTTCTAATAAATATTTTC 1544
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ATGTTCTCGCTGCTGGTTTGCTCGACGTGTCTGACCCTGGGCTTTCTAATAAATATTTTC 1438
Query 1545 TCCGCCAGAGCTGGGATGATGAATCTGAAGGTTCAAGTGATTCCATAGTAAAGCACAGAC 1604
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1439 TCCGCCAGAGCTGGGATGACGAATCTGAAGGTTCAGGTGATTCCATAGTAAAGCACAGGC 1498
Query 1605 CTCTCTGGTCATCTTATAGCTCCAAACTTCAGAAGGGAAAGAAAAAGAAGGCCGTTAAGA 1664
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1499 CTCTCTGGTCATCTTATAGCTCAAAACTTCAGAAGGGAAAGAAAAAGAACGTCGTTAAGA 1558
Query 1665 AAAAAGGCGATCTCTACCGCACTTATGGAACAAGAGTTATTCCAGTGTTTATACTCTCAC 1724
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAAAAGGCGACCTCTACCGCACTTATGGAACAAGAGTTATTCCAGTGTTTATACTCTCAT 1618
Query 1725 TAGCCGATGTAGATCCAATGCTCATGATGGAAGATGAGAGCCTCGTGTGGGCGAGCAGTG 1784
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1619 TAGCCGATGTGGATCCAATGCTCATGATGGAAGATGAGAGCCTCGTGTGGGCGACCAGTG 1678
Query 1785 ATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCTAAATGAGAAAATACCTTTGAGTTATGTTTCTGAAA 1844
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCTAAACGAGAAAATACCTTTGAGTTATGTTTCTGAAA 1738
Query 1845 CAGAGAGACAGCATGCTGTCCCATCACAGGTACAGCGACATGTACTTGCAGGTATAGCTT 1904
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CAGAGAGACAACATGCTGTCCCATCACAGGTACAGCGACATATACTTGCAGGTATAGCTT 1798
Query 1905 CTGCTTTAGGCGGTGTAAGTGCACCATATGAAAAGACCTCACACGCGCATGAAAGACCTA 1964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTGCTTTAGGCGGTGTAAGTGCACCATATGAAAAGACCTCTCACGCGCATGAAAGACCTA 1858
Query 1965 TCACCAATTGGCTTTGGGCAGCCGGTTGTCACCCGTTTGGACCATTCTCAAACGTCTCCC 2024
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1859 TCACGAATTGGCTTTGGGCAGCCGGTTGTCACCCGTTTGGACCATTCTCAAACGTCTCTC 1918
Query 2025 TGATCAGTCAAATGCTTCAAGATGTTGCACTGAGGAATACTATTTATGCTCGGGTTGATT 2084
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1919 TAATCAGTCAAATGCTTCAAGATGTTGCACTGAGGAATACTATTTATGCACGGGTTGATT 1978
Query 2085 CTGCTCTACGCAAAATCCGTGAAACATCAGAGGCAGTACAAAACTTTGCATCCGAATACC 2144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1979 CTGCTCTACGCAAAATCCGTGAAACATCAGAGGCAGTACAAAACTTTGCATCTGAATACC 2038
Query 2145 TTAAGACTCCACTTGGCGAGCCAGTGAAAGATAAAAAGAACAAAACCAAAACGGAGCTAT 2204
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2039 TCAAGACTCCACTAGGCGAGCCAGTGAAAGATAAAAAGAACAAAACCAAAACAGAGCTAT 2098
Query 2205 GGGTCGAGAAGTTCTACAAAAAGACAACAACATTGCCTGAGCCTTTCCCACACGAGCTAG 2264
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GGGTGGAGAAGTTCTACAAAAAGACAACCACATTGCCTGAGCCTTTCCCACACGAGCTAG 2158
Query 2265 TCGAAAGATTAGAGAAATATCTAGACACTGTAGAAGAACAACTGGTGGATCTATCTTCTT 2324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2159 TCGAAAGATTAGAGAAATATCTAGACACTGTAGAAGAACAATTAGTGGATCTATCTTCTT 2218
Query 2325 TGCTATACGACCACAAGCTATACGATGCTCACCTCAACAGCTCAGAGATTCTTCAAACCA 2384
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2219 TGCTATACGACCACAAGCTATACGATGCTCATCTTAACAGCTCAGAGATTCTTCAGACCA 2278
Query 2385 CCATGTTTACACAACAGTACGTAGAACATGTACTGGAAACAGAAAGGGAGAACATGAGAT 2444
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2279 CCATGTTTACACAACAGTACGTAGAACATGTACTGGAAACAGAAAGAGAGAACATGAGAT 2338
Query 2445 GCTGTAAGATAGAGTACAAATACACAGTTGGAGTAAAGTCTTACCAAACGTTGGTGTACG 2504
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GTTGTAAGATAGAGTACAAATACACAGTTGGAGTCAAGTCTTACCAAACGTTGGTGTACG 2398
Query 2505 GAGGAATACTTGTGGCTGGTTTTCTCGTTTATTTCCTTGTCATTTTCTTCTCTTCTCCTC 2564
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2399 GAGGAATACTTGTAGCTGGTTTTCTCGTTTATTTCCTTGTCATTTTCTTTTCTTCTCCTC 2458
Query 2565 CTTCTCGCTA 2574
||||||||||
Sbjct 2459 CTTCTCGCTA 2468
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100596337045
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5