BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16440.1
Length=1753
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg890603 jgi|Araly1|890603|Al_scaffold_0007_2589 2383 0.0
> Ahg890603 jgi|Araly1|890603|Al_scaffold_0007_2589
Length=1425
Score = 2383 bits (1290), Expect = 0.0
Identities = 1380/1425 (97%), Gaps = 0/1425 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 160 ATGTCAGAGAAGTTTTCACCGACTTTGAGGCTCGGAGATCTCAACGATTTCATTGCTCCG 219
||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCGGAGAAGTTTTCACCGGCTTTGAGGCTTGGAGATCTCAACGATTTCATTGCTCCG 60
Query 220 TCTCAAGCTTGTGTCATATCTCTTAAGGACTCAAAACCCATCGTCAAGAAGTCTGATCGA 279
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTCAAGCTTGTGTCATATCTCTTAAGGATTCAAAACCCATCGTCAAGAAGTCTGATCGA 120
Query 280 CCCCAGGTTGTGATTGCCCCAAAACAGCAGCTTGAACCGGTTAAAATTTCTCTCAAGGAT 339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCCCAGGTTGTGATTGCCCCAAAACAGCAGCTTGAACCGGTCAAAATTTCTCTCAAGGAT 180
Query 340 TGCTTGGCTTGCAGTGGATGCATCACATCAGCTGAGACAGTTATGCTTGAGAAGCAAAGC 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGCTTGGCTTGCAGTGGATGCATCACATCAGCTGAGACAGTTATGCTTGAGAAGCAAAGC 240
Query 400 TTAGACGAGTTTCTCTCTGCTCTTAGCAAAGGCAAGGACGTGGTTGTGTCCGTTTCTCCA 459
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||
Sbjct 241 TTAGACGAGTTTCTCTCTGCCCTTAGCAAAGGCAAGGACGTGATTGTGTCCATTTCGCCG 300
Query 460 CAGTCGAGAGCTTCCCTTGCGGTTCACTATGACATCTCTCCTCTTCAGGTTTTCAAGAAG 519
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGTCGAGAGCTTCCCTTGCGGTTCACTATGAGATCTCTCCTCTTCAGGTTTTCAAGAAG 360
Query 520 CTTACTACGTTTTTGAAGTCTCTGGGAGTTAAAGCTGTGTTTGATACTAGCTGCAGTAGA 579
|| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 361 CTAACTACGTTTTTGAAGTCTTTCGGAGTTAAAGCTGTGTTTGATACAAGCTGCAGTAGA 420
Query 580 GATTTGGTACTTATTGAATCTTGTAATGAGTTTGTGAGCCGTTATAAGCAAGCTAATTCT 639
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 421 GACTTGGTACTTATTGAAGCTTGTAATGAGTTTGTGAGCCGTTACAAGCAAGCTAATTCT 480
Query 640 GATGATGGTGAAAATTCTCAATCCCCTCTCCCTGTGCTTTCCTCTGCCTGTCCTGGTTGG 699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GATGATGGTGAAAATTCTCAATCCCCTCTCCCTGTGCTTTCCTCTGCCTGTCCTGGTTGG 540
Query 700 ATTTGTTATGCTGAAAAGCAGCTTGGCTCATATGTTCTGCCGTATGTGTCTTCTGTTAAG 759
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 541 ATATGTTATGCTGAAAAGCAGCTTGGCTCATATGTTCTGCCGTATGTCTCCTCTGTTAAG 600
Query 760 AGTCCTCAGCAAGCTATTGGAGCTGCGATCAAACACCATCTGTGTCAAGCATTAGGACTC 819
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGTCCTCAGCAAGCTATTGGAGCTGCAATCAAACACCATCTGTGTCAAGCATTAGGACTC 660
Query 820 AGGCTGCATGAGGTGTACCATGTGACTGTGATGCCCTGTTATGATAAGAAACTCGAGGCA 879
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 AGGCTGCAGGAGGTGTACCATGTGACTGTGATGCCCTGTTATGATAAGAAGCTCGAGGCA 720
Query 880 GCAAGAGATGATTTTGTCTTTGATGATGGAACACAAGATAATGGAGACCTTAAGCTGACA 939
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 721 GCAAGAGATGATTTTGTCTTTGAAGATGGAGCACAAGATAATGGAGGCCTCAAGCTGACA 780
Query 940 GAAGTTGATTCCGTGCTAACAACGGGTGAAATCATGGATTTAATAAAGTTGAAAGGAGTT 999
|| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAGGTTGATTCCGTGCTAACAACTGGTGAAATCTTGGATTTAATAAAGTTGAAAGGAGTT 840
Query 1000 GACTTTAAAGATTTGGAGGAATCTCCACTTGACAGAGTGCTGACGAATGTTACTGAGGAA 1059
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GACTTTAAAGATCTGGAGGAATCTCCACTCGACAGAATGCTGACGAATGTTACTGAGGAA 900
Query 1060 GGAGATCTTTATGGTGTAGCTGGGAGTTCTGGTGGTTATGCAGAAACAATATTCAGACAT 1119
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GGACATCTTTATGGTGTAGCTGGGAGTTCTGGGGGTTATGCAGAAACAATATTCAGACAT 960
Query 1120 GCGGCAAAAGCACTATTTGGACAAACTATTGAAGGTCCTCTGGAGTTTAAAACTCTCAGA 1179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GCGGCAAAAGCACTATTTGGACAAACTATTGAAGGTCCTCTGGAGTTTAAAACTCTCAGA 1020
Query 1180 AATTCTGATTTCCGTGAAGTGACTCTTCAATTGGAAGGTAAAACAGTGTTAAAATTTGCG 1239
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AATTCTGATTTCCGTGAAGTAACTCTTCAATTGGAAGGTAAAACAGTGTTAAAATTTGCG 1080
Query 1240 CTGTGTTACGGTTTCCAGAACCTCCAGAATATTGTTCGGAGAGTGAAAACGCGCAAATGC 1299
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CTGTGTTACGGTTTCCAGAACCTTCAGAATATTGTTCGGAGAGTGAAAACGCGCAAATGC 1140
Query 1300 GATTATCAGTATGTAGAGATTATGGCGTGCCCTGCAGGTTGCCTAAATGGTGGTGGGCAG 1359
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GATTATCATTATGTAGAGATTATGGCGTGCCCTGCAGGTTGCCTAAATGGTGGTGGGCAG 1200
Query 1360 ATCAAGCCAAAGACAGGACAGTCCCAGAAAGAACTGATCCACTCACTGGAAGCTACTTAT 1419
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATCAAGCCAAAGACAGGGCAGTCCCAGAAAGAACTGATCCACTCACTGGAAGCTACTTAT 1260
Query 1420 ATGAATGATACTACTTTGAATACAGATCCATACCAGAATCCAACGGCGAAGAGATTATTC 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1261 ATGAATGATACTACTTTGAATACAGATCCATACCAGAATCCAACGGCCAAGAGATTATAC 1320
Query 1480 GAGGAGTGGCTTAAAGAGCCTGGTTCCAACGAGGCGAAGAAGTACTTGCATACTCAGTAC 1539
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 GAGGAGTGGCTTAAAGAGCCTGGCTCCAACGAGGCGAAGAAGTACTTGCACACTCAGTAC 1380
Query 1540 CATCCGGTCGTGAAAAGTGTTACGTCGCAGCTCAACAACTGGTAG 1584
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1381 CATCCGGTCGTGAAAAGTGTTACGTCGCAGCTCAACAATTGGTAG 1425
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65781853115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5