BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G18840.1
Length=1638
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946306 jgi|Araly1|946306|scaffold_702535.1 2390 0.0
> Ahg946306 jgi|Araly1|946306|scaffold_702535.1
Length=1649
Score = 2390 bits (1294), Expect = 0.0
Identities = 1483/1574 (94%), Gaps = 13/1574 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 73 CAGAAAGAGAATTTGaaaaaaaTGAGTGTTTGTTCAT---CAACTCCAGTACCGATTCTC 129
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 CAGAAAGAGAA-TTGAAAAAAATGAGTGCTTGTTCATCAACAACTCCAGTACCGATTCTG 59
Query 130 TCATTCACAGAGAGAGCTAAATCTCTGACGGAGATTCAACAAGCTCACGCCTTTATGCTC 189
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TCATTCACAGAGAGAGCTAAATCTCTGTTGGAGATTCAACAAGCTCACGCCTTTATGCTC 119
Query 190 AAAACCGGTCTTTTTCATGACACGTTTTCCGCGAGCAAGCTTGTTGCTTTTGCTGCAACA 249
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 120 AAAACCGGTCTTTTTCACGACACGTTTTCTGCGAGCAAGCTTGTTGCCTTCGCTGCAACA 179
Query 250 AACCCAGAACCCAAAACAGTCTCTTACGCTCACTCTATTCTCAATCGCATTGGGAGCCCT 309
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||
Sbjct 180 AACCCAGAACCCAAAACTGTCTCTTACGCTCACTCTATTCTCAATCGAATCGAGAGCCCT 239
Query 310 AATGGGTTCACTCACAATTCCGTCATCAGGGCTTATGCTAATAGCTCTACTCCTGAGGTT 369
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 240 AATGGGTTCACTCACAATTCCGTTATCAGAGCTTATGCGAATAGCTCTACTCCTGAGATT 299
Query 370 GCCTTAACCGTGTTTCGTGAAATGCTTCTTGGTCCTGTTTTTCCTGATAAGTACAGCTTC 429
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 300 GCTTTAACCGTGTTTCGTGAAATGCTTCTTGGTCCTGTGTTTCCCGATAAGTATAGCTTC 359
Query 430 ACGTTTGTGTTGAAAGCTTGTGCTGCGTTTTGTGGGTTTGAAGAAGGAAGGCAAATTCAC 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACGTTTGTGTTGAAAGCTTGTGCTGCGTTTTGTGGGTTTGAAGAAGGAAGGCAAATTCAC 419
Query 490 GGTCTTTTTATCAAGAGTGGTTTGGTGACTGATGTGTTTGTTGAGAATACTTTGGTTAAT 549
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGTCTTTTTATGAAGAGTGATTTGGTGACTGATGTGTTTGTGGAGAATACTTTGGTTAAT 479
Query 550 GTTTATGGACGAAGCGGTTACTTTGAGATTGCACGTAAAGTGCTCGATAGAATGCCTGTG 609
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTTTATGGAAGATGCGGTTACTTTGAGATTGCACGTAAAGTGCTCGATAGAATGCCTGTG 539
Query 610 AGAGATGCTGTTTCTTGGAATTCGTTGTTGAGTGCTTATCTTGAGAAAGGTTTAGTGGAT 669
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 540 AGAGATGCTGTTTCTTGGAATTCGTTGTTGAGTGCTTATCTTGATAAGGGTTTGGTGGAA 599
Query 670 GAAGCTCGTGCGTTGTTTGATGAGATGGAGGAACGGAATGTGGAGTCTTGGAATTTTATG 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GAAGCTCGTGCGTTGTTTGATGAGATGGAGGAACGGAATGTGGAGTCTTGGAATTTTATG 659
Query 730 ATTTCGGGTTATGCGGCTGCGGGGTTGGTTAAGGAAGCCAAGGAGGTTTTCGATTCTATG 789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATTTCGGGTTATGCGGCTGCGGGGTTGGTTAAGGAAGCGAAAGAGGTTTTCGATTCTATG 719
Query 790 CCGGTTAGAGATGTGGTTTCTTGGAACGCTATGGTGACTGCTTATGCACATGTGGGTTGT 849
||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CCGGTGAAAGATGTGGTTTCTTGGAATGCTATGGTGACTGCTTATGCACATGTGGGTTGC 779
Query 850 TACAACGAGGTTTTAGAGGTTTTTAATAAGATGCTGGATGATTCCA-CAGAGAAACCAGA 908
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||
Sbjct 780 TACAACGAGGTTTTAGAGGTTTTCAATAAGATGCTGGATGATTC-AGCAGAGAGACCAGA 838
Query 909 TGGTTTTACTCTTGTTAGTGTTTTATCTGCTTGTGCTAGTCTTGGATCTTTGAGTCAAGG 968
||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 839 TGGTTTTACTCTTGTTAATGTTTTATCTGCGTGTGCTAGTCTTGGATCCTTGAGTCAAGG 898
Query 969 TGAGTGGGTACATGTTTACATAGACAAGCATGGGATTGAGATTGAAGGGTTTTTGGCTAC 1028
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 899 TGAGTGGGTACATGTTTACATAGACAAGCATGGGATTGAGATTGAAGGGTTTGTGGCAAC 958
Query 1029 AGCTCTTGTGGATATGTATTCGAAGTGTGGGAAAATTGACAAGGCTCTTGAAGTGTTTAG 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGCTCTTGTGGATATGTATTCGAAGTGTGGGAAAATTGATAAGGCTCTTGAAGTGTTTAG 1018
Query 1089 AGCTACTTCAAAGAGAGATGTCAGTACATGGAACTCGATAATCTCGGATTTGAGTGTTCA 1148
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||
Sbjct 1019 AGCTACTTCAAAGACAGATGTCAGTACATGGAACTCGATAATCACGGGTTTGAGCGTCCA 1078
Query 1149 CGGTCTTGGAAAAGATGCTTTAGAGATCTTCTCGGAGATGGTGTATGAAGGTTTTAAACC 1208
|||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1079 CGGTCTTGGAAAAGATTCTTTAGAGATCTTCTCAGAGATGGTATATGAAGGTTTTAAACC 1138
Query 1209 AAATGGTATCACATTTATTGGTGTTCTGTCGGCCTGTAATCATGTGGGTATGTTAGACCA 1268
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1139 AAATGGTATCACATTTATTGGTGTTTTGTCGGCCTGCAATCATGTGGGTTTGTTAGACCA 1198
Query 1269 AGCTCGCAAACTTTTTGAAATGATGAGTAGTGTTTACAGGG-TTGAACCTACTATTGAAC 1327
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||| || ||||||||||
Sbjct 1199 AGCTCGCAAACTTTTTGAAATGATGAATAGTGTGTAC-GGGATTGAGCCAACTATTGAAC 1257
Query 1328 ACTATGGTTGTATGGTGGATTTGCTTGGTCGGATGGGAAAAATTGAGGAAGCAGAAGAAC 1387
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1258 ACTATGGTTGTATGGTCGATTTGCTTGGTCGGATGGGAAAATTTGAGGAAGCAGAAGAAC 1317
Query 1388 TTGTGAACGAGATTCCAGCAGATGAGGCTTCCATTTTACTAGAATCTCTTCTTGGTGCCT 1447
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TTGTGAACGAGGTTCCAGCAGATGAGGCTTCCATTTTACTAGAATCTCTTCTTGGTGCCT 1377
Query 1448 GTAAGAGGTTTGGACAATTGGAACAAGCAGAGCGTATAGCGAATCGGTTACTGGAATTGA 1507
|||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1378 GTAAAAGGTTTGGAAAACTGGAACAAGCAGAGCGTATAGCAAATCGGTTACTGGAGTTGA 1437
Query 1508 ATCTACGTGATAGTTCAGGTTATGCTCAGATGTCAAATTTGTATGCCTCAGATGGAAGGT 1567
||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| || |
Sbjct 1438 ATCCACGTGAGAGTTCAGGTTATGTTCAGATGTCAAACTTGTATGCCTCTCATGGTAGAT 1497
Query 1568 GGGA-GAAGGTTATAGACGGT-AGAAGAAACATGAGAGCAGAAAGAGTAAACA-GAAGCC 1624
|||| || |||||| || ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1498 GGGATGA-GGTTATGGA-GGTGAGAGGAAAGATGAGAGCAGAAAGAGTAAAGAAGAAGCC 1555
Query 1625 TGGATGTAGCATGA 1638
||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGATGTAGCATGA 1569
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61401474940
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5