BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G17950.1
Length=1850
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946418 jgi|Araly1|946418|scaffold_702647.1 1803 0.0
> Ahg946418 jgi|Araly1|946418|scaffold_702647.1
Length=1257
Score = 1803 bits (976), Expect = 0.0
Identities = 1191/1284 (93%), Gaps = 57/1284 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 312 acagcaacaacCACCGCCAGGGATGTTAATGAGTCACCACAATTCCTACAATCGAAACCC 371
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ACAACAACAACCACCGCCAGGGATGTTAATGAGTCACCACAATTCCTACAATCGAAACCC 60
Query 372 TAA---CGCCGCCGCCGCTGTTTTAATGGGTCACAACACCTCCACATCTCAAGCTATGCA 428
||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TAACGCCGCCGCCGCCGCCGTGTTAATGGGTCACAACACCTCCACATCTCAAGCTATGCA 120
Query 429 TCAAAGATTACCTTTTGGTGGTTCTATGTCACCGCATCAGCCTCAACAACATCAGTATCA 488
||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCAGCGATTACC-TTT--TGGTTCTATGTCACCGCATCAGCCTCAACAACATCAGTATCA 177
Query 489 TCATCCTCAGCCTCAGCAACAGATAGATCAGAAGACTCTTGAATCTCTTGGATTTGATGG 548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TCATCCTCAGCCTCAGCAACAGATAGATCAGAAGACTCTTGAATCTCTTGGATTTGATGG 237
Query 549 ATCGCCTTCTTCTGTTGCCGC--C-ACTCAACAACATTCGATGAGATTTGGGATCGACCA 605
||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 ATCGCCTTCTTCTGTTGCCGCAACGACTCAACAACAGTCGATGAGATTTGGGATCGACCA 297
Query 606 TCAACAGGTTAAGAAGAAACGAGGTAGACCTAGGAAGTATGCTGCTGAtggtggtggtgg 665
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TCAACAGGTGAAGAAGAAACGAGGTAGACCTAGGAAGTATGCTGCTGA------------ 345
Query 666 tggtggtggtggtAGTAACATTGCTCTTGGTTTGGCTCCTACTTCGCCTCTTCCTTCTGC 725
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 346 ---TGGTGGTGGTAGTAACATTGCTCTTGGTTTGGCTCCTACTTCGCCTCTTCCTACAGC 402
Query 726 TTCTAATTCTTACGGTGGTGGAAATGAAGGAGGTGG---TGGTGGTGATAGCGCCGGAGC 782
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 403 TTCTAATTCATACGGTGGTGGAAATGAAGGTGGTGGTACTGGTGGTGATAGCGGCGGAGC 462
Query 783 TAATGCTAACTCTTCCGATCCACCTGCTAAACGGAACAGAGGACGTCCTCCTGGCTCCGG 842
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 TAATGCGAACTCTTCCGATCCACCTGCTAAACGGAACAGAGGACGTCCTCCTGGCTCCGG 522
Query 843 TAAGAAGCAGCTCGATGCTTTAGGAGGAACAGGAGGAGTTGGGTTCACGCCTCATGTCAT 902
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 523 TAAGAAGCAGCTTGACGCTTTAGGAGGAACAGGAGGAGTTGGGTTCACACCTCATGTCAT 582
Query 903 TGAGGTTAAAACAGGAGAGGACATAGCTACGAAGATATTGGCGTTTACGAACCAAGGGCC 962
||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 TGAGGTTAAAACAGGAGAGGACATAGCTATGAAGGTAATGGCGTTTACGAACCAAGGGCC 642
Query 963 ACGCGCAATCTGTATTCTCTCAGCTACAGGAGCTGTAACTAATGTGATGCTTCGTCAAGC 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 643 ACGCGCAATCTGTATTCTCTCAGCTACAGGAGCTGTAACTAATGTGAAACTTCGTCAAGC 702
Query 1023 TAACAATAGCAATCCTACTGGAACTGTTAAGTATGAGGGCCGATTTGAAATCATTTCTCT 1082
| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 T-AC-----CAATCCTAGTGGAATTGTTAAGTATGAGGGCCGATTTGAAATCATTTCTCT 756
Query 1083 GTCAGGTTCTTTCTTGAATTCTGAGAGTAATGGTACTGTGACCAAAACTGGTAACTTGAG 1142
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 GTCAGGTTCTTTTTTGAATTCTGAGAGTAATGGTACTGTGACCAAAACTGGTAACTTGAG 816
Query 1143 TGTGTCGCTGGCTGGACACGAAGGCCGGATTGTGGGTGGATGTGTTGATGGAATGCTAGT 1202
|||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 817 TGTGTCGCTGGCTGGACAAGATGGCGGGATTGTGGGTGGAAGTGTTGCTGGAATGCTAGT 876
Query 1203 AGCTGGATCACAAGTCCAGGTCATTGTGGGAAGCTTTGTACCAGATGGAAGGAAGCAGAA 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 AGCTGGATCACAAGTCCAGGTCATTGTGGGAAGCTTTGTACCAGATGGAAGGAAGCAGAA 936
Query 1263 ACAAAGTGCGGGGCGTGCTCAGAATACTCCGGAGCCAGCTTCAGCACCAGCCAATATGTT 1322
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 ACAAAGCGCAGGGCGTGCTCAGAATACTCCGGAGCCAGCTTCAGCACCAGCCAATATGTT 996
Query 1323 GAGCTTTGGTGGTG-T--TGGTGGACCGGGAAGCCCTCGATCTCAAGGACAACAACACTC 1379
|||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 GAGCTTTGGTGGTGGTGGTGGTGGACCAGGAAGCCCTCGATCTCAAGGACAACAACACTC 1056
Query 1380 GAGCGAGTCATCAGAGGAAAACGAAAGTAATTCTCCGTTGCACCGTAGAAGCAACAACAA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1057 AAGCGAGTCATCAGAGGAAAACGAAAGTAATTCTCCGTTGCACCGTGGAAGCAACAACAA 1116
Query 1440 CAA---CA---GCAACAA---------T---CATGGGATATTTGGAAACTCTACACCTCA 1481
||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 CAATAACAACAGCAACAACAACAACAATAATCATGGGCTATTTGGAAACTCTACACCTCA 1176
Query 1482 ACCGCTTCACCAAATTCCTATGCAGATGTACCAGAATCTCTGGCCTGGCAACAGTCCTCA 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1177 ACCGCTTCACCAAATTCCTATGCAGATGTACCA---TCTCTGGCCTGGCAGCAGTCCTCA 1233
Query 1542 ATAAACAGATGGTTCATGGGTCAA 1565
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 ATAAACAGATGGTTCATGGGTCAA 1257
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69476606880
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5