BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G16570.1 Length=2464 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg890570 jgi|Araly1|890570|Al_scaffold_0007_2556 3470 0.0 Ahg890575 jgi|Araly1|890575|Al_scaffold_0007_2561 749 0.0 Ahg355089 jgi|Araly1|355089|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002262 398 1e-109 > Ahg890570 jgi|Araly1|890570|Al_scaffold_0007_2556 Length=2190 Score = 3470 bits (1879), Expect = 0.0 Identities = 2096/2197 (95%), Gaps = 29/2197 (1%) Strand=Plus/Plus Query 113 ATGTCGCCTCTGTCTTCTCTTC--C-TCCCAAAACATTTATCTCCTCCTTCCATTGCCAC 169 |||||| |||||| |||||||| | ||||||||| |||| | |||||||| |||||| Sbjct 1 ATGTCGTCTCTGTTTTCTCTTCTTCTTCCCAAAACCTTTA--T-CTCCTTCCGGTGCCAC 57 Query 170 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGGTCCGTCACTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 229 |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 58 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGCTCCGTCGCTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 117 Query 230 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGAAATTCCGAATGGATTGTCATTGAG 289 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || Sbjct 118 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGCAATTCCGAGTGGATTGTCATCGAA 177 Query 290 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTACTCGCGACGACGTCGTATCTCGAC 349 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 178 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTCCTCGCCACGACGTCGTATCTCGAC 237 Query 350 ATGCTCAATGATTCTCGCCGTAACATAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 409 ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 238 ATGCTTAATGATTCTCGCCGCAACAGAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 297 Query 410 GAACCTTGCCACGTCCTGGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCAATGATGGCTGTG 469 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 298 GAACCTTGCCACGTCCTTGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCGATGATGGCTGTG 357 Query 470 AGAGCAAT-------------G-AGA----GGTGATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 511 |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 AGAGCAATGAGAGGAAGAGAAGAAGAGTCTGGTGATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 417 Query 512 GAGTCTTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTATGCATAAGAATGGAATGACT 571 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 418 GAGTCCTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTTTGCATAAGAATGGGATGACT 477 Query 572 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATCAGAAGACATT 631 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 478 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATC---AGACATT 534 Query 632 GCTTCACGAGCTGACGTTCTTGTTAGTGAAATATTGGACTCTGAGTTACTTGGTGAAGGT 691 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 GCTTCACGAGCTGATGTTCTTGTTAGTGAAATATTGGACTCTGAGTTACTTGGTGAAGGT 594 Query 692 CTAATCCCAAGTTTACAACACGCTCATGACATGTTGCTGGTTGATAATCCCAAAACAGTG 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 595 CTAATCCCAAGTTTACAACACGCTCATGACATGTTGCTGGTTGATAATCCAAAAACAGTG 654 Query 752 CCATATCGAGCTACTACTTATTGCCAGCTTGTTGAAAGCACATTCTTATGTAACTTGCAA 811 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 655 CCATATCGAGCTACTACTTATTGCCAGCTTGTTGAAAGCAGATTCTTATGTAACATGCAC 714 Query 812 GATCTACGAAATAACGAGGCTAAAACATCCGATGGTGTTCGTCTAGTTCCTCCTGGATTA 871 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 715 GATCTACGAAATAACGAGGCTAAAACATCCGATGGTGTTCGGCTGGTTCCTCCTGGATTA 774 Query 872 GAGAGTCTATTTGGTATCAAGTCACAACAGTATAGCATGCATGTTGATGCTATTGAGAAA 931 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 GAGAGTCTATTTGGTATCAAGTCACAACAGTATAGCATGCATGTTGATGCTATTGAGAAA 834 Query 932 GAGATCAAACTGTTGTCAGAGCCCGTCAAAATATTTGAATTTGACTTTTGGAAACGGCCA 991 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 GATATCAAACTGTTGTCAGAGCCCGTCAAAATATTTGAATTTGACTTTTGGAAACGGCCA 894 Query 992 GAAAGTAATGGAGAGCTTGATGTGCACATAGAAGCAAAAACCACGGGTAGTGTTCATGCT 1051 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| Sbjct 895 GAAAGTAATGGAGAGCTTGATGTGCACATAGAAGCAATAACCGCGGGTAGTGTTCATGCT 954 Query 1052 ATTATATCATGGTGGGTGCTGCAGCTTGATAGTGAAGGAACAATCTTCTATTCTACCGCT 1111 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 955 ATTATTTCATGGTGGGTGCTGCAGCTTGATAGTGAAGGAACAATCTTCTATTCTACTGCT 1014 Query 1112 CCCAGGTGGATAGATTCAAATTCTGAGATAGGTGTTAGAGACTGGTGTGACCATTGGAAA 1171 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 CCCCGGTGGATAGATTCAAATTCTGAGATAGGTGTTAGAGACTGGTGTGACCATTGGAAA 1074 Query 1172 CAGTGTGTTTGGTTTACTCCAGGAACAGGCGTGTCCATATCCAAAGGAGAAAAAGTTCAT 1231 ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 CAGTGTGTTTGGTTTACTCCAGGGGCAGGTGTGTCCATATCCAAAGGAGAAAAAGTTCAT 1134 Query 1232 TTGCATGCTTCTCATACTTGTACTAACATCTTGTACAATCTGAAGAAGACTCAAAGCTTG 1291 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1135 TTGCATGCTGCTCATACTTGTACTAACATCTTGTACAATCTGAAGAAGACTCAAAGCTTG 1194 Query 1292 ACACATGAGAGGACACACTTTCCTTTAAGTACTGGAGATCTACACCTCACATTACCACCC 1351 |||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1195 ACACATGAAATGACACACTCTCCTTTGAGTACTGGAGATCTACACCTCACATTATCACCC 1254 Query 1352 GAAAGAGTCGCAATATATGGTGACAGTATATATAGACAATCCTTGTTTGAGGCCACAAGA 1411 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 GAAAGAGTCGCAATATATGGTGACAGTATATATAGGCAATCCTTGTTTGAGGCCACAAGA 1314 Query 1412 AAAGCTTTACAGGGGAAATCGTATCCACAATGTCTCGTCATTGATGACAGTCTTCTCTTA 1471 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1315 AAAGCTTTACAGGGGAAATCGTATCCACAATGTCTCGTCATTGATGATAGTCTTCTCTTA 1374 Query 1472 CCACTTATGGCTCTACATATATCGAACAGATCACGGGTTTTATCATTGTCACCTGGGTTG 1531 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1375 CCACTTATGGCTCTACATATATCCAACAGATCACGGGTTATATCATTGTCACCTGGGTTG 1434 Query 1532 CAAGAGAATGCTGCCAGATACTTTGAAGCCATTGCTGATTCAAATGGCTTTTCAAAAGAT 1591 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1435 CAAGAGAATGCTGCCAGATACTTTGAAGCCATTGCTGATTCAAATGACTTTTCAAAAGAT 1494 Query 1592 CGTTTCGAATATTTCAGAGATGGGAAGACAAATTTGGCCAAAGCGTATCCAGGCAAGATT 1651 |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1495 CGTTTCGAATATTTCAGAGAAGGGAAGGCAAATTTGGCCAAAGCGTATCCAAGCAAGATT 1554 Query 1652 GATCTGCTGATTGGAGAGCCATATTATAGCGGACTTGAAAATGGGCTTCCGTGGCAAAAT 1711 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| Sbjct 1555 GATCTGCTGATTGGAGAGCCATATTACAGCGGACTTGAAAGTGGGCTTCCGTGGCAGAAT 1614 Query 1712 CTCAGATTCTGGAAGGACAGAACTCTACTTGATTCTGTCCTGTCAGAAGATGCAGTGGTA 1771 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 CTCAGATTCTGGAAGGACAGAACTCTACTTGATTCTGTCCTGTCAGAAGATGCAGTGGTA 1674 Query 1772 ATGCCGTATAAAGGGGTTTTGAGAGGTTGTGCGATGTATCTTCCTGATCTCTGGAAGAGC 1831 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1675 ATGCCATATAAAGGGGTTTTGAGAGGTTGTGCGATGTATCTTCCAGATCTCTGGAAGAGC 1734 Query 1832 CGTTGTTGCC-TGGGAAGTGTAGAAGGGTTTGACCATACTCTGGTGAATACAACCTTAGG 1890 |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1735 CGTTGTTGCCTTGGGAA-TGTAGAAGGGTTTGACCATGCTCTGGTGAATACAACCTTAGG 1793 Query 1891 GGGATGTGGTGATCTACCTTCTGGTAAAGACAGTCCTTGTTTGCCCTTCTTCATCTGGCA 1950 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1794 GGGATGTGGTGATCTACCTTCTGGTAAAGACAGTCCTTGTTTGCCCTTCTTTATCTGGCA 1853 Query 1951 ATGTGGAGAGACAAAGATACTTAGCAAGGAATTCACAGTCATGGAGTTTGACTTCTCCAA 2010 ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1854 ATGTGGAGAGACAAAGAAACTTAGCAAGGAATTTACAGTCATGGAGTTTGACTTCTCCAA 1913 Query 2011 GCCCATCACAGGTCCATGTTCTGGGGAAGTTCAGATTGAGTTTATAAAACCCGGCGTATG 2070 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1914 GCCCATCAGAGGTCCATGTTCTGGGGAAGTTCAGATTGAGTTTATAAAACCCGGCGTATG 1973 Query 2071 CCATGGAATTGCATTGTGGATGGATTGGGTGATGGATGAAGAAAACTCAACCGTGATCTC 2130 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1974 CCATGGAATTGCATTGTGGATGGATTGGGTGATGGATGAAGAAAACTCAACCGTGATCTC 2033 Query 2131 AACAGGACCAGATGATAAGTATTGGAAACAAGGAGTGAAGCTCTTAGGGAAGCCAGTCAC 2190 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2034 AACAGGACCAGATGAAAAGTATTGGAAGCAAGGAGTGAAGCTATTAGGGAAGCCAGTCAC 2093 Query 2191 AGTAAGAATGGAAGGTCCTTCCTCATCCATAGGAATACAAGCTTCCTTAGATTTATCTTC 2250 ||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2094 AGTGAGAGTGAAAGGTCCCTCCTCATCCATAGGAATCCAAGCTTCCTTAGATTTATCTTC 2153 Query 2251 AAACAGCGAGCTCATCGTCACTCATACTATTTCTTGA 2287 ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| Sbjct 2154 AAACAGCGACCTCATCATCACTCATACTATTTCGTGA 2190 > Ahg890575 jgi|Araly1|890575|Al_scaffold_0007_2561 Length=690 Score = 749 bits (405), Expect = 0.0 Identities = 515/563 (91%), Gaps = 27/563 (5%) Strand=Plus/Plus Query 113 ATGTCGCCTCTGTCTTCTCTTC--C-TCCCAAAACATTTATCTCCTCCTTCCATTGCCAC 169 |||||| |||||| |||||||| | ||||||||| |||| | |||||||| |||||| Sbjct 1 ATGTCGTCTCTGTTTTCTCTTCTTCTTCCCAAAACCTTTA--T-CTCCTTCCGGTGCCAC 57 Query 170 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGGTCCGTCACTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 229 |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 58 TCAGTGACTCGCCTAAGAAGCTCCGTCGCTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAA 117 Query 230 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGAAATTCCGAATGGATTGTCATTGAG 289 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || Sbjct 118 CGCGTCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGCAATTCCGAGTGGATTGTCATCGAA 177 Query 290 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTACTCGCGACGACGTCGTATCTCGAC 349 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 178 GACAATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTCCTCGCCACGACGTCGTATCTCGAC 237 Query 350 ATGCTCAATGATTCTCGCCGTAACATAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 409 ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 238 ATGCTTAATGATTCTCGCCGCAACAGAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACT 297 Query 410 GAACCTTGCCACGTCCTGGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCAATGATGGCTGTG 469 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 298 GAACCTTGCCACGTCCTTGACATTGGTGCTGGAACTGGGTTGCTATCGATGATGGCTGTG 357 Query 470 AGAGCAATGAGAGG-------------T--G---ATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 511 |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 AGAGCAATGAGAGGAGAAGAAGAAGAGTCTGGTGATTCAAAAGGAATGGTGACGGCGTGT 417 Query 512 GAGTCTTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTATGCATAAGAATGGAATGACT 571 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 418 GAGTCCTACTTACCGATGGTTAAGCTTATGAGGAAGGTTTTGCATAAGAATGGGATGACT 477 Query 572 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATCAGAAGACATT 631 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 478 AAGAACATTAACCTTATCAACAAACGATCCGATGAACTCAAAGTTGGATCAGA---CATT 534 Query 632 GCTTCACGAGCTGACGTTCTTGT 654 ||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 GCTTCACGAGCTGACGTTCTTGT 557 > Ahg355089 jgi|Araly1|355089|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002262 Length=684 Score = 398 bits (215), Expect = 1e-109 Identities = 231/239 (97%), Gaps = 0/239 (0%) Strand=Plus/Plus Query 174 TGACTCGCCTAAGAAGGTCCGTCACTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAACGCG 233 |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 383 TGACTCGCCTAAGAAGCTCCGTCGCTGCTCGAACCATGAGCTCTCAGTCTAGTCAACGCG 442 Query 234 TCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGAAATTCCGAATGGATTGTCATTGAGGACA 293 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| Sbjct 443 TCTTCCAGCTCAGACAAGACCCTCTCACCGGCAATTCCGAGTGGATTGTCATCGAAGACA 502 Query 294 ATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTACTCGCGACGACGTCGTATCTCGACATGC 353 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 503 ATGACCAACCCGGAACTTCCACTGACGGCCTCCTCGCGACGACGTCGTATCTCGACATGC 562 Query 354 TCAATGATTCTCGCCGTAACATAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACTGAA 412 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 563 TCAATGATTCTCGCCGTAACAGAGCTTATCGTCTCGCTATCGAGAAAACCATCACTGAA 621 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 92864017310 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5