BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16390.1
Length=2320
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946627 jgi|Araly1|946627|scaffold_702856.1 3463 0.0
> Ahg946627 jgi|Araly1|946627|scaffold_702856.1
Length=2149
Score = 3463 bits (1875), Expect = 0.0
Identities = 2053/2140 (96%), Gaps = 8/2140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 CaaaaaaaTGTCATTTCATCATCTATGTTCCTCTCCCTCGTCTCTTCTACATGACCCTCT 80
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 14 CAAAAAAATGTCATTTCATCATCTATGTTCTTCTCCCTCATCTCTTCTCCATGACCCTCT 73
Query 81 TCCTCTCTGCAATCTTCTCTCAGTGTATCCCAAATCCACACCAAGAAGTTTCCTCTCCTC 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 74 TCCTCTCTGCAATCTTCTCTCAGTGTATCCCAAATCCACTCCAAGAAGTTTCCTCTGCTC 133
Query 141 TTACAATCCCAATTCTTCTCATTTCCACTCCAGAAACCTTCTCCAAGCAACCCATGTTTC 200
|||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 134 TTACAATCCCAACTCTTCTCCTTTCCACTCCCGAAACCTTCTCCAAGTAACCCATGTTTC 193
Query 201 AGTACAAGAAGCGATTCCACAGAGTGAAAAATCCAAACTTGTTGATGTAGATCTTCCTAT 260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |
Sbjct 194 AGTACAAGAAGCGATTCCACAGAGTGAAAAATCCAAACTTGATGATGCAGATCTTCCTTT 253
Query 261 ACCAGAACCTACTGCTTCCAAAAGCTACGTCTGGGTTAATCCCAAAAGCCCCAGAGCTTC 320
|||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 254 ACCAGACCCTGCAGCTTCCAAAAGCTACGTCTGGGTTAATCCCAAAAGCCCCAGAGCTTC 313
Query 321 TCAGCTCCGTAGAAAATCTTACGATTCGAGGTACTCTTCTCTTATCAAACTAGCTGAGTC 380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 TCAGCTCCGTAGAAAATCTTACGATTCGAGGTACTCTTCTCTTATCAAACTAGCTGAGTC 373
Query 381 TCTTGACGCGTGTAAGCCAAACGAAGCTGATGTTTGCGATGTCATTACTGGGTTTGGTGG 440
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 TCTTGACTCGTGTAAGCCAAACGAAGCTGATGTTTGCGATGTCATTACTGGGTTTGGTGG 433
Query 441 TAAATTGTTTGAGCAAGATGCTGTTGTTACTCTCAATAACATGACTAACCCAGAAACTGC 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 TAAATTGTTTGAGCAAGATGCTGTTGTTACTCTCAATAACATGACTAACCCAGAAACTGC 493
Query 501 GCCACTTGTGTTGAATAATCTCTTGGAGACGATGAAACCTAGCAGGGAAGTGATTCTCTA 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 GCCACTTGTGTTGAATAATCTCTTGGAGACGATGAAACCTAGCAGGGAAGTGATTCTCTA 553
Query 561 CAATGTTACCATGAAGGTGTTTAGGAAAAGCAAGGATCTTGAAAAGTCAGAGAAGCTGTT 620
|||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 CAATGTCACCTTGAAGGTGTTTAGGAAAAGTAAGGATCTTGAAAAGTCAGAGAAGCTGTT 613
Query 621 CGATGAAATGCTTGAGAGAGGGATTAAACCGGATAATGCAACTTTCACTACGATAATTAG 680
||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 614 CGACGAAATGCTTGAGAGAGGGGTTAAGCCGGATAATGCAACTTTCACTACGATCATTAG 673
Query 681 TTGTGCTAGGCAGAATGGTGTACCTAAGAGAGCTGTTGAGTGGTTTGAGAAAATGTCTTC 740
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 674 CTGTGCTAGGCAGTCTGGTGTACCTAAGAGAGCTGTTGACTGGTTTGAGAAAATGTCTTC 733
Query 741 TTTTGGATGTGAGCCTGATAATGTCACTATGGCTGCTATGATTGATGCTTACGGGCGTGC 800
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 CTTTGGATGTGAGCCTGATAATGTCACTTTGGCTGCTATGATTGATGCTTACGGGCGTGC 793
Query 801 TGGTAACGTTGACATGGCTTTGAGTTTGTATGATCGAGCAAGGACTGAGAAATGGCGTAT 860
|||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 TGGTAACGTTGAGATGGCCTTGAGCTTGTATGACCGTGCAAGGACTGAGAAATGGCGTAT 853
Query 861 TGACGCTGTTACTTTTTCGACTTTGATTAGGATTTATGGTGTTTCTGGAAACTATGATGG 920
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 TGACGCTGTTACCTTTTCGACTTTGATTAGGATTTATGGTGTTTCTGGAAACTATGATGG 913
Query 921 GTGTCTCAATATCTATGAAGAAATGAAGGCTCTTGGGGTGAAGCCTAATCTGGTTATTTA 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 914 GTGTCTCAATATCTATGAAGAAATGAAGGCTCTTGGGGTGAAGCCTAATTTGATTATTTA 973
Query 981 CAATAGGTTGATAGATTCTATGGGTAGAGCCAAGAGGCCTTGGCAGGCTAAAATTATCTA 1040
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TAATAGGTTGTTAGATTCTATGGGTAGAGCCAAGAGGCCCTGGCAGGCTAAAATTATCTA 1033
Query 1041 CAAGGATCTTATTACCAATGGCTTTACTCCCAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTGTTAG 1100
|||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1034 CAAGGATCTTATTAGCAATGGCTTTACACCTAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTATTAG 1093
Query 1101 AGCCTATGGTAGAGCTCGTTATGGCGATGATGCACTTGCTATCTACCGAGAGATGAAGGA 1160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 AGCCTATGGTAGAGCTCGTTATGGCGATGATGCACTTGTTATCTACCGAGAGATGAAGGA 1153
Query 1161 GAAGGGATTGTCTTTAACTGTGATTCTTTACAATACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATAA 1220
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 AAAAGGATTGTCTTTAACTGTGATTCTTTACAATACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATA- 1212
Query 1221 TCG-ATATGTTGATGAGGCTTTTGAGATTTTTCAAGATATGAAGAATTGTGAGACTTGTG 1279
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 TCGGATATGTGGATGAGGCTTTTGAGATTTTTCAAGATATGAAGAATTGTGAGACTTGTG 1272
Query 1280 ATCCGGACAGCTGGACCTTCTCTTCGTTGATCACTGTGTACGCTTGTAGTGGGAGGGTTT 1339
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1273 ATCCTGACAGCTGGACCTTCTCTTCGTTGATCACTGTGTACTCTTGCAGTGGGAGGGTTT 1332
Query 1340 CAGAGGCCGAGGCGGCTCTTCTTCAAATGAGAGAAGCTGGTTTTGAGCCTACTCTTTTTG 1399
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CAGAGGCTGAGGCGGCTCTTCTTCAAATGAGAGAAGCTGGTTTTGAGCCTACTCTTTTTG 1392
Query 1400 TTCTGACGTCAGTTATCCAGTGTTATGGGAAAGCCAAGCAGGTAGATGATGTTGTGAGGA 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 TTCTGACGTCAGTTATCCAGTGTTATGGGAAAGCCAAGCAGGTAGATGATGTTGTGAGGA 1452
Query 1460 CATTCGATCAAGTGTTGGAACTGGGTATAACTCCGGACGACAGATTTTGTGGGTGTCTTC 1519
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1453 CATTCGATCAAGTGTTGGAACTGGGCATAACTCCGGACGACAGATTCTGTGGGTGCCTTC 1512
Query 1520 TGAATGTAATGACCCAGACACCGAGTGAGGAAATCGGTAAACTCATTGGCTGTGTCGAGA 1579
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 TGAATGTAATGACCCAGACACCGAGTGAGGAGATAGGTAAACTCATTGGCTGTGTCGAGA 1572
Query 1580 AGGCTAAGCCA-AAG-C-TTGGTCAAGTGGTTAAGATGTTGGTCGAGGAGCAAAACTGCG 1636
||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1573 AGGCTAAGCCACAAAACATTGGTCAAGT--T-AAGATGTTGGTCGAGGAGCAAAACGGCG 1629
Query 1637 AGGAAGGGGTGTTCAAGAAGGAAGCATCTGAGTTGATTGATTCCATTGGATCTGATGTAA 1696
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1630 AGGAAGGGGTGTTCAAGAAGGAAACATCTGAGTTGATTGATTCCATTGGCTCTGATGTAA 1689
Query 1697 AGAAAGCATATTTGAATTGCTTGATTGATCTCTGTGTCAATCTCAATAAGTTGGAAAGAG 1756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 AGAAAGCATATTTGAATTGCTTGATTGATCTCTGTGTCAATCTCAATAAGTTGGAAAGAG 1749
Query 1757 CTTGTGAGATCCTACAACTAGGACTTGAGTATGACATTTATACGGGTCTTCAATCAAAAT 1816
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1750 CTTGTGAGATCCTACAACTGGGACTTGAGTATGACATTTATACGGGTCTCCAATCGAAAT 1809
Query 1817 CTGCTACCCAATGGTCCTTACATCTAAAAAGTCTCTCTTTGGGGGCAGCTTTGACCGCTC 1876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1810 CTGCTACCCAATGGTCCTTACATCTAAAAAGTCTCTCTCTGGGGGCAGCCTTGACCGCTC 1869
Query 1877 TTCATGTTTGGATGAATGACTTATCAGAAGCGGCTCTTGAATCCGGTGAAGAGTTCCCTC 1936
||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1870 TTCATGTTTGGATAAACGACTTATCAGAGGCAGCTCTGGAATCTGGTGAAGAGTTCCCTC 1929
Query 1937 CGTTGCTTGGAATCAACACTGGACATGGAAAACACAAATACTCAGACAAAGGTCTAGCAG 1996
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1930 CATTGCTTGGAATCAACACTGGACATGGAAAACACAAATACTCAGACAAAGGTCTGGCAG 1989
Query 1997 CTGTTTTCGAGTCTCACTTGAAGGAGCTAAATGCTCCTTTCCATGAAGCCCCAGATAAGG 2056
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1990 CTGTTTTCGAGACTCACTTAAAGGAGCTAAATGCTCCTTTCCATGAAGCCCCGGATAAGG 2049
Query 2057 TTGGCTGGTTTTTGACTACCAGTGTTGCGGCAAAGGCATGGTTGGAGTCTAGACGCTCAG 2116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 TTGGCTGGTTTTTGACTACCAGTGTTGCGGCAAAGGCATGGTTGGAGTCTAGACGCTCAT 2109
Query 2117 CTGGAGGAGTTTCTGCGTAGCTCTTGTAATTGGTATGTAG 2156
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 CTGGAGGAGTTTCTGCATAGCTCTTGTAATTGGTATGTAG 2149
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87379022030
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5