BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G17180.1 Length=1714 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg329810 jgi|Araly1|329810|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002037 2207 0.0 > Ahg329810 jgi|Araly1|329810|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002037 Length=1440 Score = 2207 bits (1195), Expect = 0.0 Identities = 1346/1419 (95%), Gaps = 9/1419 (1%) Strand=Plus/Plus Query 37 ATGGGAAGCGGTGTAGGT---GTAGCTCTCTTTGCCCTCTCCCTTCTTCTCGT-CTCCCA 92 |||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |||||||||||| | |||| Sbjct 1 ATGGGAAGCGGTGTAGGTGCAGTAGCTCTCTGTATCTTCTTCCTTCTTCTCGTAC-CCCA 59 Query 93 TGAGGTGGAATCTGCAATCGGCGTGAACTGGGGAACGTTGTCATTTCACAAGATGAGACC 152 |||||| || || |||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| Sbjct 60 TGAGGTTGAGTCAGCAATCGGTGTAAACTGGGGATCGTTGTCGCTTCACAAGATGAGACC 119 Query 153 TTCCACAGTGGTGGATCTCCTCAAAGCAAACAAGATCACCAAGGTGAAGCTTTTCGATGC 212 |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | Sbjct 120 TTCCACTGTAGTGGATCTCCTCAAAGCAAACAAGATCACCAAAGTTAAGCTCTTCGATTC 179 Query 213 GAATCCAGATGCGCTTCGAGCGT-TAATGGGTACTGGAATCCAAGTAATGATCGGCATTC 271 ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 180 GAATCCAGATGCGCTTCGAGC-TCTAATGGGTACTGGAATCCAAGTAATGGTCGGCATTC 238 Query 272 CTAACGAGATGCTCTCAACTTTCAATTCTGATTTGTTTGTCCAGCAAAATCTCTCTCGCT 331 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 CTAACGAGATGCTCTCAATTTTCGATTCTGATTTGTTTGTCCAGCAAAATCTCTCTCGCT 298 Query 332 TCATAGGCAAAAACGGTGCTGATATTAGGTATGTTGCAGTAGGGAATGAGCCGTTTCTGA 391 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 299 TCATCGGCAAAAACGGTGCTGATATTAGGTATGTTGCAGTAGGGAATGAGCCGTTTTTGA 358 Query 392 CTGGTTACGGTGGTCAGTTTCAGAACTATGTAGTCCCAACTATGGTTAACCTGCAACAAT 451 | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 359 CGGGTTATGGTGGGCAGTTTCAGAACTATGTAGTCCCAGCTATGGTTAACCTGCAACAAT 418 Query 452 CTTTGGTTAGAGCAAATCTAGCTAGCTATGTGAAGTTGGTGGTTCCTTGCAACGCAGATG 511 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 CTTTGGTTAAAGCAAATCTAGCTAGCTATGTGAAGTTGGTGGTTCCTTGCAACGCAGATG 478 Query 512 CGTATCAGTCTAATGTTCCCTCTCAGGGGATGTTCCGGCCTGAGCTTACACAGATTATGA 571 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 CGTATGAGTCTAATGTTCCCTCTCAGGGGATGTTCCGGCCTGAGCTTACACAGATTATGA 538 Query 572 CTCAATTGGTTTCGTTTCTCAACT-CCAATGGCTCTCCTTTTGTGGTTAATATCTATCCT 630 |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 CTCAGTTGGTTTCGTTTCTCAA-TACCAATGGATCTCCTTTTGTGGTTAATATCTATCCT 597 Query 631 TTCCTTAGTCTCTATGGGAACTCGGATTTTCCACAAGACTATGCCTTTTTTGAGGGGAGT 690 ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 598 TTCCTTAGTCTCTATGGAAACTCGGATTTTCCGCAAGACTATGCTTTTTTTGAGGGAAGT 657 Query 691 AGTCATCCGGTTCCGGATGGGCCTAACACTTACTATAATGCATTTGATGGGAACTTTGAC 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 AGTCATCCGGTTCCGGATGGGCCTAACACTTACTATAATGCATTTGATGGGAACTTTGAC 717 Query 751 ACTCTTGTTGCTGCTCTCACCAAGCTTGGATATGGTCAAATGCCTATAGTTATTGGTGAG 810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 ACTCTTGTTGCTGCTCTCACCAAGCTTGGATATGGTCAAATGCCTATAGTTATTGGTGAG 777 Query 811 ATTGGTTGGCCTACAGATGGAGCAGTTGGTGCTAATCTCACAGCAGCCCGGGTTTTTAAT 870 ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 778 ATTGGTTGGCCAACGGATGGAGCTGTTGGTGCTAATCTCACGGCAGCCCGGGTTTTTAAT 837 Query 871 CAAGGGCTCATTAGCCATGTGTTGAGCAACAAAGGAACACCGCTCAGGCCTGGATCTCCT 930 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 838 CAAGGGCTCATTAGCCATGTGTTGAGCAACAAAGGAACACCGCTCAGGCCTGGCTCCCCT 897 Query 931 CCTGCGGATGTATATCTTTTCGGTTTGCTTGACGAAGGAGCGAAAAGCACACTGCCTGGT 990 ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 898 CCTGCAGATGTTTATCTTTTCGGTTTGCTTGACGAAGGAGCCAAAAGCACACTGCCTGGT 957 Query 991 AACTTTGAGAGGCATTGGGGAATCTTCTCTTTCGATGGACAGGCCAAGTATCGTCTCAAC 1050 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 AACTTTGAGAGGCATTGGGGAATTTTCTCTTTCGATGGACAGGCCAAGTATCGTCTCAAT 1017 Query 1051 TTAGGACTAGGCAACAGAGGACTCAAGAATGCAAAAAATGTGCAGTACCTTCCTTCAAGG 1110 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1018 TTAGGACTAGGCAACAGAGGACTCAAGAATGCGAAAAATGTGCAGTACCTTCCTTCCAGA 1077 Query 1111 TGGTGTGTGGCTCACCCATCAAGAGACATGACCCAAGTTGGTGACCACCTCAGGCTTGCT 1170 |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1078 TGGTGTGTGGCTCATCCATCAAAAGACATGACCCAAGTTGGAGACCACCTCAGGCTTGCT 1137 Query 1171 TGCAGTGAAGCAGATTGCACAACGCTCAACGACGGGGGCTCGTGCAGCCAGCTTGGTGAA 1230 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 TGCAGTGAAGCAGATTGCACAACGCTCAACGACGGGGGATCGTGCAGCCAGCTTGGTGAA 1197 Query 1231 AAAGATAATATCTCATACGCTTTCAACAGTTACTATCAGATGCAGATGCAACATGAAAAG 1290 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 AAGGATAATATCTCATACGCTTTCAACAGTTACTATCAGATGCAGATGCAACATGAAAAG 1257 Query 1291 AGCTGTGACTTTGATGGACTTGGCATGGTCACCTTCCTAGATCCTTCAGTTGGTGACTGT 1350 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1258 AGCTGTGACTTTGATGGACTGGGCATGGTCACCTTCCTAGATCCTTCAGTTGGGGATTGT 1317 Query 1351 CGATTTCTTGTGGGTGTTACTGATATAGGCTTATCGTCAAGTACTGAGCCAATGGCAAGG 1410 |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1318 CGATTTCTTGTGGGCGTTACTGATAAAGGCTTATCCTCAAGTGCTGAGCCAATGGCAAGG 1377 Query 1411 TGGTCTATCTACCACATTTGCATTGGACTATTGATCTGG 1449 ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 1378 TGGTCTATCTACCACATTTGCATTGGAGTCTTGATCTGG 1416 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 64296333560 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5