BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17610.1
Length=5692
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493117 jgi|Araly1|493117|fgenesh2_kg.7__2550__AT4G17610.1 8922 0.0
> Ahg493117 jgi|Araly1|493117|fgenesh2_kg.7__2550__AT4G17610.1
Length=5640
Score = 8922 bits (4831), Expect = 0.0
Identities = 5408/5677 (95%), Gaps = 77/5677 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTCGTCAGTGATTACTTCATTGTCACTGAGCTTCAAGCAAGTTCCACCAGCAGCT 60
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTCGTCTGTGATTACTTCATTGTCACTGAGCTTCAAGCAAGTTCCACCAGCAGCT 60
Query 61 ATTCCTGCTTTCCTTGACTGTGTTTTAAGCTCCACAGGCGTATCTCCTTCAACTCTTTTC 120
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 61 GTTCCCGCTTTTCTTGATTGTGTTTTAAGCTCCACAGGCGTATCTTCTTCAACCCTTTTC 120
Query 121 GAATCTCTCATTGAGCAATTCCCTTTTCGTTTAGAGGATACGGTAAATGGGGACAAGAGA 180
|||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAATCTCTTATCGAGCAATTTCCTTTTCGTTTAGAGGACACGGTAAATGGGGACAAGAGA 180
Query 181 TTTGATTCTGATGATTGCAACCACATAGCTTCATTGGTGGCTGGGCTTTGTCATCTACTA 240
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTGATTCTGATGATTGCAACCACATTGCTTCATTGGTGGCTGGGCTTTGTCATCTACTA 240
Query 241 AAGAATTTTGGCTTTGTTGCTGCGGATAATCATAATGCGTTGCAGCTATTTGTGTGGAGA 300
| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 241 AGGAATTTTGGCTTTGGTACTGCAGATAATCATAATGCGTTGCAGTTATTTGTGTGGAGA 300
Query 301 GTGTTTATTCCATTGATGAAGATGGTTCGTGCATATGATTTGGATATGCTTAATAAGATT 360
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTGTTTATTCCACTCATGAAGATGGTTCGTGCATATGATTTGGATATGCTTAATAAGATT 360
Query 361 GTAGAATCGTTCTTTGATGTAGTGATCGAGACTAATGTATTGGATATGTTGGGAGTGAGC 420
|||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | | || ||||||||||||
Sbjct 361 GTAGAATCGTTCTTTGATGTAGTGATTGAGACT-A-G---T-G-TA--TTGGGAGTGAGC 411
Query 421 TTGGTGCCATTTTTACTAAGATCAGTTGGTTTTTCGATGGGAATGCGTCAACACGAAGAA 480
||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 412 TTGGTGCCATTTTTACTGAGATCAGTTGGTGTTTCAATGGGAATGCTTCAACACGAAGAA 471
Query 481 TCAGATTTCATCAAATGGGGCGACCT-CTGCCTCCGTGATTCTTTGAATACAATAGATAT 539
||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| | | ||||
Sbjct 472 TCAGATTTCATCAAATGGGGCGATCTGTTG-CTTCGTGATTCTTTGAATACGACAAATAT 530
Query 540 GGATGAAAACTACATTGCACAGTTGTCTGGATCATTTCCAATTCCATTGTCGTGCCATCT 599
|||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 531 GGATGAGAACTACATTGCAAATTTGTCTGAATCATTTCCAATTCCACTGTCGTGCCATCT 590
Query 600 TCTGAATTTGATTCTGAATGCTGCTTTTCAAAGTCACCAAGCAGCTCCGA-AGGTGGAAA 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||
Sbjct 591 TCTGAATTTGATTCTGAATGCTGCTTTTCAAAGTCGCCAAGCAGCTCC-AGAGATGGAAA 649
Query 659 GTTTTGCAGCTGGTATGCTTTGGGATTTGTGTAATACGACTGAGCGGCTTTTGTCACAAA 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 650 GTTTTGCAGCTGGTATGCTTTGGGATTTGTGTAATATGACTGAGCGGCTTTTGTCTCAAA 709
Query 719 GTGTAGAACATCGTTCTTGTGCTGTTAGTTTCCTCCTCCCTGCTATTTTCAAGGCATTCT 778
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 GTTTAAAACATCGTTCTTGTGCTGTTAGTTTCCTCCTCCCTGCTATTTTCAAGGCATTCT 769
Query 779 CTTCTCAGTCATCCTTGAAGATCTCACACCAAGGAAATCTGTTCATACTTTCAAGGAATG 838
|||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 770 CTTCTCAGTCCTCCTTGAAGATCTTACACCAAGAAAATATGTACATACTTTCAAGGAATG 829
Query 839 GCTTCATAAAAAGAATTTGGGAATGCTGCAAGAAGCTGTTCTCGGTTGGATCAATAGAGA 898
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 GCTTCAAAAAAAGAATTTGGGAATGCTGCAAGAAGCTGTTCTCGGTTGGATCAATAGAGA 889
Query 899 GAAGGGATGCTTACAGTGTTCTGTCTTTGTGTCTTTCTTCTGGCTCTTGGACTGACGGAA 958
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 890 GAAGGGATGCTTACAGTGTCCTCTCTTTGTGTCTTTCTTCTGGCTCTTGGACAGACGAAA 949
Query 959 CTGAAAGTTTTGTTTCAGAAAAAGACGCTGTTC-AATTTGACTTGAGGTCTGAACAAGAG 1017
||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 950 CTGAAAGTTTTGTTTCAGAAAAAGAAGCTG-TCGAATTTGACTTGAGATCCGAACAAGAG 1008
Query 1018 TTTTGGGATGAAATCAAGATAGGCTTGGTTGTTGATGAGAGCTTAGTAAGGAAGCAGTCA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 TTTTGGGATGAAATCAAGATAGGCTTGGTTGTTGATGAGAGCTTAGTAAGGAAGCAGTCA 1068
Query 1078 TTGCATATACTTAAATCAGTTTTATCCATTATTGAAGTGAGTGAGACCATTTCTGAGAAG 1137
||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1069 TTGCATATACTAAAATCAGTTTTATCCATAAGTGAAGTGAGTAAGACCAGTTCTGAGAAG 1128
Query 1138 AAGCCCGAAGGGAATTCAGTTAATCGGTCTATGACAAGAAAGGAGACGTGGGCAGAAAAG 1197
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1129 AAGCCTGAAGGGAATTCAGGTAATCGGTCTATGACAAGAAAGGATACATGGGCAGAAAAG 1188
Query 1198 GAAGCCAAGTCGCTTGGCGTCGGAGAATTGTATGGCTCTGTCGACTCTGGGTTGACTAGT 1257
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 GAAGCCAAGTCGCTTGGTGTCGGAGAATTGTATGGCTCTGTCGACTCTGGGTTGACTAGT 1248
Query 1258 CAGC-AGGGATGGCAAGCTTTTCTGCTCTTGTATGAGATGCTTGAGGAGTACGGCACTCA 1316
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1249 CAGCAAGGG-TGGCAAGCTTTTCTGCTCTTGTATGAGATGCTTGAAGAGTACGGCACCCA 1307
Query 1317 TCTTGTAGAAGCAGCATGGAGTAACCAGATTGATTTATTAATCAAGTCATCTCTCAGATA 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TCTTGTAGAAGCAGCATGGAGTAACCAGATTGATTTATTAATCAAGTCATCTCTCAGATA 1367
Query 1377 TGATGGAACCTTGAAATCCGACTGTAATAACTCTCATCATGGTCACATGGAAACTCCAGA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 TGATGGAACCTTGAAATCCGACTGTAATAACTCTCATCATGGTCACATGGAAACTCCAGA 1427
Query 1437 TGAAGAAGCTAAAATTTTTAATTGGTTAGAGGTTCTTTGGAATCGAGGCTTTCGTCATGA 1496
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 TGAAGAAGCTAAAATATTTAATTGGTTAGAGGTTCTTTGGAATCGAGGCTTTCGTCATGA 1487
Query 1497 TAACCCTCTAGTCAGGTGCACGGTCATGGAGTCATTTTTCGGTATCGAGTGGAGAAGATA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1488 TAACCCTCTAGTCAGGTGCACGGTCATGGAGTCTTTTTTCGGTATCGAGTGGAGGAGATA 1547
Query 1557 CAAAACATGTACACAATCAATGTCCCAAACTTTCGTTCTTGGTCCTTTCATAGAGGGTTT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1548 CAAAACATGTACACAATCAATGTCCCAAACTTTCGTTCTTGGGCCTTTCATAGAGGGTTT 1607
Query 1617 GAATGATCCTACACACCACAAGGATTTTGGGCTGAAAGGAATCTATACATCAAGAACAAT 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1608 GAATGATCCTACACACCACAAGGATTTTGGGCTGAAAGGAATATATACCTCAAGAACAAT 1667
Query 1677 TGAAGGTGCAGCTCAATATGTGAGTGCGTACACAAGTTGCCTCAACCCAAGGAATCGGGT 1736
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TGAAGGTGCAGCTCAATATGTGTGTGCGTACACAAGTTGCCTCAACCCAAGGAATCGGGT 1727
Query 1737 TGGATTTTTGATCAACCTGGCATCTCTTGCGAAGAAACAGTCTTTTTGTAGAGCTGGATT 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 TGGATTTTTGATCAACCTGGCATCTCTTGCGAAGAAACAGTCTTTTTGTAGAGCTGGATT 1787
Query 1797 TATGGCTCTCGTACAATGTATTGTTTCTACGGCATATGTAGTTGGAGGATACGGGGACAA 1856
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 TATGGCTCTCGTACAATGCATTGTTTCTACGGCATATGTGGTTGGAGGATACGGGGACAA 1847
Query 1857 GGAAATGGGGCACCTCGAAGATAAATTCTCTGGGACTGCCCAGGAATCTTCTTGTGGACA 1916
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 1848 GGAAATGGGGCACCTTGAAGATAAATTTTCTGGGACTGCCCATGAACCTTCTTGTGAACA 1907
Query 1917 TTTAAGTCAAGATGATATGACACATATACTGGATGTCTTGAAGTTTGTTGCAGAGAGCAG 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 TTTAAGTCAAGATGATATGACACATATACTGGATGTCTTGAAGTTTGTTGCAGAGAGCAG 1967
Query 1977 CAGACAGCATTTTAATCATAAATACC-GT-A-TT---CG-A-G--------C--TT---- 2014
|||||||||||||||||||||||||| || | || || | | | ||
Sbjct 1968 CAGACAGCATTTTAATCATAAATACCAGTTAATTATACGTATGTGGAATTACAATTTTGT 2027
Query 2015 --C--CC-TCACGATATTAAACACACTAAAATTCCTTCTTTTGATTGTTCTTTT------ 2063
| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2028 GGCTTCCCTCATGATATTAAACACACTAAAAGTCCTTCTTTCGATTGTTTTTTTTTTTTT 2087
Query 2064 CCATTTTCTAGTTTATCAAAAAGTGTTAGAAACTGCTGCTTCTGTGGTGAACCCTTGTAA 2123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 CCATTTTCTAGTTTATCAAAAAGTGTTAGAAACTGCTGCTTCTGTGGTGAACCCTTGTAA 2147
Query 2124 TGTTCCTCTTGGAACACTATTGCAGTTTGTTTCAGCAATTCCTCGGGAGTTTACTGACCA 2183
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 TGTACCTCTTGGAACACTATTGCAGTTTGTTTCAGCAATTCCTCGGGAGTTTACTGACCA 2207
Query 2184 TGATGGTTTATTGCGCAAAATGATGTTAGAATGGCTCCAGGGGTGCAACAGAAAGACTTC 2243
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2208 TGATGGTTCATTGCGCAAAATGATGTTAGAATGGCTCCAGGGGTGCAACAGAAAGATTTC 2267
Query 2244 CAACAGTTTATGTACTGATGGCACTCGTCTTCTGGCGAGCCTTTATGAGTATCTGAAAGG 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 CAACAGTTTATGTACTGATGGCACTCGTCTTCTGGCGAGCCTTTATGAGTATCTGAAAGG 2327
Query 2304 ATTTACCAGTGATAATGTTGAGAGTTTTGATGATGAAGACTTGGAGGCATGGGATTCCCA 2363
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2328 ATTTATCAGTGATAATGTTGAGAGTTTTGATGATGAAGACTTGGAGGCATGGGATTCTCA 2387
Query 2364 AACAAAACGATGGGCAAGAGTATTTTTCCTCATGATTAATAAAGAAGAGCATCTCACCGA 2423
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2388 AACAAAACGATGGGCAAGAGTATTTTTCCTCATAATTAATAAAGAAGAATATCTCACCGA 2447
Query 2424 TATCATAATGTTTGTGCAAAATAACGGCCTTAGTTTTTTCCAAGAGAAGAACCATTTAAA 2483
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2448 TATCATAATGTTTGTGCAAAATAGCGGCCTGAGTTTTTTCCAAGAGAAGAACCATTTAGA 2507
Query 2484 ACGAGCACCTGCGAAGTTTTTAATCTTTATTCTGAGTATGCTTTTAGAGCTCCAGAACAT 2543
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 ACGAACACCTGCCAAGTTTTTAATCTTTATTCTGAGTATGCTTTTAGAGCTCCAGAACAT 2567
Query 2544 GCAAGATGGAATTTCTGAGCTTAGTTCTTCGGTGAAAAGCAAGTCAG-GCATTGGCTCTG 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 2568 GCAAGATGGAATTTCTGAGCTTAGTTCTTCGGTGAAAAGAAAGTC-GTGCATTGGCTCTA 2626
Query 2603 ATGAGCAAACTGGCAAGCAGATTGTTGTCGATGCTTCCAGTATTAAGAAAAAGTTTGCTG 2662
||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 ATGAGGAAACTGGCAAGCAGATTGTTGGCAATGCTTCCAATATTAAGAAAAAGTTTGCTG 2686
Query 2663 TAGTTCTCTTATCAATACTGAAGGAGCTGATTCCATTTGCTGATTCATCTTGTTCAATAT 2722
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 TTGTTCTCTTATCAATACTGAAGGAGCTGATTCAATTTGCTGATTCATCTTGTTCAATAT 2746
Query 2723 TCTGGTCTCATACTACTGTGGAGAATGGTGCTCTGCCTGGTTCTGTCATAGGAAAACTAG 2782
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 TCTGGTCTCACACTACTGTGGAGAATGGTGCTCTGCCTGGTTCTGTCATAGGAAAACTAG 2806
Query 2783 GGGGTCCAAGTCAACGCCGGCTATCTGTTCCTACTACAACAGCTGTACTGGAAGCTGTAT 2842
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 GGGGTCCAAGTCAACGCCGGCTATCTATTCCTACTACAACAGCTGTACTGGAAGCTGTAT 2866
Query 2843 TGTCGGTGAAAACTATTGGGTTGATCTCGTCATACTGTGCTCAATTCACTAGTGGTGTTG 2902
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 TGTCGGTGAAAACCATTGGGTTGATCTCGTCATACTGTGCTCAATTCACTAGTGGTGTTG 2926
Query 2903 GTGAACTCAAATTGGCATTGGCTTTCTTTTGGAAGTTCACCCAGCATACTATATCATCTC 2962
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2927 GTGAACTCAAATTAGCATTGGGTTTCTTTTGGAAGTTCACCCAGCATACCATATCACCTC 2986
Query 2963 AAATTTGTAATTCTGAGGCCGCAGCTGAGATCTATCTTGCAGCATTTGAGGCGCTAGCTT 3022
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2987 AAATTTGTAATTCTGAGGCTGCAGCTGAGATCTATCTTGCAGCATTTGAGGCGCTAGCTG 3046
Query 3023 CAGTACTGAATGCATTTGTGTCCTTGTGCTCAGCTGGAGCTTTCAACCTTTTAGAAAACG 3082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 CAGTACTGAATGCATTTGTGTCCTTGTGCTCAGCTGGAGCTTTCAACCTTTTAGAAAACG 3106
Query 3083 ATAGTACATTGTTATCCATGGTAGATGGTGAATTTTGGTTACAAGTTTCGGTTCCGGCTT 3142
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 ATAATACATTGTTAACCATGGTAGATGGTGAATTTTGGTTACAAGTTTCGGTTCCGGCTT 3166
Query 3143 TCGTCCGTAACATTAACCATCTTCTCACAGCAGGAGTTCTGGTAAGAAGTAGAAGGGCAG 3202
|| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 TCCTTCATAACATTAACCATCTTCTCACAGCAGGAGTTCTGGTAAGAAGTAGAAGGGCAG 3226
Query 3203 TTCTGCTAAGCTGGAAGTGGCTTTGTGTGGAGTCTCTGTTATCAGTCATGCATATTCTTG 3262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3227 TTCTGCTAAGCTGGAAGTGGCTTTGTGTGGAGTCTCTATTATCAGTCATGCATATTCTTG 3286
Query 3263 ATGCCAGACGTATTCCAGAGGATAGAAAGTCGTTCTTTTCAGATGATACAGTTAAAAGCA 3322
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3287 ATGCCAGACGTACTCCAGGGGATAGAAAGTCGTTCTTCTCAGATGATACAGTTAAAAGCA 3346
Query 3323 TTTTTCAAGATATTGTAGAGAGCCTTGAAAATGCTGGGGAGGGTTCTGCTTTGCCTATGC 3382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3347 TTTTTCAAGATATTGTAGAGAGCCTTGAAAATGCTGGGGAGGGTTCTGCTTTGCCTATGC 3406
Query 3383 TGAAATCTGTCAGACTCGCTTTGGGGATACTTGCGTCTGGGAAATCATCTTTGGATGGTT 3442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3407 TGAAATCTGTCAGACTCGCTTTGGGGATACTTGCGTCTGGGAATTCATCTTTGGATGGTT 3466
Query 3443 TCTCGGGTGTGGATACTCAGACGATGTGGCAGTTGGTCAAATCATGTTGGATATTGCATA 3502
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3467 TCTCGAGTGTGGATACTCAGACGATGTGGCAGTTGGTCAAATCATGTTGGATATTGCATA 3526
Query 3503 TCAGCTGTAAGAAAAGAAGGGTTGCACCCATTGCTGCGCTTTTGTCTTCTGTGTTGCATT 3562
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3527 TCAGCTGCAAGAAAAGAAGGGTTGCACCCATTGCTGCGCTTTTGTCTTCTGTGTTGCATT 3586
Query 3563 CTTCTTTGTTTAGTAATAAAGATATGCACATAACTGAAGATG-AGCATGGTCCGCTGAAG 3621
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||||
Sbjct 3587 CTTCTTTGTTTAGTAATAAAGACATGCACATAGCTGAAGATGGA-CAAGGTCCACTGAAG 3645
Query 3622 TGGTTCGTTGAAAAAGTACTTGAGGAAGGTCAGAAAAGTCCACGCACAATTCGCCTTGCA 3681
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3646 TGGTTTGTTGAAAAAGTACTTGAGGAAGGTCAAAAAAGTCCACGCACAATTCGCCTTGCG 3705
Query 3682 GCGTTGCACCTATCAGGACTCTGGCTCATGTACCCAAGGACGATAAAGTACTACATTAAA 3741
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3706 GCCTTGCACCTATCAGGACTCTGGCTCATGTACCCAAGGACGATAAAGTACTATATTAGA 3765
Query 3742 GAATTGAGGCTTCTGACTCTCTATGGTTCTGTTGCATTTGATGAAGATTTTGAAGCTGAA 3801
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3766 GAATTGAGGCTTCTGACGCTCTATGGTTCTGTTGCATTTGATGAAGATTTTGAGGCTGAA 3825
Query 3802 TTGTCTGACAATAATGATGC-CAGAACTGAAGTATCATTATTGGCCAAAAGCCCAGACCC 3860
||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3826 TTGTCTGACAATACTGATGCAC-GAACTGAAGTATCATTATTGGCCAAAAGCCCAGACCC 3884
Query 3861 TGAACTGACAGAACTTTTTATCAACACGGAGTTGTATGCACGTGTCTCTGTCGCTGGTCT 3920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3885 TGAACTGACAGAACTTTTTATCAACACGGAGTTGTATGCACGTGTCTCTGTCGCTGGTCT 3944
Query 3921 GTTTCAGAAGCTGGCTAATTTGGCCTATATGGTTGAACCAGCAAGTCAAAATCAAGATTG 3980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3945 GTTTCAGAAGCTGGCTAATTTGGCCTATATGGTTGAACCAGCAAGTCAAAATCAAGGTTG 4004
Query 3981 TCAGGATGCTCTTGTGGCTGGAAAATTGTTTCTATTGGAGCTTCTTGATGCAGCGGTGCA 4040
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4005 TCAGGATGCTCTTGTGGCTGGAAAATTGTTTCTGTTGGAGCTTCTTGATGCAGCGGTGCA 4064
Query 4041 TGATAAAGACTTGGCAAAGGAGCTTTACAAGAAGTACAGTGCTATCCATAGACGGAAAAT 4100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4065 TGATAAAGACTTGGCAAAGGAGCTTTACAAGAAGTATAGTGCTATCCATAGACGGAAAAT 4124
Query 4101 ACGTGCTTGGCAGATGATATGCATTATGTCGCGATTTGTCTGCAATGACATTGTTGGCCA 4160
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4125 ACGTGCTTGGCAGATGATATGCATTATGTCGCGGTTTGTCAGCAATGACATTGTTGGCCA 4184
Query 4161 AGTAATGGACAGTGTGCACATATGCTTACATGTAAGTTTACAAGAACAGACTGAAAGAAA 4220
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4185 AGTTATGGACAGTGTGCACATATGCTTACATGTAAGTTTACAAGAACAGACTGAAAGAAA 4244
Query 4221 CAACCTGCCTGCTGTTCGACAATACCTGGAAACATTTGCCATCAACATTTACCTGAAATT 4280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4245 TAACCTGCCTGCTGTTCGACAATACCTGGAAACATTTGCCATCAACATTTACCTGAAATT 4304
Query 4281 TCCAGCATTGGTGAAAGAGCAGTTAGTTCCTATACTAAAAAATTATGACAGTAAAGCTCA 4340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4305 TCCAGCATTGGTGAAAGAGCAGTTAGTTCCTATACTAAAAAATTATGACAGTAAAGCTCA 4364
Query 4341 GGTAAATTTACGCAAAACTAAGATGATTGTATTTGCCAATGTTATCCTCCACGCAGAAAA 4400
| | || | | | | | | ||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 4365 GATG--TT--CTC-----T----TCA--G------CCAATGTCATCCTCCATGCCGAAAA 4403
Query 4401 GATAGCTCAACAGACACATCTAAGAGAACTTCTTCCACCAATACTACCGTTACTAACTTC 4460
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4404 GATAGCTCAACAGACACATCTGAGAGAACTTCTTCCACCAATAATACCGTTACTAACTTC 4463
Query 4461 TCATCATCATAGCTTACGTGGTTTCGCGCAGTTATTAGTGCATCGAGTACTCTTTAGACT 4520
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4464 TCATCATCATAGCTTACGTGGTTTCGCTCAGTTATTAGTGCATCGAGTACTCTTTAGACT 4523
Query 4521 GTTTCCCCCTGTAGAGTCTACATCCTCTCATACAATATCCCTGGAGAAACTTTCTTTTGA 4580
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4524 GTTTCCCCCTGTGGAGTCCACATCCTCTCATACAATATCCCTGGAGAAACTTTCTTTTGA 4583
Query 4581 GAATTTGAAGTCTTACCTGGACAAGAATCCTGATTGTTCAAGATTGCGAGCATCAATGGA 4640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4584 GAATTTGAAGTCTTACCTGGACAAGAATCCTGATTGTTCAAGATTGCGAGCATCCATGGA 4643
Query 4641 AGGATTTCTTGATGCATATGATCCCAGCACATCTGCTACTCCAGCCGGTGTTTTTGTCAA 4700
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 4644 AGGATTTCTTGATGCCTATGATCCCAGCACATCTGCTACTCCAGCTGGTGTTTTCGTAAA 4703
Query 4701 TCGTGTTGAGGAAAGTGAGTTTGAATGTGTTCCAACATGCCTCATGGATAACGTGCTCTC 4760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4704 TCGTGTTGAGGAAAGTGAGTTTGAATGTGTTCCAACATGCCTCATGGATAACGTGCTCTC 4763
Query 4761 TTTTCTGAATGATGTAAGGGAAGATCTCCGTGCCTCCATGGCAAAGGATGTAGTTACCAT 4820
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4764 TTTTCTGAATGATGTAAGGGAAGATCTCCGTGCTTCCATGGCAAACGATGTAGTTACCAT 4823
Query 4821 AAAAAATGAAGGCTTCAAGATTGATGAAGAGCCCAAGCGTCGGTTGATCATGTCCACGAC 4880
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| || |||||
Sbjct 4824 AAAAAATGAAGGCTTCAAGATTGATGAAGGGCCCAACCATCGGTTGATCATATCAACGAC 4883
Query 4881 AGATGAAGAAAGGCTTTCTGAGCCATCTTCGTTGGATTTCCAGAGGAAGATCACTCTTTC 4940
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4884 AGATGAAGAAAGGATTTCTGAGCCATCTTCGTTGGATTTCCAGAGGAAGATCACTCTTTC 4943
Query 4941 CAAACATGAGAAGCAAGATGCTAGTTCAACTTCTGTGCTCCGAAACGGGGAAACTTACAA 5000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4944 CAAACATGAGAAGCAAGATGCTAGTTCAACTTCTGTGCTCCGAAACGGGGAAACTTACAA 5003
Query 5001 GCGGCTCTTTGAAATGGAAAAAGAAGATGAGCTCGTGACTCAGCTCTTACGATCTAGAAG 5060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5004 GCGGCTCTTTGAAATGGAAAAAGAAGATGAGCTCGTGACTCAGCTCTTACGATCTAGAAG 5063
Query 5061 CATGGAGGTCGAAAGGTTGAAATCTGGTCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCATTGGT 5120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5064 CATGGAGGTCGAAAGGTTGAAATCTGGTCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCATTGGT 5123
Query 5121 TGATCGTATTCCTAATCTTGCTGGATTAGCCCGGACATGTGAGGTGTTTAAAGCATCAAG 5180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5124 TGATCGTATTCCTAATCTTGCTGGATTAGCCCGGACATGTGAGGTGTTTAAAGCATCAAG 5183
Query 5181 TCTTGCTGTTGCAGATGCAAGCATAATACACGACAAACAGTTCCAACTAATTAGTGTGAC 5240
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5184 TCTTGCTGTTGCAGATGCAAACATAATACACGACAAACAGTTCCAACTAATTAGTGTGAC 5243
Query 5241 TGCTGAGAAATGGGTTCCAATCATGGAAGTCCCCGTAAACAGTTTGAAACTGTTCTTGGA 5300
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5244 TGCTGAGAAATGGGTTCCAATCATGGAAGTCCCAGTGAACAGTTTGAAACTGTTCTTGGA 5303
Query 5301 GAAGAAGAAACGGGAAGGGTTCTCAATCTTGGGACTGGAACAGACAGCGAATAGCGTTTC 5360
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5304 GAAGAAGAAACGGGAAGGCTTCTCAATCTTGGGACTGGAACAGACGGCGAATAGCGTTTC 5363
Query 5361 ACTTGACAAATACCAATTCCCAAAGAAGACGGTTTTGGTGCTGGGTCGTGAAAAGGAAGG 5420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5364 ACTTGACAAATACCAATTCCCAAAGAAGACGGTTTTGGTGCTGGGTCGTGAAAAGGAAGG 5423
Query 5421 CATCCCAGTGGATATAATCCATATATTGGATGCTTGTATCGAGATCCCACAACTTGGAGT 5480
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5424 CATCCCAGTGGATATAATCCATATACTGGACGCTTGTATCGAGATCCCACAACTTGGAGT 5483
Query 5481 TGTTAGGTCCCTCAATGTTCATGTCAGTGGTGCCATTGCCCTTTGGGAATACACTCGGCA 5540
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5484 TGTTAGGTCCCTCAATGTTCATGTCAGCGGCGCCATTGCCCTCTGGGAATACACTCGGCA 5543
Query 5541 GCAACGCATTTGATAATTCCAAAATTTATATGTTTGTGAGTACTTGAAGAAGCTTTAGAA 5600
|||||||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 5544 GCAACGCATTCAATAGTCCCAAAATTTATCTGCTTGTGAGTACTTGAAGGAGCTTTTGAA 5603
Query 5601 TCAAGTATGCCTGAGAAAACATCTTCAAATCTCGTTA 5637
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 5604 TCAAGTATGCCTGAGTAAACATCTTCAAATCTCCTTA 5640
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 215596151045
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5