BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G18750.1
Length=2721
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1 4021 0.0
> Ahg946316 jgi|Araly1|946316|scaffold_702545.1
Length=2658
Score = 4021 bits (2177), Expect = 0.0
Identities = 2487/2640 (94%), Gaps = 8/2640 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGATGTTGGTGACGAATTTATCTTCTTCAAGCTTCTGttttttttCCTCTCCTCAT 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 21 ATGGCGATGTTGGTGACGAATTTGTCTTCTTCAAGCTTCTGTTTCTTTTCCTCTCCCCAT 80
Query 61 TTACAAAACCAGAAGGAGATCAGAAGCGGCGTTAGAGTTCGAAAATATGTGATTTTCAAT 120
|| |||| ||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 81 TTTCAAACCCACAAAGAGCTCAGAAGCGACGTTAGAGTTCGAAAAGATGTGATTTTTAAC 140
Query 121 AGAGCCTCGTTGAGAACAGTATCAGATTGTGTTGATTCGATTACAACTTTTGATCGAAGC 180
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 141 AGAGCCTCGTTGAGAACAGTATCAGATCGTGCGGATTCGATTTCAACTTTTGATCGAAGC 200
Query 181 GTAACAGATGCGAACACTCAATTACGGAGATTCTGCGAATCAGGGAATCTAGAGAACGCC 240
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 201 GTAACAGATGCGAACACTCGATTACGGAGATTCTGCGAATCAGGTAATCTAAAGAACGCC 260
Query 241 GTGAAACTTCTTTGCGTATCTGGAAAATGGGATATTGATCCGAGAACTTTATGCTCTGTT 300
||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 GTGAAGCTTCTTCATGTATCTGGGAAATGGGATATAGATCCGAGAACTTTATGCTCTGTT 320
Query 301 CTTCAGCTCTGTGCTGATTCGAAATCTCTCAAAGATGGTAAAGAAGTTGATAACTTTATT 360
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 CTTCAACTCTGTGCTGATTCAAAATCTCTCAAAGATGGTAAAGAAGTTGATAACTTTATT 380
Query 361 CGTGGTAATGGGTTTGTGATAGATTCGAATTTGGGATCAAAACTCTCTCTTATGTATACA 420
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 381 CGTAGTAATGGGTTTGTGTTAGATTCGAATTTGGGATCGAAACTAGCGCTTATGTATACA 440
Query 421 AATTGTGGAGATTTGAAAGAAGCAAGTAGAGTGTTCGATGAGGTTAAGATCGAGAAAGCA 480
|||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 441 AATTGTGGGGATTTGAAAGAAGCGAGTAGAGTTTTCGATCAGGTTAAGATCGAGAAAGCT 500
Query 481 TTGTTCTGGAATATTTTGATGAATGAGCTTGCAAAATCTGGTGACTTTAGTGGGAGTATT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 501 TTGTTCTGGAATATTTTGATGAATGAGCTTGCAAAGTCTGGTGATTTTAGTGGGAGTATT 560
Query 541 GGATTGTTTAAGAAGATGATGAGTTCTGGTGTTGAAATGGATAGCTATACTTTTTCTTGT 600
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 561 GGATTGTTTAAGAGGATGATGAGTTCTGGTGTTGAAATGGATAGTTATACTTTTTCTTGT 620
Query 601 GTTTCAAAGAGTTTTTCGTCTTTACGAAGTGTTCATGGAGGAGAGCAGCTTCATGGATTT 660
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |
Sbjct 621 ATTTCAAAGAGTTTTTCGTCTTTACGAAGTGTTAATGGAGGAGAACAGCTTCATGGGTAT 680
Query 661 ATTCTTAAATCAGGTTTTGGAGAAAGGAACTCTGTGGGGAATTCTTTGGTTGCATTTTAT 720
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||
Sbjct 681 ATTCTGAAATCAGGTTTTGGAGAAAGGAACTCTGTTGGGAATTCTCTGGTGGCGTTTTAT 740
Query 721 TTGAAGAATCAGAGAGTTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGACTGAGAGAGAT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TTGAAGAATCAGAGAGTTGATAGTGCACGTAAGGTGTTTGATGAAATGACTGAGAGAGAT 800
Query 781 GTTATATCTTGGAATTCTATTATTAATGGGTATGTATCAAACGGATTAGCTGAGAAAGGG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 GTTATATCTTGGAATTCTATTATTAATGGGTATGTATCAAACGGATTAGCTGAGAAAGGG 860
Query 841 CTATCTGTTTTCGTGCAGATGTTGGTTTCAGGGATAGAGATTGATTTGGCTACTATAGTT 900
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 CTATCTGTTTTCGTGCAGATGTTATTTTCAGGGATTGAGATTGATTTGGCTACTATAGTT 920
Query 901 AGTGTTTTTGCTGGTTGTGCTGATTCTCGTTTGATATCGTTAGGTAGAGCTGTTCA-TAG 959
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | |
Sbjct 921 AGTGTTTTTGCTGGCTGTGCTGATTCTCGTTTGATCTCCTTAGGTAGAGCTGTCCACT-G 979
Query 960 TATTGGAGTGAAAGCTTGTTTTAGTAGAGAAGATCGGTTTTGTAATACATTGCTTGATAT 1019
| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TTTTGGAGTGAAAGCTTGTTTTAGTAGAGAGGATAGGTTTTGTAATACATTGCTTGATAT 1039
Query 1020 GTATTCGAAGTGTGGTGATCTTGATTCTGCTAAAGCTGTGTTTAGGGAGATGAGTGATCG 1079
||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1040 GTATTCGAAATGTGGTGATCTAGACTCTGCTAAAGTTGTGTTTAGTGAGATGAGTGGTCG 1099
Query 1080 AAGTGTTGTGTCGTATACTTCCATGATTGCTGGTTATGCTAGGGAAGGTTTGGCTGGTGA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 AAGTGTTGTGTCGTATACTTCCATGATTGCTGGTTATGCTAGGGAAGGTTTGGCTGGTGA 1159
Query 1140 AGCTGTAAAGTTGTTTGAAGAAATGGAGGAAGAAGGTATTAGTCCTGATGTTTATACCGT 1199
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1160 AGCTGTGAAGTTATTTGAAGAAATGGAGGAAGAAGGTATTAGCCCTGATGTTTATACCGT 1219
Query 1200 CACTGCTGTTTTAAATTGTTGTGCTCGTTATCGGTTGTTAGATGAAGGCAAGCGTGTGCA 1259
||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1220 GACTGCGGTTTTAAACTGCTGTGCCCGTAATCGGTTGTTAGACGAAGGCAAGCGTGTGCA 1279
Query 1260 TGAGTGGATAAAGGAAAACGATTTGGGATTTGATATCTTTGTATCAAATGCTCTGATGGA 1319
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1280 TGAGTGGATAAAGGAAAGCGATATGGGATTTGATATCTTTGTATCGAATGCTTTGATGGA 1339
Query 1320 TATGTATGCAAAATGTGGAAGCATGCAAGAGGCGGAGCTAGTCTTCTCTGAGATGCGTGT 1379
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1340 TATGTATGCGAAATGTGGAAGCATGCGAGAGGCGGAGATAGTGTTCTCTGAGATGCGTGT 1399
Query 1380 GAAAGATATCATCTCGTGGAACACCATTATTGGTGGGTACTCAAAGAACTGTTACGCCAA 1439
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1400 GAAAGATATTATCTCGTGGAACACCATTATTGGTGGGTACTCAAAGAATTGTTACGCCAA 1459
Query 1440 TGAAGCTCTAAGCCTGTTTAATTTGCTGTTGGAAGAAAAGAGGTTTAGTCCTGATGAGAG 1499
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1460 TGAAGCTCTAAGCCTGTTCAATTTGCTGTTGGAGGAAAAGCGATTTAGTCCTGATGAGAG 1519
Query 1500 AACAGTGGCGTGTGTTCTTCCGGCTTGTGCAAGTCTTTCTGCTTTCGATAAAGGCAGAGA 1559
||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 AACAGTGGCATGCGTTCTTCCAGCTTGTGCAAGTCTTTCTGCTTTCGATAAAGGCAGAGA 1579
Query 1560 AATCCACGGTTACATCATGAGAAACGGGTATTTCTCAGATCGGCATGTTGCTAATTCGCT 1619
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GATCCACGGTTACATCATGAGAAACGGTTATTTCTCAGATCGGCATGTTGCTAATTCGCT 1639
Query 1620 TGTAGACATGTACGCGAAATGTGGTGCGTTGTTACTCGCTCA-TATGCTCTTTGATGATA 1678
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 1640 TGTAGACATGTACGCGAAATGTGGAGCGTTGTTACTCGCACGGT-TGCTCTTTGATGATA 1698
Query 1679 TTGCTTCCAAGGATCTTGTTTCTTGGACAGTGATGATAGCTGGATATGGGATGCACGGGT 1738
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1699 TTACTTCCAAGGATCTTGTTTCTTGGACAGTGATGATAGCTGGATATGGGATGCACGGAT 1758
Query 1739 TTGGAAAAGAGGCGATTGCTCTTTTCAATCAAATGAGACAAGCGGGTATTGAGGCTGATG 1798
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1759 TTGGAAAAGAGGCGATTGCTCTTTTTAATCAAATGAGACAAGCGGGTATTGAGCCTGACG 1818
Query 1799 AAATATCCTTTGTATCTTTGTTGTATGCTTGTAGCCATTCAGGACTAGTTGATGAAGGAT 1858
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1819 AAATATCTTTTGTATCTTTGTTGTATGCTTGTAGCCATTCAGGACTAGTGGATGAAGGAT 1878
Query 1859 GGAGATTCTTTAACATCATGAGACATGAATGCAAGATCGAGCCAACGGTGGAACATTATG 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1879 GGAGATTCTTTAACATCATGAGACATGAATGCAAGATCGAGCCAACAGTAGAACATTATG 1938
Query 1919 CTTGTATAGTTGACATGCTTGCAAGAACTGGAGATTTAATCAAA-GCTTATAGGTTCATC 1977
| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||| || ||||||||||||
Sbjct 1939 CCTGTATAGTCGACATGCTTGCAAGAACCGGAAACTTG-TCAAAAGCCTATAGGTTCATC 1997
Query 1978 GAGAACATGCCAATTCCGCCAGATGCTACAATCTGGGGAGCTTTGCTGTGTGGATGCAGG 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 GAGAACATGCCAATTCCGCCAGATGCTACAATCTGGGGAGCTTTGCTGTGTGGATGCAGG 2057
Query 2038 ATACATCATGATGTTAAGTTAGCTGAGAAAGTTGCAGAGAAAGTCTTTGAGCTTGAACCA 2097
|||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 ATACATCATGATGTTAAGCTAGCTGAGAGAGTCGCAGAGAAAGTCTTTGAGCTTGAACCA 2117
Query 2098 GAGAACACAGGATATTATGTACTCATGGCAAATATCTACGCAGAAGCTGAGAAATGGGAA 2157
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 GAAAACACAGGATATTATGTACTCATGGCGAATATCTACGCAGAAGCTGAGAAATGGGAA 2177
Query 2158 CAAGTGAAAAGGCTAAGAAAGAGGATAGGGCAGCGCGGATTGAGGAAGAATCCGGGATGT 2217
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 GAAGTGAAAAGGCTAAGAAAGAGGATAGGGCAACGCGGATTGAGGAAGAATCCGGGATGT 2237
Query 2218 AGCTGGATAGAGATAAAGGGTAGAGTTAACATCTTTGTAGCTGGAGATAGTTCAAACCCG 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2238 AGCTGGATAGAGATAAAGGGTAGAGTTAACATCTTTGTTGCTGGAGATAGTTCAAATCCA 2297
Query 2278 GAAACTGAAAACATTGAAGCTTTTTTGAGAAAGGTAAGAGCTAGAATGATAGAAGAAGGA 2337
||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 GAAACCGAAAAGATTGAAGCTTTCTTGAGGGGGGTAAGAGCTAGAATGATAGAAGAAGGG 2357
Query 2338 TATTCACCACTGACGAAATACGCTTTGATCGATGCGGAAGAGATGGAAAAGGAAGAAGCT 2397
||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2358 TATTCGCCGCTGACTAAATACGCTTTAATCGATGCGGAAGAGATGGAAAAAGAAGAAGCT 2417
Query 2398 TTATGTGGTCATAGTGAGAAATTAGCAATGGCTTT-GGGAATCATAAGCTCTGGACATGG 2456
|| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || ||||||||||||||
Sbjct 2418 TTGTGTGGTCATAGTGAGAAATTAGCAATGGCTCTAGGGATT-ATTAGCTCTGGACATGG 2476
Query 2457 AAAGATCATAAGAGTTACAAAGAATCTAAGAGTTTGTGGAGATTGTCATGAAATGGCCAA 2516
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 AAAGATCATTAGAGTTACCAAGAATCTAAGAGTTTGTGGAGATTGTCATGAAATGGCCAA 2536
Query 2517 GTTCATGTCTAAGTTAACCAGAAGAGAGATTGTCCTAAGAGATTCAAACCGGTTTCACCA 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2537 GTTCATGTCTAAGTTAACCAGAAGAGAGATTGTCCTAAGAGATTCAAACCGGTTTCACCA 2596
Query 2577 ATTTAAAGATGGACATTGTTCTTGCAGAGGTTTCTGGTGAACATTGAACTGTTTCATGTA 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2597 ATTTAAAGATGGACATTGTTCTTGCAGAGGTTTTTGGTGAACATTGAACTGTTTCATGTA 2656
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102653210275
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5