BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G16730.1 Length=1841 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg329840 jgi|Araly1|329840|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002067 2555 0.0 > Ahg329840 jgi|Araly1|329840|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002067 Length=1614 Score = 2555 bits (1383), Expect = 0.0 Identities = 1547/1625 (95%), Gaps = 16/1625 (1%) Strand=Plus/Plus Query 222 ATGGGATCATCAATATCTCCTCTCGCTCGAGAATATATATATGTGAAAGAAGTTGAAACC 281 |||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||| ||||||| Sbjct 1 ATGGGATCATCAATATCTCCTCTCACTCGAG-A-ATATATATGT----GAAGCTGAAACC 54 Query 282 GCGGAGAAAGCTATATTGTTTAAAGAAGAGGTGAGGAAGACATTAAATGAAATTGAAGGT 341 ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 55 GCGGAGAAAGCTAAATTGTTGAAAGAAGAGGTGAGGAAGACACTAGGTGAAATTGAAGGT 114 Query 342 TCTATTGAGCAGCTAGAAATGATCGATTCTCTGCAAAGACTCGGAATCTCGTATCACTAT 401 |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 115 TCTATTGAGCAGCTGGAAATGATCGATTCTTTGCAAAGACTCGGAATCTCATATCACTAT 174 Query 402 AAACATGAAATCCATGATATTTTGAGAAAA-ATTCATGACCAACACGGCGAAATTGAGAG 460 ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 175 AAACACGAAATCCATGATATTTTGA-AAAACATTCATGACCAACGCGGCGAAATTGAGAG 233 Query 461 GGAAACACAAGATCTTCATGCTACATCACTTGAATTTATTCTCTTAAGGCAACATGGTTT 520 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 234 GGAATCACAAGATCTTCATGCTACATCACTTGAATTTTTTCTCCTAAGGCAACATGGTTT 293 Query 521 TGATGTCTCGCAAGATGCTTTTGACGTTTTCATAAGTGAGACCGGAGAATTCAGAAAAAC 580 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| Sbjct 294 TGATGTCTCGCAAGATGTTTTTGACGTTTTCATAAGTGAGGCCGGGGTATTCAGAAAAAC 353 Query 581 TTTACACAGCGATATCAAAGGTTTACTCTCTCTATACGAAGCTTCTTATTTTTCAATGGA 640 | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 354 TCTACGCAGCGATATCAAAGGGTTACTCTCTCTATACGAAGCTTCTTATTTTTCAAAGGG 413 Query 641 TTCGGAGTTTAAACTCAAGGAGACTAGAATTTATGCAAACAAGCGGTTAAGTGAGTTTGT 700 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 414 TTCGGAGTTTAAACTCAAGGACACTAGAATTTATGCAAACAAGCGATTAAGTGAGTTTGT 473 Query 701 CGCGGAAAGTAGCAAAACTATTTGCAGAGAAGATGAAACTTATATATTAGAGATGGTGAA 760 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 474 CGCGGAAAGTAGCAAAACTATTTGCAGAGAAGATGAAACTTATATATTTGAGATGGTGAA 533 Query 761 ACGAGCACTAGAGACGCCGTACCATTGGAGCATACGAAGATTAGAAGCAAGATGGTACAT 820 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 534 ACGAGCACTAGATACGCCGTACCATTGGAGCATACGAAGATTAGAAGCAAGATGGTACAT 593 Query 821 AAATGTGTACGaaaaaaaGCATGAAATGAACCCTCTCTTGCTAGAGTTTGCAGCAATTGA 880 ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| Sbjct 594 AAATGTGTACGAACACAAGCATGAAATGAACCCTCTCTTGTTTGAGTTTGCAGCAACTGA 653 Query 881 TTTCAACATGTTACAAGCTAATCATCAAGAAGAACTTAAACTTA-TTTCTAGTTGGTGGA 939 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 654 TTTCAACATGTTACAAGCTAATCATCAAGAAGAACTTAAAC-TAGTTTCTAGTTGGTGGA 712 Query 940 ACAGCACAGGACTTATGAAACAACTTGATTTCGTGAGAGACCGAATCACAGAGAGTTATT 999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 713 ACAGCACAGGACTTATGAAACAACTTGATTTCGTGAGAGACCGAATCACAGAGAGTTATT 772 Query 1000 TTTGGACCATTGGAATATTTTACGAACCAGAGTTTAAATACTGCCGCAA-GATACTCACC 1058 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 773 TTTGGACCATTGGAATATTTTACGAGCCAGAGTTTAAATACTGCCG-AATGATACTCACC 831 Query 1059 AAAATATTCATGTTAATTGTGATTATGGATGATATCTACGACATCTATGGTACATTAGAG 1118 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 832 AAAATATTCATGTTAATTGCGATTATGGATGATATCTACGATATCTATGGTACATTAGAG 891 Query 1119 GAGCTCGAGCTTTTCACAAATGTGGTCGAAAAATGGGATGTGAACCATGTTGAAAGACTT 1178 ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 892 GAGCTCGAGATTTTCACAAATGTTGTCGAAAAATGGGATGTGAACCATGTTGAAAGACTT 951 Query 1179 CCCAACTACATGAGAATGTGTTTTCTTTTTCTATACAATGAGATCAACCAAATAGGATAC 1238 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 952 CCCAACTACATGAGAATTTGTTTTCTTTTTCTATACAATGAGATCAACCAAATAGGATAC 1011 Query 1239 GATGTTCTCAGAGACAAAGGACTTAACGTTATCCCTTACCTCAAACAAGTTTGGACGGAT 1298 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1012 GATGTTCTGAGAGACAAAGGACTTAACGTTATCCCTTACCTCAAACAAGTTTGGACGGAT 1071 Query 1299 CTATTTAAAACGTTCCTAACTG-AATCCAAGTGGTACAAAACTGGACACAAACCAAGTTT 1357 ||||||||||||||||| | || || | |||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 1072 CTATTTAAAACGTTCCTGA-TGGAAGCAAAGTGGTACAAAACTGAACACAGACCAAGTTT 1130 Query 1358 CGAAGAATACATGCAAAACGGTGTGATCTCGAGTTCTGTCCCAACGATACTGCTCCACCT 1417 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1131 CGAAGAATATATGCAAAACGGTGTGATCTCGAGTTCTGTCCCAACGATACTGCTCCACCT 1190 Query 1418 TTTCTCCGTCCTATCCGACCACATCTCCGACCAAACCCTAACCGATGATTCCAAAAACCA 1477 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1191 TTTCTCCGTCCTACCCGACCACATCTCCGACCAAACCCTAACCGATGTTTCCAAAAACCA 1250 Query 1478 CTCTGTCGTCCGGAGCTGTGCCACCATTCTCCGTCTCGCTAATGATCTTGCCACCTCAAC 1537 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1251 CTCTGTCGTCCGGAGCTGTGCCACCATTCTCCGTCTCGCTAATGATCTCGCCACCTCAAC 1310 Query 1538 GGAGGAGATGGCAAGAGGAGATTCCCCAAAGTCGGTCCAATGTTACATGTATGAGACAAG 1597 ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1311 GGATGAGATGGCAAGAGGAGATTCCCCAAAGTCAGTCCAATGTTACATGTATGAGACAAG 1370 Query 1598 AGCAAGTGAGGAAGAGGCACGTAGACACATGCAAAGTATGATCAGCGACTCTTGGGACAT 1657 ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1371 AGCCAGTGAGGAAGAGGCACGGGGACACATGCAAAGTATGATCAGCGACTCTTGGGACGT 1430 Query 1658 TATAAACTCCGATTTAAAAACGGCACACACTTCTTCTCTTCCTCGTGGTTTTC-TGGCAG 1716 |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1431 CATAAACTCCGATTTTAAAACGGAACACACTTCTTCTCTTCCTCGTGGTTT-CGTGGCAG 1489 Query 1717 CCGCCGCAAATCTTAACCGCGTGGTACAGTGTATCTACCGGCACGGTGATGGCCACGGAA 1776 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | Sbjct 1490 CCGCCGCAAATCTTAACCGCGTGGTACAGTGTATCTACCAGCACGGTGATGGCCACGGCA 1549 Query 1777 GCCCAGAAAAGACCAAGACCGTTGATTATATCCAATCAGTACTCTTCAATCCCGTTCCGT 1836 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1550 GCCCCGAAAAGACCAAGACCGTTGATTATATCCAATCCGTACTCTTCAATCCCGTTCCGT 1609 Query 1837 TATAG 1841 ||||| Sbjct 1610 TATAG 1614 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 69133794675 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5