BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16370.1
Length=2446
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg355122 jgi|Araly1|355122|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002295 3674 0.0
> Ahg355122 jgi|Araly1|355122|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002295
Length=2214
Score = 3674 bits (1989), Expect = 0.0
Identities = 2140/2215 (97%), Gaps = 2/2215 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGACGCGGAGAAGGCTACTGAT-AAGACTAATGTCCATCTCTCCTCGGACCATGAGCG 79
|||||||| |||||||||| |||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1 ATGGACGCCGAGAAGGCTAGTGATAAAAAC-AATGTCCATCTATCATCGGACCACGAGCG 59
Query 80 TTGTCCGGTGGAGGAAGTGGCTCTTGTTGTGCCTGAGACGGATGATCCAAGCCTACCGGT 139
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 60 TTGTCCGGTGGAGGAAGTGGCTCTGGTGGTGCCTGAGACGGACGACCCAAGCCTACCGGT 119
Query 140 GATGACATTCAGAGCTTGGTTCTTGGGTCTGACCTCTTGTGTTCTGCTCATCTTTCTCAA 199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GATGACATTCAGAGCTTGGTTCTTGGGTCTGACCTCTTGTGTTCTGCTCATCTTTCTCAA 179
Query 200 CACGTTCTTCACATACCGTACGCAGCCACTCACCATCTCAGCCATCCTCATGCAGATCGC 259
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CACGTTCTTCACCTACCGCACGCAGCCACTCACCATCTCAGCCATCCTCATGCAGATCGC 239
Query 260 TGTTTTGCCCATCGGCAAGTTCATGGCTCGGACTCTTCCCACCACTTCTCACAACCTTCT 319
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGTTTTGCCCATCGGCAAGTTCATGGCTCGTACTCTTCCCACCACTTCTCACAACCTTCT 299
Query 320 TGGGTGGAGTTTTAGCCTCAATCCTGGTCCTTTTAACATCAAGGAGCATGTCATTATCAC 379
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGGGTGGAATTTTAGCCTCAATCCTGGTCCTTTTAATATCAAGGAGCATGTCATTATCAC 359
Query 380 CATCTTTGCTAATTGTGGCGTTGCTTACGGTGGTGGTGATGCTTACTCTATTGGGGCTAT 439
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CATCTTTGCTAATTGTGGCGTTTCTTACGGTGGTGGTGATGCTTACTCTATTGGGGCTAT 419
Query 440 CACTGTTATGAAAGCTTACTATAAACAGAGCCTTAGCTTCATCTGTGGTCTCTTCATCGT 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 CACTGTTATGAAAGCTTACTATAAACAGAGCCTTAGCTTCATCTGTGGTCTTTTCATCGT 479
Query 500 CTTGACCACTCAGATTTTGGGTTATGGTTGGGCTGGGATTCTGAGGAGGTACCTTGTTGA 559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTTGACCACTCAGATTTTGGGTTATGGTTGGGCTGGAATTTTGAGGAGGTACCTTGTTGA 539
Query 560 TCCTGTTGACATGTGGTGGCCTTCAAATCTCGCTCAAGTTTCTCTCTTCAGAGCGTTGCA 619
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCCTGTTGACATGTGGTGGCCTTCCAATCTTGCTCAAGTTTCTCTCTTCAGAGCGTTGCA 599
Query 620 CGAGAAGGAAAACAAGTCTAAAGGCTTGACGAGGATGAAGTTCTTTCTAGTAGCTCTTGG 679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 TGAGAAGGAAAACAAGTCTAAAGGCTTGACGAGGATGCAGTTCTTTCTAGTGGCTCTTGG 659
Query 680 TGCTAGCTTTATTTACTATGCACTTCCAGGCTATCTATTCCCAATCTTGACTTTCTTCTC 739
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 TGCTAGCTTTCTTTACTATGCACTTCCAGGCTATCTATTCCCAATCTTGACCTTCTTCTC 719
Query 740 ATGGGTTTGTTGGGCTTGGCCAAACAGCATCACGGCTCAGCAGGTTGGTTCAGGGTACCA 799
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 ATGGGTTTGCTGGGCTTGGCCAAACAGCATCACGGCTCAGCAGGTTGGTTCAGGCTACCA 779
Query 800 TGGCCTTGGGGTTGGAGCCTTCACTCTTGACTGGGCTGGCATCTCTGCTTACCATGGTAG 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGGCCTTGGGGTTGGAGCCTTCACTCTTGACTGGGCTGGTATCTCTGCTTACCATGGTAG 839
Query 860 TCCATTGGTGGCTCCATGGTCCTCTATCCTCAACGTTGGTGTTGGTTTCATCATGTTTAT 919
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCCCTTGGTGGCTCCTTGGTCCTCTATCCTCAACGTTGGTGTTGGTTTCATCATGTTTAT 899
Query 920 ATACATCATCGTCCCTGTTTGTTACTGGAAGTTCAACACTTTCGATGCCAGAAAGTTCCC 979
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATACATCATCGTCCCTGTTTGTTATTGGAAGTTCAACACTTTCGATGCCAGAAAGTTCCC 959
Query 980 CATTTTCTCCAACCAGCTATTCACTACTAGTGGCCAGAAGTATGACACAACCAAGATCTT 1039
|||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CATTTTCTCCAATCAGCTCTTCACTACCAGCGGCCAGAAGTATGACACAACCAAGATCTT 1019
Query 1040 GACACCGCAGTTTGATCTGGATATTGGTGCTTATAACAACTACGGGAAACTTTACCTCAG 1099
||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1020 GACACCGCAATTTGATCTGGATATTGGTGCCTATAGCAGCTACGGGAAGCTTTACCTCAG 1079
Query 1100 CCCTCTTTTCGCACTCTCTATCGGATCCGGGTTTGCGAGATTCACTGCAACACTAACTCA 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CCCTCTTTTCGCACTCTCTATCGGATCCGGGTTTGCGAGATTCACTGCAACACTAACTCA 1139
Query 1160 TGTGGCATTGTTCAACGGCAGGGACATATGGAAGCAGACTTGGTCTGCAGTGAACACCAC 1219
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGTGGCATTGTTCAACGGCAGGGACATATGGAGGCAGACTTGGTCTGCAGTGAACACCAC 1199
Query 1220 GAAGCTGGACATCCATGGAAAATTGATGCAAAGCTACAAAAAAGTGCCTGAGTGGTGGTT 1279
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAAGCTGGACATCCATGGGAAATTGATGCAAAGCTACAAGAAAGTGCCTGAGTGGTGGTT 1259
Query 1280 TTATATATTGCTGGCAGGAAGTGTAGCCATGTCTCTCCTAATGTCTTTTGTGTGGAAGGA 1339
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 TTATGTGTTGCTGGCAGGAAGTGTAGCCATGTCTCTCCTCATGTCTTTCGTGTGGAAGGA 1319
Query 1340 GTCAGTGCAGCTTCCATGGTGGGGAATGCTCTTTGCTTTTGCATTGGCCTTCATTGTCAC 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 GTCAGTGCAGCTTCCATGGTGGGGAATGCTCTTTGCTTTTGCATTGGCCTTTATTGTCAC 1379
Query 1400 ACTCCCTATCGGTGTCATTCAAGCAACTACAAATCAGCAACCAGGATATGATATAATAGG 1459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1380 ACTCCCTATCGGTGTCATTCAAGCAACTACAAATCAGCAACCGGGGTATGATATAATAGG 1439
Query 1460 GCAGTTCATTATCGGTTATATCCTGCCTGGAAAACCCATTGCAAACCTGATTTTCAAGAT 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GCAGTTCATTATCGGTTATATCCTGCCTGGAAAACCCATTGCAAACCTGATTTTCAAGAT 1499
Query 1520 TTACGGGAGAATCAGCACAGTCCATGCTCTCTCATTTTTGGCAGACCTTAAGCTTGGCCA 1579
||||||| | |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1500 TTACGGGCGGATCAGCACAGTCCACGCCCTCTCATTCTTGGCGGACCTTAAGCTTGGCCA 1559
Query 1580 TTACATGAAAATCCCACCGCGCTGCATGTACACGGCTCAGCTGGTGGGCACTGTGGTAGC 1639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TTACATGAAAATCCCACCGCGCTGCATGTACACGGCTCAGCTGGTGGGCACTGTGGTAGC 1619
Query 1640 TGGTGTGGTGAATCTGGGAGTGGCCTGGTGGATGTTGGAGAGCATTCAAGACATATGCGA 1699
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TGGTGTGGTGAATCTGGGAGTGGCCTGGTGGATGCTGGAGAGCATTCAAGACATATGCGA 1679
Query 1700 CATCGAAGGAGACCACCCTAATAGCCCCTGGACTTGCCCCAAGTATAGAGTGACGTTCGA 1759
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1680 CATTGAAGGAGACCACCCTAATAGCCCATGGACTTGCCCCAAGTACAGAGTGACGTTCGA 1739
Query 1760 TGCTTCAGTTATTTGGGGGTTGATAGGACCAAGACGGCTCTTTGGACCAGGAGGCATGTA 1819
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TGCTTCAGTCATTTGGGGTTTGATAGGACCAAGACGGCTGTTTGGACCAGGAGGCATGTA 1799
Query 1820 CCGTAACCTTGTCTGGCTCTTCCTCATTGGAGCTGTCCTGCCTGTTCCCGTGTGGGCGCT 1879
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CCGTAACCTTGTCTGGCTCTTCCTCATCGGAGCTGTCCTGCCTGTTCCCGTGTGGGCGCT 1859
Query 1880 GAGCAAGATCTTCCCAAACAAGAAGTGGATCCCTCTCATCAACATTCCAGTTATCTCCTA 1939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GAGCAAGATCTTCCCAAACAAGAAGTGGATCCCTCTCATCAACATTCCAGTTATCTCCTA 1919
Query 1940 CGGCTTTGCAGGGATGCCTCCAGCCACTCCAACCAACATTGCCAGCTGGTTGGTCACAGG 1999
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1920 CGGCTTTGCAGGGATGCCTCCAGCTACTCCAACCAACATTGCCAGCTGGCTGGTCACAGG 1979
Query 2000 AACCATCTTCAACTACTTTGTGTTCAATTACCACAAGAGATGGTGGCAGAAGTACAATTA 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AACCATCTTCAACTACTTTGTGTTCAATTACCACAAGAGATGGTGGCAGAAGTACAATTA 2039
Query 2060 CGTACTCTCTGCAGCGCTCGATGCAGGGACCGCGTTCATGGGGGTGCTCTTGTTCTTCGC 2119
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGTACTCTCTGCAGCGCTCGATGCAGGGACTGCGTTCATGGGGGTGCTCTTGTTCTTCGC 2099
Query 2120 CCTGCAGAATGCTGGACACGACCTCAAATGGTGGGGCACTGAAGTAGACCACTGCCCTCT 2179
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CCTTCAGAATGCTGGACACGACCTAAAATGGTGGGGCACTGAAGTAGACCACTGCCCTCT 2159
Query 2180 TGCCTCCTGTCCCACGGCTCCTGGAATCAAAGCCAAAGGCTGTCCCGTTTTCTAA 2234
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TGCTTCCTGTCCCACGGCCCCTGGAATCAAAGCCAAAGGCTGTCCCGTTTTCTAA 2214
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92178392900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5