BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17380.1
Length=2504
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493139 jgi|Araly1|493139|fgenesh2_kg.7__2572__AT4G17380.1 4067 0.0
> Ahg493139 jgi|Araly1|493139|fgenesh2_kg.7__2572__AT4G17380.1
Length=2427
Score = 4067 bits (2202), Expect = 0.0
Identities = 2352/2427 (97%), Gaps = 0/2427 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 TGTACCTTTCACTCAATTTTCAAATTCTGATCTGTGGAGCGAAAATGGAAGACGACGGAG 74
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 TGTACCTTTCGCTCAATTTTCAAATTCTGATCTGTGGAGCGAAAATGGAAGACGACGGGG 60
Query 75 GAGAGAGATCGAGTTTCGTCGCCGGCCTAATTGAGAACAGAGCCAAAGAGGTTGGAATGG 134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 GAGAGAGATCGAGTTTCGTCGCCGGCCTAATTGAGAACAGAGCCAAAGAGGTCGGAATGG 120
Query 135 CTGCTTTTGACCTAAGATCGGCTTCACTGCATCTATCTCAGTATATAGAGACAAGCAGCT 194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 CTGCTTTTGACCTAAGATCGGCTTCACTGCATCTATCTCAGTATATAGAGACAAGTAGCT 180
Query 195 CATACCAAAACACGAAGACGCTGTTGCGTTTCTATGATCCTTCTGTGATAATTGTTCCTC 254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 181 CATACCAAAACACGAAGACGCTGTTGCGTTTCTATGATCCGTCTGTGATAATTGTTCCTC 240
Query 255 CCAACAAATTGGCAGCCGATGGCATGGTTGGGGTATCGGAACTGGTGGATAGATGTTATA 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCAACAAATTGGCAGCCGATGGCATGGTTGGGGTATCAGAACTGGTGGATAGATGTTATA 300
Query 315 GCACCGTTAGGAAGGTTGTGTTTGCCCGTGGCTGTTTTGATGACACCAAGGGTGCTGTGC 374
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 GCACCGTTAGGAAGGTTGTGTTTGCCCGTGGTTGTTTCGATGACACTAAGGGTGCTGTGC 360
Query 375 TAATACAAAACTTGGCAGCAGAAGAACCTTTGGCGCTTGGTTTAGACACTTACTATAAGC 434
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TAATACAAAACTTGGCTGCAGAAGAACCTTTGGCGCTTGGTTTAGACACTTACTATAAGC 420
Query 435 AGCATTATCTCTCATTGGCTGCTGCTGCTGCTACAATCAAATGGATAGAGGCGGAAAAGG 494
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AACATTATCTCTCATTGGCTGCTGCTGCGGCTACAATCAAATGGATAGAGGCGGAAAAGG 480
Query 495 GTGTGATAGTCACCAACCACTCACTGACTGTAACTTTTAATGGATCGTTTGATCACATGA 554
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTGTGATAGTCACCAACCACTCACTGACTATAACTTTTAATGGATCGTTTGATCACATGA 540
Query 555 ATATCGATGCAACTAGTGTTGAGAATCTGGAACTCATTGATCCATTCCACAACGCACTTT 614
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATATCGATGCAACTAGTGTTGAGAATCTGGAAATCATTGATCCATTCCACAACGCACTTT 600
Query 615 TGGGCACTAGCAACAAAAAGAGGAGTTTGTTCCAGATGTTCAAGACAACAAAAACAGCTG 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 TGGGCACTAGCAACAAAAAGAGGAGTTTGTTCCAGATGTTCAAGACAACAAAAACAGTTG 660
Query 675 GCGGGACTAGGCTTCTTCGCGCAAACTTGTTACAGCCTCTGAAAGATATTGAAACTATTA 734
||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 661 GCGGGACTAGGCTTCTTCGTGCAAATTTGTTGCAGCCTCTGAAAGATATTGAAACCATTA 720
Query 735 ACACTCGCCTGGACTGCCTGGATGAGTTGATGAGCAATGAACAACTATTCTTTGGGCTTT 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACACTCGCCTGGACTGCCTGGATGAGTTGATGAGCAATGAACAACTATTCTTTGGGCTTT 780
Query 795 CACAAGTTTTACGAAAATTTCCAAAAGAGACTGATCGAGTTCTTTGTCATTTCTGCTTCA 854
|||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CACAGGTTTTACGTAAATTTCCACAAGAGACTGATCGAGTTCTTTGTCATTTCTGCTTCA 840
Query 855 AGCCAAAGAAAGTCACTGAAGCGGTCATAGGTTTTGAAAATACCAGAAAGAGCCAAAACA 914
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 841 AGCCAAAGAAAGTCACAGAAGCGGTCATAGGTTTTGAAAATACCAGAAGGAGCCAAAACA 900
Query 915 TGATTTCAAGCATTATCTTACTTAAGACTGCATTGGATGCTTTACCTATACTTGCAAAGG 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 901 TGATTTCAAGCATTATCTTACTTAAGACTGCATTGGATGCTTTGCCTCTACTTGCAAAGG 960
Query 975 TTCTGAAGGACGCAAAGTGTTTTCTTCTTGCCAATGTTTACAAGTCAGTGTGTGAAAATG 1034
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 961 TTCTGAAGGACGCAAAGTGTTTTCTCCTTGCCAATGTTTACAAGTCTGTGTGTGAAAATG 1020
Query 1035 ATAGATATGCTTCCATCAGaaaaaaaaTCGGGGAAGTTATTGATGATGATGTCCTCCATG 1094
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATAGATATGCTTCTATCAGAAAAAAAATCGGGGAAGTTATTGATGATGATGTCCTCCATG 1080
Query 1095 CACGGGTTCCGTTTGTTGCCCGTACACAGCAGTGTTTTGCTTTAAAAGCCGGAATTGATG 1154
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1081 CACGGGTTCCGTTTGTTGCCCGCACACAGCAGTGTTTTGCTTTAAAAGCTGGAATTGATG 1140
Query 1155 GATTTTTGGATATTGCAAGAAGAACCTTCTGTGATACTAGTGAAGCAATACATAATCTGG 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GATTTTTGGATATTGCAAGAAGAACCTTCTGTGATACTAGTGAAGCAATACATAATCTGG 1200
Query 1215 CCAGTAAGTATCGTGAGGAATTCAACTTGCCAAATTTGAAACTCCCTTTCAACAACAGGC 1274
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CGAGTAAGTATCGTGAGGAATTCAACTTGCCAAATCTGAAACTCCCTTTCAACAACAGGC 1260
Query 1275 AGGGATTCTTTTTCAGAATTCCTCAGAAGGAAGTTCAGGGAAAACTTCCGAACAAATTCA 1334
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1261 AGGGCTTCTTTTTCAGAATTCCTCAGAAGGAAGTTCAGGGAAAACTTCCAAACAAATTCA 1320
Query 1335 CTCAGGTTGTAAAACATGGGAAAAACATACATTGTTCGAGTCTGGAACTGGCTTCTTTGA 1394
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1321 CTCAGGTTGTAAAACATGGGAAAAACATTCATTGTTCTAGTCTGGAACTAGCTTCTTTGA 1380
Query 1395 ATGTCAGGAATAAGTCTGCCGCTGGAGAGTGTTTCATTCGAACGGAAACATGCTTGGAAG 1454
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ATGTCAGGAATAAGTCTGCTGCTGGAGAGTGTTTCATTCGAACGGAAACATGCTTGGAAG 1440
Query 1455 CACTAATGGATGCTATAAGGGAAGATATCTCTGCCCTCACACTCCTAGCAGAAGTCTTAT 1514
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CACTAATGGATGCTATAAGGGAAGATATTTCTGCCCTCACACTCCTAGCAGAAGTCTTAT 1500
Query 1515 GTCTCCTAGATATGATTGTTAATTCATTTGCTCATACAATATCCACAAAGCCAGTGGATC 1574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GTCTCCTAGATATGATTGTTAATTCATTTGCTCATACAATATCCACAAAGCCAGTGGATC 1560
Query 1575 GATACTCTAGACCTGAACTAACAGATAGTGGCCCACTGGCAATTGATGCTGGAAGGCATC 1634
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1561 GATACTCTAGACCAGAACTAACAGATAGTGGCCCACTGGCAATTGACGCTGGAAGGCATC 1620
Query 1635 CCATCCTAGAAAGCATACACAACGACTTTGTTTCTAATAGTATATTCATGTCAGAAGCAA 1694
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1621 CCCTCCTAGAAAGCATACACAACGACTTTGTTTCTAATAGTATCTTCATGTCAGAAGCAA 1680
Query 1695 CCAACATGTTGGTAGTTATGGGTCCAAACATGAGCGGAAAGAGCACATATCTCCAACAGG 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CCAACATGTTGGTAGTTATGGGTCCAAACATGAGCGGAAAGAGCACATATCTCCAACAGG 1740
Query 1755 TGTGTCTAGTAGTCATTCTTGCTCAGATTGGTTGCTATGTCCCAGCTCGCTTTGCAACTA 1814
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TGTGTCTAGTAGTCATTCTTGCTCAGATTGGCTGCTATGTTCCAGCTCGCTTTGCAACTA 1800
Query 1815 TAAGGGTGGTTGACCGCATATTTACAAGAATGGGGACAATGGATAACCTTGAGTCGAATT 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1801 TAAGGGTGGTTGACCGCATATTTACAAGAATGGGGACCATGGATAACCTTGAGTCAAATT 1860
Query 1875 CCAGCACGTTTATGACGGAGATGAGAGAGACCGCTTTCATAATGCAGAATGTCACCAATA 1934
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1861 CAAGCACGTTTATGACGGAGATGAGAGAGACCGCTTTCATAATGCAGAATGTCACCAACA 1920
Query 1935 GGAGTCTGATAGTCATGGATGAACTCGGGAGGGCTACTTCTTCCTCAGACGGGTTAGCAA 1994
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GGAGTTTGATAGTCATGGATGAACTCGGGAGGGCGACTTCTTCCTCAGACGGGTTAGCAA 1980
Query 1995 TGGCATGGAGCTGCTGCGAGTATCTCTTATCACTCAAAGCGTACACAGTATTTGCAACCC 2054
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TGGCATGGAGCTGCTGCGAGTATCTTTTATCACTCAAAGCGTACACAGTATTTGCAACCC 2040
Query 2055 ATATGGACAGTCTCGCAGAGTTAGCAACCATCTACCCAAATGTCAAGGTTCTTCATTTTT 2114
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2041 ATATGGACAGTCTCGCTGAGTTAGCAACCATCTACCCAAATGTCAAGGTTCTTCACTTTT 2100
Query 2115 ATGTAGACATCAGAGATAACCGCTTAGACTTCAAGTTTCAACTGCGAGATGGAACCCTAC 2174
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2101 ATGTAGACATCAGAGACAACCGCTTAGACTTCAAGTTTCAACTGCGAGATGGAACATTAC 2160
Query 2175 ATGTTCCACATTATGGCCTTCTATTAGCTGAAGTGGCGGGTCTGCCTAGTACAGTGATCG 2234
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2161 ATGTTCCACACTATGGCCTTCTATTAGCCGAAGTGGCGGGTCTGCCTACTACAGTGATTG 2220
Query 2235 ATACAGCTAGGATCATAACCAAAAGGATCACAGACAAAGAAAATAAAAGAATAGAGCTAA 2294
|||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 ATACAGCTAGGACCATAACCACATGGATCACAGACAAGGAAAATAAAAGAATAGAGCTAA 2280
Query 2295 ATTGTGGGAAGCACCACGAAATACATCGGATCTACCGAGTTGCTCAAAGGTTGATATGCT 2354
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2281 ATTGTGGTAAGCACCACGAAATACATAGGATCTACCGAGTCGCTCAAAGGTTGATATGCT 2340
Query 2355 TGAAATACTCTAGACAGACAGAAGACTCAATTCGTCAAGCACTCCAAAATCTGAATGAAA 2414
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 2341 TGAAATACTCTAGACAGACAGAAGACTCAATCCGTCAAGCTCTCCAAAATCTGAAGGACA 2400
Query 2415 GCTTCACTGAAGAAAGACTCTAAATAG 2441
|||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2401 GCTTCATTGAAGAAAGGCTCTAAATAG 2427
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94387627110
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5