BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16570.1
Length=2464
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg890570 jgi|Araly1|890570|Al_scaffold_0007_2556 3470 0.0
Ahg890575 jgi|Araly1|890575|Al_scaffold_0007_2561 749 0.0
Ahg355089 jgi|Araly1|355089|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002262 398 1e-109
> Ahg890570 jgi|Araly1|890570|Al_scaffold_0007_2556
Length=2190
Score = 3470 bits (1879), Expect = 0.0
Identities = 2096/2197 (95%), Gaps = 29/2197 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATGTCGCCTCTGTCTTCTCTTC--C-TCCCAAAACATTTATCTCCTCCTTCCATTGCCAC 169
|||||| |||||| |||||||| | ||||||||| |||| | |||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGTCGTCTCTGTTTTCTCTTCTTCTTCCCAAAACCTTTA--T-CTCCTTCCGGTGCCAC 57
Query 170 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGGTCCGTCACTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 229
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGCTCCGTCGCTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 117
Query 230 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGAAATTCCGAATGGATTGTCATTGAG 289
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 118 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGCAATTCCGAGTGGATTGTCATCGAA 177
Query 290 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTACTCGCGACGACGTCGTATCTCGAC 349
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 178 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTCCTCGCCACGACGTCGTATCTCGAC 237
Query 350 ATGCTCAATGATTCTCGCCGTAACATAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 409
||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 ATGCTTAATGATTCTCGCCGCAACAGAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 297
Query 410 GAACCTTGCCACGTCCTGGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCAATGATGGCTGTG 469
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 298 GAACCTTGCCACGTCCTTGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCGATGATGGCTGTG 357
Query 470 AGAGCAAT-------------G-AGA----GGTGATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 511
|||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AGAGCAATGAGAGGAAGAGAAGAAGAGTCTGGTGATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 417
Query 512 GAGTCTTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTATGCATAAGAATGGAATGACT 571
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 418 GAGTCCTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTTTGCATAAGAATGGGATGACT 477
Query 572 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATCAGAAGACATT 631
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 478 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATC---AGACATT 534
Query 632 GCTTCACGAGCTGACGTTCTTGTTAGTGAAATATTGGACTCTGAGTTACTTGGTGAAGGT 691
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GCTTCACGAGCTGATGTTCTTGTTAGTGAAATATTGGACTCTGAGTTACTTGGTGAAGGT 594
Query 692 CTAATCCCAAGTTTACAACACGCTCATGACATGTTGCTGGTTGATAATCCCAAAACAGTG 751
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 595 CTAATCCCAAGTTTACAACACGCTCATGACATGTTGCTGGTTGATAATCCAAAAACAGTG 654
Query 752 CCATATCGAGCTACTACTTATTGCCAGCTTGTTGAAAGCACATTCTTATGTAACTTGCAA 811
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 655 CCATATCGAGCTACTACTTATTGCCAGCTTGTTGAAAGCAGATTCTTATGTAACATGCAC 714
Query 812 GATCTACGAAATAACGAGGCTAAAACATCCGATGGTGTTCGTCTAGTTCCTCCTGGATTA 871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 715 GATCTACGAAATAACGAGGCTAAAACATCCGATGGTGTTCGGCTGGTTCCTCCTGGATTA 774
Query 872 GAGAGTCTATTTGGTATCAAGTCACAACAGTATAGCATGCATGTTGATGCTATTGAGAAA 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GAGAGTCTATTTGGTATCAAGTCACAACAGTATAGCATGCATGTTGATGCTATTGAGAAA 834
Query 932 GAGATCAAACTGTTGTCAGAGCCCGTCAAAATATTTGAATTTGACTTTTGGAAACGGCCA 991
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GATATCAAACTGTTGTCAGAGCCCGTCAAAATATTTGAATTTGACTTTTGGAAACGGCCA 894
Query 992 GAAAGTAATGGAGAGCTTGATGTGCACATAGAAGCAAAAACCACGGGTAGTGTTCATGCT 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 895 GAAAGTAATGGAGAGCTTGATGTGCACATAGAAGCAATAACCGCGGGTAGTGTTCATGCT 954
Query 1052 ATTATATCATGGTGGGTGCTGCAGCTTGATAGTGAAGGAACAATCTTCTATTCTACCGCT 1111
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 955 ATTATTTCATGGTGGGTGCTGCAGCTTGATAGTGAAGGAACAATCTTCTATTCTACTGCT 1014
Query 1112 CCCAGGTGGATAGATTCAAATTCTGAGATAGGTGTTAGAGACTGGTGTGACCATTGGAAA 1171
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 CCCCGGTGGATAGATTCAAATTCTGAGATAGGTGTTAGAGACTGGTGTGACCATTGGAAA 1074
Query 1172 CAGTGTGTTTGGTTTACTCCAGGAACAGGCGTGTCCATATCCAAAGGAGAAAAAGTTCAT 1231
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CAGTGTGTTTGGTTTACTCCAGGGGCAGGTGTGTCCATATCCAAAGGAGAAAAAGTTCAT 1134
Query 1232 TTGCATGCTTCTCATACTTGTACTAACATCTTGTACAATCTGAAGAAGACTCAAAGCTTG 1291
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 TTGCATGCTGCTCATACTTGTACTAACATCTTGTACAATCTGAAGAAGACTCAAAGCTTG 1194
Query 1292 ACACATGAGAGGACACACTTTCCTTTAAGTACTGGAGATCTACACCTCACATTACCACCC 1351
|||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1195 ACACATGAAATGACACACTCTCCTTTGAGTACTGGAGATCTACACCTCACATTATCACCC 1254
Query 1352 GAAAGAGTCGCAATATATGGTGACAGTATATATAGACAATCCTTGTTTGAGGCCACAAGA 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GAAAGAGTCGCAATATATGGTGACAGTATATATAGGCAATCCTTGTTTGAGGCCACAAGA 1314
Query 1412 AAAGCTTTACAGGGGAAATCGTATCCACAATGTCTCGTCATTGATGACAGTCTTCTCTTA 1471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1315 AAAGCTTTACAGGGGAAATCGTATCCACAATGTCTCGTCATTGATGATAGTCTTCTCTTA 1374
Query 1472 CCACTTATGGCTCTACATATATCGAACAGATCACGGGTTTTATCATTGTCACCTGGGTTG 1531
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CCACTTATGGCTCTACATATATCCAACAGATCACGGGTTATATCATTGTCACCTGGGTTG 1434
Query 1532 CAAGAGAATGCTGCCAGATACTTTGAAGCCATTGCTGATTCAAATGGCTTTTCAAAAGAT 1591
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1435 CAAGAGAATGCTGCCAGATACTTTGAAGCCATTGCTGATTCAAATGACTTTTCAAAAGAT 1494
Query 1592 CGTTTCGAATATTTCAGAGATGGGAAGACAAATTTGGCCAAAGCGTATCCAGGCAAGATT 1651
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1495 CGTTTCGAATATTTCAGAGAAGGGAAGGCAAATTTGGCCAAAGCGTATCCAAGCAAGATT 1554
Query 1652 GATCTGCTGATTGGAGAGCCATATTATAGCGGACTTGAAAATGGGCTTCCGTGGCAAAAT 1711
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1555 GATCTGCTGATTGGAGAGCCATATTACAGCGGACTTGAAAGTGGGCTTCCGTGGCAGAAT 1614
Query 1712 CTCAGATTCTGGAAGGACAGAACTCTACTTGATTCTGTCCTGTCAGAAGATGCAGTGGTA 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CTCAGATTCTGGAAGGACAGAACTCTACTTGATTCTGTCCTGTCAGAAGATGCAGTGGTA 1674
Query 1772 ATGCCGTATAAAGGGGTTTTGAGAGGTTGTGCGATGTATCTTCCTGATCTCTGGAAGAGC 1831
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1675 ATGCCATATAAAGGGGTTTTGAGAGGTTGTGCGATGTATCTTCCAGATCTCTGGAAGAGC 1734
Query 1832 CGTTGTTGCC-TGGGAAGTGTAGAAGGGTTTGACCATACTCTGGTGAATACAACCTTAGG 1890
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 CGTTGTTGCCTTGGGAA-TGTAGAAGGGTTTGACCATGCTCTGGTGAATACAACCTTAGG 1793
Query 1891 GGGATGTGGTGATCTACCTTCTGGTAAAGACAGTCCTTGTTTGCCCTTCTTCATCTGGCA 1950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1794 GGGATGTGGTGATCTACCTTCTGGTAAAGACAGTCCTTGTTTGCCCTTCTTTATCTGGCA 1853
Query 1951 ATGTGGAGAGACAAAGATACTTAGCAAGGAATTCACAGTCATGGAGTTTGACTTCTCCAA 2010
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 ATGTGGAGAGACAAAGAAACTTAGCAAGGAATTTACAGTCATGGAGTTTGACTTCTCCAA 1913
Query 2011 GCCCATCACAGGTCCATGTTCTGGGGAAGTTCAGATTGAGTTTATAAAACCCGGCGTATG 2070
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 GCCCATCAGAGGTCCATGTTCTGGGGAAGTTCAGATTGAGTTTATAAAACCCGGCGTATG 1973
Query 2071 CCATGGAATTGCATTGTGGATGGATTGGGTGATGGATGAAGAAAACTCAACCGTGATCTC 2130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 CCATGGAATTGCATTGTGGATGGATTGGGTGATGGATGAAGAAAACTCAACCGTGATCTC 2033
Query 2131 AACAGGACCAGATGATAAGTATTGGAAACAAGGAGTGAAGCTCTTAGGGAAGCCAGTCAC 2190
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2034 AACAGGACCAGATGAAAAGTATTGGAAGCAAGGAGTGAAGCTATTAGGGAAGCCAGTCAC 2093
Query 2191 AGTAAGAATGGAAGGTCCTTCCTCATCCATAGGAATACAAGCTTCCTTAGATTTATCTTC 2250
||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 AGTGAGAGTGAAAGGTCCCTCCTCATCCATAGGAATCCAAGCTTCCTTAGATTTATCTTC 2153
Query 2251 AAACAGCGAGCTCATCGTCACTCATACTATTTCTTGA 2287
||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 2154 AAACAGCGACCTCATCATCACTCATACTATTTCGTGA 2190
> Ahg890575 jgi|Araly1|890575|Al_scaffold_0007_2561
Length=690
Score = 749 bits (405), Expect = 0.0
Identities = 515/563 (91%), Gaps = 27/563 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATGTCGCCTCTGTCTTCTCTTC--C-TCCCAAAACATTTATCTCCTCCTTCCATTGCCAC 169
|||||| |||||| |||||||| | ||||||||| |||| | |||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGTCGTCTCTGTTTTCTCTTCTTCTTCCCAAAACCTTTA--T-CTCCTTCCGGTGCCAC 57
Query 170 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGGTCCGTCACTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 229
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGCTCCGTCGCTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 117
Query 230 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGAAATTCCGAATGGATTGTCATTGAG 289
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 118 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGCAATTCCGAGTGGATTGTCATCGAA 177
Query 290 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTACTCGCGACGACGTCGTATCTCGAC 349
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 178 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTCCTCGCCACGACGTCGTATCTCGAC 237
Query 350 ATGCTCAATGATTCTCGCCGTAACATAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 409
||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 ATGCTTAATGATTCTCGCCGCAACAGAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 297
Query 410 GAACCTTGCCACGTCCTGGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCAATGATGGCTGTG 469
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 298 GAACCTTGCCACGTCCTTGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCGATGATGGCTGTG 357
Query 470 AGAGCAATGAGAGG-------------T--G---ATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 511
|||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AGAGCAATGAGAGGAGAAGAAGAAGAGTCTGGTGATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 417
Query 512 GAGTCTTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTATGCATAAGAATGGAATGACT 571
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 418 GAGTCCTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTTTGCATAAGAATGGGATGACT 477
Query 572 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATCAGAAGACATT 631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 478 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATCAGA---CATT 534
Query 632 GCTTCACGAGCTGACGTTCTTGT 654
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GCTTCACGAGCTGACGTTCTTGT 557
> Ahg355089 jgi|Araly1|355089|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002262
Length=684
Score = 398 bits (215), Expect = 1e-109
Identities = 231/239 (97%), Gaps = 0/239 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 174 TGACTCGCCTAAGAAGGTCCGTCACTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAACGCG 233
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 TGACTCGCCTAAGAAGCTCCGTCGCTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAACGCG 442
Query 234 TCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGAAATTCCGAATGGATTGTCATTGAGGACA 293
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 443 TCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGCAATTCCGAGTGGATTGTCATCGAAGACA 502
Query 294 ATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTACTCGCGACGACGTCGTATCTCGACATGC 353
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 ATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTCCTCGCGACGACGTCGTATCTCGACATGC 562
Query 354 TCAATGATTCTCGCCGTAACATAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACTGAA 412
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 TCAATGATTCTCGCCGTAACAGAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACTGAA 621
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92864017310
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5