BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16660.1
Length=3023
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493210 jgi|Araly1|493210|fgenesh2_kg.7__2643__AT4G16660.1 3650 0.0
> Ahg493210 jgi|Araly1|493210|fgenesh2_kg.7__2643__AT4G16660.1
Length=3060
Score = 3650 bits (1976), Expect = 0.0
Identities = 2152/2237 (96%), Gaps = 11/2237 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 AGTTTTCTCCAGAACCTGACGGaaaaaaaC-TTGAATCTGCAAATCGACTTCCCCCGGAG 74
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 AGTTTTCTCCAGAACCTGACGG-AAAAAACTTTGAATCTGCAAATCGATTTCCCCCGGAG 59
Query 75 AATGCGATCGGAGATCGGAAACTGAGGAATTGCTGCTCTCTACTCGCGGTGTTTAGTTTA 134
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 60 AATGCGATCGGAGATCGGAAACTGAGGAATTTCTGCTCTCTACTCGCGGTGTTTAGTTAA 119
Query 135 CGATTGGAATATGGGGAAGATATTTAGCTGGTTAGTGGTGTTATTGTCATTGATCTCATT 194
||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 120 CGATTGGAATATGGGGAAGATGTTAACCTGGTTAGTGGTGTTATTGTCATTGATATCTTT 179
Query 195 AGTCCCTGTTCCATCGGAATCGGCTGTTTTGAGTGTAGATCTAGGTTCAGAATGGGTTAA 254
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGTCCCTGTTCCATCGGAATCGGCTGTTTCGAGTGTAGATCTAGGTTCAGAATGGGTTAA 239
Query 255 AGTTGCCGTAGTTAATCTGAAACGAGGACAGAGTCCAATCTCTGTAGCCATTAATGAGAT 314
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 240 AGTTGCCGTAGTTAATCTGAAACGGGGACAGAGTCCAATCTCTGTAGCTATTAATGAGAT 299
Query 315 GTCCAAGAGGAAATCCCCAGCTTTAGTAGCATTTCAATCTGGAGACCGGTTACTAGGCGA 374
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 300 GTCCAAGAGGAAATCCCCAGCTTTAGTAGCATTCCAATCTGGAGACCGGTTACTGGGTGA 359
Query 375 GGAGGCTGCGGGAATAACGGCTCGTTATCCGAATAAAGTTTATTCACAACTGAGGGATAT 434
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 360 GGAAGCTGCGGGGATAACGGCTCGTTATCCGAATAAAGTTTATTCACAACTGAGGGACAT 419
Query 435 GGTGGGAAAACCTTTCAAACATGTTAAGGATTTCATTGATTCTGTCTACTTGCCTTTTGA 494
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 420 GGTGGGAAAACCTTTCAAACATGTGAAGGATTTCATCGATTCTGTCTACTTGCCGTTCGA 479
Query 495 TATTGTAGAAGATTCTAGAGGTGCAGTTGGTATTAAGATCGATGACGGTTCGACTGTTTA 554
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TATTGTGGAAGATTCTAGAGGTGCAGTTGGTATTAAGATCGATGACGGTTCGACTGTTTA 539
Query 555 CTCAGTGGAGGAGTTGTTAGCTATGATCTTGGGTTATGCCTCAAATCTAGCTGAGTTCCA 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CTCAGTGGAGGAGTTGTTAGCTATGATCTTGGGTTATGCCTCAAATCTAGCTGAGTTCCA 599
Query 615 TGCTAAAATCCCAGTGAAGGATATGGTTGTTTCAGTTCCACCTTACTTTGGACAGGCTGA 674
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGCCAAAATCCCAGTGAAGGATATGGTAGTTTCAGTTCCACCTTACTTTGGACAGGCTGA 659
Query 675 GAGACGGGGTTTGATCCAGGCTTCTCAGTTGGCTGGGGTTAATGTCCTCTCCCTGGTTAA 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 660 GAGACGGGGTTTGATCCAGGCTTCTCAGTTGGCTGGGGTTAATGTTCTCTCCCTGGTTAA 719
Query 735 TGAGCATTCCGGTGCTGCTTTGCAATATGGGATTGATAAGGATTT-TGCTAATGGGTCGA 793
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 720 TGAGCATTCCGGTGCCGCTTTGCAGTATGGGATTGATAAGGATTTCT-CTAATGGGTCGA 778
Query 794 GACATGTCATATTTTATGACATGGGTTCAAGTAGTACTTACGCAGCCCTTGTCTATTACT 853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GACATGTCATATTTTATGACATGGGTTCAAGTAGTACTTACGCAGCCCTTGTCTATTACT 838
Query 854 CAGCTTACAGTGAGAAGGAATATGGCAAGACTGTTTCTGTCAACCAATTTCAGGTCAAGG 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CAGCTTACAGTGAGAAGGAATATGGCAAGACTGTTTCTGTCAACCAATTTCAGGTCAAGG 898
Query 914 ATGTTAGATGGGACTTGGGACTTGGAGGACAGAGTATGGAGATGCGCTTGGTAGAGCACT 973
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ATGTTAGATGGGACTCGGAACTTGGAGGACAGAGTATGGAGATGCGCTTGGTAGAGCACT 958
Query 974 TTGCAGATGAGTTTAATAAACAGCTCGGTAATGGAGTTGATGTGAGGAAGTTCCCCAAAG 1033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTGCAGATGAGTTTAATAAACAGCTCGGTAATGGAGTTGATGTGAGGAAGTTCCCCAAAG 1018
Query 1034 CAATGGCTAAATTGAAAAAACAAGTCAAGCGTACAAAGGAAATTTTGAGTGCAAACACTG 1093
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CAATGGCTAAATTGAAAAAACAAGTCAAACGTACAAAGGAAATTTTGAGTGCAAACACTG 1078
Query 1094 CGGCTCCAATATCTGTGGAATCTCTTCATGATGATCGTGACTTCAGGAGCACAATTACCC 1153
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1079 CAGCTCCAATTTCTGTTGAATCTCTTCATGATGATCGTGACTTCAGGAGTACAATTTCCC 1138
Query 1154 GTGAGAAGTTTGAGGAACTGTGTAAAGATCTGTGGGAGAGATCTCTTACACCTTTAAAAG 1213
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GTGAGAAGTTTGAGGAACTTTGTAAAGATCTGTGGGAGAGATCTCTTACACCTTTAAAAG 1198
Query 1214 ATGTGCTCAAGCATTCAGGTTTGAAGATTGATGATATATCTGCAGTGGAACTAATAGGAG 1273
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1199 ATGTGCTCAAGAATTCAGGTTTGAAGATTGATGATATATCTGCAGTGGAGCTAATAGGAG 1258
Query 1274 GAGCTACTAGAGTTCCCAAACTACAGAGCACAATCCAGGAATTTATTGGGAAACAACAGT 1333
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GAGCTACTAGAGTTCCCAAACTACAGAGTACAATCCAGGAATTTATTGGGAAACAACAGT 1318
Query 1334 TAGACAAACATCTAGACGCTGATGAGGCTATTGTCCTCGGCTCAGCACTACATGCTGCTA 1393
||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1319 TAGACAAACATCTGGATGCTGATGAGGCTATTGTTCTCGGCTCTGCACTACATGCTGCTA 1378
Query 1394 ACTTGAGCGATGGAATTAAATTGAAACGTAGGCTAGGTATAGTTGATGGTTCCCCCTATG 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ACTTGAGCGATGGAATTAAATTGAAACGTAGGCTAGGAATAGTTGATGGTTCCCCCTATG 1438
Query 1454 GTTTTCTGGTTGAGTTGGAAGGCCCTAATGTTAAGAAAGATGAGAGCACAAAGCAGCAAC 1513
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTTTTCTAGTTGAGTTGGAAGGCCCTAATGTTAAGAAAGATGAGAGCACAAAGCAGCAAA 1498
Query 1514 TCGTACCACGGATGAAAAAGCTACCCAGCAAGA-TGTTCAGATCCTTTGTCCTTGACAAA 1572
|||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1499 TCGTACCACGTATGAAAAAGCTACCCAGCAAGACT-TTCAGATCATTTGTCCTTGACAAA 1557
Query 1573 GATTTTGACGTGTCACTTGCTTATGAGTCTGAGGGTATTCTACCACCAGGAACCACCTCC 1632
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1558 GATTTTGACGTGTCACTTGCTTATGAGTCCGATGGTATTCTACCCCCAGGAACCACCTCC 1617
Query 1633 CCTGTGTTTGCACAGTATTCTGTCTCTGGTTTGGCGGATGCATCTGAGAAATATTCTTCT 1692
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CCTGTGTTTGCACAGTATTCTGTCTCTGGTTTGACGGATGCATCTGAGAAATATTCTTCT 1677
Query 1693 CGGAATCTATCAGCACCTATCAAGGCAAATCTGCATTTCTCTCTAAGTAGAAGTGGGATT 1752
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1678 CGGAATCTATCAGCACCTATCAAGGCAAATTTGCATTTCTCTCTAAGTAGAAGCGGGATT 1737
Query 1753 CTCAGTCTAGATCGAGGAGATGCTGTAATTGAAATCACAGAATGGGTAGACGTTCCTAAG 1812
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1738 CTCAGTCTAGATCGAGGAGATGCTGTGATTGAAATCACAGAATGGGTAGAAGTTCCTAAG 1797
Query 1813 AAGAACGTGACTATTGATAGTAACACAACTACATCAACAGGCAATGCCACTGACGAGAAT 1872
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1798 AAGAACGTGACTATTGATAGTAACACAACCACAGCAACGGGCAATGCCACTGACGAAAAT 1857
Query 1873 TCACAAGAAAATAAAGAAGACCTGCAAACCGATGCTGAAAACAGCACTGCTTCAAATACA 1932
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TCACAAGAAAATAAAGAGGACCTACAAACCGATGCTGAAAACAGCACTGCTTCAAATACA 1917
Query 1933 ACAGCAGAAGAGCCAGCTGTTGCTTCTC-TGGGCACAGaaaaaaaGCTGAAGAAGCGGAC 1991
||||||||||| |||||||||| || | |||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1918 ACAGCAGAAGAACCAGCTGTTG-TTGACCTGGGTACAGAAAAAAAGCTGAAAAAGCGGAC 1976
Query 1992 ATTCAGAATACCTCTGAAGGT---AGTTGAGAAAACTGTTGGACCTGGAGCACCATTTTC 2048
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1977 ATTCAGAATACCTCTGAAGGTGGTAGTTGAGAAAACTGTTGGACCTGGAGCACCCTTTAC 2036
Query 2049 GAAAGAGTCTCTTGCTGAAGCTAAGATAAAATTAGAAGCCTTGGACAAGAAAGATAGGGA 2108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TAAAGAGTCTCTTGCTGAAGCTAAGATAAAATTAGAAGCTTTGGACAAGAAAGATAGGGA 2096
Query 2109 AAGAAGAAGAACGGCTGAGTTAAAAAACAACCTTGAATCTTATATATATGCTACCAAAGA 2168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2097 AAGAAGAAGAACGGCTGAGTTAAAAAACAACCTTGAATCTTATATATATGCTACTAAAGA 2156
Query 2169 GAAGCTGGAAACACCCGAGTTTGAAAAGATATCCACCCAAGAAGAGCGCAAGGCGTTTGT 2228
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GAAGCTGGAAACACCCGAGTTTGAAAAGGTATCCACCCAAGAAGAGCGCAAGGCGTTTGT 2216
Query 2229 TGAAAAGCTTGATGAGG 2245
||| |||||||||||||
Sbjct 2217 TGAGAAGCTTGATGAGG 2233
Score = 1105 bits (598), Expect = 0.0
Identities = 729/788 (93%), Gaps = 25/788 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2244 GGTGCAAGATTGGCTTTACATGGATGGAGAAGATGCTAATGCCACAGAGTTTGAGAAGCG 2303
||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2280 GGTACAAGATTGGCTCTACATGGACGGAGAAGATGCTAATGCCACAGAGTTTGAGGAGCG 2339
Query 2304 GCTTGACTCACTTAAAGCCATCGGCAGTCCCATATCTTTCCGATCAGAGGAGCTTACAGC 2363
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GCTTGACTCACTTAAAGCCATTGGCAGTCCTATATCTTTCCGATCAGAGGAGCTTACAGC 2399
Query 2364 ACGACCAGTAGCAATTGAATATGCTAGGAAATACCTAACTGAACTCAAAGAGATCATAAA 2423
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2400 ACGGCCAGTAGCAATTGAATACGCTAGGAAATACCTAACTGAACTGAAAGAGATCATAAA 2459
Query 2424 AGAATGGGAGACGAACAAAACTTGGCTTCCAAAAGAAAAAATCGACGAGGTCTCAAAGGA 2483
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 AGAGTGGGAGACGAACAAAACTTGGCTTCCAAAAGAAAAAATCGACGAGGTCTCAAAGGA 2519
Query 2484 AGCAGAGAAAGTAAAAAGCTGGTTAGATAAGAATGTGGCTGAGCAAGAAAAGACTTCTCT 2543
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGCAGAGAAAGTAAAAAGCTGGTTAGATAAAAATGTGGCTGAGCAAGAAAAGACTTCTCT 2579
Query 2544 GTGGAGCAAACCGGTGTTCACGTCCACTGAAGTGTACGCTAAAGTATTTACTCTACAAGA 2603
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 2580 GTCGAGCAAACCCGTGTTCACGTCCACTGAAGTGTATGCGAAAGTATTTACTCTGCAAGA 2639
Query 2604 CAAGGTCACAAAGGTGAATAAGATCCCAAAGCCAAAGCCAAAGATAGAGAAAGTAACCAA 2663
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2640 CAAGGTCACAAAAGTGAATAAGATCCCAAAGCCAAAGCCAAAGATAGAGAAAGCAACCAA 2699
Query 2664 GACGGAGAACACAACAAAGGAGGAGGAACAATCAAAATCCTCTGATGAAGCTGCCAAAGA 2723
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 AACGGAGAACACAACGAAGGAGGAGGAACAATCAAAATCCTCTGATGAAGCTGCCAAAGA 2759
Query 2724 AGAAGAAAGTCACGACGAGCTTTGATTAAGGATATATAATAAATAGAGTTTTCGTTAA-- 2781
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 AGAAGAAAGTCACGACGAGCTTTGATTAAC-ATATATAATAAATAGAGTTTTCGTTAAAG 2818
Query 2782 TT--TTT--GTGTTTTTAAGAGGGAAAATAGGATTAAAAGTAGGCAGCTGAGATGAGCAA 2837
|| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 TTAATTTTTGTGTTTTTAAGAGGCAAA-TAGGATTAAAAGTAGGCAGCTGAGATGAGCAA 2877
Query 2838 AAGGATTTTATTCCTTTCTCCTCAACTTCTTCACATCACCATTAGAAACGGAATATTCTG 2897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 AAGGATTTTATTCCTTTCTCCTCAACTTCTTCACATCAC-ATTAGAAACGGAATATTCTG 2936
Query 2898 TGTTTTT------GTTTTTCATTATATCAAGTTTTGGTCTCT----CTAT-TTC-TATAA 2945
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||
Sbjct 2937 TGTTTTTTTTTTTGTTTTTCATTATATCAAGTTTTGGTCTCTTTTTCTTTCTTCCTATAA 2996
Query 2946 CTGAATCTTCAATATATTTAGTAGAAGTTTATAACCAACATCAGTTTCTTTATGTTAAGA 3005
||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||||| |||
Sbjct 2997 TTGAATCTTCAATATA----GTAGAATTTTATAGTTGGCATTGGTTTATTTATGTTGAGA 3052
Query 3006 CACTTGAT 3013
||||||||
Sbjct 3053 CACTTGAT 3060
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114156464265
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5