BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G18130.1
Length=3648
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946393 jgi|Araly1|946393|scaffold_702622.1 5542 0.0
> Ahg946393 jgi|Araly1|946393|scaffold_702622.1
Length=3391
Score = 5542 bits (3001), Expect = 0.0
Identities = 3265/3393 (96%), Gaps = 16/3393 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 TCCACACTTTCCCCTAAGCTATGGGATTCGAGAGTTCAAGCTCAGCTGCAAGCAACATGA 174
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TCCACACTTTCCCCAAAGCTATGGGATTCGAGAGCTCTTCCTCTGCTGCAAGCAACATGA 60
Query 175 AA-C-C--------T-C-AACCTCAAAAATCCAACACTGCTCAATACTCTGTTGATGCTG 222
|| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACCTCTTGGAGATTCCAAACCTCAAAAATCCAACACTGCTCAATACTCTGTTGATGCTG 120
Query 223 CTCTCTTTGCTGATTTCG-CTCAATCCATTTACACCGGCAAGTCTTTTAACTACTCCAAA 281
|||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCTCTTTGCTGATTTCGAC-CAATCCATTTACTCCGGCAAGTCTTTTAACTACTCCAAA 179
Query 282 TCTGTTATTTCACCTCCCAATCACGTTCCTGATGAACACATCACAGCTTACTTGTCTAAC 341
||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 TCTGTGATTTCACCTCCTAATTACGTTCCTGATGAACACATCACTGCTTACTTGTCTAAT 239
Query 342 ATCCAAAGAGGCGGTCTAGTTCAGCCCTTTGGTTGTTTGATTGCTGTCGAAGAACCTAGT 401
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 240 ATCCAAAGAGGCGGTCTTGTTCAGCCCTTTGGTTGTTTGATTGCTGTTGAAGAACCTAGT 299
Query 402 TTTAGGATACTTGGTCTTAGTGACAACTCTTCTGACTTTCTTGGTTTGTTGTCTCTTCCT 461
|||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 TTTAGGATCCTTGGTGTTAGTGAGAACTCCTCTGAGTTTCTTGGTTTGTTGTCTCTTGCT 359
Query 462 TCCACCTCCCATTCTGGTGAGTTTGATAAAGTCAAGGGTTTGATTGGAATCGATGCAAGG 521
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCCACCTCTCACTCTGGTGAGTTTGATAAAGTCAAGGGTTTGATTGGAATCGATGCAAGG 419
Query 522 ACGCTTTTTACTCCTTCCTCTGGAGCTTCTTTGTCTAAAGCTGCTTCCTTTACTGAGATT 581
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACGCTTTTTACTCCTTCGTCTGGAGCTTCTTTGGCTAAAGCTGCTTCCTTTACTGAGATT 479
Query 582 TCCTTGTTGAATCCTGTTTTGGTCCATTCTAGGACGACCCAGAAGCCTTTTTATGCTATT 641
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCGTTGCTGAATCCTGTTTTGGTCCATTCTAGGACGACCCAGAAGCCTTTTTATGCTATA 539
Query 642 CTTCACAGGATTGATGCAGGGATTGTCATGGATTTGGAGCCTGCTAAATCAGGTGATCCG 701
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 540 CTTCACAGGATTGATGCAGGGATAGTCATGGATTTGGAGCCTGCTAAATCCGGTGACCCG 599
Query 702 GCTTTGACCCTTGCAGGCGCAGTTCAGTCTCAGAAGCTAGCCGTTAGGGCCATTTCTAGG 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 600 GCTTTGACCCTTGCAGGCGCAGTTCAGTCTCAGAAGCTCGCCGTTAGGGCTATTTCTAGG 659
Query 762 CTGCAGTCACTTCCCGGAGGAGATATTGGTGCCTTGTGTGATACTGTTGTGGAAGATGTT 821
|||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CTGCAGTCGCTTCCCGGGGGAGATATTGGTGCGTTGTGTGATACTGTTGTGGAAGATGTT 719
Query 822 CAGAGACTTACCGGTTATGACCGTGTTATGGTCTATCAGTTTCATGAAGATGATCATGGT 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CAGAGACTTACCGGTTATGACCGTGTTATGGTCTATCAGTTTCATGAAGATGATCATGGT 779
Query 882 GAAGTTGTTTCTGAGATTAGAAGGTCTGATTTGGAGCCTTATTTGGGTTTACATTATCCG 941
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAAGTTGTTTCTGAGATTAGAAGGTCTGATTTGGAGCCTTATTTGGGTTTACATTATCCT 839
Query 942 GCAACAGATATTCCTCAGGCTGCTCGGTTCTTGTTCAAACAGAACCGTGTCCGAATGATT 1001
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 840 GCAACAGATATTCCTCAGGCTGCTCGGTTCTTGTTCAAACAGAACCGTGTCCGAATAATT 899
Query 1002 TGTGACTGCAATGCAACTCCGGTTAAGGTTGTTCAGAGTGAGGAACTCAAGAGACCACTT 1061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGTGACTGCAATGCAACTCCGGTTAAGGTTGTTCAGAGTGAGGAACTCAAGAGACCACTT 959
Query 1062 TGTTTAGTTAATTCTACTCTAAGAGCTCCTCATGGCTGCCATACGCAGTATATGGCGAAT 1121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTTTAGTTAATTCTACTCTAAGAGCTCCTCATGGCTGCCATACGCAGTATATGGCGAAT 1019
Query 1122 ATGGGCTCTGTAGCTTCTCTTGCACTCGCAATTGTAG-TAAAAGGCAAAGATTCGAGCAA 1180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1020 ATGGGCTCTGTAGCTTCTCTTGCACTCGCAATTGT-GATAAAAGGCAAAGATTCCAGCAA 1078
Query 1181 GCTTTGGGGATTAGTTGTTGGTCATCATTGTTCTCCTAGATACGTTCCATTCCCGTTGCG 1240
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GCTTTGGGGATTAGTTGTAGGTCATCATTGTTCTCCTAGATACGTTCCATTCCCGTTGCG 1138
Query 1241 GTATGCTTGTGAGTTTCTGATGCAAGCATTTGGGCTTCAGCTTCAAATGGAACTTCAGTT 1300
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GTATGCTTGTGAGTTTCTGATGCAAGCATTTGGACTTCAGCTTCAAATGGAACTTCAGTT 1198
Query 1301 AGCATCACAGTTAGCCGAGAAGAAGGCTATGCGGACGCAGACCTTGTTGTGCGATATGCT 1360
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1199 AGCATCACAGTTGGCTGAGAAGAAGGCTATGCGAACGCAGACCTTGTTGTGTGATATGCT 1258
Query 1361 TCTCCGTGATACTGTTTCCGCTATTGTTACACAATCTCCGGGTATTATGGACCTTGTGAA 1420
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCTCCGTGATACTGTTTCCGCTATTGTGACACAATCTCCGGGTATTATGGACCTTGTGAA 1318
Query 1421 ATGTGATGGAGCTGCGTTATATTACAAGGGGAAATGTTGGTTGGTTGGTGTTACTCCTAA 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ATGTGATGGAGCTGCGTTATATTACAAGGGGAAATGTTGGTTGGTTGGTGTTACTCCTAA 1378
Query 1481 TGAGTCACAAGTTAAAGACTTGGTGAATTGGCTGGTGGAGAATCACGGTGATGATTCGAC 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGAGTCACAAGTTAAAGACTTGGTGAATTGGCTGGTGGAGAATCACGGTGATGATTCGAC 1438
Query 1541 GGGTTTAACCACTGATAGTTTGGTGGATGCGGGATACCCTGGTGCCATCTCACTTGGAGA 1600
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1439 GGGTTTAACAACTGATAGTTTGGTGGATGCGGGATACCCTGGCGCCATCTCACTTGGAGA 1498
Query 1601 TGCCGTTTGTGGTGTGGCTGCCGCAGGATTTTCTTCAAAAGATTACTTACTTTGGTTCAG 1660
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGCGGTTTGTGGTGTGGCTGCCGCAGGAATTTCTTCAAAAGATTACTTACTTTGGTTCAG 1558
Query 1661 GTCCAATACTGCAAGTGCAATCAAATGGGGAGGAGCTAAACATCATCCAAAGGATAAAGA 1720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GTCCAATACTGCAAGTGCAATCAAATGGGGAGGAGCTAAACATCATCCAAAGGATAAAGA 1618
Query 1721 TGATGCCGGAAGAATGCATCCGAGGTCATCGTTTACAGCCTTTCTTGAAGTTGCGAAGAG 1780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGATGCCGGAAGAATGCATCCGAGGTCATCGTTTAAAGCCTTTCTTGAAGTTGCGAAGAC 1678
Query 1781 CAGGAGCTTGCCGTGGGAAATCTCAGAAATTGATGCTATCCATTCCCTGAGACTTATAAT 1840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1679 CAGGAGCTTGCCGTGGGAAATCTCAGAAATTGATGCTATCCATTCCCTAAGACTTATAAT 1738
Query 1841 GAGAGAGTCATTTACCAGCTCTAGGCCAGTTTTGTCTGGTAATGGCGTAGCAAGAGATGC 1900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1739 GAGAGAGTCATTTACCAGCTCTAGGCCAGTTTTGTCTGGTAATGACGTAGCAAGAGATGC 1798
Query 1901 TAATGAGCTTACTTCTTTTGTGTGTGAAATGGTTAGGGTGATTGAAACCGCAACTGCACC 1960
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1799 TAATGAGCTTACCTCTTTTGTGTGTGAAATGGTTAGGGTGATTGAAACCGCAACTGCGCC 1858
Query 1961 TATTTTTGGGGTTGATTCATCCGGATGTATTAATGGTTGGAACAAGAAAACCGCTGAAAT 2020
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1859 TATCTTTGGGGTTGATTCTTCCGGATGTATTAATGGTTGGAACAAGAAAATCGCTGAAAT 1918
Query 2021 GACGGGATTACTAGCTAGTGAAGCAATGGGGAAGTCACTTGCCGATGAGATTGTTCAAGA 2080
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GACGGGATTACTAGCTAGTGAAGCCATGGGGAAGTCACTTGCCGATGAGATTGTTCAAGA 1978
Query 2081 GGAATCACGCGCAGCTCTTGAAAGTCTCTTGTGCAAAGCCCTACAAGGTGAAGAGGAGAA 2140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1979 GGAATCACGCGCAGCTCTTGAAAGTCTCTTGTGCAAAGCCCTACGAGGTGAAGAGGAGAA 2038
Query 2141 AAGTGTAATGCTGAAACTGAGAAAGTTTGGTCAAAACAATCATCCGGATTATTCTTCTGA 2200
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2039 AAGTGTAATGCTAAAACTGAGAAAGTTTGGTCAAAACAATCATCCGGATTCTTCTTCTGA 2098
Query 2201 TGTGTGTGTTCTCGTTAACTCCTGCACGAGTCGGGATTATACTGAAAATATCATCGGTGT 2260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2099 TGTGTGTGTTCTCGTTAACTCCTGCACGAGTCGGGATTATACTGAAAAAATCATTGGTGT 2158
Query 2261 CTGCTTCGTTGGTCAAGACATCACTAGTGAGAAAGCAATAACAGATAGATTCATCAGATT 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CTGCTTCGTTGGTCAAGACATCACTAGTGAGAAAGCAATAACAGATAGATTCATCAGATT 2218
Query 2321 GCAAGGAGATTACAAGACTATTGTTCAAAGCTTAAATCCTTTGATTCCACCGATATTTGC 2380
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 GCAAGGAGATTACAAGACTATTGTTCAAAGTTTAAATCCGTTGATTCCACCGATATTTGC 2278
Query 2381 TTCAGATGAAAATGCTTGTTGTTCTGAGTGGAACGCAGCAATGGAAAAGCTTACGGGATG 2440
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2279 TTCAGATGAGAATGCTTGTTGTTCTGAGTGGAACGCAGCCATGGAAAAGCTTACCGGATG 2338
Query 2441 GTCAAAACACGAGGTGATTGGGAAAATGCTACCCGGTGAAGTCTTTGGAGTCTTTTGTAA 2500
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2339 GTCAAAACACGAAGTGATTGGGAAAATGCTACCCGGTGAAGTCTTTGGTGTCTTTTGTAA 2398
Query 2501 AGTGAAATGCCAAGATTCGCTCACAAAGTTCTTGATCTCTCTGTACCAAGGAATTGCTGG 2560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGTGAAATGCCAAGATTCGCTCACAAAGTTCTTGATCTCTCTGTACCAAGGAATTGCTGG 2458
Query 2561 TGATAATGTTCCCGAGAGTTCACTGGTTGAGTTCTTTAATAAGGAAGGGAAGTACATAGA 2620
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2459 TGATAATGTTCCTGAGAGTTCACTGGTTGAGTTCTTTAATAAGGAAGGGAGGTACATAGA 2518
Query 2621 AGCATCCTTAACCGCGAACAAGAGTACAAACATCGAAGGAAAAGTTATAAGATGTTTCTT 2680
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 AGCGTCCTTAACCGCGAACAAGAGTACAAACATCGAAGGGAAAGTTATAAGATGTTTCTT 2578
Query 2681 CTTCTTGCAGATTATCAATAAGGAATCGGGGTTGAGCTGCCCAGAACTGAAAGAGAGCGC 2740
|||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CTTCCTGCAGATTATCAATAAAGAATCGAGTTTGAGCTGCCCAGAACTGAAAGAGAGCGC 2638
Query 2741 TCAAAGCCTCAACGAATTAACTTACGTAAGACAAGAAATCAAGAATCCTCTCAACGGTAT 2800
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2639 TCAAAGCCTCAACGAATTAACTTACATAAGACAAGAAATCAAGAATCCTCTCAAAGGTAT 2698
Query 2801 CCGATTTGCACATAAGCTTCTTGAATCCTCAGAGATTTCAGCTAGCCAAAGGCAGTTTCT 2860
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 CCGATTTGCCCATAAGCTTCTTGAATCCTCAGAGATTTCAGCTAGCCAAAGGCAGTTTCT 2758
Query 2861 GGAGACTAGTGATGCTTGTGAGAAGCAAATCACGACAATAATCGAAAGCACGGACTTGAA 2920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2759 GGAGACTAGTGATGCTTGTGAGAAGCAAATCACGACAATAATCGAAGGCACAGACTTGAA 2818
Query 2921 AAGCATTGAGGAAGGCAAGTTGCAATTGGAAACAGAAGAGTTTCGACTTGAAAACATCTT 2980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2819 AAGCATTGAGGAAGGCAAGTTGCAATTGGAAACAGAGGAGTTTCGACTTGAAAATATCTT 2878
Query 2981 GGACACAATCATTAGCCAAGTGATGATTATATTGAGAGAGAGGAACTCACAACTAAGGGT 3040
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2879 GGACACAATCATTAGCCAAGTGATGATTTTGCTGAGAGAGGGGAACTCACAACTCAGGGT 2938
Query 3041 TGAAGTCGCCGAGGAGATCAAAACTCTGCCTCTCAATGGTGACAGAGTCAAGCTCCAGCT 3100
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2939 TGAAGTCGCCGAGGAGATCAAAACGCTGCCTCTCTATGGTGATAGAGTAAAGCTCCAGCT 2998
Query 3101 TATTCTTGCTGATCTTCTACGCAACATTGTGAATCATGCGCCGTTTCCAAATAGTTGGGT 3160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 CATTCTTGCTGATCTTCTACGCAACATTGTGAATCATGCGCCGTTTCCAAATAGTTGGGT 3058
Query 3161 AGGTATCAGTATCTCACCAGGGCAGGAGCTTTCACGTGACAATGGTCGCTATATCCATCT 3220
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3059 AGGAATCAATATCTCACCAGGGCAGGAGCTTTCACGTGACAATGGTCACTATATCCATCT 3118
Query 3221 ACAGTTCAGGATGATACATCCGGGGAAAGGACTTCCTTCAGAGATGCTAAGTGATATGTT 3280
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 3119 ACAGTTCAGGATGATACATCCAGGGAAAGGACTTCCTTCAGAGATTCTAAGTGACATGTT 3178
Query 3281 TGAGACTCGAGATGGATGGGTCACCCCTGATGGTTTAGGGCTTAAGCTTTCGCGGAAACT 3340
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3179 TGAGACTCGAGATGGATGGGTCACGCCTGATGGTTTAGGGCTTAAGCTTTCACGGAAACT 3238
Query 3341 ATTGGAGCAGATGAATGGCCGTGTGAGTTATGTCCGAGAAGACGAACGGTGTTTCTTTCA 3400
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3239 ATTGGAACAGATGAATGGTCGTGTGAGTTATGTCCGAGAAGACGAACAGTGTTTCTTTCA 3298
Query 3401 GGTGGATCTTCAAGTGAAGACAATGTTAGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGAGGGTAGTTC 3460
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 3299 GGTGGATCTTCAAGTCAAGACAATGTTAGGGGTTGAGTCTAGCGGAACAGAGGCTAGTTC 3358
Query 3461 AAGCATAAAGTAGAAATTTTGAGTTACAAGGCT 3493
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3359 AAGCATAAAGTAGAAATTTTGAGTTACAAGGCT 3391
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137806471833
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5