BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G18360.1
Length=1380
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946367 jgi|Araly1|946367|scaffold_702596.1 1858 0.0
> Ahg946367 jgi|Araly1|946367|scaffold_702596.1
Length=1147
Score = 1858 bits (1006), Expect = 0.0
Identities = 1102/1149 (96%), Gaps = 3/1149 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 tttGAGTGTTGAGTAAATAAAAATGGAGATAACAAACGTGATGGAATATGAGAAGATCGC 89
|||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGAG-GTTGAG-CAAGAAAAATGGAGATAACTAACGTGATGGAATATGAGAAGATCGC 58
Query 90 AAAGGAGAAATTACCAAAGATGGTTTATGATTACTATGCATCTGGTGCTGAAGATCAATG 149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 59 AAAGGAGAAATTACCAAAGATGGTTTATGATTACTATGCTTCTGGTGCTGAAGATCAATG 118
Query 150 GACTCTTCAAGAGAATCGAAACGCTTTCTCTAGGATTCTATTTAGGCCTCGGATTCTTAT 209
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GACTCTTCAAGAGAATCGAAACGCTTTCTCCAGGATTCTATTTAGGCCTCGGATTCTTAT 178
Query 210 CGATGTAAGCAAGATTGATGTGAGCACAACGGTTTTAGGGTTTAATATTTCTATGCCAAT 269
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 179 CGATGTAAGCAAGATTGATGTGAGCACAAGGGTTTTAGGGTTTAACATTTCTATGCCAAT 238
Query 270 TATGATTGCTCCTACTGCAATGCAGAAAATGGCTCATCCTGATGGCGAGCTTGCAACCGC 329
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CATGATTGCTCCTACTGCTATGCAGAAAATGGCTCATCCTGATGGCGAGCTTGCAACCGC 298
Query 330 GAGAGCTACTTCTGCTGCTGGAACAATCATGACTTTATCTTCATGGGCTACTTGTAGTGT 389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 299 TAGAGCTACTTCTGCTGCTGGAACAATCATGACTTTATCTTCGTGGGCTACTTGTAGTGT 358
Query 390 TGAGGAAGTTGCTTCAACCGGACCAGGGATTCGTTTTTTCCAACTTTATGTTTATAAGGA 449
||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 359 TGAGGAAGTTGCTTCCACAGGACCCGGAATTCGTTTTTTCCAACTCTATGTTTATAAGGA 418
Query 450 TAGAAATGTGGTTATACAGCTTGTGAAACGAGCTGAAGAAGCTGGATTCAAAGCTATTGC 509
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 419 CAGAAATGTGGTTATACAGCTTGTGAAACGAGCGGAAGAAGCTGGATTTAAAGCGATTGC 478
Query 510 TCTTACTGTAGATACTCCAAGGCTTGGACGCAGAGAATCTGACATCAAAAACAGATTCGC 569
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 479 TCTTACTGTAGATACTCCAAGGCTTGGACGCAGAGAATCTGATATCAAAAACAGATTCGC 538
Query 570 GCTTCCTCGAGGTCTAACGTTGAAGAACTTCGAAGGGTTGGATCTTGGGAAAATAGACAA 629
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GCTTCCTCGAGGTCTAACATTGAAGAACTTCGAAGGGTTGGATCTTGGGAAAATAGACAA 598
Query 630 GACGAATGACTCAGGGCTAGCTTCATATGTTGCTGGTCAAGTTGATCAATCACTTAGCTG 689
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GACCAATGACTCAGGGCTAGCTTCATATGTTGCTGGTCAAGTTGATCAATCACTTAGCTG 658
Query 690 GAAGGATATAAAATGGCTCCAATCTATCACAAGCTTGCCAATTCTTGTCAAGGGTGTTAT 749
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GAAGGATATAAAATGGCTCCAAACAATCACAAGCTTGCCAATTCTTGTCAAGGGTGTTAT 718
Query 750 TACAGCTGAGGATGCAAGAATTGCTGTTGAATATGGAGCTGCAGGGATAATAGTCTCTAA 809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 719 TACAGCTGAGGATGCAAGAATTGCTGTTGAATATGGAGCTGCAGGGATTATAGTCTCTAA 778
Query 810 CCACGGAGCTCGTCAGCTAGATTATGTTCCTGCAACTATAGTGGCCTTAGAAGAGGTGGT 869
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CCACGGAGCTCGTCAACTTGATTATGTCCCTGCAACTATAGTGGCCTTAGAAGAGGTGGT 838
Query 870 TAAAGCCGTGGAGGGTCGGATTCCGGTTTTTCTTGACGGTGGGGTTCGCCGTGGAACCGA 929
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TAAAGCCGTGGAAGGTCGGATTCCGGTTTTTCTTGACGGCGGGGTTCGCCGTGGAACCGA 898
Query 930 TGTCTTTAAGGCATTGGCTCTTGGCGCTTCAGGTGTCTTTGTCGGGAGGCCGAGCTTGTT 989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGTCTTTAAGGCATTGGCTCTTGGCGCTTCAGGTGTCTTTGTCGGGAGGCCGAGCTTGTT 958
Query 990 CTCGCTTGCAGCGGATGGAGAAGCGGGAGTTAGGAAGATGCTACAAATGCTAAGAGACGA 1049
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 959 CTCGCTTGCAGCGGATGGAGAAGCGGGAGTGAGGAAGATGCTGCAAATGCTAAGAGATGA 1018
Query 1050 GTTTGAGCTTACAATGGCACTAAGTGGTTGCCGTTCACTGAGAGAGATCAGCCGAACCCA 1109
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1019 GTTTGAGCTGACAATGGCACTAAGTGGCTGCCGTTCCCTGAGAGAGATCAGCCGAAACCA 1078
Query 1110 CATCAAGACTGATTGGGACACTCCTCATTACCTCTCGGCCAAGCTGTAGG-GAATCTTAT 1168
||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1079 CATCAAGACCGATTGGGACATTCCTCATTACCTCCCGGCCAAGCTGTAACCGAATCTTAT 1138
Query 1169 TCACTTCTT 1177
|||| ||||
Sbjct 1139 TCACCTCTT 1147
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51656552535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5