BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G16730.1
Length=1841
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg329840 jgi|Araly1|329840|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002067 2555 0.0
> Ahg329840 jgi|Araly1|329840|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002067
Length=1614
Score = 2555 bits (1383), Expect = 0.0
Identities = 1547/1625 (95%), Gaps = 16/1625 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 222 ATGGGATCATCAATATCTCCTCTCGCTCGAGAATATATATATGTGAAAGAAGTTGAAACC 281
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Sbjct 1 ATGGGATCATCAATATCTCCTCTCACTCGAG-A-ATATATATGT----GAAGCTGAAACC 54
Query 282 GCGGAGAAAGCTATATTGTTTAAAGAAGAGGTGAGGAAGACATTAAATGAAATTGAAGGT 341
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Sbjct 55 GCGGAGAAAGCTAAATTGTTGAAAGAAGAGGTGAGGAAGACACTAGGTGAAATTGAAGGT 114
Query 342 TCTATTGAGCAGCTAGAAATGATCGATTCTCTGCAAAGACTCGGAATCTCGTATCACTAT 401
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Sbjct 115 TCTATTGAGCAGCTGGAAATGATCGATTCTTTGCAAAGACTCGGAATCTCATATCACTAT 174
Query 402 AAACATGAAATCCATGATATTTTGAGAAAA-ATTCATGACCAACACGGCGAAATTGAGAG 460
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Sbjct 175 AAACACGAAATCCATGATATTTTGA-AAAACATTCATGACCAACGCGGCGAAATTGAGAG 233
Query 461 GGAAACACAAGATCTTCATGCTACATCACTTGAATTTATTCTCTTAAGGCAACATGGTTT 520
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Sbjct 234 GGAATCACAAGATCTTCATGCTACATCACTTGAATTTTTTCTCCTAAGGCAACATGGTTT 293
Query 521 TGATGTCTCGCAAGATGCTTTTGACGTTTTCATAAGTGAGACCGGAGAATTCAGAAAAAC 580
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Sbjct 294 TGATGTCTCGCAAGATGTTTTTGACGTTTTCATAAGTGAGGCCGGGGTATTCAGAAAAAC 353
Query 581 TTTACACAGCGATATCAAAGGTTTACTCTCTCTATACGAAGCTTCTTATTTTTCAATGGA 640
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Sbjct 354 TCTACGCAGCGATATCAAAGGGTTACTCTCTCTATACGAAGCTTCTTATTTTTCAAAGGG 413
Query 641 TTCGGAGTTTAAACTCAAGGAGACTAGAATTTATGCAAACAAGCGGTTAAGTGAGTTTGT 700
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Sbjct 414 TTCGGAGTTTAAACTCAAGGACACTAGAATTTATGCAAACAAGCGATTAAGTGAGTTTGT 473
Query 701 CGCGGAAAGTAGCAAAACTATTTGCAGAGAAGATGAAACTTATATATTAGAGATGGTGAA 760
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Sbjct 474 CGCGGAAAGTAGCAAAACTATTTGCAGAGAAGATGAAACTTATATATTTGAGATGGTGAA 533
Query 761 ACGAGCACTAGAGACGCCGTACCATTGGAGCATACGAAGATTAGAAGCAAGATGGTACAT 820
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Sbjct 534 ACGAGCACTAGATACGCCGTACCATTGGAGCATACGAAGATTAGAAGCAAGATGGTACAT 593
Query 821 AAATGTGTACGaaaaaaaGCATGAAATGAACCCTCTCTTGCTAGAGTTTGCAGCAATTGA 880
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Sbjct 594 AAATGTGTACGAACACAAGCATGAAATGAACCCTCTCTTGTTTGAGTTTGCAGCAACTGA 653
Query 881 TTTCAACATGTTACAAGCTAATCATCAAGAAGAACTTAAACTTA-TTTCTAGTTGGTGGA 939
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Sbjct 654 TTTCAACATGTTACAAGCTAATCATCAAGAAGAACTTAAAC-TAGTTTCTAGTTGGTGGA 712
Query 940 ACAGCACAGGACTTATGAAACAACTTGATTTCGTGAGAGACCGAATCACAGAGAGTTATT 999
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Sbjct 713 ACAGCACAGGACTTATGAAACAACTTGATTTCGTGAGAGACCGAATCACAGAGAGTTATT 772
Query 1000 TTTGGACCATTGGAATATTTTACGAACCAGAGTTTAAATACTGCCGCAA-GATACTCACC 1058
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Sbjct 773 TTTGGACCATTGGAATATTTTACGAGCCAGAGTTTAAATACTGCCG-AATGATACTCACC 831
Query 1059 AAAATATTCATGTTAATTGTGATTATGGATGATATCTACGACATCTATGGTACATTAGAG 1118
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Sbjct 832 AAAATATTCATGTTAATTGCGATTATGGATGATATCTACGATATCTATGGTACATTAGAG 891
Query 1119 GAGCTCGAGCTTTTCACAAATGTGGTCGAAAAATGGGATGTGAACCATGTTGAAAGACTT 1178
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Sbjct 892 GAGCTCGAGATTTTCACAAATGTTGTCGAAAAATGGGATGTGAACCATGTTGAAAGACTT 951
Query 1179 CCCAACTACATGAGAATGTGTTTTCTTTTTCTATACAATGAGATCAACCAAATAGGATAC 1238
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Sbjct 952 CCCAACTACATGAGAATTTGTTTTCTTTTTCTATACAATGAGATCAACCAAATAGGATAC 1011
Query 1239 GATGTTCTCAGAGACAAAGGACTTAACGTTATCCCTTACCTCAAACAAGTTTGGACGGAT 1298
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Sbjct 1012 GATGTTCTGAGAGACAAAGGACTTAACGTTATCCCTTACCTCAAACAAGTTTGGACGGAT 1071
Query 1299 CTATTTAAAACGTTCCTAACTG-AATCCAAGTGGTACAAAACTGGACACAAACCAAGTTT 1357
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Sbjct 1072 CTATTTAAAACGTTCCTGA-TGGAAGCAAAGTGGTACAAAACTGAACACAGACCAAGTTT 1130
Query 1358 CGAAGAATACATGCAAAACGGTGTGATCTCGAGTTCTGTCCCAACGATACTGCTCCACCT 1417
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Sbjct 1131 CGAAGAATATATGCAAAACGGTGTGATCTCGAGTTCTGTCCCAACGATACTGCTCCACCT 1190
Query 1418 TTTCTCCGTCCTATCCGACCACATCTCCGACCAAACCCTAACCGATGATTCCAAAAACCA 1477
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Sbjct 1191 TTTCTCCGTCCTACCCGACCACATCTCCGACCAAACCCTAACCGATGTTTCCAAAAACCA 1250
Query 1478 CTCTGTCGTCCGGAGCTGTGCCACCATTCTCCGTCTCGCTAATGATCTTGCCACCTCAAC 1537
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Sbjct 1251 CTCTGTCGTCCGGAGCTGTGCCACCATTCTCCGTCTCGCTAATGATCTCGCCACCTCAAC 1310
Query 1538 GGAGGAGATGGCAAGAGGAGATTCCCCAAAGTCGGTCCAATGTTACATGTATGAGACAAG 1597
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Sbjct 1311 GGATGAGATGGCAAGAGGAGATTCCCCAAAGTCAGTCCAATGTTACATGTATGAGACAAG 1370
Query 1598 AGCAAGTGAGGAAGAGGCACGTAGACACATGCAAAGTATGATCAGCGACTCTTGGGACAT 1657
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Sbjct 1371 AGCCAGTGAGGAAGAGGCACGGGGACACATGCAAAGTATGATCAGCGACTCTTGGGACGT 1430
Query 1658 TATAAACTCCGATTTAAAAACGGCACACACTTCTTCTCTTCCTCGTGGTTTTC-TGGCAG 1716
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Sbjct 1431 CATAAACTCCGATTTTAAAACGGAACACACTTCTTCTCTTCCTCGTGGTTT-CGTGGCAG 1489
Query 1717 CCGCCGCAAATCTTAACCGCGTGGTACAGTGTATCTACCGGCACGGTGATGGCCACGGAA 1776
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Sbjct 1490 CCGCCGCAAATCTTAACCGCGTGGTACAGTGTATCTACCAGCACGGTGATGGCCACGGCA 1549
Query 1777 GCCCAGAAAAGACCAAGACCGTTGATTATATCCAATCAGTACTCTTCAATCCCGTTCCGT 1836
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Sbjct 1550 GCCCCGAAAAGACCAAGACCGTTGATTATATCCAATCCGTACTCTTCAATCCCGTTCCGT 1609
Query 1837 TATAG 1841
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Sbjct 1610 TATAG 1614
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69133794675
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5