BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G18750.1 Length=2721 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1 4021 0.0 > Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1 Length=2658 Score = 4021 bits (2177), Expect = 0.0 Identities = 2487/2640 (94%), Gaps = 8/2640 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGATGTTGGTGACGAATTTATCTTCTTCAAGCTTCTGttttttttCCTCTCCTCAT 60 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 21 ATGGCGATGTTGGTGACGAATTTGTCTTCTTCAAGCTTCTGTTTCTTTTCCTCTCCCCAT 80 Query 61 TTACAAAACCAGAAGGAGATCAGAAGCGGCGTTAGAGTTCGAAAATATGTGATTTTCAAT 120 || |||| ||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || Sbjct 81 TTTCAAACCCACAAAGAGCTCAGAAGCGACGTTAGAGTTCGAAAAGATGTGATTTTTAAC 140 Query 121 AGAGCCTCGTTGAGAACAGTATCAGATTGTGTTGATTCGATTACAACTTTTGATCGAAGC 180 ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 141 AGAGCCTCGTTGAGAACAGTATCAGATCGTGCGGATTCGATTTCAACTTTTGATCGAAGC 200 Query 181 GTAACAGATGCGAACACTCAATTACGGAGATTCTGCGAATCAGGGAATCTAGAGAACGCC 240 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 201 GTAACAGATGCGAACACTCGATTACGGAGATTCTGCGAATCAGGTAATCTAAAGAACGCC 260 Query 241 GTGAAACTTCTTTGCGTATCTGGAAAATGGGATATTGATCCGAGAACTTTATGCTCTGTT 300 ||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 261 GTGAAGCTTCTTCATGTATCTGGGAAATGGGATATAGATCCGAGAACTTTATGCTCTGTT 320 Query 301 CTTCAGCTCTGTGCTGATTCGAAATCTCTCAAAGATGGTAAAGAAGTTGATAACTTTATT 360 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 321 CTTCAACTCTGTGCTGATTCAAAATCTCTCAAAGATGGTAAAGAAGTTGATAACTTTATT 380 Query 361 CGTGGTAATGGGTTTGTGATAGATTCGAATTTGGGATCAAAACTCTCTCTTATGTATACA 420 ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| Sbjct 381 CGTAGTAATGGGTTTGTGTTAGATTCGAATTTGGGATCGAAACTAGCGCTTATGTATACA 440 Query 421 AATTGTGGAGATTTGAAAGAAGCAAGTAGAGTGTTCGATGAGGTTAAGATCGAGAAAGCA 480 |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 441 AATTGTGGGGATTTGAAAGAAGCGAGTAGAGTTTTCGATCAGGTTAAGATCGAGAAAGCT 500 Query 481 TTGTTCTGGAATATTTTGATGAATGAGCTTGCAAAATCTGGTGACTTTAGTGGGAGTATT 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 501 TTGTTCTGGAATATTTTGATGAATGAGCTTGCAAAGTCTGGTGATTTTAGTGGGAGTATT 560 Query 541 GGATTGTTTAAGAAGATGATGAGTTCTGGTGTTGAAATGGATAGCTATACTTTTTCTTGT 600 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 561 GGATTGTTTAAGAGGATGATGAGTTCTGGTGTTGAAATGGATAGTTATACTTTTTCTTGT 620 Query 601 GTTTCAAAGAGTTTTTCGTCTTTACGAAGTGTTCATGGAGGAGAGCAGCTTCATGGATTT 660 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | | Sbjct 621 ATTTCAAAGAGTTTTTCGTCTTTACGAAGTGTTAATGGAGGAGAACAGCTTCATGGGTAT 680 Query 661 ATTCTTAAATCAGGTTTTGGAGAAAGGAACTCTGTGGGGAATTCTTTGGTTGCATTTTAT 720 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| Sbjct 681 ATTCTGAAATCAGGTTTTGGAGAAAGGAACTCTGTTGGGAATTCTCTGGTGGCGTTTTAT 740 Query 721 TTGAAGAATCAGAGAGTTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGACTGAGAGAGAT 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 741 TTGAAGAATCAGAGAGTTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGACTGAGAGAGAT 800 Query 781 GTTATATCTTGGAATTCTATTATTAATGGGTATGTATCAAACGGATTAGCTGAGAAAGGG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 801 GTTATATCTTGGAATTCTATTATTAATGGGTATGTATCAAACGGATTAGCTGAGAAAGGG 860 Query 841 CTATCTGTTTTCGTGCAGATGTTGGTTTCAGGGATAGAGATTGATTTGGCTACTATAGTT 900 ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 861 CTATCTGTTTTCGTGCAGATGTTATTTTCAGGGATTGAGATTGATTTGGCTACTATAGTT 920 Query 901 AGTGTTTTTGCTGGTTGTGCTGATTCTCGTTTGATATCGTTAGGTAGAGCTGTTCA-TAG 959 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | | Sbjct 921 AGTGTTTTTGCTGGCTGTGCTGATTCTCGTTTGATCTCCTTAGGTAGAGCTGTCCACT-G 979 Query 960 TATTGGAGTGAAAGCTTGTTTTAGTAGAGAAGATCGGTTTTGTAATACATTGCTTGATAT 1019 | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 980 TTTTGGAGTGAAAGCTTGTTTTAGTAGAGAGGATAGGTTTTGTAATACATTGCTTGATAT 1039 Query 1020 GTATTCGAAGTGTGGTGATCTTGATTCTGCTAAAGCTGTGTTTAGGGAGATGAGTGATCG 1079 ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| Sbjct 1040 GTATTCGAAATGTGGTGATCTAGACTCTGCTAAAGTTGTGTTTAGTGAGATGAGTGGTCG 1099 Query 1080 AAGTGTTGTGTCGTATACTTCCATGATTGCTGGTTATGCTAGGGAAGGTTTGGCTGGTGA 1139 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1100 AAGTGTTGTGTCGTATACTTCCATGATTGCTGGTTATGCTAGGGAAGGTTTGGCTGGTGA 1159 Query 1140 AGCTGTAAAGTTGTTTGAAGAAATGGAGGAAGAAGGTATTAGTCCTGATGTTTATACCGT 1199 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1160 AGCTGTGAAGTTATTTGAAGAAATGGAGGAAGAAGGTATTAGCCCTGATGTTTATACCGT 1219 Query 1200 CACTGCTGTTTTAAATTGTTGTGCTCGTTATCGGTTGTTAGATGAAGGCAAGCGTGTGCA 1259 ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1220 GACTGCGGTTTTAAACTGCTGTGCCCGTAATCGGTTGTTAGACGAAGGCAAGCGTGTGCA 1279 Query 1260 TGAGTGGATAAAGGAAAACGATTTGGGATTTGATATCTTTGTATCAAATGCTCTGATGGA 1319 ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| Sbjct 1280 TGAGTGGATAAAGGAAAGCGATATGGGATTTGATATCTTTGTATCGAATGCTTTGATGGA 1339 Query 1320 TATGTATGCAAAATGTGGAAGCATGCAAGAGGCGGAGCTAGTCTTCTCTGAGATGCGTGT 1379 ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| Sbjct 1340 TATGTATGCGAAATGTGGAAGCATGCGAGAGGCGGAGATAGTGTTCTCTGAGATGCGTGT 1399 Query 1380 GAAAGATATCATCTCGTGGAACACCATTATTGGTGGGTACTCAAAGAACTGTTACGCCAA 1439 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1400 GAAAGATATTATCTCGTGGAACACCATTATTGGTGGGTACTCAAAGAATTGTTACGCCAA 1459 Query 1440 TGAAGCTCTAAGCCTGTTTAATTTGCTGTTGGAAGAAAAGAGGTTTAGTCCTGATGAGAG 1499 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 1460 TGAAGCTCTAAGCCTGTTCAATTTGCTGTTGGAGGAAAAGCGATTTAGTCCTGATGAGAG 1519 Query 1500 AACAGTGGCGTGTGTTCTTCCGGCTTGTGCAAGTCTTTCTGCTTTCGATAAAGGCAGAGA 1559 ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1520 AACAGTGGCATGCGTTCTTCCAGCTTGTGCAAGTCTTTCTGCTTTCGATAAAGGCAGAGA 1579 Query 1560 AATCCACGGTTACATCATGAGAAACGGGTATTTCTCAGATCGGCATGTTGCTAATTCGCT 1619 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1580 GATCCACGGTTACATCATGAGAAACGGTTATTTCTCAGATCGGCATGTTGCTAATTCGCT 1639 Query 1620 TGTAGACATGTACGCGAAATGTGGTGCGTTGTTACTCGCTCA-TATGCTCTTTGATGATA 1678 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| Sbjct 1640 TGTAGACATGTACGCGAAATGTGGAGCGTTGTTACTCGCACGGT-TGCTCTTTGATGATA 1698 Query 1679 TTGCTTCCAAGGATCTTGTTTCTTGGACAGTGATGATAGCTGGATATGGGATGCACGGGT 1738 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1699 TTACTTCCAAGGATCTTGTTTCTTGGACAGTGATGATAGCTGGATATGGGATGCACGGAT 1758 Query 1739 TTGGAAAAGAGGCGATTGCTCTTTTCAATCAAATGAGACAAGCGGGTATTGAGGCTGATG 1798 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 1759 TTGGAAAAGAGGCGATTGCTCTTTTTAATCAAATGAGACAAGCGGGTATTGAGCCTGACG 1818 Query 1799 AAATATCCTTTGTATCTTTGTTGTATGCTTGTAGCCATTCAGGACTAGTTGATGAAGGAT 1858 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1819 AAATATCTTTTGTATCTTTGTTGTATGCTTGTAGCCATTCAGGACTAGTGGATGAAGGAT 1878 Query 1859 GGAGATTCTTTAACATCATGAGACATGAATGCAAGATCGAGCCAACGGTGGAACATTATG 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 1879 GGAGATTCTTTAACATCATGAGACATGAATGCAAGATCGAGCCAACAGTAGAACATTATG 1938 Query 1919 CTTGTATAGTTGACATGCTTGCAAGAACTGGAGATTTAATCAAA-GCTTATAGGTTCATC 1977 | |||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| Sbjct 1939 CCTGTATAGTCGACATGCTTGCAAGAACCGGAAACTTG-TCAAAAGCCTATAGGTTCATC 1997 Query 1978 GAGAACATGCCAATTCCGCCAGATGCTACAATCTGGGGAGCTTTGCTGTGTGGATGCAGG 2037 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1998 GAGAACATGCCAATTCCGCCAGATGCTACAATCTGGGGAGCTTTGCTGTGTGGATGCAGG 2057 Query 2038 ATACATCATGATGTTAAGTTAGCTGAGAAAGTTGCAGAGAAAGTCTTTGAGCTTGAACCA 2097 |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2058 ATACATCATGATGTTAAGCTAGCTGAGAGAGTCGCAGAGAAAGTCTTTGAGCTTGAACCA 2117 Query 2098 GAGAACACAGGATATTATGTACTCATGGCAAATATCTACGCAGAAGCTGAGAAATGGGAA 2157 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2118 GAAAACACAGGATATTATGTACTCATGGCGAATATCTACGCAGAAGCTGAGAAATGGGAA 2177 Query 2158 CAAGTGAAAAGGCTAAGAAAGAGGATAGGGCAGCGCGGATTGAGGAAGAATCCGGGATGT 2217 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2178 GAAGTGAAAAGGCTAAGAAAGAGGATAGGGCAACGCGGATTGAGGAAGAATCCGGGATGT 2237 Query 2218 AGCTGGATAGAGATAAAGGGTAGAGTTAACATCTTTGTAGCTGGAGATAGTTCAAACCCG 2277 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 2238 AGCTGGATAGAGATAAAGGGTAGAGTTAACATCTTTGTTGCTGGAGATAGTTCAAATCCA 2297 Query 2278 GAAACTGAAAACATTGAAGCTTTTTTGAGAAAGGTAAGAGCTAGAATGATAGAAGAAGGA 2337 ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2298 GAAACCGAAAAGATTGAAGCTTTCTTGAGGGGGGTAAGAGCTAGAATGATAGAAGAAGGG 2357 Query 2338 TATTCACCACTGACGAAATACGCTTTGATCGATGCGGAAGAGATGGAAAAGGAAGAAGCT 2397 ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2358 TATTCGCCGCTGACTAAATACGCTTTAATCGATGCGGAAGAGATGGAAAAAGAAGAAGCT 2417 Query 2398 TTATGTGGTCATAGTGAGAAATTAGCAATGGCTTT-GGGAATCATAAGCTCTGGACATGG 2456 || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||| Sbjct 2418 TTGTGTGGTCATAGTGAGAAATTAGCAATGGCTCTAGGGATT-ATTAGCTCTGGACATGG 2476 Query 2457 AAAGATCATAAGAGTTACAAAGAATCTAAGAGTTTGTGGAGATTGTCATGAAATGGCCAA 2516 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2477 AAAGATCATTAGAGTTACCAAGAATCTAAGAGTTTGTGGAGATTGTCATGAAATGGCCAA 2536 Query 2517 GTTCATGTCTAAGTTAACCAGAAGAGAGATTGTCCTAAGAGATTCAAACCGGTTTCACCA 2576 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2537 GTTCATGTCTAAGTTAACCAGAAGAGAGATTGTCCTAAGAGATTCAAACCGGTTTCACCA 2596 Query 2577 ATTTAAAGATGGACATTGTTCTTGCAGAGGTTTCTGGTGAACATTGAACTGTTTCATGTA 2636 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2597 ATTTAAAGATGGACATTGTTCTTGCAGAGGTTTTTGGTGAACATTGAACTGTTTCATGTA 2656 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 102653210275 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5