BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17180.1
Length=1714
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg329810 jgi|Araly1|329810|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002037 2207 0.0
> Ahg329810 jgi|Araly1|329810|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002037
Length=1440
Score = 2207 bits (1195), Expect = 0.0
Identities = 1346/1419 (95%), Gaps = 9/1419 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 ATGGGAAGCGGTGTAGGT---GTAGCTCTCTTTGCCCTCTCCCTTCTTCTCGT-CTCCCA 92
|||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |||||||||||| | ||||
Sbjct 1 ATGGGAAGCGGTGTAGGTGCAGTAGCTCTCTGTATCTTCTTCCTTCTTCTCGTAC-CCCA 59
Query 93 TGAGGTGGAATCTGCAATCGGCGTGAACTGGGGAACGTTGTCATTTCACAAGATGAGACC 152
|||||| || || |||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 60 TGAGGTTGAGTCAGCAATCGGTGTAAACTGGGGATCGTTGTCGCTTCACAAGATGAGACC 119
Query 153 TTCCACAGTGGTGGATCTCCTCAAAGCAAACAAGATCACCAAGGTGAAGCTTTTCGATGC 212
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |
Sbjct 120 TTCCACTGTAGTGGATCTCCTCAAAGCAAACAAGATCACCAAAGTTAAGCTCTTCGATTC 179
Query 213 GAATCCAGATGCGCTTCGAGCGT-TAATGGGTACTGGAATCCAAGTAATGATCGGCATTC 271
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 180 GAATCCAGATGCGCTTCGAGC-TCTAATGGGTACTGGAATCCAAGTAATGGTCGGCATTC 238
Query 272 CTAACGAGATGCTCTCAACTTTCAATTCTGATTTGTTTGTCCAGCAAAATCTCTCTCGCT 331
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CTAACGAGATGCTCTCAATTTTCGATTCTGATTTGTTTGTCCAGCAAAATCTCTCTCGCT 298
Query 332 TCATAGGCAAAAACGGTGCTGATATTAGGTATGTTGCAGTAGGGAATGAGCCGTTTCTGA 391
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 299 TCATCGGCAAAAACGGTGCTGATATTAGGTATGTTGCAGTAGGGAATGAGCCGTTTTTGA 358
Query 392 CTGGTTACGGTGGTCAGTTTCAGAACTATGTAGTCCCAACTATGGTTAACCTGCAACAAT 451
| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CGGGTTATGGTGGGCAGTTTCAGAACTATGTAGTCCCAGCTATGGTTAACCTGCAACAAT 418
Query 452 CTTTGGTTAGAGCAAATCTAGCTAGCTATGTGAAGTTGGTGGTTCCTTGCAACGCAGATG 511
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CTTTGGTTAAAGCAAATCTAGCTAGCTATGTGAAGTTGGTGGTTCCTTGCAACGCAGATG 478
Query 512 CGTATCAGTCTAATGTTCCCTCTCAGGGGATGTTCCGGCCTGAGCTTACACAGATTATGA 571
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CGTATGAGTCTAATGTTCCCTCTCAGGGGATGTTCCGGCCTGAGCTTACACAGATTATGA 538
Query 572 CTCAATTGGTTTCGTTTCTCAACT-CCAATGGCTCTCCTTTTGTGGTTAATATCTATCCT 630
|||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTCAGTTGGTTTCGTTTCTCAA-TACCAATGGATCTCCTTTTGTGGTTAATATCTATCCT 597
Query 631 TTCCTTAGTCTCTATGGGAACTCGGATTTTCCACAAGACTATGCCTTTTTTGAGGGGAGT 690
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 598 TTCCTTAGTCTCTATGGAAACTCGGATTTTCCGCAAGACTATGCTTTTTTTGAGGGAAGT 657
Query 691 AGTCATCCGGTTCCGGATGGGCCTAACACTTACTATAATGCATTTGATGGGAACTTTGAC 750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AGTCATCCGGTTCCGGATGGGCCTAACACTTACTATAATGCATTTGATGGGAACTTTGAC 717
Query 751 ACTCTTGTTGCTGCTCTCACCAAGCTTGGATATGGTCAAATGCCTATAGTTATTGGTGAG 810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 ACTCTTGTTGCTGCTCTCACCAAGCTTGGATATGGTCAAATGCCTATAGTTATTGGTGAG 777
Query 811 ATTGGTTGGCCTACAGATGGAGCAGTTGGTGCTAATCTCACAGCAGCCCGGGTTTTTAAT 870
||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 778 ATTGGTTGGCCAACGGATGGAGCTGTTGGTGCTAATCTCACGGCAGCCCGGGTTTTTAAT 837
Query 871 CAAGGGCTCATTAGCCATGTGTTGAGCAACAAAGGAACACCGCTCAGGCCTGGATCTCCT 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 838 CAAGGGCTCATTAGCCATGTGTTGAGCAACAAAGGAACACCGCTCAGGCCTGGCTCCCCT 897
Query 931 CCTGCGGATGTATATCTTTTCGGTTTGCTTGACGAAGGAGCGAAAAGCACACTGCCTGGT 990
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 898 CCTGCAGATGTTTATCTTTTCGGTTTGCTTGACGAAGGAGCCAAAAGCACACTGCCTGGT 957
Query 991 AACTTTGAGAGGCATTGGGGAATCTTCTCTTTCGATGGACAGGCCAAGTATCGTCTCAAC 1050
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AACTTTGAGAGGCATTGGGGAATTTTCTCTTTCGATGGACAGGCCAAGTATCGTCTCAAT 1017
Query 1051 TTAGGACTAGGCAACAGAGGACTCAAGAATGCAAAAAATGTGCAGTACCTTCCTTCAAGG 1110
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1018 TTAGGACTAGGCAACAGAGGACTCAAGAATGCGAAAAATGTGCAGTACCTTCCTTCCAGA 1077
Query 1111 TGGTGTGTGGCTCACCCATCAAGAGACATGACCCAAGTTGGTGACCACCTCAGGCTTGCT 1170
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TGGTGTGTGGCTCATCCATCAAAAGACATGACCCAAGTTGGAGACCACCTCAGGCTTGCT 1137
Query 1171 TGCAGTGAAGCAGATTGCACAACGCTCAACGACGGGGGCTCGTGCAGCCAGCTTGGTGAA 1230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TGCAGTGAAGCAGATTGCACAACGCTCAACGACGGGGGATCGTGCAGCCAGCTTGGTGAA 1197
Query 1231 AAAGATAATATCTCATACGCTTTCAACAGTTACTATCAGATGCAGATGCAACATGAAAAG 1290
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAGGATAATATCTCATACGCTTTCAACAGTTACTATCAGATGCAGATGCAACATGAAAAG 1257
Query 1291 AGCTGTGACTTTGATGGACTTGGCATGGTCACCTTCCTAGATCCTTCAGTTGGTGACTGT 1350
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1258 AGCTGTGACTTTGATGGACTGGGCATGGTCACCTTCCTAGATCCTTCAGTTGGGGATTGT 1317
Query 1351 CGATTTCTTGTGGGTGTTACTGATATAGGCTTATCGTCAAGTACTGAGCCAATGGCAAGG 1410
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1318 CGATTTCTTGTGGGCGTTACTGATAAAGGCTTATCCTCAAGTGCTGAGCCAATGGCAAGG 1377
Query 1411 TGGTCTATCTACCACATTTGCATTGGACTATTGATCTGG 1449
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1378 TGGTCTATCTACCACATTTGCATTGGAGTCTTGATCTGG 1416
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64296333560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5