BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17770.1
Length=3052
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg329750 jgi|Araly1|329750|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001977 4366 0.0
> Ahg329750 jgi|Araly1|329750|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001977
Length=2589
Score = 4366 bits (2364), Expect = 0.0
Identities = 2515/2590 (97%), Gaps = 2/2590 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 294 ATGGTATCAAGATCTTATTCAAACCTCTTGGATCTTGCTTCTGGTAACTTCCATTCGTTT 353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTATCAAGATCTTATTCAAACCTCTTGGATCTTGCTTCTGGCAATTTCCATTCGTTT 60
Query 354 TCTCGAGAAAAGAAGAGGTTTCCAAGAGTAGCAACTGTCACTGGTGTCTTATCTGAGCTA 413
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTCGGGAAAAGAAGAGGTTTCCAAGAGTAGCAACTGTCACAGGTGTCTTATCTGAGCTA 120
Query 414 GATGATGATAACAACAGCAACAGTGTCTGCTCTGATGCTCCTTCTTCCGTCACACAAGAT 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GATGATGATAACAACAGCAACAGTGTCTGCTCTGATGCTCCTTCTTCAGTCACACAAGAT 180
Query 474 CGAATCATCATCGTTGGAAACCAGCTTCCTATTAAATCACATCGGAACTCTGCTGGTAAA 533
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 181 CGAATCATCATCGTTGGAAATCAGCTTCCTATTAAGTCACATCGAAACTCGGCCGGTAAA 240
Query 534 TTGAGTTTTAGTTGGGACAATGACTCGCTTCTCTTGCAGCTTAAAGATGGTATGCGTGAA 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 TTGAGTTTTAGTTGGGACAATGACTCGCTTCTCTTGCAGCTTAAAGACGGTATGCGTGAA 300
Query 594 GATATGGAAGTTGTCTACATTGGTTGCCTTAAGGAACAGATTGATACAGTTGAGCAAGAT 653
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||
Sbjct 301 GATATGGAAGTTGTCTACATTGGTTGTCTTAAGGAACAAATCGATATAGTTGAGCAAGAT 360
Query 654 GATGTTTCTCAAAGGTTGCTTGAGAATTTCAAATGTGTTCCTGCTTATATCCCACCTGAG 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATGTTTCTCAAAGGTTGCTTGAGAATTTCAAATGTGTTCCTGCTTATATCCCACCTGAG 420
Query 714 CTATTCACTAAGTACTATCATGGATTCTGTAAGCAACATCTATGGCCTTTGTTTCACTAC 773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTATTCACTAAGTACTATCATGGATTCTGTAAGCAACATCTATGGCCTTTGTTTCACTAC 480
Query 774 ATGCTTCCCTTAACTCCTGATCTTGGTGGTAGATTTGATCGTTCTTTATGGCAAGCTTAT 833
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATGCTTCCTTTAACGCCTGATCTTGGAGGTAGATTTGATCGTTCTTTATGGCAAGCTTAT 540
Query 834 CTTTCGGTTAACAAGATCTTTGCTGATAAAGTGATGGAAGTGATTAGTCCTGATGATGAT 893
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTTTCGGTTAACAAGATCTTTGCGGATAAAGTGATGGAAGTGATTAGTCCTGATGATGAT 600
Query 894 TTTGTTTGGGTTCATGACTATCACTTAATGGTTTTGCCTACATTTC-TAAGGAAGAGGTT 952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 601 TTTGTTTGGGTTCATGACTATCACTTAATGGTTTTGCCTACA-TTCTTAAGGAAGAGGTT 659
Query 953 TAATAGAGTAAAGCTTGGTTTTTTCCTTCATAGCCCGTTCCCTTCCTCTGAGATTTACCG 1012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 660 TAATAGAGTAAAGCTTGGTTTTTTCCTTCATAGCCCGTTCCCTTCCTCTGAGATATACCG 719
Query 1013 TACTCTTCCAGTGAGAAATGAGCTCTTACGTGCACTCCTCAACGCTGATTTGATTGGCTT 1072
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 720 TACTCTTCCAGTGCGAAACGAGCTCTTACGTGCACTCCTTAACGCGGATTTGATTGGGTT 779
Query 1073 TCATACCTTTGACTATGCAAGACACTTCCTTTCTTGTTGTAGCAGGATGCTTGGTTTATC 1132
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCATACCTTTGACTATGCAAGACACTTCCTTTCTTGCTGTAGCAGGATGCTTGGTTTATC 839
Query 1133 CTATCAGTCCAAACGTGGAACCATAGGGCTTGAGTATTATGGTCGAACGGTTAGTATCAA 1192
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CTATCAGTCCAAACGTGGAACTATAGGGCTTGAGTATTATGGTCGAACGGTTAGTATCAA 899
Query 1193 GATTCTTCCTGTGGGGATTCATATCAGCCAGCTTCAGTCAATTTTAAACCTCCCAGAGAC 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GATTCTTCCTGTGGGGATTCATATCAGCCAGCTTCAGTCAATTTTAAACCTCCCAGAGAC 959
Query 1253 TCAGACCAAAGTTGCTGAGCTAAGAGATCAGTTCTTGGATCAGAAAGTTCTTCTCGGTGT 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCAGACCAAAGTTGCTGAGCTAAGAGATCAGTTCTTGGATCAGAAAGTTCTTCTCGGTGT 1019
Query 1313 TGATGACATGGACATCTTCAAAGGAATCAGCCTCAAACTCTTGGCAATGGAACAACTTCT 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CGATGACATGGACATCTTCAAAGGAATCAGCCTCAAACTCTTGGCAATGGAACAACTTCT 1079
Query 1373 CACACAGCATCCCGAGAAGAGAGGTCGAGTTGTACTTGTCCAGATTGCAAACCCTGCAAG 1432
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CACACAACATCCAGAGAAGAGAGGTCGAGTTGTACTTGTCCAGATTGCAAACCCTGCAAG 1139
Query 1433 AGGTCGTGGGAAAGACGTTCAGGAGGTTCAGTCTGAAACTGAAGCCACGGTTAAAAGGAT 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGGTCGTGGGAAAGACGTTCAGGAGGTTCAGTCTGAAACTGAAGCCACGGTTAAAAGGAT 1199
Query 1493 CAATGAAATGTTTGGAAGGCCGGGCTACCAACCCGTGGTTCTGATTGATACACCGCTTCA 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CAATGAAATGTTTGGAAGGCCGGGCTACCAACCCGTGGTTCTGATTGATACACCGCTTCA 1259
Query 1553 ATTCTTTGAGAGGATTGCTTACTATGTCATTGCAGAGTGTTGTCTTGTTACAGCGGTAAG 1612
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GTTCTTTGAGAGGATTGCTTACTATGTGATTGCAGAGTGTTGTCTTGTTACAGCGGTAAG 1319
Query 1613 AGATGGTATGAATCTTATACCTTATGAGTACATTATCTGCAGGCAAGGTAATCCGAAACT 1672
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1320 AGATGGTATGAATCTTATACCTTATGAGTACATTATCTGCAGGCAAGGCAATCCGAAACT 1379
Query 1673 CAACGAGACTATAGGCCTTGACCCTTCTGCTGCAAAGAAGAGTATGCTTGTTGTCTCTGA 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CAACGAGACTATAGGCCTTGACCCTTCTGCTGCAAAGAAGAGTATGCTTGTTGTCTCTGA 1439
Query 1733 GTTTATTGGTTGTTCTCCTTCTTTAAGCGGCGCCATTAGAGTAAATCCGTGGAACATTGA 1792
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTTATTGGATGTTCTCCTTCTTTAAGCGGCGCCATTAGAGTGAATCCGTGGAACATTGA 1499
Query 1793 TGCTGTGACTGAAGCAATGGACTATGCATTGATAGTTTCAGAAGCAGAGAAGCAAATGCG 1852
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 TGCTGTGACTGAAGCAATGGACTATGCATTGATAGTTTCAGAAGCAGAGAAGCAGATGCG 1559
Query 1853 TCACGAGAAGCATCACAAATATGTTAGCACACATGATGTTGCTTATTGGGCGCGTAGCTT 1912
||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1560 TCATGAGAAGCATCACAAATATGTGAGCACACACGATGTTGCGTATTGGGCGCGCAGCTT 1619
Query 1913 TATACAAGATCTTGAAAGGGCTTGCGGGGATCATGTGAGGAAGAGGTGTTGGGGGATTGG 1972
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1620 TATACAAGATCTTGAAAGGGCTTGTGGGGATCATGTGAGGAAGAGGTGCTGGGGGATAGG 1679
Query 1973 ATTCGGGTTAGGCTTTAGAGTTGTGGCGCTTGATCCGAGTTTTAAAAAGCTTTCGATTGA 2032
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TTTCGGGTTAGGCTTTCGAGTTGTGGCGCTTGATCCGAGTTTTAAAAAGCTTTCGATTGA 1739
Query 2033 GCACATTGTCTCAGCTTATAAGAGAACCAAGAACCGAGCCATTTTGTTGGATTATGATGG 2092
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GCACATTGTCTCAGCGTATAAGAGAACCAAGAACCGAGCCATTTTGTTGGATTATGATGG 1799
Query 2093 CACAATGGTGCAGCCAGGTTCCATTAGGACAACACCAACCCGCGAAACAATCGAAATCTT 2152
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1800 CACAATGGTGCAGCCAGGGTCCATTAGGACAACACCAAGCCGTGAAACAATCAAAATCTT 1859
Query 2153 GAACAACCTGTCTAGTGATCCCAAGAATATCGTGTACCTCGTCAGTGGGAAAGACAGAAG 2212
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1860 GAACAACTTGTCTAGTGATCCCAAGAATATCGTGTACCTCGTCAGCGGGAAAGACAGAAA 1919
Query 2213 GACACTAACTGAATGGTTTTCTTCATGTGACGATCTCGGTTTGGGTGCAGAGCACGGGTA 2272
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GACACTAACCGAATGGTTTTCTTCATGTGATGATCTCGGTTTGGGTGCAGAGCACGGGTA 1979
Query 2273 TTTTATAAGGCCAAATGATGGAACAGACTGGGAAACGTCGAGTTTGGTATCAGGTTTTGA 2332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1980 CTTTATAAGGCCAAATGATGGAACAGACTGGGAAACGTCGAGTTTGGTATCGGGTTTTGA 2039
Query 2333 GTGGAAACAAATAGCAGAGCCAGTGATGAGACTTTACACTGAGACTACAGATGGATCAAC 2392
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GTGGAAACAAATAGCAGAGCCAGTGATGAGACTGTACACAGAGACTACAGATGGATCAAC 2099
Query 2393 AATAGAGACTAAAGAGACTGCTCTCGTTTGGAATTACCAATTCGCAGATCCTGATTTTGG 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AATAGAGACTAAAGAGACTGCTCTCGTTTGGAATTACCAATTCGCAGATCCTGATTTTGG 2159
Query 2453 ATCTTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACCTCGAAAGCGTGCTTACCAATGATCCAGT 2512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ATCTTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACCTCGAAAGCGTGCTTACCAATGATCCAGT 2219
Query 2513 CTCTGTCAAGACTGGACAACAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAAGGTCT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 CTCTGTCAAGACTGGACAACAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAAGGTCT 2279
Query 2573 TGTGGCAGAGAGGCTTCTAACAACGATGCAAGAAAAAGGGAAACTTTTGGATTTCATTCT 2632
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2280 TGTGGCGGAGAGGCTTCTAACAACGATGCAAGAAAAAGGGAAACTTTTAGATTTCATTCT 2339
Query 2633 CTGCGTCGGTGATGATCGGTCTGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGAGTGCTAAAGA 2692
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2340 CTGCGTCGGCGATGATCGGTCCGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGAGTGCAAAAGA 2399
Query 2693 TGGTCCAGCTTTGTCTCCTGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAG 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TGGTCCAGCTTTGTCTCCTGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAG 2459
Query 2753 CAAAGCAAAATACTATTTAGACGATACTGCGGAGATAATCAGAATGCTGGACGGTCTAGC 2812
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2460 CAAAGCAAAATACTATTTAGACGATACGGCGGAGATAATCAGAATGCTTGATGGTCTAGC 2519
Query 2813 CGCTACCAACACAACTATCTCTGATCAAACTGATTCAACCGCCACTGTTCCAACTAAAGA 2872
||| || |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CGCCACGAACACAACTACCTCTGATCAAACCGGTTCAACCGCCACTGTTCCAACTAAAGA 2579
Query 2873 TCTGTTTTAA 2882
||||||||||
Sbjct 2580 TCTGTTTTAA 2589
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115261081370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5