BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17330.1
Length=6499
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg329795 jgi|Araly1|329795|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002022 3923 0.0
Ahg337636 jgi|Araly1|337636|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004201 52.8 3e-05
> Ahg329795 jgi|Araly1|329795|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002022
Length=5235
Score = 3923 bits (2124), Expect = 0.0
Identities = 2660/2909 (91%), Gaps = 75/2909 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2106 ACTCTGTCAGTTCTGGACAAGGATAACAAAAATGAAATGCCTATTACTAGCTCCTTGCCT 2165
|||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2098 ACTCAGTTAGTTCTGGGCAAGGATAACAAAAATGAAAAGCCTAGTACTAGCTCCTTGGCT 2157
Query 2166 ATTCTTGGGAGTGAAGCTGGAAAAGATGGCCAGGAAGAGGATAATACTGCTGCTTCTGGT 2225
| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 2158 AATCTTGGGAGTGAAGCTGGAAAAGATCACCGGGAAGAGGATAATTCTGCTGCGTCCGGA 2217
Query 2226 GGGATTATGGCAGCTGGGACTCCTGTTACACACCCCAAAGGTGATGCAATCGTACTAGGA 2285
||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GGGATTATGTCAGCTGGGACTCCTGTTTCAAACCCCAAAGGTGATGCAATCGTACTAGGA 2277
Query 2286 GACTCCCGTGCTTCTACATG-TTCTGAGTCTTCTGTAAAGTCTTATGTAACTGCAATAGA 2344
|||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| | |
Sbjct 2278 GACTCCTGTGCTTCTACA-GTTTCTGAGCCTTCTGGAAAGTCTCATGTAACTGCAACAAA 2336
Query 2345 AGATGCTGCTACTAATTTAAAGACTCCTCTTGATTCTTTCCCCACTGTTAAGACTTCCGA 2404
||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 AGACGCTGCTACTAATTTGAAGACTCCTCTTAATTCTTTCCCCACTGTTAAGACTTCCGA 2396
Query 2405 ACTTCAATTTAATAACACAGAGACAAACAGTGTCAAAAAGCCAGAAGATCAGAATATTTC 2464
||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 ACTTCAACTTAATAAGACTGAGACAAACAGTGTCAAAAAGCCAGAAGATCAGAATATTTC 2456
Query 2465 GGGTTTTATGTCTGCTGGATCTCCGGTCTTGAATAGAAATGAGACCTCCAGCAGTGAAAT 2524
| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 2457 GAGTTTTATGTCTGCTGGATCTTCGGTCTTGAAT---AATGAGACCTTCAGCAGTGAGAT 2513
Query 2525 GAACTTAACTCCTGATCAGCTGAAAGCAGGGAAAATTTCCAAAGCTGTT-ATATTTTCAC 2583
|||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2514 GAACATAACTCCCGATCAGCTGAAAGCAGGGGAAATTTCCAAAGCTGTTAAT-TTTTCAC 2572
Query 2584 AAGCTACCCTTGTCTCCCCGATTGTGGTGGGATCTCCTTCAACATCTAGCTTAGATAAAA 2643
||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2573 AAGCTACACTGGTCTCTCCGATTGTGGTGGGATCTCCTTCAACATCTAGCTTAGAGAAAA 2632
Query 2644 CAGCTGCAAAGTCTTCCAAAGCAAAATCTGAGCGGAAACCCAGGCGAACATCTAAATCTG 2703
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 CAGCTGCAAAGTCTTCCAAAACAAAATCTGAGCGGAAACCCAGGCGAACATCTAAATCTG 2692
Query 2704 TAGGAAAAGAGACTTCTAGAAAAGGAACTAGTGTAAAAGGGGCTACACCTATTGAACAGT 2763
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2693 TAGGAAAAGAGACTTCTAGAAAAGGAACTAGTGTAAAAGGGGCTACACCTTTTCAACAGT 2752
Query 2764 TTCAAAGTGGAGGCAAAACAAATGCTGTTAATCAAAGTTTGGCTTCTCATATTCAGATCA 2823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 2753 TTCAAAGTGGAGGCAAAACAAATGCTGTTAATCAAAGTTCGGCTTGTCCTATTCAGATCA 2812
Query 2824 CACAATCTACTGAGAAACAGCGAAGTCTTCAGAGCCCTGCTCTAAAAGCTTTTGGGTCCC 2883
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2813 CACAATCTACTGAGAAACAGCAAAGTCTTCAGAGCCCTGCTCTAAAAGCTTTTGGGACCC 2872
Query 2884 TTTCAACCCCTACGGCAAGTCTACCGGATTTGAACTCTTCTGCTCTCTCAAGTATTCTGC 2943
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 TTTCAACCCCCACGGCAAGTCTACCGGATTTGAACTCTGCTGCTCTCTCAAGTATTCTGC 2932
Query 2944 GTCGACCTTTCACGGACTTGCAACAAGTGCAACTACGTGCACAGATTTTTGTATACGGGG 3003
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 2933 GTCGACCTTTCACAGACTTGCAACAAGTGCAACTACGTGCACAAATTTTCGTATATGGGG 2992
Query 3004 CTCTGATCCAAGGAACAGCACCGGATGAAGCTTATATGATATCTGCA-TT--T-G----G 3055
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | | |
Sbjct 2993 CTCTGATCCAAGGAACAGCACCCGATGAAGCTTATATGATTTCTGCATTTGGTGGTCCAG 3052
Query 3056 TG-G-------TG-----C---AGATGGTGGGAAGGGCAGCTGGGAGAAATCATGGCGTA 3099
|| | || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3053 TGTGTTCACTCTGCATTTCTTTAGATGGTGGGAAGGGCAGCTGGGAGAAAGCATGGCGTT 3112
Query 3100 CTTGTGTTGTAAGGGCTCAGAAATCGCTTGTTGCTACTCCTGAAACGCCACTGCAATCAC 3159
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3113 CTTGTGTTGTAAGGGCTCAGAAATCGTTTGTTGCTACTCCTGAAACGCCATTGCAATCAC 3172
Query 3160 GTCCAGGGAAGACAGAGACCCCTTCAGCAGGTCACACCAATAGCAAAGAGAGTTCAGGGA 3219
|| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3173 GTGCAGGGAAGACAGAGACTCCATCAGCTGGTCACACCAATAGCAAAGAGACTTCAGCGA 3232
Query 3220 CAAACCCCATGATTCCACTCTCATCACCTTTATGGAGTTTATCAACTTCCGTAGATACTT 3279
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 3233 CAAACCCCATGATTCCACTCTCATCACCTTTATGGAGTTTATCAACTTCCCTTGATACTT 3292
Query 3280 TACAATCAAGTAGCGTTCAGAGAGGTTCAGCTGCTACTCACCAGCCATTGCTTTCTGCAT 3339
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 3293 TACAATCAAGTAGCATTCAGAGAGGTTCAACTGCTACTCACCAGCCATTACTTTCTTCAT 3352
Query 3340 CGCATGCTCACCAAACTCCACCAACT-CAGAATATTGTTGGACATAATACCCCTTGGATG 3398
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3353 CGCATGCTCACCAAACTCCACCAACTGC-GAATATTGTTGGACATAATACCCCTTGGATG 3411
Query 3399 TCGCCTCTCCCTTTCCGTAACGCTTGGCTTGCTTCTCAGCAAACCAGTGGATTTGATGTT 3458
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 3412 TCGCCTCTCCCTTTCCGTAATTCTTGGCTTGCTTCTCAGCAAAGCAGTGGATATGATGTT 3471
Query 3459 GGTTCCCGTTTCCCCGTCTATCCAATCACTGACCCTGTAAAATTGACTCCCATGAAAGAA 3518
||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 GGTTCTCGTTTCCCCGTCTATCCGATGACCGAACCTGTAAAATTGACTCCCATGAAAGAA 3531
Query 3519 TCATCCATGACTCTT-TCTGGCGCAAAACATGTTCAGAGTGGAACTTCTAGCAATGTTTC 3577
|| ||| ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3532 TCGTCCTTGAGT-TTCCCTGGCGCAAAGCATGTTCAGAGTGGAACTTCTGGCAATGTTTT 3590
Query 3578 CAAAGTGACACCAACACTTGAGCCTACTAGTACAGTTGTAGCACCTGCTCAACATTCTAC 3637
|||| ||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3591 CAAAATGACATCATCACTTGAGCCAACGAGTACAGTTGTAGCACCTGCTCAACATTCCAC 3650
Query 3638 AAGGG-TAAAATCAAGGAAACGGAAGAAGATGCCAGTCTCTGTGGAGTCTGGTCCAAACA 3696
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3651 -CGGGACAAAATCAAGGAAACGGAAGAAGATGCCAGTCTCTGTGGAGTCTGGTCCAAACA 3709
Query 3697 TTTTGAATTCGTTAAAGCAGACAGAATTAGCTGCCTCACCTCTTG--------T-G-C-- 3744
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 3710 TTTTGAATTCGTTAAAGCAGACAGAGTTAGCTGCCTCACCTCTTGTTTCTATATCGACGG 3769
Query 3745 C--T---T-TTACACCTACTCCGGCTAATCTGGGTTATAATGCTGGCACCCTGCCCAGTG 3798
| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||
Sbjct 3770 CAGTGCCTATTACACCTACTCCGGCTAATCTGGGTTCTAATGCTGGCACCCTGCCTAATG 3829
Query 3799 TTGTTTCTATGACTGCAGTCCCTATGGACCTGGTATCTACGTTCCCCGGGAAGAAAATAA 3858
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3830 TTGTTTCTATCACTGCAGTCCCTATGGACCTGGTATCTACGTTCCCCGGGAAGAAAATCA 3889
Query 3859 AATCATCTTTCCCATCTCCAATTTTTGGTGGTAACCTTGTACGTGAAGTAAAGCAGAGAT 3918
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3890 AATCATCGTTGCCATCTCCAATTTTTGGTGGTAACCTTGTACCTGAAGTAAAGCAGAGAT 3949
Query 3919 CTGTCTTGTCAGAGGATACTATTGAAAAACTTAAGGAGGCTAAGATGCATGCAGAGGATG 3978
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3950 CTGTCTTGTCAGAGGATACTAACGATAAACTTAAGGAGGCTAAGATGCATGCAGAGGATG 4009
Query 3979 CATCTGCTCTTGCTACTGCAGCTGTTAGTCATAGCGAATATGTATGGAAGCAGATAGAGC 4038
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4010 CATCTGCTCTTGCTACTGCAGCTGTTAGTCACAGCGAATATGTATGGAAGCGGATAGAGC 4069
Query 4039 AACAAAGTCATGCTGGCCTCCAGCCAGAAACTCAAGACAGATTAGCTTCGGCTGCTGTTG 4098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4070 AACAAAGTCATGCTGGCCTCCAGCCAGAAACTCAAGACAGATTAGCTTCGGCTGCTGTTG 4129
Query 4099 CCATAGCTGCTGCAGCTGCGGTGGCAAAAGCTGCAGCTGCTGCCGCCAATGTTGCAGCTA 4158
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4130 CTATAGCTGCTGCTGCTGCGGTGGCAAAAGCTGCAGCTGCTGCCGCCAATATTGCAGCTA 4189
Query 4159 ATGCTGCATTGCAGGCCAAGTTAATGGCTGAAGAAGCATCCCTTCCAAATGCTTCTGATC 4218
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||
Sbjct 4190 ATGCTGCATTGCAGGCCAAATTAATGGCTGAAGAAGCATCCCTTCTAAATACTTTTGATC 4249
Query 4219 AGGGACTCCCAAAGTCATATGATAGCATATTAC--CC-GGTCAGGGTACCCCTGCTTCTA 4275
||||||||||||||||| |||||| |||||| || || || ||||||||||||||||
Sbjct 4250 AGGGACTCCCAAAGTCAAATGATAATATATTATTACCAGGCCACGGTACCCCTGCTTCTA 4309
Query 4276 TCTTGAAGGGTGAAGGTGCAGTGGTGAACTCCAGTTCGGTTCTTATTGCTGCGAGAGAGG 4335
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4310 TCTTGAAGGGTGAAGGTGCAGTGGGGAGCTCCAGTTCGGTTCTTATTGCTGCGAGAGAGG 4369
Query 4336 CATCTAAGAAGAGGGTTGAAGCTGCTACAGCGGCCACCAAGCGTGCTGAAAATATGGACT 4395
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4370 CATCTAAGAAGAGGGTTGAAGCTGCCACAGCGGCCACCAAGCGTGCTGAAAATATGGACT 4429
Query 4396 CCATTGTAAAAGCAGCAGAATTGGCATCAGAGGCTGTTTCTCAAGCTGGAATACTTGTTT 4455
|||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 4430 CCATTGTAAAAGCAGCTGAATTGGCATCCGACGCGGTTTCACAAGCTGGAATACTTGTGT 4489
Query 4456 CAATGGGTCATCCTCCGT-TGCTCAATAAGCTGGTGGAGGCGGGTCCAAGTAATTACTGG 4514
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 4490 CAATGGGTCATCCTCCGTCT-CTCAATAAGCTGGTGGAGGCGGGTCCAAGTAAGTATTGG 4548
Query 4515 AGGCAGGCTCAAGAATCTCAGGAAGTACAGCCCTGTAAAACGGTTGTCTTAGAAAAAGAA 4574
|| |||||||||| |||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 4549 AGACAGGCTCAAGGATCTCATGAAGTGCAGCCTTGTA---CGGTTGTTTTAGAAAAAGAA 4605
Query 4575 ACTGTGTCTACTAGTGAGGGAACTTTTGCTGGTCCCAAAATTGTGCAGACTGAGTTTGGT 4634
||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||| |||
Sbjct 4606 CCTGTGGCTACTAGTGAGGGAACTATTGCTAGTCCCAGAACTGTGCAGACTGAGTTGGGT 4665
Query 4635 GGCTCTGTGAATACGGCAGATGGTGTGTCCGGTCCAGTTCCTGCCACTGGAAAGTTAAAG 4694
|||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 4666 GGCTCTCTGAAAAAGGCAGATGGTGTGTCTGGTCCAGTTTCTGCCACTGGAAAGAAAAAG 4725
Query 4695 GGACAGGAGGGTGATAAATATGCAGACTTGGCTAAAAACAATGATGTGGTTTTTGAACCA 4754
||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4726 GGACAAAAGGGTGATACAGGTGCAGACTTGGCTGTTAACAATGATGTGGTTTTGGAACCA 4785
Query 4755 GAAGTTGGGTCAAAATTTTCAATTGACGCCCAA-C--A--G--A-C----TATCAAAGCA 4802
||||||||||||||| |||| |||||| | ||| | | | | | ||| ||||||
Sbjct 4786 GAAGTTGGGTCAAAAATTTCGATTGACACACAAACTGAAAGTCAACAGAGTATGAAAGCA 4845
Query 4803 ACAAAGAATGAGGACATCAAGGAGGGTTCTAATGTAGAGGTTTTCAAAGAAGAACCTGGA 4862
|| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4846 ACGAATAATGCGGACATCAAGGAGGGTTCTAATGTAGAGGTTTTCAAGGAAGAACCTGGA 4905
Query 4863 TTAAGAACCGCATGGTACTCTGCCAATGTATTGAGCTTAGAGGATGATAAAGCTTACGTG 4922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4906 TTAAGAACCGCATGGTACTCTGCCAATGTATTGAGCTTAGAGGATGATAAAGCTTACGTG 4965
Query 4923 TTGTTCAGTGACCTATCTGTAGAACAAGG 4951
||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 4966 TTGTTCAATGACCTTTCTGTAGAACAAGG 4994
Score = 2758 bits (1493), Expect = 0.0
Identities = 1856/2028 (92%), Gaps = 37/2028 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 ATGGATTATGATGACAGTGACTTTCAAAACCAGAATCTCCATTTAGCTGGTGAAGCCAAC 161
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTATGATGACAATGACTTTCAAAACCAGAATCTCCATTTAGCTGGTGAAGCCAAC 60
Query 162 AACAAATTTCCACCAGTTTTACAGCCTTATGCTCTTCCAAAGTTTGATTTTGATGATACA 221
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AATAAATTTCCACCAGTTTTACAGCCTTATGCTCTACCAAAGTTTGATTTTGATGATACA 120
Query 222 CTCAACACGCATCTGAGGTTTGATAGTTTAGGTGAATCTGAAGCTTTTCTTGGTATTGAG 281
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCAACACGCATCTAAGGTTTGACAGTTTAGGTGAAAGTGAGGCTTTTCTTGGTATTGAG 180
Query 282 GGTAACGAAGATAATAACTGGATTGAGGATTTCTCTCGTGGAAGTAGTGGTATAGTGTTT 341
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGTAACGAAGATAATAACTGGATTGAGGATTTTTCTCGTGGAAGTAGTGGTATAGTGTTT 240
Query 342 AGTTCAGGTGCAACGGAGTCCTGTGCCATTTCTAGGCACAATAATGTTTGGTCTGAGGCT 401
|||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGTTCAGGTGCAACGGAGTCTTGTGCCATTCCAAGGCACAATAATGTTTGGTCTGAGGCT 300
Query 402 ACTTCGTCGGAATCTGTTGCAATGCTTTTGAATTCAGTTGGACAGGACGAAGTTATTGTA 461
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACTTCGTCGGAATCTGTTGAAATGCTTTTGAATTCAGTTGGACAGGACGAAGTTATTGTA 360
Query 462 AGAGAGGATACTATCAAGAAATCTGACACTTCTCATGAACTAGGCTGCACAATGGAAACA 521
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 361 AGAGAGGATACTATCAAGAAATCTGACACTTCTGATGAACTAGGTTGCACAATGGAACCA 420
Query 522 GTAGAGCCTGGTCAGACATCCCATGAAAGAAGTCTTTCCAAAGAGGAAACGGTGAACTTA 581
| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGGAGCCTGGTCAGACATCCCATGAAAAAAGTCCTTCCAAAGAGGAAACGGTGAACTTA 480
Query 582 CAACCCAACCCCTCTGTGGATGATACTCCAGGAGAGTCCTCTGTGGTAAAGACAGATGAT 641
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||
Sbjct 481 CAACCCAACCCATCTGTGGATGATACTTCAGGAGAGTTCTCTGTAGTCAAGACAGATGAT 540
Query 642 GGACAGGAGCAGGTTCTGGTTAAAGATGACTCACCAACGGCTGTAGAAGAGGCATCTGTG 701
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 GGACAGGAGCAGGTTCTGGTAAAAGATGACTCACCAACCGCTGTAGAAGAAGCATCTGTG 600
Query 702 GAGGAAAAGAATTCCATCTTGACTTCTAATACCGCGACGGTAGAGGCTATAGATACTACT 761
|||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 601 GAGGAAAAGAATGCCATCTTGACTTCAAATACCGCGACGGTAGAGGCTGTCGATACTGCT 660
Query 762 GATCTTGGTAAAATAGGAACTGAGACGACGGATAATCTTCTTGACCAAACAGAAGAGAAA 821
| ||||| |||||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 661 GGTCTTGATAAAATAGGACCTGAGTCGACTGATGATCTTCTTCACCAAACGGAAGAGAAA 720
Query 822 GCCAATGTAGAATCAAGGATGGAAGATGATTGTAGCGATGGGAA-TGTACAGACTATTAT 880
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||| | ||
Sbjct 721 GCCAATATAGAATCAAGGATGGAAGATGATTGTAGCGATAG-AACTGTACCGACTGTGAT 779
Query 881 TACTTGTAGCGGTGAGTTGAATAATCAGAGCACTTTACTTCCAGAGACTTCCAATGATGA 940
||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TACTTGTAGTGGTGAGTTGACTAATCAGAGCACTTTGCTTCCAGAGACTTCCAATGATGA 839
Query 941 AAATGTTATCAGCGACCACATTCAAAGTAGTTATAACCGCAATGATCTAACTGCAGATGC 1000
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||
Sbjct 840 AAATGTTATCAGTGACCACATTCAAAGTAGTTATAACCGCAGTGATATAACTATAGGTGC 899
Query 1001 ACGGTCAATTTTGGTTGAAGG-TCATTCTGATAGCCATATAGACTCAGCTTCCGAAGTTG 1059
|| |||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||
Sbjct 900 ACAGTCAGTTTTGGTTGA-GGCTCATTCTGATAGCCGTATAGAATCAGCTTCCAAAGCTG 958
Query 1060 AAAAAGTGGAAGCTGAAAATATTGGCAAAACTGCAAAGCCTGATTTGAAGGAGATAGAGC 1119
|||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AAAATGTGGAAGCTGAAAATATTTGCGAAACTGCAGAGCCTGATTTGAAGGAGATAGAGC 1018
Query 1120 TATCTGATGTCACAGTACTAGAAAGAGGGGACCAAGCTC-CCTCTACTCTTGAGGTAGGT 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1019 TATCTGATGTCACAGTACTAGAAAGAGGGGACCAAGCTCTCC-CTACTCTTGAGGTAGGT 1077
Query 1179 GGACAAGATGTTTCTGGGAC-CGAATGCCAAGATCTCCTTGTCAGCACTGTTCATACTAG 1237
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGACAAGATGTTTCTGGGACTC-AATGCCAAGATCTCCTTGTCAGCACTGTTCATACTAG 1136
Query 1238 CGTAGCTGTTGAAGCGTCTTTGGAACTTGCTGGGGAATTGACAACTATAACAAACAGTGT 1297
| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GGGAGCTGTTGAAGCATCTTTGGAACTTGTTGGGGAATTGACAACTATAACAAACAGTGT 1196
Query 1298 TTCCATTGAGAAGCCCGAGTTGCTTAGTCATCAACATATGGAAGTTATTACAAGTGAACA 1357
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1197 TTCCATTGAGAAGCCTGAGTCGCTTAGTCATCAACATATGGAAGTTATTACAAGTGTACA 1256
Query 1358 TGAGTCTACTTTTCAGATAGAGACTGAGACATATCCGCAGATACACGTATTTGAAACTTC 1417
|||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1257 TGAGTCTACTTTTCAGATGGAGACTGAGACACATACGCAGATACATGTAGTTGAAACTTC 1316
Query 1418 AGAGAGTGTTTATATTTCAACGATGGACTCAATGGTTGAAGCTAGAGAAGGTGGTGTGTC 1477
||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1317 AGAAAGTGTTTATATTTCACCTATGGACTCGATGGTTGAAGCTACAAAAGGTGGTGTGTC 1376
Query 1478 TAAGAAGAGTGACAATGAAGGTAGTGCTCGCACTTCTAATCTCGAGCAAAGCATGGAACT 1537
|||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1377 TAAGAAGAGTGACAGTGAAGGTAGTGATCCCACTTCTAATCTCGAGGAAAGAATGGAACT 1436
Query 1538 GCCTGTCAATGCCAATGATAGAGATCAAGATGTCAAGAACTCTC-AGATCCTATCTGAAA 1596
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | || | |||||||
Sbjct 1437 GCCTGTCAATGCCAACGATAGAGATCAGGATGTCAAGAACTCTCCA-ATTTTGTCTGAAA 1495
Query 1597 GCGTTGTGTCTG-GTTCTGTTGGCTATGTTTCAGGAGGCTCTACTTC-AGAGTTGGCGGA 1654
| |||||||| | || |||||| |||||||||||||||| || |||| | || |||||||
Sbjct 1496 GTGTTGTGTCCGAGT-CTGTTGACTATGTTTCAGGAGGCCCTGCTTCCA-AGCTGGCGGA 1553
Query 1655 GTCAGAATCTCAATCTGACAGCATTCCAACAGACAAGTCAGAGACTATGATTGAC-AGTT 1713
| || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||
Sbjct 1554 GCCAAAATCTCAATCTGACAACATCCCAACAGACAAGTCAGGGACTATGATTGACTA-TT 1612
Query 1714 CTCTCAATC-TCGAAGAATTACAACCTCTAAGTCAAGATGGAGCACCTGCTGTCAGTCTC 1772
|||| || | | ||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 CTCTTAACCGT-GAAGAATTACAACCTTTAAATCCATATGGAGCACCTGCTGTCAGTCTT 1671
Query 1773 ACATCTTCAATAGATTTACATATGGTAAAGACATCCTCTGATGACA-GTGACCAAGGCAG 1831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1672 ACATCTTCAATAGATTTACATATGGTAAAGACATCCTCTGAT-ACAAGTGACCAAGGCAG 1730
Query 1832 TTACTCTGAAACCAAGAAGGTTT-AT--GGTGAACCTGAAAATGGTCAAACCGTTCCACC 1888
|| || | ||||| ||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TTTCTATAAAACCGAGAAGATATCATCTGGTGAACCTGAAAATGGTCAAACCGTTCCACC 1790
Query 1889 TGTGGATGCAAGTTGTTCAGGGAGTCAGATGGACCAAGAAGCTAGGAAGCGTGCTGAAGG 1948
||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1791 TGTGGATGCAAGTAGTTCGGGGAGTCAGATGGACAAACAAGCTAGGAAGATTGCTGAAGA 1850
Query 1949 TACTAAGCAAAGTACATACTCTGTTGAAGGCTGTCCTCGCTCTGAAGGGTCAAAGGATGC 2008
|||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TACTCAGCAAAGTACACACTTTGTTGAAGGCTGTCCTGGCTCTGAAGGGTCAAAGGATGC 1910
Query 2009 AGTAGATGCTGATG--G-TG-T--TG-----G-ACAAGTTTTGCAGCAGCAGTCTGAGGA 2056
|||||||||||||| | || | || | ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1911 AGTAGATGCTGATGCTGATGCTGGTGCTACTGGACAAGTTTTGCTGCAGCAGTCTGAGGA 1970
Query 2057 ATTAATTTTTGAAGAGAA-TGTAGTAACAGAAGCTGTAAAAGCTCCTG 2103
| |||||| ||||| || | |||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1971 AACAATTTTAGAAGA-AACTCTAGTAACAGAAGTTGTAAATGCTCCTG 2017
Score = 315 bits (170), Expect = 4e-84
Identities = 180/185 (97%), Gaps = 0/185 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5132 TTGGTTGGAGGGTGTTATCACAGAGAAGAACAAGAAAGATGAAAACACAGTGACTGTGCA 5191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4998 TTGGTTGGAGGGTGTTATCACAGAGAAGAACAAGAAAGATGAAAATACAGTGACTGTGCA 5057
Query 5192 TTTTCCTGCGGAAGAAGAAACTTTGACGATCAAAGCTTGGAATCTTCGTCCTTCTCTTGT 5251
|||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5058 TTTTCCTGCGCAAGGAGACACTTTGACGATCAAAGCTTGGAATCTTCGTCCTTCTCTTGT 5117
Query 5252 GTGGAAAGATGGAAAGTGGATTGAATGTTCTAGTTCAGGAGAAACTATCAGCTCGTCACA 5311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5118 GTGGAAAGATGGAAAGTGGATTGAATGTTCTAGTTCAGGAGAAAATATCAGCTCGTCACA 5177
Query 5312 TGAGG 5316
|||||
Sbjct 5178 TGAGG 5182
> Ahg337636 jgi|Araly1|337636|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004201
Length=489
Score = 52.8 bits (28), Expect = 3e-05
Identities = 28/28 (100%), Gaps = 0/28 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2190 GATGGCCAGGAAGAGGATAATACTGCTG 2217
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 34 GATGGCCAGGAAGAGGATAATACTGCTG 61
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 246308612456
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5