BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G18840.1 Length=1638 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg946306 jgi|Araly1|946306|scaffold_702535.1 2390 0.0 > Ahg946306 jgi|Araly1|946306|scaffold_702535.1 Length=1649 Score = 2390 bits (1294), Expect = 0.0 Identities = 1483/1574 (94%), Gaps = 13/1574 (1%) Strand=Plus/Plus Query 73 CAGAAAGAGAATTTGaaaaaaaTGAGTGTTTGTTCAT---CAACTCCAGTACCGATTCTC 129 ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1 CAGAAAGAGAA-TTGAAAAAAATGAGTGCTTGTTCATCAACAACTCCAGTACCGATTCTG 59 Query 130 TCATTCACAGAGAGAGCTAAATCTCTGACGGAGATTCAACAAGCTCACGCCTTTATGCTC 189 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 TCATTCACAGAGAGAGCTAAATCTCTGTTGGAGATTCAACAAGCTCACGCCTTTATGCTC 119 Query 190 AAAACCGGTCTTTTTCATGACACGTTTTCCGCGAGCAAGCTTGTTGCTTTTGCTGCAACA 249 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 120 AAAACCGGTCTTTTTCACGACACGTTTTCTGCGAGCAAGCTTGTTGCCTTCGCTGCAACA 179 Query 250 AACCCAGAACCCAAAACAGTCTCTTACGCTCACTCTATTCTCAATCGCATTGGGAGCCCT 309 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| Sbjct 180 AACCCAGAACCCAAAACTGTCTCTTACGCTCACTCTATTCTCAATCGAATCGAGAGCCCT 239 Query 310 AATGGGTTCACTCACAATTCCGTCATCAGGGCTTATGCTAATAGCTCTACTCCTGAGGTT 369 ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 240 AATGGGTTCACTCACAATTCCGTTATCAGAGCTTATGCGAATAGCTCTACTCCTGAGATT 299 Query 370 GCCTTAACCGTGTTTCGTGAAATGCTTCTTGGTCCTGTTTTTCCTGATAAGTACAGCTTC 429 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| Sbjct 300 GCTTTAACCGTGTTTCGTGAAATGCTTCTTGGTCCTGTGTTTCCCGATAAGTATAGCTTC 359 Query 430 ACGTTTGTGTTGAAAGCTTGTGCTGCGTTTTGTGGGTTTGAAGAAGGAAGGCAAATTCAC 489 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 ACGTTTGTGTTGAAAGCTTGTGCTGCGTTTTGTGGGTTTGAAGAAGGAAGGCAAATTCAC 419 Query 490 GGTCTTTTTATCAAGAGTGGTTTGGTGACTGATGTGTTTGTTGAGAATACTTTGGTTAAT 549 ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 420 GGTCTTTTTATGAAGAGTGATTTGGTGACTGATGTGTTTGTGGAGAATACTTTGGTTAAT 479 Query 550 GTTTATGGACGAAGCGGTTACTTTGAGATTGCACGTAAAGTGCTCGATAGAATGCCTGTG 609 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GTTTATGGAAGATGCGGTTACTTTGAGATTGCACGTAAAGTGCTCGATAGAATGCCTGTG 539 Query 610 AGAGATGCTGTTTCTTGGAATTCGTTGTTGAGTGCTTATCTTGAGAAAGGTTTAGTGGAT 669 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| Sbjct 540 AGAGATGCTGTTTCTTGGAATTCGTTGTTGAGTGCTTATCTTGATAAGGGTTTGGTGGAA 599 Query 670 GAAGCTCGTGCGTTGTTTGATGAGATGGAGGAACGGAATGTGGAGTCTTGGAATTTTATG 729 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GAAGCTCGTGCGTTGTTTGATGAGATGGAGGAACGGAATGTGGAGTCTTGGAATTTTATG 659 Query 730 ATTTCGGGTTATGCGGCTGCGGGGTTGGTTAAGGAAGCCAAGGAGGTTTTCGATTCTATG 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 660 ATTTCGGGTTATGCGGCTGCGGGGTTGGTTAAGGAAGCGAAAGAGGTTTTCGATTCTATG 719 Query 790 CCGGTTAGAGATGTGGTTTCTTGGAACGCTATGGTGACTGCTTATGCACATGTGGGTTGT 849 ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 CCGGTGAAAGATGTGGTTTCTTGGAATGCTATGGTGACTGCTTATGCACATGTGGGTTGC 779 Query 850 TACAACGAGGTTTTAGAGGTTTTTAATAAGATGCTGGATGATTCCA-CAGAGAAACCAGA 908 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||| Sbjct 780 TACAACGAGGTTTTAGAGGTTTTCAATAAGATGCTGGATGATTC-AGCAGAGAGACCAGA 838 Query 909 TGGTTTTACTCTTGTTAGTGTTTTATCTGCTTGTGCTAGTCTTGGATCTTTGAGTCAAGG 968 ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 839 TGGTTTTACTCTTGTTAATGTTTTATCTGCGTGTGCTAGTCTTGGATCCTTGAGTCAAGG 898 Query 969 TGAGTGGGTACATGTTTACATAGACAAGCATGGGATTGAGATTGAAGGGTTTTTGGCTAC 1028 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 899 TGAGTGGGTACATGTTTACATAGACAAGCATGGGATTGAGATTGAAGGGTTTGTGGCAAC 958 Query 1029 AGCTCTTGTGGATATGTATTCGAAGTGTGGGAAAATTGACAAGGCTCTTGAAGTGTTTAG 1088 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 959 AGCTCTTGTGGATATGTATTCGAAGTGTGGGAAAATTGATAAGGCTCTTGAAGTGTTTAG 1018 Query 1089 AGCTACTTCAAAGAGAGATGTCAGTACATGGAACTCGATAATCTCGGATTTGAGTGTTCA 1148 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || || Sbjct 1019 AGCTACTTCAAAGACAGATGTCAGTACATGGAACTCGATAATCACGGGTTTGAGCGTCCA 1078 Query 1149 CGGTCTTGGAAAAGATGCTTTAGAGATCTTCTCGGAGATGGTGTATGAAGGTTTTAAACC 1208 |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1079 CGGTCTTGGAAAAGATTCTTTAGAGATCTTCTCAGAGATGGTATATGAAGGTTTTAAACC 1138 Query 1209 AAATGGTATCACATTTATTGGTGTTCTGTCGGCCTGTAATCATGTGGGTATGTTAGACCA 1268 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1139 AAATGGTATCACATTTATTGGTGTTTTGTCGGCCTGCAATCATGTGGGTTTGTTAGACCA 1198 Query 1269 AGCTCGCAAACTTTTTGAAATGATGAGTAGTGTTTACAGGG-TTGAACCTACTATTGAAC 1327 |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||| || |||||||||| Sbjct 1199 AGCTCGCAAACTTTTTGAAATGATGAATAGTGTGTAC-GGGATTGAGCCAACTATTGAAC 1257 Query 1328 ACTATGGTTGTATGGTGGATTTGCTTGGTCGGATGGGAAAAATTGAGGAAGCAGAAGAAC 1387 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1258 ACTATGGTTGTATGGTCGATTTGCTTGGTCGGATGGGAAAATTTGAGGAAGCAGAAGAAC 1317 Query 1388 TTGTGAACGAGATTCCAGCAGATGAGGCTTCCATTTTACTAGAATCTCTTCTTGGTGCCT 1447 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 TTGTGAACGAGGTTCCAGCAGATGAGGCTTCCATTTTACTAGAATCTCTTCTTGGTGCCT 1377 Query 1448 GTAAGAGGTTTGGACAATTGGAACAAGCAGAGCGTATAGCGAATCGGTTACTGGAATTGA 1507 |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1378 GTAAAAGGTTTGGAAAACTGGAACAAGCAGAGCGTATAGCAAATCGGTTACTGGAGTTGA 1437 Query 1508 ATCTACGTGATAGTTCAGGTTATGCTCAGATGTCAAATTTGTATGCCTCAGATGGAAGGT 1567 ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| || | Sbjct 1438 ATCCACGTGAGAGTTCAGGTTATGTTCAGATGTCAAACTTGTATGCCTCTCATGGTAGAT 1497 Query 1568 GGGA-GAAGGTTATAGACGGT-AGAAGAAACATGAGAGCAGAAAGAGTAAACA-GAAGCC 1624 |||| || |||||| || ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1498 GGGATGA-GGTTATGGA-GGTGAGAGGAAAGATGAGAGCAGAAAGAGTAAAGAAGAAGCC 1555 Query 1625 TGGATGTAGCATGA 1638 |||||||||||||| Sbjct 1556 TGGATGTAGCATGA 1569 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 61401474940 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5