BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17090.1
Length=2035
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946523 jgi|Araly1|946523|scaffold_702752.1 2876 0.0
> Ahg946523 jgi|Araly1|946523|scaffold_702752.1
Length=1687
Score = 2876 bits (1557), Expect = 0.0
Identities = 1640/1681 (98%), Gaps = 1/1681 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 70 AGAGAGaaaaaaaCTATGGAATTGACACTGAATTCCTCGAGTTCTCTTATCAAACGTAAA 129
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 7 AGAGAG-AAAAAACTATGGAATTGACACTAAATTCCTCCAGTTCTCTTATCAAACGTAAA 65
Query 130 GATGCCAAGAGTTCTAGAAACCAAGAAAGTTCCTCCAACAACATGACCTTTGCGAAGATG 189
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 GATGCCAAGAGTTCTAGAAACCAAGAGAGTTCCTCTAACAACATGACCTTTGCGAAGATG 125
Query 190 AAGCCGCCAACATATCAATTCCAAGCAAAGAACTCGGTTAAGGAAATGAAGTTCACTCAC 249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 AAGCCGCCAACATATCAATTCCAAGCAAAGAACTCGGTTAAGGAAATGAAGTTCACTCAC 185
Query 250 GAGAAGACCTTCACGCCAGAAGGTGAAACCCTTGAGAAATGGGAGAAGCTCCACGTTCTC 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 GAGAAGACCTTCACGCCAGAAGGTGAAACCCTTGAGAGATGGGAGAAGCTCCACGTTCTC 245
Query 310 TCATACCCACACTCCAAGAACGACGCTAGCGTTCCGGTGTTCGTCATGTTACCGCTCGAC 369
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 TCATACCCACACTCCAAGAACGAATCTAGCGTTCCTGTGTTCGTCATGTTACCGCTCGAC 305
Query 370 ACAGTAACAATGTCAGGGCATTTGAACAAACCACGAGCCATGAACGCTAGTTTGATGGCC 429
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 ACGGTAACAATGTCAGGGCATTTGAACAAACCACGAGCCATGAACGCTAGTTTGATGGCT 365
Query 430 CTGAAAGGAGCTGGTGTGGAAGGTGTGATGGTGGATGCTTGGTGGGGATTGGTGGAGAAA 489
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 CTGAAAGGAGCTGGTGTGGAAGGTGTTATGGTGGATGCTTGGTGGGGATTGGTGGAGAAA 425
Query 490 GATGGACCTATGAATTATAACTGGGAAGGCTATGCCGAGCTTATACAGATGGTTCAAAAG 549
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 GATGGACCTATGAATTATAATTGGGAAGGATATGCCGAGCTTATACAGATGGTTCAAAAG 485
Query 550 CACGGTCTCAAACTCCAGGTCGTTATGTCATTCCATCAATGTGGAGGAAACGTAGGAGAC 609
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 486 CACGGTCTCAAACTCCAGGTCGTTATGTCTTTCCATCAATGTGGAGGAAACGTCGGAGAC 545
Query 610 TCTTGCAGTATCCCCTTGCCTCCATGGGTGCTTGAAGAGATCAGCAAGAACCCTGATCTT 669
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 546 TCTTGCAGTATCCCCTTGCCCCCATGGGTGCTTGAAGAAATCAGCAAGAACCCCGATCTT 605
Query 670 GTCTACACAGACAAATCTGGGAGAAGGAACCCTGAATATATCTCCTTGGGATGTGATTCT 729
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 GTCTACACAGACAAATCTGGGAGAAGGAACGCTGAGTATATCTCCTTGGGATGTGATTCT 665
Query 730 GTGCCTGTCCTAAGAGGAAGAACACCTATCCAGGTCTACTCAGATTTCATGAGGAGCTTC 789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 GTGCCTGTCCTAAGAGGAAGAACACCTATCCAGGTCTACTCAGATTTCATGAGGAGCTTC 725
Query 790 CGTGAACGATTTGAAGGCTACATAGGAGGAGTTATTGCGGAAATTCAAGTAGGAATGGGA 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 CGTGAACGATTTGAAGGCTACATAGGAGGAGTTATTGCGGAAATTCAAGTAGGAATGGGA 785
Query 850 CCTTGTGGAGAATTGAGATACCCATCATACCCTGAGAGCAACGGGACCTGGAGATTCCCC 909
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 786 CCTTGCGGAGAATTGAGATACCCATCATACCCTGAGAGCAACGGGACCTGGAGATTTCCC 845
Query 910 GGAATTGGAGAGTTCCAGTGCTACGACAAGTATATGAAATCGTCACTTCAAGCATATGCT 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 GGAATTGGAGAGTTCCAGTGCTACGACAAGTATATGAAATCGTCACTTCAAGCATATGCT 905
Query 970 GAGTCAATCGGGAAAACTAACTGGGGAACAAGTGGACCTCATGATGCCGGCGAGTACAAG 1029
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 GAATCAATCGGGAAAACTAACTGGGGAACAAGTGGACCTCATGATGCCGGCGAGTACAAG 965
Query 1030 AACCTCCCAGAAGATACTGAATTTTTCAGGAGAGACGGAACATGGAATAGCGAGTATGGA 1089
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 AACCTCCCAGAAGATACTGAATTTTTCCGGAGAGACGGAACATGGAATAGCGAGTATGGA 1025
Query 1090 AAGTTTTTCATGGAATGGTACTCCGGGAAGCTGCTAGAACATGGAGACCAACTCCTATCT 1149
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 AAGTTTTTCATGGAATGGTACTCTGGGAAGCTACTAGAACATGGAGACCAACTCCTATCT 1085
Query 1150 TCAGCGAAAGGTATCTTTCAAGGAAGCGGAGCAAAGCTATCAGGAAAGGTAGCTGGAATT 1209
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1086 TCAGCGAAAGGAATCTTTCAAGGAAGCGGAGCAAAGCTATCAGGGAAGGTAGCTGGAATT 1145
Query 1210 CACTGGCACTACAACACCAGGTCACACGCAGCTGAGCTAACCGCTGGATACTACAACACA 1269
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1146 CACTGGCACTACAACACCAGGTCACACGCAGCTGAGCTAACCGCTGGATATTACAACACA 1205
Query 1270 AGAAACCATGACGGGTATCTGCCAATAGCTAAGATGTTCAACAAACATGGAGTTGTGCTC 1329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 AGAAACCATGACGGGTATCTGCCAATAGCTAAGATGTTCAACAAACATGGAGTTGTGCTC 1265
Query 1330 AACTTCACCTGCATGGAGATGAAAGACGGGGAGCAACCTGAGCACGCGAATTGCTCACCA 1389
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1266 AACTTCACCTGCATGGAGATGAAAGATGGGGAGCAACCGGAGCACGCAAATTGCTCACCA 1325
Query 1390 GAAGGTCTGGTCAAGCAAGTACAGAACGCGACAAGGCAGGCCGGAACCGAACTAGCAGGG 1449
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1326 GAAGGTCTGGTGAAGCAAGTACAGAACGCGACAAGGCAGGCTGGAACCGAACTAGCAGGG 1385
Query 1450 GAGAACGCGCTAGAACGATATGACTCAAGCGCATTCGGACAAGTGGTAGCAACAAATAGG 1509
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GAGAACGCGCTAGAACGATACGACTCGAGCGCATTCGGACAAGTGGTAGCAACAAATAGG 1445
Query 1510 TCAGATTCTGGAAATGGGTTAACCGCATTTACTTACCTAAGAATGAACAAGCGGTTATTT 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 TCAGATTCTGGAAATGGGTTAACCGCATTTACTTACCTAAGAATGAACAAGCGGTTATTT 1505
Query 1570 GAGGGTCAAAATTGGCAGCAGTTAGTGGAGTTTGTTAAGAACATGAAGGAAGGTGGTCAT 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 GAGGGTCAAAATTGGCAGCAGTTAGTGGAGTTTGTTAAGAACATGAAGGAAGGTGGTCAT 1565
Query 1630 GGGAGGAGACTCTCAAAAGAAGACACAACTGGAAGTGACCTTTATGTTGGATTTGTCAAA 1689
|| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 GGAAGGAAACTTTCAAAAGAAGACACAACTGGAAGTGACCTTTATGTTGGATTTGTCAAA 1625
Query 1690 GGCAAGATCGCTGAGAATGTGGAGGAGGCTGCTTTAGTGTAATTTCCCACATAGGTACAT 1749
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 GGCAGGATCGCTGAGAATGTGGAGGAGGCTGCTTTAGTGTAATTTCCCACATAGGTACAT 1685
Query 1750 A 1750
|
Sbjct 1686 A 1686
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76523302205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5