BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16340.1
Length=6338
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493252 jgi|Araly1|493252|fgenesh2_kg.7__2685__AT4G16340.1 9886 0.0
Ahg887443 jgi|Araly1|887443|Al_scaffold_0727_1 1048 0.0
> Ahg493252 jgi|Araly1|493252|fgenesh2_kg.7__2685__AT4G16340.1
Length=5952
Score = 9886 bits (5353), Expect = 0.0
Identities = 5784/5989 (97%), Gaps = 42/5989 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GTTGGACTTACAGCTCCAGCTCGACTTTTGCTTTCCTCTTGAGTAATCTTCACTTTTT-C 62
|||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |
Sbjct 1 GTTGGACTTATGGTTCCAGCTCGACTTTTGC-TTCCTGTCGAGTAATCTTCACTTTTTCC 59
Query 63 ---T-CCCAACTGCTTCCTCTCACGGATCTCTTCCTCTCTGCGTAAAGACAAAGATTCAT 118
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTTTCCCCAACTGCTTCCTCTCACGGATCTCTTCCTCTCTGCGTAAAGACAAAGATTCAT 119
Query 119 CCTCCTCTCCTCCTTTAGCTCCCCCACTCAGATCTACTTACTACTCCAACAATGTCCTTT 178
|||||||| |||| || ||||||||||||| | | ||||| |||||||||
Sbjct 120 CCTCCTCT--TCCTCTACCTCCCCCACTCAG----A--T-CTACT------ATGTCCTTT 164
Query 179 TCCCATTTCTAGGTTTTCACAAATCCCCAATTCTCTCTAATGGCGTAGTAGTACCTCACA 238
| || ||||||||||||||||||||||||| | || | | | || |||
Sbjct 165 TTCCTTTTCTAGGTTTTCACAAATCCCCAA---T-TC---T--C-------T--CT-ACA 205
Query 239 TTGTATTAGATCTATCTCAATGGAGAACAACAATCTTGGTCTTCGATTTCGTAAGCTACC 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 206 TTGTATTAGATCTATCTCAATGGAGAACAACAATCTTGGTCTTCGATTTCGTAAGATACC 265
Query 299 TCGTCAGCCTCTTGCTCTCCCTAAGCTCGATCCTTTGCTTGATGAGAATCTGGAACAATG 358
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 TCGTCAGCCTGTTGCTCTCCCTAAGCTCGATCCTTTGCTTGATGAGAATCTGGAACAATG 325
Query 359 GCCACATTTGAATCAATTGGTTCAATGTTATGGCACTGAATGGGTTAAAGATGTTAACAA 418
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 326 GCCGCATTTGAATCAATTGGTTCAATGCTATGGCACTGAATGGGTTAAAGATGTTAATAA 385
Query 419 ATACGGTCACTATGAAAATATTCGACCTGATTCTTTCCAGACTCAGATTTTTGAAGGACC 478
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 ATATGGTCACTATGAAAATATTCGACCTGATACTTTCCAGACTCAGATTTTTGAAGGACC 445
Query 479 TGATACTGATACTGAGACTGAGATTCGTCTTGCTAGTGCCAGGAGTGCAACTATTGAGGA 538
|||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 446 TGATACTGATACCGAGACTGAAATCCGTCTTGCTAGTGCTAGGAGTGCAACTATTGAGGA 505
Query 539 GGATGTTGCCAGTATTTCCGGGAGGCCGTTTTCTGATCCTGGATCCTCTAAGCATTTTGG 598
|||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||
Sbjct 506 GGATGTAGCTAGTATATCCGGGAGGCCGTTTTCTGATTCTGGATCCTCCAAGCACTTTGG 565
Query 599 GCAACCTCCTTTACCTGCTTATGAACCAGCTTTTGACTGGGAAAATGAAAGAGCTATGAT 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 GCAACCTCCTTTACCTGCTTATGAACCAGCTTTTGACTGGGAAAATGAAAGAGCTATGAT 625
Query 659 TTTTGGTCAGAGAACTCCTGAATCTCCTGCAGCTAGCTATTCCAGTGGATTGAAGATCTC 718
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 ATTTGGCCAGAGAACTCCTGAATCTCCTGCAGCAAGCTATTCCAGTGGATTGAAGATCTC 685
Query 719 TGTCAGAGTTTTGTCTCTAGCTTTTCAGTCTGGCTTAGTTGAACCATTTTTTGGCTCGAT 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 CGTCAGAGTTTTGTCTCTAGCTTTTCAGTCTGGCTTAGTTGAACCATTTTTTGGCTCGAT 745
Query 779 TGCATTGTACAATCAAGAGAGGAAGGAGAAACTCTCTGAGGATTTTTATTTCCAGATTCA 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 746 TGCATTGTACAATCAAGAGAGGAAGGAGAAACTCTCTGAGGATTTTTATTTCCATATTTT 805
Query 839 GCCGACGGAAATGCAGGATGCTAAACTTTCATCTGAAAATCGTGGAGTATTTTATCTAGA 898
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 GCCGACGGAAATGCAGGATGCTAAAAATTCATCTGAAAATCGTGGAGTATTTTATCTAGA 865
Query 899 TGCCCCATCAGCATCAGTTTGCCTGCTTATTCAATTAGAAAAAACAGCAACTGAGGAAGG 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 866 TGCCCCATCAGCATCAGTTTGCCTGCTTATTCAATTAGAAAAAACAGCAACAGAGGAGGG 925
Query 959 AGGCGTTACATCATCTGTCTATTCCCGTAAAGAGCCTGTGCACTTAACTGAGAGGGAAAA 1018
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 AGGCGTTACAACATCTGTCTATTCCCGTAAAGAGCCTGTGCACTTAACTGAGAGGGAAAA 985
Query 1019 GCAAAAGTTGCAGGTCTGGTCTCGCATTATGCCTTACCGAGAGTCTTTTGCTTGGGCAGT 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 GCAAAAGTTGCAGGTCTGGTCTCGCATTATGCCTTACCGAGAGTCTTTTGCTTGGGCAGT 1045
Query 1079 TGTTCCGCTTTTTGATAATAATCTCACCACAAACACTGGTGAATCTGCTTCCCCTAGCAG 1138
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 TGTTCCGCTTTTTGATAATAATGTCACCACAAACACTGGTGAATCTGCTTCCCCTAGCAG 1105
Query 1139 TCCTCTTGCTCCTAGTATGACTGCGTCAAGTTCCCATGATGGTGTTTATGAACCAATTGC 1198
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1106 TCCTCTTGCTCCTAGTATGACCGCGTCAAGTTCCCATGATGGTGTTTATGAACCCATTGC 1165
Query 1199 AAAGATCACATCAGATGGAAAGCAAGGTTATTCAGGTGGAAGTTCTGTCGTAGTTGAAAT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 AAAGATCACATCAGATGGAAAGCAAGGTTATTCAGGTGGAAGTTCTGTCGTAGTTGAAAT 1225
Query 1259 ATCTAATTTAAATAAAGTTAAAGAGAGCTACTCTGAAGAGTCCATTCAGGACCCCAAACG 1318
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1226 ATCTAATTTAAACAAAGTTAAAGAGAGCTACTCTGAAGAGTCAATTCAGGACCCCAAACG 1285
Query 1319 GAAGGTTCACAAACCTGTTAAAGGGGTTCTAAGACTGGAAATTGAGAAACATCGGAATGG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 GAAGGTTCACAAACCTGTTAAAGGGGTTCTAAGACTGGAAATTGAGAAACATCGGAATGG 1345
Query 1379 ACATGGAGACTTTGAAGATCTATCTGAGAATGGAAGTATCATAAATGACTCCCTTGATCC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 ACATGGAGACTTTGAAGATCTATCTGAGAATGGAAGTATCATAAATGACTCCCTTGATCC 1405
Query 1439 AACTGACCGCCTCAGTGACCTGACTCTTATGAAGTGTCCCAGTTCTAGTTCTGGTGGACC 1498
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1406 GACTGACCGCCTCAGTGACCTGACACTTATGAAGTGTCCCAGTTCTGGTTCTGGTGGACC 1465
Query 1499 CCGTAATGGCTGTTCAAAGTGGAATTCAGAGGATGCAAAGGATGTTTCGAGAAATCTAAC 1558
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1466 CCGTAATGGCTGTTCGAAGTGGAATTCAGAGGATGCAAAGGATGTTTCAAGAAACCTAAC 1525
Query 1559 AAGTTCATGTGGGACTCCTGACTTAAATTGTTATCATGCTTTTGATTTTTGCTCTACGAC 1618
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1526 AAGTTCAAGTGGGACTCCTGACTTAAATTGTTATCATGCTTTTGATTTCTGCTCTACGAC 1585
Query 1619 AAGAAACGAGCCTTTTCTACATCTCTTCCATTGCCTTTATGTGTATCCTGTAGCTGTTAC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 AAGAAACGAGCCTTTTCTACATCTCTTCCATTGCCTTTATGTGTATCCTGTAGCTGTTAC 1645
Query 1679 TTTAAGTCGGAAGAGGAATCCCTTTATCCGTGTAGAATTGAGAAAGGATGACACAGATAT 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1646 TTTAAGTCGGAAGAGGAATCCCTTTATCCGTGTAGAATTGAGAAAGGATGACACTGATGT 1705
Query 1739 CCGAAAACAACCACTCGAGGCAATATATCCAAGAGAACCTGGTGTTTCACTCCAGAAATG 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1706 CCGAAAACAACCACTCGAGGCAATATATCCAAGAGAGCCTGGTGTTTCACTCCAGAAGTG 1765
Query 1799 GGTTCATACACAGGTCGCTGTTGGTGCTAGGGCCGCTAGCTACCATGATGAAATTAAGGT 1858
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 GGTTCATACACAGGTTGCTGTTGGTGCTAGGGCTGCTAGCTACCATGATGAAATTAAGGT 1825
Query 1859 CTCTCTTCCTGCCACATGGACGCCATCACATCATCTGTTATTCACtttttttCATGTTGA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 CTCTCTTCCTGCCACATGGACGCCATCACATCATCTGTTATTCACTTTTTTTCATGTTGA 1885
Query 1919 TCTCCAGACAAAGCTTGAAGCTCCAAGACCAGTAGTTGTTGGATATGCATCACTTCCATT 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 TCTCCAGACAAAGCTTGAAGCTCCAAGACCAGTAGTTGTTGGATATGCATCACTTCCATT 1945
Query 1979 ATCTACATATATCCACTCACGGTCTGATATTTCTCTACCAGTAATGAGAGAACTTGTTCC 2038
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1946 ATCTACCTATATCCACTCACGGTCTGATATTTCTCTACCAGTAATGAGAGAACTGGTTCC 2005
Query 2039 CCACTATCTTCAGGAAAGCACCAAGGAGAGGTTGGATTATTTGGAAGATGGCAAAAATAT 2098
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2006 CCACTATCTTCAGGAAACCACCAAGGAGAGGTTGGATTATTTGGAAGATGGCAAGAATAT 2065
Query 2099 TTTTAAGTTGCGACTGAGACTTTGTTCATCTCTTTATCCCACCAACGAACGTGTCAGGGA 2158
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2066 TTTTAAGTTGCGACTGAGACTTTGTTCGTCTCTTTATCCCACCAATGAACGTGTCAGGGA 2125
Query 2159 TTTCTGTCTAGAGTATGATAGACATACCCTCCAGACAAGGCCTCCCTGGGGTTCAGAACT 2218
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2126 TTTCTGTCTAGAGTATGATAGACATACCCTCCGGACAAGCCCTCCCTGGGGTTCAGAACT 2185
Query 2219 GTTGCAGGCAATAAACAGTTTGAAGCACGTTGATTCTACTGCCTTGCTTCAGTTTCTTTA 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2186 GTTGCAGGCAATAAACAGTTTGAAGCACGTTGATTCTACTGCCTTGCTTCAGTTTCTTTA 2245
Query 2279 CCCAATTCTTAACATGCTCCTTCATCTTATTGGCAATGGTGGAGAAACCCTTCAGGTTGC 2338
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2246 CCCAATTCTTAATATGCTCCTTCATCTTATTGGCAATGGTGGAGAAACTCTTCAGGTTGC 2305
Query 2339 AGCATTCAGAGCCATGGTGGATATTTTAACTCGGGTGCAGCAGGTGTCGTTTGATGATGC 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2306 AGCATTCAGAGCCATGGTGGATATTTTAACTCGGGTGCAGCAGGTGTCGTTTGATGATGC 2365
Query 2399 TGACCGAAATCGATTTCTGGTCACCTATGTTGATTATTCTTTTGATGATTTTGGAGGCAA 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 TGACCGAAATCGATTTCTGGTCACCTATGTTGATTATTCTTTTGATGATTTTGGAGGCAA 2425
Query 2459 TCAACCACCGGTTTATCCTGGATTAGCAACTGTGTGGGGAAGTTTAGCTAGAAGCAAGGC 2518
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 TCAACCACCAGTTTATCCTGGATTAGCAACTGTATGGGGAAGTTTAGCTAGAAGCAAGGC 2485
Query 2519 CAAAGGTTACCGGGTTGGACCTGTATATGACGATGTATTATCAATGGCGTGGTTTTTCCT 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 CAAAGGTTACCGGGTTGGACCTGTATATGACGATGTATTATCAATGGCGTGGTTTTTCCT 2545
Query 2579 CGAGTTGATTGTTAAATCAATGGCATTGGAGCAAGCACGTCTTTATGATCACAATCTACC 2638
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546 CGAGTTGATTGTTAAATCGATGGCATTGGAGCAGGCACGTCTTTATGATCACAATCTACC 2605
Query 2639 TACAGGCGAGGATGTTCCACCCATGCAGCTCAAAGAAAGTGTTTTCCGATGTATCATGCA 2698
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606 TTCAGGCGAGGATGTTCCACCCATGCAGCTCAAAGAAAGTGTTTTCCGATGTATCATGCA 2665
Query 2699 ATTGTTTGATTGTCTTTTAACTGAAGTACATGAACGTTGTAAAAAGGGCTTAAGCTTGGC 2758
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2666 ATTGTTTGATTGTCTTTTAACTGAAGTTCATGAACGTTGTAAAAAGGGCCTAAGCTTGGC 2725
Query 2759 GAAACGTCTGAACAGCAGTTTGGCCTTCTTCTGTTATGATCTTTTATATATCATTGAGCC 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2726 GAAACGTCTGAACAGCAGTTTGGCCTTCTTCTGTTATGATCTTTTATATATAATTGAGCC 2785
Query 2819 CTGCCAGGTCTATGAACTGGTATCGTTATACATGGACAAGTTTTCTGGTGTTTGTCAATC 2878
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2786 CTGCCAGGTTTATGAACTGGTATCGTTATACATGGACAAGTTTTCTGGTGTTTGTCAATC 2845
Query 2879 TGTTCTACACGAATGCAAGCTCACGTTTTTGCAAATTATCTCCGACCATGATCTTTTTGT 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2846 TGTTCTACACGAATGCAAGCTCACGTTTTTGCAAATTATCTCCGACCATGATCTTTTTGT 2905
Query 2939 AGAAATGCCTGGTAGAGACCCATCAGACAGGAACTATTTATCATCCATATTAATACAGGA 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2906 AGAAATGCCTGGTAGAGACCCATCAGACAGGAACTATTTATCATCCATATTAATACAGGA 2965
Query 2999 GTTATTTCTCTCACTGGATCATGATGAGCTGCCTCTGCGGGCGAAGGGAGCAAGAATTTT 3058
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2966 GTTATTTCTTTCCCTGGATCATGATGAGCTGCCTCTGCGGGCGAAGGGAGCAAGAATTTT 3025
Query 3059 AGTGATCCTTTTATGCAAGCATGAATTTGATGCGCGGTACCAGAAAGCTGAAGATAAGCT 3118
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3026 AGTGATCCTCTTATGCAAGCATGAATTTGATGCACGGTACCAGAAAGCTGAAGATAAGCT 3085
Query 3119 GTATATTGCACAACTGTATTTTCCTTTTGTCGGGCAGATTTTAGATGAAATGCCTGTTTT 3178
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3086 GTATATTGCACAACTATATTTTCCATTTGTCGGGCAGATTTTAGATGAAATGCCCGTCTT 3145
Query 3179 TTATAACCTAAATGCTACTGAAAAGCGTGAGGTTTTAATTGGTGTGCTGCAAATTGTTCG 3238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3146 TTATAACCTAAATGCTACTGAAAAGCGTGAGGTTTTAATTGGCGTGCTGCAAATTGTTCG 3205
Query 3239 TAATCTGGATGACACATCACTTGTCAAAGCATGGCAGCAGAGCATCGCTCGTACTCGATT 3298
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3206 TAATCTGGATGACACATCACTTGTCAAGGCATGGCAGCAGAGCATCGCTCGTACTAGATT 3265
Query 3299 ATATTTCAAACTCATGGAAGAATGCCTCATACTTTTCGAGCACAAGAAGGCTGCTGACAG 3358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3266 GTATTTCAAACTCATGGAAGAATGCCTCATACTTTTCGAGCACAAGAAGGCTGCTGACAG 3325
Query 3359 CATCCTCGGGGGCAACAATTCTCGTGGTCCTGTTAGTGAAGGAGCTGGATCACCAAAGTA 3418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3326 CATCCTCGGGGGCAACAATTCTCGTGGTCCTGTTAGTGAAGGAGCTGGATCACCAAAGTA 3385
Query 3419 CTCCGAGCGACTTTCTCCTGCTATCAACAATTATCTGTCAGAGGCTTCTCGCCAAGAAGT 3478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3386 CTCCGAGCGACTTTCTCCTGCTATCAACAATTATCTGTCAGAGGCTTCTCGCCAAGAAGT 3445
Query 3479 CAGGCTAGAGGGAACACCTGATAATGGGTACCTGTGGCAGAGAGTTAATTCTCAGTTGGC 3538
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3446 CAGGCTAGAGGGAACACCTGACAATGGGTACCTGTGGCAGAGAGTTAATTCTCAGTTGGC 3505
Query 3539 CTCCCCTAGCCAACCTTATTCTCTAAGAGAAGCTTTAGCTCAAGCACAATCTTCCCGGAT 3598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3506 CTCCCCTAGCCAACCTTATTCTCTAAGAGAAGCTTTAGCTCAAGCACAATCTTCGCGGAT 3565
Query 3599 TGGAGCTTCAGCCCAGGCACTAAGAGAATCGCTGCACCCAATTTTGAGGCAAAAACTGGA 3658
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3566 TGGAGCTTCAGCTCAGGCACTAAGAGAATCGCTGCACCCTATTTTGAGGCAAAAACTGGA 3625
Query 3659 ACTTTGGGAGGAGAATGTAAGTGCCACTGTTAGCCTCCAGGTTTTGGAGATCACTGAAAA 3718
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3626 ACTTTGGGAAGAGAATGTAAGTGCCACTGTTAGCCTCCAGGTTTTGGAGATCACTGAAAT 3685
Query 3719 TTTTTCATCAATGGCAGCCTCTCACAATATTGCGACCGACTATGGCAAATTGGACTGCAT 3778
|||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3686 TTTTTCATCAATGGTAGCCTCTCACAATATTGCAACGGACTATGGAAAATTGGACTGCAT 3745
Query 3779 TACTACAATACTGACGAGTTTCTTCTCCCGAAACCAGTCATTAGCTTTCTGGAAAGCCTT 3838
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3746 TACTACAATATTGACGAGTTTCTTCTCCCGGAACCAGTCATTAGCCTTCTGGAAAGCCTT 3805
Query 3839 CTTTCCAATTTTCAACAGAATCTTTGATCTTCATGGGGCTACACTGATGGCCAGGGAAAA 3898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3806 CTTTCCAATTTTCAACAGAATCTTTGATCTTCATGGGGCTACACTGATGGCCAGGGAAAA 3865
Query 3899 TGATCGCTTCTTAAAACAGATAGCCTTCCATCTTCTCCGGCTTGCTGTTTACCGCAATGA 3958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3866 CGATCGCTTCTTAAAACAGATAGCCTTCCATCTTCTCCGGCTTGCTGTTTACCGCAATGA 3925
Query 3959 CAGTGTCAGGAAAAGGGCTGTTATTGGTCTTCAAATACTAGTTAAGAGCTCGCTATACTT 4018
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3926 CAGTGTCAGGAAAAGGGCTGTCATTGGTCTTCAAATACTAGTTAAGAGCTCGCTATACTT 3985
Query 4019 TATGCAGACTGCTAGGCTGAGGGCTTTGCTGACGATTACACTGTCAGAACTCATGTCGGA 4078
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3986 TATGCAGACTGCTAGGCTGAGGGCTTTGCTGACCATTACACTGTCAGAACTCATGTCGGA 4045
Query 4079 TGTCCAAGTGACTCATATGAAGTCAGATAATACATTAGAAGAGAGTGGAGAAGCACGGCG 4138
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4046 TGTCCAAGTGACTCATATGAAAACAGATAATACATTAGAAGAGAGTGGAGAAGCACGTCG 4105
Query 4139 ACTTCAACAGTCATTAAGCGAAATGGCTGATGAAGCTAAGAGTGTCAATTTGTTGAGGGA 4198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4106 GCTTCAACAGTCATTAAGCGAAATGGCTGATGAAGCTAAGAGTGTCGATTTGTTGAGGGA 4165
Query 4199 GTGTGGTCTTCCTGATGATACACTGTTGATTATTCCCGAGAAATTTACAGAGAACCGCTG 4258
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4166 GTGTGGTCTTCCTGATGATACACTGTTGGTAATTCCCGAGAAATTTACAGAGAATCGCTG 4225
Query 4259 GTCATGGGCTGAAGTCAAACATCTTTCTGACAGCCTTGTTCTTGCTCTTGATGCCAGCCT 4318
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4226 GTCATGGGCTGAAGTCAAACATCTTTCTGATAGCCTTGTTCTTGCTCTTGATGCCAGCCT 4285
Query 4319 CGGGCATGCCCTTTTGGGATCTGTGATGGCTATGGATCGATATGCTGCTGCAGAGAGCTT 4378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4286 CGGGCATGCCCTTTTGGGATCTGTGATGGCTATGGATCGATATGCTGCAGCAGAGAGCTT 4345
Query 4379 CTACAAACTTGGAATGGCGTTTGCTCCTGTTCCGGATCTTCACATAATGTGGTTATTGCA 4438
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4346 CTACAAACTTGGAATGGCATTTGCTCCTGTTCCGGATCTTCACATAATGTGGTTGCTGCA 4405
Query 4439 TCTATGTGATGCCCACCAGGAAATGCAGTCTTGGGCAGAAGCTGCACAGTGTGCTGTGGC 4498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4406 TCTATGTGATGCCCACCAGGAAATGCAGTCTTGGGCTGAAGCTGCACAGTGTGCTGTGGC 4465
Query 4499 GGTTGCAGGTGTGATAATGCAGGCCTTGGTGGCTAGGAATGATGGTGTGTGGAGCAAGGA 4558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4466 GGTTGCAGGTGTGATAATGCAGGCCTTGGTGGCTAGAAATGATGGTGTGTGGAGCAAGGA 4525
Query 4559 TCATGTGTCTGCCTTGCGTAAGATTTGCCCGATGGTAAGTGGCGAGTTTACAACAGAGGC 4618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4526 TCATGTGTCTGCCTTGCGTAAGATTTGCCCGATGGTAAGTGGCGAGTTTACAACAGAGGC 4585
Query 4619 ATCTGCAGCTGAAGTCGAGGGTTATGGTGCTTCAAAGCTAACAGTTGACTCCGCCGTCAA 4678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4586 ATCTGCAGCTGAAGTCGAGGGTTATGGTGCTTCAAAGCTAACAGTTGACTCCGCCGTCAA 4645
Query 4679 GTATTTACAGCTTGCTAATAAGCTTTTCTCTCAAGCTGAGCTCTACCATTTTTGTGCAAG 4738
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4646 GTACCTACAGCTTGCTAATAAGCTTTTCTCTCAAGCTGAGCTCTACCATTTTTGTGCAAG 4705
Query 4739 CATTTTAGAACTTGTTATTCCAGTTTACAAGAGCAGGAAGGCTTATGGGCAGTTGGCTAA 4798
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4706 CATTTTGGAACTTGTTATTCCAGTTTACAAGAGCAGGAAGGCTTATGGGCAGTTGGCTAA 4765
Query 4799 GTGTCACACTTTACTTACTAATATATACGAGTCCATTCTTGACCAAGAATCAAACCCAAT 4858
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4766 GTGTCACACTTTACTTACTAATATATATGAGTCCATTCTTGACCAAGAATCAAACCCAAT 4825
Query 4859 CCCATTTATTGATGCTACATATTACCGGGTGGGATTTTATGGGGAAAAGTTTGGGAAGTT 4918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4826 CCCATTTATTGATGCTACATATTACCGGGTGGGATTTTACGGGGAAAAGTTTGGGAAGTT 4885
Query 4919 GGACAGGAAAGAATATGTATACCGAGAACCACGAGATGTGCGGCTAGGGGATATAATGGA 4978
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4886 GGACAGAAAAGAATATGTATACCGTGAACCACGAGATGTGCGGCTAGGGGATATAATGGA 4945
Query 4979 AAAACTGAGCCATATATATGAGTCAAGAATGGACAGCAACCATATTCTGCACATTATACC 5038
||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4946 AAAGCTGAGCCATATCTATGAATCAAGAATGGACAGCAACCATATTCTGCACATTATACC 5005
Query 5039 AGATTCGAGGCAAGTGAAGGCAGAAGACTTGCAGGCAGGAGTGTGCTATCTGCAAATTAC 5098
||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5006 AGATTCGAGACAAGTGAAAGCAGAAGAATTGCAGGCAGGAGTGTGCTACCTGCAAATTAC 5065
Query 5099 TGCTGTTGATGCAGTGATGGAAGATGAGGATCTTGGGAGCAGAAGAGAGAGAATATTTTC 5158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5066 AGCTGTTGATGCAGTGATGGAAGATGAGGATCTTGGGAGCAGAAGAGAGAGAATATTTTC 5125
Query 5159 TCTTTCAACTGGAAGTGTTCGAGCACGAGTGTTTGATCGTTTCTTATTTGACACACCATT 5218
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 5126 TCTTTCGACTGGAAGTGTTCGAGCACGAGTGTTTGATCGCTTCTTGTTTGACACACCATT 5185
Query 5219 TACGAAAAATGGTAAAACCCAAGGTGGATTAGAAGATCAATGGAAGAGAAGAACAGTGCT 5278
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5186 TACAAAAAATGGTAAGACCCAAGGTGGATTAGAAGATCAATGGAAGAGAAGAACAGTGCT 5245
Query 5279 GCAGACTGAGGGTTCATTCCCTGCCCTTGTGAATAGGCTGTTGGTTACCAAGTCTGAATC 5338
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5246 GCAGACTGAGGGTTCATTCCCTGCGCTTGTGAATAGGCTGTTGGTTACCAAGTCTGAATC 5305
Query 5339 CCTTGAATTCTCGCCAGTGGAGAATGCGATTGGAATGATTGAAACGCGGACAACCGCTCT 5398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5306 CCTTGAATTCTCGCCAGTGGAGAATGCGATTGGAATGATTGAAACGCGGACAACTGCTCT 5365
Query 5399 GAGAAATGAGCTAGAGGAGCCTCGTAGCTCGGATGGGGATCACCTACCACGGCTTCAAAG 5458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5366 GAGAAATGAGCTAGAGGAGCCTCGTAGCTCGGATGGGGATCACCTACCACGGCTTCAAAG 5425
Query 5459 TCTGCAGAGGATTCTCCAAGGAAGTGTTGCAGTGCAGGTGAACAGTGGGGTGTTGAGCGT 5518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5426 TCTGCAGAGGATTCTCCAAGGAAGTGTTGCAGTGCAGGTGAACAGTGGGGTGTTGAGCGT 5485
Query 5519 GTGCACAGCTTTCTTATCAGGAGAGCCTGCAACGAGATTGCGTTCACAGGAACTGCAGCA 5578
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5486 GTGCACAGCATTCTTATCAGGAGAGCCTGCAACTAGATTGCGTTCGCAGGAACTGCAGCA 5545
Query 5579 ACTAATCGCGGCACTGCTTGAATTCATGGCGGTTTGTAAGCGAGCCATTAGGGTTCACTT 5638
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5546 ACTGATCGCGGCACTGCTTGAATTCATGGCGGTTTGTAAGCGAGCCATTAGGGTTCACTT 5605
Query 5639 TAGATTAATCGGAGAAGAAGATCAGGAATTCCATACTCAGCTTGTCAATGGATTTCAGTC 5698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5606 TAGATTAATCGGAGAAGAAGATCAGGAATTCCATACTCAGCTTGTCAATGGATTTCAGTC 5665
Query 5699 TCTCACCGCAGAACTCTCCCATTACATCCCTGCTATCTTATCCGAACTTTAGTGTATCTT 5758
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 5666 TCTCACCGCTGAACTCTCCCATTACATCCCTGCTATCTTGTCCGAACTTTAGTGTATCTT 5725
Query 5759 TGTCAGTTTTTGTTACGAGTTTTGTGCTTTTTTCTTCCACCATTTGGCTTGGCTATATGT 5818
|||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5726 TGTCAGTTTTTGCTACAAATTTTGTGCTTTTTTCTTCCACCATTTGGCTTGGGTATATGT 5785
Query 5819 TTATCATTTCTGTAATTCTTAGTTTAATGACAACAAGTGAGaaaaaaaTTATAAATGACA 5878
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || | |||||||
Sbjct 5786 TTGTCATTTCTGTAATTCTTAGTTTAATGACAACAAATGAGAGAAATTTTTTTAATGACA 5845
Query 5879 ATTGGTTGACTTCTAATTCAGAAGCTTATGTTATATTCGATCGAGGACATGAGCTCTCTC 5938
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | |
Sbjct 5846 ATTGTTTGACTTCTAATTCAGAAGCTTATGTTATATTCGATCGTGGAAATGAGCTC-C-C 5903
Query 5939 AGCTTCAAACACAAGCCGCTCAACTATTTAGGATGCCTGCGACATCTCA 5987
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5904 AGCTTCAAACACAAGCCACTCAACTATTTAGGATGCCTCCGACATCTCA 5952
> Ahg887443 jgi|Araly1|887443|Al_scaffold_0727_1
Length=609
Score = 1048 bits (567), Expect = 0.0
Identities = 596/610 (98%), Gaps = 1/610 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5141 AAGAGAGAGAATATTTTCTCTTTCAACTGGAAGTGTTCGAGCACGAGTGTTTGATCGTTT 5200
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 AAGAGAGAGAATA-TTTCTCTTTCGACTGGAAGTGTTCGAGCACGAGTGTTTGATCGCTT 59
Query 5201 CTTATTTGACACACCATTTACGAAAAATGGTAAAACCCAAGGTGGATTAGAAGATCAATG 5260
||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CTTGTTTGACACACCATTTACAAAAAATGGTAAGACCCAAGGTGGATTAGAAGATCAATG 119
Query 5261 GAAGAGAAGAACAGTGCTGCAGACTGAGGGTTCATTCCCTGCCCTTGTGAATAGGCTGTT 5320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 120 GAAGAGAAGAACAGTGCTGCAGACTGAGGGTTCATTCCCTGCGCTTGTGAATAGGCTGTT 179
Query 5321 GGTTACCAAGTCTGAATCCCTTGAATTCTCGCCAGTGGAGAATGCGATTGGAATGATTGA 5380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GGTTACCAAGTCTGAATCCCTTGAATTCTCGCCAGTGGAGAATGCGATTGGAATGATTGA 239
Query 5381 AACGCGGACAACCGCTCTGAGAAATGAGCTAGAGGAGCCTCGTAGCTCGGATGGGGATCA 5440
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AACGCGGACAACTGCTCTGAGAAATGAGCTAGAGGAGCCTCGTAGCTCGGATGGGGATCA 299
Query 5441 CCTACCACGGCTTCAAAGTCTGCAGAGGATTCTCCAAGGAAGTGTTGCAGTGCAGGTGAA 5500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CCTACCACGGCTTCAAAGTCTGCAGAGGATTCTCCAAGGAAGTGTTGCAGTGCAGGTGAA 359
Query 5501 CAGTGGGGTGTTGAGCGTGTGCACAGCTTTCTTATCAGGAGAGCCTGCAACGAGATTGCG 5560
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 360 CAGTGGGGTGTTGAGCGTGTGCACAGCATTCTTATCAGGAGAGCCTGCAACTAGATTGCG 419
Query 5561 TTCACAGGAACTGCAGCAACTAATCGCGGCACTGCTTGAATTCATGGCGGTTTGTAAGCG 5620
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTCGCAGGAACTGCAGCAACTGATCGCGGCACTGCTTGAATTCATGGCGGTTTGTAAGCG 479
Query 5621 AGCCATTAGGGTTCACTTTAGATTAATCGGAGAAGAAGATCAGGAATTCCATACTCAGCT 5680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGCCATTAGGGTTCACTTTAGATTAATCGGAGAAGAAGATCAGGAATTCCATACTCAGCT 539
Query 5681 TGTCAATGGATTTCAGTCTCTCACCGCAGAACTCTCCCATTACATCCCTGCTATCTTATC 5740
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 540 TGTCAATGGATTTCAGTCTCTCACCGCTGAACTCTCCCATTACATCCCTGCTATCTTGTC 599
Query 5741 CGAACTTTAG 5750
||||||||||
Sbjct 600 CGAACTTTAG 609
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 240181343203
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5