BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G18030.1
Length=2484
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493067 jgi|Araly1|493067|fgenesh2_kg.7__2500__AT4G18030.1 3576 0.0
> Ahg493067 jgi|Araly1|493067|fgenesh2_kg.7__2500__AT4G18030.1
Length=2454
Score = 3576 bits (1936), Expect = 0.0
Identities = 2320/2494 (93%), Gaps = 72/2494 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 GAAATTGAATAAAATCAAACGCGCCTTCATCTTCAAGTTAAAAATCAAATCTTAATTAGT 81
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAATTGAATTGAATCAAACGCGCCTTCATCATCAAGTT-AAAATCAAATCTTAATTAGT 59
Query 82 GAAGACAAAGAAGAAGAAGACATTATTTTAAGTGAGTTCTCTCTCTGTCACACTCACAAA 141
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 60 GAAGACAAAGAAGAAGAAGACATTATTTTAAGTGAGTTCTCTCTCTGTCACACTCAAAAA 119
Query 142 GCTTTATACTTTCTGGCTACTGCAAGCTCATCACTGAAAAGAGCTTAAACCAGAGAGATC 201
||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GCTTTATAC---CT---T-CTGCTAGCTCATCACTCAAAAGAGCTTAAACCAGAGAGATC 172
Query 202 TGAT-A-AG--AGAAATTTTAGAG--TCTCTCTGCTTCAACAAGATCTACATCGACCAGG 255
|||| | || ||| ||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 173 TGATAATAGAAAGAGATTGTAGAGTCTCTCTCTGCTACATCAAGATCTACATCGACCAGG 232
Query 256 AGATTAGAAAGAATCATGGGTTCTAAGCATAACCCACCAGGGAATAACAGATCGAGAAGT 315
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 233 AGATTTGAAAGAATCATGGGTTCTAAGCATAACCCACCAGGCAATCACAGATCGAGAAGT 292
Query 316 ACACTATCTCTACTCGTTGTGGTTGGTTTATGTTGTTTCTTCTATCTTCTTGGAGCATGG 375
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 293 ACACTATCTTTACTCGTTGTGGTTGGTTTATGTTGTTTCTTCTACCTTCTTGGGGCTTGG 352
Query 376 CAAAAGAGTGGGTTTGGTAAAGGAGATAGCATAGCTATGGAGATTACAAAGCAAGCGCAG 435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |
Sbjct 353 CAAAAGAGTGGGTTTGGTAAAGGAGATAGCATAGCTATGGAGATAACTAAGCAAGCACTG 412
Query 436 TGTACTGACATTGTCACTGATCTTGATTTTGAACCTCATCACAACACAGTGAAGATCCCA 495
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 413 TGTACTGACATTGTCACTGATCTTGACTTTGAACCTCATCACAATACAGTGAAGATTCCA 472
Query 496 CATAAAGCTGATCCCAAACCTGTTTCTTTCAAACCGTGTGATGTGAAGCTCAAGGATTAC 555
| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 CGTAAAGCTGATCCAAAACCGGTTTCTTTCAAGCCGTGTGATGTGAAGCTCAAGGATTAT 532
Query 556 ACGCCTTGTCAAGAGCAAGACCGAGCTATGAAGTTCCCGAGAGAGAACATGATTTACAGA 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 ACGCCTTGTCAAGAGCAAGACCGAGCTATGAAGTTCCCGAGAGAGAACATGATTTACAGA 592
Query 616 GAGAGACATTGTCCTCCTGATAATGAGAAGCTGCGTTGTCTTGTTCCAGCTCCTAAAGGG 675
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GAGAGACATTGTCCTCCTGATAATGAGAAACTGCGTTGTCTTGTTCCAGCTCCTAAAGGG 652
Query 676 TATATGACTCCTTTCCCTTGGCCTAAAAGCAGAGATTATGTTCACTATGCTAATGCTCCT 735
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 653 TATATGACTCCGTTCCCTTGGCCTAAAAGCAGAGATTATGTTCATTACGCTAATGCTCCT 712
Query 736 TTCAAGAGCTTGACTGTCGAAAAAGCTGGACAGAATTGGGTTCAGTTTCAAGGGAATGTG 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 713 TTCAAGAGCTTGACTGTCGAAAAAGCTGGACAGAATTGGGTTCAGTTTCAAGGAAATGTG 772
Query 796 TTTAAATTCCCTGGTGGAGGAACTATGTTTCCTCAAGGTGCTGATGCGTATATTGAAGAG 855
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 773 TTTAAATTCCCTGGTGGAGGAACTATGTTTCCTCAAGGCGCTGATGCGTATATAGAAGAG 832
Query 856 CTAGCTTCTGTTATCCCTATCAAAGATGGCTCTGTTAGAACCGCATTGGACACTGGATGT 915
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 833 CTAGCTTCTGTTATCCCAATCAAAGATGGATCTGTTAGAACTGCATTGGATACCGGATGT 892
Query 916 GGGGTTGCTAGTTGGGGTGCTTATATGCTTAAGAGGAATGTTTTGACTATGTCGTTTGCG 975
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 GGGGTTGCAAGTTGGGGTGCTTATATGCTTAAGAGGAATGTTTTGACTATGTCGTTTGCG 952
Query 976 CCAAGGGATAACCACGAAGCACAAGTCCAGTTTGCGCTTGAGAGAGGTGTTCCAGCGATT 1035
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CCAAGGGATAACCACGAAGCTCAAGTCCAGTTTGCGCTTGAGAGAGGTGTTCCAGCGATT 1012
Query 1036 ATCGCTGTTCTTGGATCAATCCTTCTTCCTTACCCTGCAAGAGCCTTTGACATGGCTCAA 1095
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1013 ATCGCTGTTCTTGGATCAATTCTTCTTCCTTACCCTGCAAGAGCCTTTGATATGGCTCAA 1072
Query 1096 TGCTCTCGATGCTTGATACCATGGACCGCAAACGAGGGAACATACTTAATGGAAGTAGAT 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1073 TGCTCTCGATGCTTGATACCATGGACCGCAAACGAGGGAACGTACTTAATGGAAGTTGAT 1132
Query 1156 AGAGTCTTGAGACCTGGAGGTTACTGGGTCTTATCGGGTCCTCCAATCAACTGGAAGACA 1215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1133 AGAGTCTTGAGACCTGGAGGTTACTGGGTCTTATCGGGTCCTCCGATCAACTGGAAGACT 1192
Query 1216 TGGCACAAGACGTGGAACCGAACTAAAGCAGAGCTAAATGCCGAGCAAAAGAGAATAGAG 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TGGCACAAGACGTGGAACCGAACTAAAGCAGAGCTCAACGCCGAGCAAAAGAGAATAGAG 1252
Query 1276 GGAATCGCAGAGTCCTTATGCTGGGAGAAGAAGTATGAGAAGGGAGACATTGCAATTTTC 1335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 GGAATCGCAGAGTCCTTATGCTGGGAGAAGAAGTATGAGAAGGGAGACATTGCAATTTTC 1312
Query 1336 AGAAAGAAAATAAACGATAGATCATGCGATAGATCAACACCGGTTGACACCTGCAAAAGA 1395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1313 AGAAAGAAAATAAACGATAGATCATGCGATAGATCATCACCGGTTAACACCTGCAAGAGA 1372
Query 1396 AAGGACACTGACGATGTCTGGTACAAGGAGATAGAAACGTGTGTAACACCATTCCCTAAA 1455
||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1373 AAGGACACTGATGATATCTGGTACAAGGAAATTGAAACATGCGTAACACCATTCCCTAAA 1432
Query 1456 GTATCAAACGAAGAAGAAGTTGCTGGAGGAAAGCTAAAGAAGTTCCCCGAGAGGCTATTC 1515
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1433 GTATCAAGCGAAGAAGAAGTTGCTGGAGGAAAGCTAAAGAAGTTTCCCGAGAGGCTATTC 1492
Query 1516 GCAGTGCCTCCAAGTATCTCTAAAGGTTTGATTAATGGCGTCGACGAGGAATCATACCAA 1575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 GCAGTGCCTCCAAGTATCTCTAAAGGTTTGATTAATGGCGTCGACGAGGAATCATACCAA 1552
Query 1576 GAAGACATCAATCT-ATGGAAGAAGCGAGTGACCGGATACAAGAGAATTAACAGACTGAT 1634
||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1553 GAAGACATCAA-CTTATGGAAGAAGCGAGTGACCGCATACAAGAAAATCAACAGACTGAT 1611
Query 1635 AGGTTCCACCAGATACCGTAATGTGATGGATATGAACGCCGGTCTTGGTGGATTCGCTGC 1694
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1612 AGGTTCCACCAGATACCGTAATGTGATGGATATGAATGCTGGTCTTGGTGGTTTCGCTGC 1671
Query 1695 TGCGCTTGAATCGCCTAAATCGTGGGTTATGAATGTGATTCCAACCATTAACAAGAACAC 1754
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 TGCGCTCGAATCGCCTAAATCTTGGGTTATGAATGTTATTCCAACCATTAACAAGAACAC 1731
Query 1755 ATTGAGTGTTGTTTATGAGAGAGGTCTCATTGGTATCTATCATGACTGGTGTGAAGGCTT 1814
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1732 ATTGAGTGTTGTCTATGAGAGAGGTCTCATTGGTATCTACCATGACTGGTGTGAAGGGTT 1791
Query 1815 TTCAACTTATCCAAGAACATACGATTTCATTCACGCTAGTGGTGTCTTCAGCTTGTATCA 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TTCAACTTATCCAAGAACATACGATTTCATTCATGCTAATGGTGTCTTCAGCTTGTATCA 1851
Query 1875 GCACAGCTGCAAACTTGAGGATATTCTTCTTGAAACTGATCGGATTTTACGACCGGAAGG 1934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 ACACAGCTGCAAACTTGAGGATATTCTTCTTGAAACTGATCGGATTTTACGACCGGAAGG 1911
Query 1935 GATTGTGATTTTCCGGGATGAGGTTGATGTTTTGAATGATGTGAGGAAGATCGTTGATGG 1994
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1912 GATTGTGATTTTCCGGGATGAGGTTGATGTTTTGAACGATGTGAGGAAGATCGCCGATGG 1971
Query 1995 AATGAGATGGGATACTAAGTTAATGGATCATGAAGACGGTCCTCTCGTGCCGGAGAAGAT 2054
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 AATGAGATGGGACACTAAGTTAATGGATCATGAAGACGGTCCTCTCGTGCCGGAGAAGAT 2031
Query 2055 TCTTGTCGCCACGAAGCAGTATTGGGTAGCCGGCGACGATGGAAACAATTCTCCGTCGTC 2114
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 2032 TCTTGTCGCCACGAAGCAGTATTGGGTCGCCGGCGATGATGGAAACAGTTCTCCGTCTTC 2091
Query 2115 TTCT-------A-A-TAGTGAAGAAGAATaaaacaaaaacaaaaaa-------CTCCTCA 2158
|||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2092 TTCTTCTTCTGATAATAGTGAAGAAGAATAAAACAAAAACAAAAAAAAAAAAACTCCTCA 2151
Query 2159 GGTTACTAAGCTTGAAGTGTAGATCTATTTTACAACATCT-GGAAAATTCTTATCAAAAA 2217
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2152 GGTTACTAAGCTTGATGTGTAG--CTATTTTACAACA-CTTGGAAAATTCTTATCAAAT- 2207
Query 2218 AGGAAGGAATCAGAATTTCCATTAAAGAAAGGTGTCaaaaaaaaGTTGTAAAACTATATA 2277
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | | | | |
Sbjct 2208 -GGTAGGAATCAGAATTTCCATTGAAGAAAGGTGTCAAAA-----T-G-AT--C-A-A-- 2253
Query 2278 GTAGTGATCAAGACGAATATGTGCatttatgtttta-tttttgttccctagtttttaatt 2336
| | | || | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2254 G-A-----C--GA--A-TATGTGCATTTATGTTTTAGTTTTTGTTCC-TAGTTTTTAATT 2301
Query 2337 ttattttttt-GAAGGAAGAAAAAAT----TAGTTCCATGTGTTTTTGCAAGATAGTTGA 2391
|||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| | | | |||||||||||
Sbjct 2302 TTATTTTTGAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAGTAGTTCCATGTGCTCT-GAAAGATAGTTGA 2360
Query 2392 AACCTTGGACGCTTGTTATGTATGATGCGATCTTGACATTTTTTAATAACAGTTATTTTA 2451
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2361 AACCTTGGACGCTTGTTATGTATGATGCGATATTGACATTTTTTAGTAATAGTTATTTTA 2420
Query 2452 AATAAA--TTTATGATATAAACGGAAACTTCTAG 2483
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2421 AATAAAAATTTATGATATAAATGGAAACTTCTAG 2454
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93625822210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5