BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17616.1
Length=2187
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg354992 jgi|Araly1|354992|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002165 3042 0.0
> Ahg354992 jgi|Araly1|354992|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002165
Length=3900
Score = 3042 bits (1647), Expect = 0.0
Identities = 1881/1996 (94%), Gaps = 8/1996 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 139 AATCATTTCGTCGATTCGATAGCGGTAACGTAGAAACCCTAATTTCATGGGTCTTGTGTA 198
|||| || |||||||||||| | |||| ||||||||||||||| || || ||||||| |
Sbjct 137 AATCGTTGCGTCGATTCGATCTCAGTAATGTAGAAACCCTAATTCCACGGCTCTTGTGCA 196
Query 199 GTCGCACCTCAAAGCCGTCTCTGTTCTGTACTAGTGTTAAACCTGCTAGATTAAACTGGG 258
||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||
Sbjct 197 GTCACGCCTCAAAACCGGCTCTGTTCTGTACTAGTATTGAACCTGCTAGATTAAGCTGGG 256
Query 259 AAGTTTCTTCTCAAGTAATTCTCAAGAAGAAGCTAGAAACAGCTCTTAAAGATCACCGTG 318
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 257 AAGTTTCTTCTCAAGTGATTCTCAAGAAAAAGCTCGAAACAGCTCTCAAGGATCACCGTG 316
Query 319 TAGATGATGCTTGGGACGTGTTTAAAGATTTCAAACGCCTCTATGGATTTCCAGAGAGTG 378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||
Sbjct 317 TAGATGATGCTTGGGACGTGTTTAAAGATTTCAAACGGCTCTATGGTTTTCCCGAAAGTG 376
Query 379 TAATCATGAACAGATTTGTTACTGTGTTGTCTTACTCGTCTGATGCTGGTTGGCTTTGTA 438
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 377 TAATCATGAACAGGTTTGTTACTGTGTTGTCCTACTCGTCTGATTCTGGTTGGCTTTGCA 436
Query 439 AGGCTAGTGATCTTACTCGTTTGGCTTTGAAGCAAAATCCAGGTATGTTAAGTGGCGATG 498
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 AGGCTAGTGATCTGACTCGTTTAGCTTTGAAGCAGAACCCAGGTATGTTAAGTGGCGATG 496
Query 499 TGTTAACAAAGTTGTCGTTGTCTCTAGCGAGAGCTCAGATGGTTGAATCTGCTTGTAGTA 558
| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 TTTTAACTAAGTTGTCGTTGTCTTTAGCGAGAGCTCAGATGGTTGAATCTGCTTGTAGTA 556
Query 559 TCCTTCGAATAATGCTGGAGAAGGGA-TATGTTCTAACCTCAGATGTATTGAGGCTTGTT 617
| |||||||||||||||||||| ||| | |||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 557 TACTTCGAATAATGCTGGAGAA-GGATTTTGTTCTGACATCAGATGTATTGAGGCTTGTA 615
Query 618 GTGATGCATATGGTGAAAACAGAGATTGGGACTTGCTTAGCTTCGAATTATTTGGTTCAG 677
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 GTGATGCATTTGGTGAAAACAGAGGTTGGGACTTGCTTAGCTTCGAATTATTTGGTTCAG 675
Query 678 GTTTGTGATCGTTTTGTGGAGTTCAATGTGGGGAAAAGAAATAGCAGCCCCGGGAATGTT 737
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 676 GTTTGTGATCGTTTTGTGGAGTTAAATGTGGGGAAAAGAAATAGTAGCTCCGGGAATGTT 735
Query 738 GTGAAGCCTGATACGGTCTTGTTTAATCTTGTACTTGGTTCTTGTGTGAGATTTGGTTTC 797
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 GTGAAGCCTGATACGGTCGTGTTTAATCTTGTACTTGGTTCTTGTGTGAGATTTGGTTTC 795
Query 798 TCTCTCAAAGGCCAAGAACTTATCGAGCTAATGGCAAAAGTTGATGTCGTTGCGGATGCG 857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 TCTCTCAAAGGCCAAGAACTTATCGAGCTAATGGCAAAAGTTGATGTCGTTGCGGATGCA 855
Query 858 TACTCGATTGTGATCATGTCTTGTATTTATGAAATGAATGGTATGCGGGATGAGTTGAGG 917
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 TACTCGATTGTGATCATGTCTTGCATTTATGAAATGAATGGTATGCGGGATGAGTTGAGG 915
Query 918 AAGTTCAAGGAGCATATTGGTCAGGTACCCCCTCAACTTCTTGGTCACTATCAGCAtttt 977
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 916 AAGTTCAAGGAGCATATTGGTCAGGTACCGCCTCAACTTCTTTGTCACTATCGGCATTTG 975
Query 978 tttGATAATTTGTTAAGCCTGGAGTTCAAATTTGATGATATCGGTTCTGCGGGTCGGCTT 1037
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 976 TTTGATAATTTGTTAAGCCTTGAGTTCAAATTTGATGATATCCGTTCTGCGGGTCGGCTT 1035
Query 1038 GCCTTAGATATGTGCAAGAGTAAGGTCTTGGTTTCAGTTGAGAATCTTGGATTTGATTCT 1097
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GTCTTAGATATGTGCAAGAGTAAGGACTTGGTTTCAGTTCAGAATCTTGGATTTGATTCT 1095
Query 1098 GAAAAGCCTCGGGTTTTGCCTGTTGGGTCACACCATATCAGATCTGGGTTAAAGATCCAT 1157
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1096 GAAAAGCCTCGGGTTTTACCTGTTGGGTCTCACCATATCAGATCCGGGTTAAAGATTCAT 1155
Query 1158 ATTTCACCCAAGCTTTTGCAGAGAGATTCATCTCTCGGAGTGGATACTGAAGCAACATTT 1217
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 ATTTCACCTAAGCTTTTGCAGAGAGATTCATCTCTTGGAGTGGATACTGAAGCAACATTT 1215
Query 1218 GTTAATTATTCCAATTCCAAGCTTGGTATCACAAACAAGACTCTTGCCAAGTTAGTATAT 1277
|| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1216 GTCAATTTTTCCAATTCCAAGCTTGGCATCACAAACAAGACTCTTGCGAAGTTAGTATAT 1275
Query 1278 GGGTACAAGAGACATGATAATCTCCCTGAGCTATCAAAGCTTTTGTTTTCGCTGGGTGGA 1337
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1276 GGGCACAAGAGACATGATATTCTCCCTGAGCTATCAAAGCTTCTGTTTTCGCTGGGTGGA 1335
Query 1338 TCCAGGTTATGTGCTGATGTCATTGATGCTTGTGTTGCTATTGGTTGGTTAGAAGCTGCT 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 TCCAGGTTATGTGCTGATGTCATTGATGCTTGTGTCGCTATTGGTTGGTTAGAAGCTGCT 1395
Query 1398 CATGATATTCTTGACGACATGAATTCTGCTGG-CTATCCCATGGAATTGGCCACATATAG 1456
|||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1396 CATGATATTCTTGACGTCATGGTTTCTGCTGGTC-ATCCCATGGAATTGGCCACGTATAG 1454
Query 1457 GATGGTCTTGTCAGGTTATTACAAGAGCAAGATGTTGAGGAATGCAGAAGTTCTTCTGAA 1516
| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 AAAAGTCTTGTCGGGTTATTACAAGAGCAATATGTTGAGAAATGCAGAAGTTCTTCTGAA 1514
Query 1517 ACAAATGACGAAAGCCGGCCTAATTACAGATCCATCAAATGAAATTGTGGTTTCACCAGA 1576
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1515 ACAAATGACGAAAGCCGGTCTAATTACAGATCCATCAAATGAGATTGTGGTTTCACCAGA 1574
Query 1577 AACTGAAGAGAAAGACAGTGAAAACACAGAGCTCAGGGATCTCTTGGTTCAGGAAATCAA 1636
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1575 AACTGAAGAGAAAGACCGTGAAAACACAGAGCTCAGGGATCTCTTGGTTCAGGAAATTAA 1634
Query 1637 TGCAGGAAAACAA-ATGAAAGCTCCAAGTATGCTCTATGAGCTAAACTCGTCCCTCTACT 1695
||||||||||||| | ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 TGCAGGAAAACAAGA-GAAAGTTCCAAGTATGCTATACGAGCTAAACTCGTCCCTCTACT 1693
Query 1696 ACTTCTGCAAAGCTAAAATGCAAGGAGATGCCTTAATAACCTACCGGAAAATCCCCAAGA 1755
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 ACTTCTGCAAAGCTAGAATGCAAGGAGATGCCATAATAACCTACCGGAAAATCCCCAAGA 1753
Query 1756 TGAAAATCCCACCAACTGTCCAAAGCTTTTGGATCTTGATCGACATGTACTCATCTCTTG 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1754 TGAAAATCCCACCAACTGTCCAAAGCTTTTGGATCTTAATCGACATGTACTCCTCTCTTG 1813
Query 1816 GCATGTACCGGGAGATCACAATCGTGTGGGGAGATATCAAGAGGAACATTGCAAGCAAAA 1875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 1814 GCATGTACCGGGAGATCACAATCGTGTGGGGAGATATCAAAAGAAACATTGCGAGCAAAA 1873
Query 1876 ACTTAAAGACAACACAAGATCTGTTAGAGAAGCTTGTGGTGAACTTTCTCAGAGGCGGGT 1935
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 CCTTAAAGGTAACACAAGATCTGTTAGAGAAGCTTGTGGTGAACTTTCTCAGAGGCGGGT 1933
Query 1936 ATTTTGAGAGAGTAATGGAGCTTATCAGTTATATGAAGGAGAATGATATGTAT-AATGAT 1994
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1934 ATTTCGAGAGAGTAATGGAGGTTATCAGTTATATGAAGGAGAATGATATG-ATTAATGAT 1992
Query 1995 CTAACCATGTATAAGAATGAGTATCTTAAGCTTCATAAGAATCTATACAGAACCTTGAAA 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1993 CTAACCATGTATAAGAATGAGTATCTTAAGCTTCATAAGAATCTATATAGAACCTTGAAA 2052
Query 2055 GCATCAGATGCTGTAACAGAGGCTCAAGCTCAGAGGCTTGAGCATGTCAAAACCTTCAGG 2114
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2053 GCATCAGATGTTGTAACAGAGGCTCAAGCTCAGCGGCTTGAGCATGTCAAGGCCTTCAGG 2112
Query 2115 AAACTAGTTGGTATAG 2130
||||||||||||||||
Sbjct 2113 AAACTAGTTGGTATAG 2128
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82313019445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5