BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G19020.1
Length=4161
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492954 jgi|Araly1|492954|fgenesh2_kg.7__2387__AT4G19020.1 5443 0.0
> Ahg492954 jgi|Araly1|492954|fgenesh2_kg.7__2387__AT4G19020.1
Length=3764
Score = 5443 bits (2947), Expect = 0.0
Identities = 3349/3542 (95%), Gaps = 32/3542 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 374 AAGGGGGAGTTTCGCAGAGGAAGTTCTCTCGTGGTAAGTCACAGCCGCTGCTTACT-TTG 432
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| | ||
Sbjct 230 AAGGTGGAGTTTCGCAGAGGAAGTCCTCTCGTGGTAAGACGCAGCCGCTGCTTA-TGCTG 288
Query 433 ACGAACGGTTGTCAGCTTCGGAGGTCGCCGAGATTTAGGGCGGTGGATGGAAATTTTGAC 492
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||| |||
Sbjct 289 ACGAACGGTTGTCAGCTTCGGAGGTCGCTGAGATTTAGGCCTGTGGATGCAAATTTCGAC 348
Query 493 AGTGTATGCTCGGTTCCGGTGACTGGAAAGTTTGGGTCGAGGAAGAGAAAGAGTAATAGT 552
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 AGTGTATGCTCGGTTCCGGTCACCGGAAAGTTTGGGTCGAGGAAGAGAAAGAGTAATAGT 408
Query 553 GCTCTCGATAAGAAGGAAAGCTCAGATTCTGAGGGACTGACATTCAAAGATATAGCTGTA 612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 409 GCTCTCGATAAGAAGGAAAGCTCAGATTCTGAGGGATTGACATTCAAAGAAATAGCTGTA 468
Query 613 ATTGCCAAGAGCCTGGAGATGGAAATAATTTCCGAGTGCCAATATAAGAACAACGTTGCT 672
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 469 ATTGCCAAGAGCCTGGAGATGGAAATCATTTCCGAGTGCCAATATAAGAACAGCGTTGCT 528
Query 673 GAAGGTAGATCAAGATTGCAAGATCCAGCCAAGAGGAAAGTTGATAGTGATACATTATTA 732
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||
Sbjct 529 GAAGGTAGATCAAGATTGCAAGATTCAGCCAAGAGGAATGTTGACAGTGATTCATTATTA 588
Query 733 TATTCAAGCATCAATAGTTCTAAACAGAGTCTCGGAAGCAATAAACGAATGAGGAGATCT 792
| |||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 TCTTCACGCATCAATAGTTCTAAACAGAGTCTAGGCAGCAATAAACGAATGAGGAGATCT 648
Query 793 CAAAGATTCATGAAGGGAACGGAGAATGAGGGAGAAGAAAATCTAGGCAAGTCTAAAGGA 852
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 649 CCAAGATTCATGAAGGGAACAGAGAATGAGGGAGAAGAAAATCTAGGCAATTCTAAA-AA 707
Query 853 A-AAGGGATGTCTCTGGCATCT---TGCTCATTTC-GAAGATCTACAAGGCTATCTGGAA 907
| |||||| ||||||||||||| || || ||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 708 ACAAGGGAAGTCTCTGGCATCTGGGAGCCCA-TTCAGAAGATCTCCAAGGCTATCTGGAA 766
Query 908 CTGTGGAAACTGGCAACACAGAAACTTTGAACAGAAGAAAAGATTGTGGCCCGGCATTAT 967
||| |||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||
Sbjct 767 TTGTTGAAATTGGCCACACAGAAACTTTGAACTCAATAAAAGATTGTAGCCCAGCATTAT 826
Query 968 GTGGTGCAGAACAGGTGAGGGGAACTGAGAGGCTGGTGCAAATTAGTAAGAAGGATCACT 1027
||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||
Sbjct 827 GTGGTGCGGAACAGGTGAGAGGAACTGAGAAGCTGGTGCAAATTAGTGAGAATGATAACT 886
Query 1028 GTTGTGAGGCTATGAAGAAATGTGAAGGTGATGGCCTAGTTTCATCCAAGCAAGAGCTAT 1087
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 GTTGTGCGGCTATAAAGAAATGTGAAGGTGATGGCCTAGTTTCATCCAAGCAAGAGCTAT 946
Query 1088 TAGTTTTTCCTTCGGGTTGCATCAAGAAAACTGTAAATGGTTGTAGGGACAGAACGTTAG 1147
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TAGTTTTTTCTTCGGGTTGCTTCAAGAAAACTCTAAATGGTTGTAGGGACAGAACGTTAG 1006
Query 1148 GAAAACCCAGATCTTCTGGCCTAAATACGGATGATATTCACACTAGCTCTTTGAAAATTA 1207
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1007 GAAAACCCAGATCTTCTGACCTAAATGCGGATGATATTCAAACTAGCTCTTTGAAAATTA 1066
Query 1208 GCAAAAATGATACTAGTAATGGATTAACTATGACGACTGCGTTAGTGGAGCAAGATGCAA 1267
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1067 GCAAAAATGTTACTAGTAATGGATTAACTATGATGACCGCGTTAGTGGAGCAAGAAGCAA 1126
Query 1268 TGGAGTCTTTACTTCAGGGTAAAACTAGTGCTTGTGGTGCTGCTGATAAGGGAAAAACTC 1327
||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1127 TGGAGTCATTACTTCAGGGTGAGACTAGTGCTTGTGGTGCTGCTGATAAGGGAACAACTA 1186
Query 1328 GGGAAATGCATGTAAATTCTACTGTGATCTATCTCTCTGACAGCGATGAACCGTCTTCTA 1387
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1187 GGGAGATGCATGTAAATTCTACTGTGATCTATCTCTCTGACACCGATGAACCGTCTTCTA 1246
Query 1388 TTG---A-----ATAT------TT-AAATGGAGATAATTTGACACAAGTCGAAAGTGGAT 1432
||| | |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1247 TTGAATATGTGTATATGAAAAGTTCAAATGGAGATAATTTGACACAAATCGAAAGTGGAA 1306
Query 1433 CTGCCCTCTCCTCTGGGGGTAATGAGGGAATCGTTTCACTGGATCTGAATAATCCAACGA 1492
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||
Sbjct 1307 CTACCCTCTCCTCTGGGGGGAATGAGGGAATCGTTTCATTAGATCTGCATAGTCCAACGA 1366
Query 1493 AATCAACCAAGAGAAAGGGTAAACGGGTAACCCGGACTGCTGTCCAAGAGCAGAACAAAC 1552
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 AATCAACCAAGAGAAAGGGTAAAAGGGTAACCCGGACTGCTGTCCAAGAGCAGAACAAAC 1426
Query 1553 GTAGTATCTGTTTTTTCATTGGAGAGCCACTTTCTTGCGAGGAGGCTCAAGAAAGATGGC 1612
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 GTAGTATCTGTTTTTTCATTGGAGAGCCAATTTCTTGCGAGGAGGCTCAAGAAAGATGGC 1486
Query 1613 GCTGGAGATATGAACTTAAGGAACGCAAATCTAAGAGTAGAGGCCAACAATCAGAGGATG 1672
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 GCTGGAGATATGATCTCAAGGAACGCAAATCTAAGAGTAGAGGCCAACAATCAGAGGATG 1546
Query 1673 ACGAAGACAAGATTGTTGCAAATGTAGAATGCCATTATTCGCAAGCAAAAGTCGACGGTC 1732
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 ACGAAGACAAGATTGTTGCAAATGTGGAATGCCATTATTTGCAAGCAAAAGTCGACGGTC 1606
Query 1733 ACACCTTTAGCCTTGGAGACTTTGCCTACATAAAGGGTGAAGAAGAAGAAACCCATGTTG 1792
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1607 ACACCTTTAGCCTTGGAGACTTTGCCTGCATAAAGGGTGAAGAAGAAGAGACCCATGTTG 1666
Query 1793 GCCAGATAGTAGAGTTTTTTAAGACAACAGATGGAGAAAGCTACTTCCGAGTTCAGTGGT 1852
|| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 GCAAGATACTAGAGTTTTTCAAGACAACAGATGAAGAAAGCTACTTCCGAGTTCAGTGGT 1726
Query 1853 TTTACAGAGCAACGGATACAATAATGGAACGGCAGGCTACTAATCATGACAAAAGGCGTC 1912
|||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1727 TTTACAGAGCAACGGATACAGTGATGAAACAGCAGGCTACTAATCATGACAAAAAGCGTC 1786
Query 1913 TCTTCTATTCTACCGTAATGAATGACAATCCAGTAGATTGTCTTATTTCTAAAGTTACTG 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TCTTCTATTCTACCGTAATGAATGACAATCCAGTAGATTGTCTTATTTCTAAAGTTACTG 1846
Query 1973 TTTTACAAGTTTCACCTAGGGTCGGATTGAAGCCCAATTCTATAAAATCTGACTACTATT 2032
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 TTTTACAAGTTTCACCTAGGGCCGGATTGAAGCCCAATTCTATAAAATCTGACTACTATT 1906
Query 2033 TTGATATGGAGTATTGTGTGGAGTATTCAACATTTCAAACCTTGAGAAATCCTAAAACGT 2092
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1907 TTGATATGGAGTATTGCGTGGAGTATTCAACATTTCAAACCTTGAAAAATCCTAAATTGT 1966
Query 2093 CCGAAAACAAGCTTGAGTGTTGTGCCGATGTGGTACCTACAGAATCCACTGAATCTATTT 2152
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1967 CCGAAAACAAGCTTGAGTGTTGCGCTGATGTGGTACCTACAGAATCCACTGAGTCTATTT 2026
Query 2153 TGAAAAAGAAAAGTTTTAGCGGAGAGCTTCCTGTGCTTGATCTTTACAGTGGTTGTGGTG 2212
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 TGAAAAAGAAAATTTTTAGCGGAGAGCTTCCTGTGCTTGATCTTTACAGTGGTTGTGGTG 2086
Query 2213 GAATGTCAACTGGGTTAAGTCTTGGAGCCAAAATATCTGGTGTTGATGTCGTGACGAAAT 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 GAATGTCAACTGGGTTAAGTCTTGGAGCCAAAATATCTGGTGTTGATGTCGTGACGAAAT 2146
Query 2273 GGGCTGTGGACCAGAATACGGCTGCCTGTAAGAGCTTGAAATTGAACCATCCAAACACGC 2332
||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2147 GGGCTGTTGACCAGAATATGGCTGCCTGTGAGAGCTTGAAATTGAACCATCCAAATACAC 2206
Query 2333 AGGTTAGGAATGATGCTGCTGGAGACTTCCTCCAACTTTTGAAGGAATGGGATAAATTAT 2392
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2207 AGGTTAGGAATGATGCTGCTGGAGACTTCCTTCAACTTTTGAAGGAGTGGGATAAATTAT 2266
Query 2393 GCAAGCGATATGTGTTTAATAATGATCAGAGAACTGATACATTAAGATCCGTAAATTCAA 2452
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2267 GCAAGCGCTATGTGTTTAATAATGATCAGAGAACTGATACATTAAGATCCGTAAATTCTA 2326
Query 2453 CT-AAAGAAACTAGTGGAAGCAGCTCTTCTAGTGATGATGATTCAGATTCTGAGGAGTAC 2511
| |||||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 -TAAAAGAAACCAGTGAAAGTAGCTCTTCTAGAGACGATGATTCAGATTCTGAGGAGTAC 2385
Query 2512 GAAGTGGAAAAGCTAGTTGATATATGCTTTGGTGATCATGACAAGACAGGAAAAAATGGC 2571
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 GAAGTGGAAAAGCTGGTTGATATATGCTTTGGTGATCCTGACAAGACAGGAAAAAATGGC 2445
Query 2572 CTGAAGTTTAAGGTGCACTGGAAAGGATACAGAAGCGACGAAGATACATGGGAACTAGCA 2631
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 CTGAAGTTTAAGGTGCACTGGAAAGGATACACAAGCGACGAAGATACATGGGAACTAGCA 2505
Query 2632 GAGGAATTGAGTAACTGTCAAGATGCCATTCGGGAGTTTGTAACTAGTGGATTTAAGTCC 2691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 GAGGAATTGAGTAACTGTCAAGATGCCATTCGGGAGTTTGTAACTAGTGGATTTAAGTCC 2565
Query 2692 AAGATCTTGCCACTTCCTGGTCGTGTTGGTGTGATATGTGGGGGACCTCCATGCCAAGGA 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2566 AAGATCTTGCCACTTCCTGGTCGTGTTGGTGTGATATGTGGGGGACCTCCATGCCAAGGA 2625
Query 2752 ATTAGTGGCTATAACCGGC-ACAGGAATGTTGATTCTCCATTGAATGATGAAAGGAATCA 2810
||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 ATTAGTGGCTATAACCG-CTATAGGAATGTTGATTCTCCGTTGAATGATGAAAGGAATCA 2684
Query 2811 GCAAATTATAGTTTTTATGGACATAGTGGAGTATCTGAAACCCTCATATGTGTTGATGGA 2870
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 GCAAATTATAGTTTTCATGGACATAGTGGAGTATCTGAAACCCTCATATGTGTTGATGGA 2744
Query 2871 AAATGTTGTTGATATTCTGCGTATGGACAAAGGTTCTCTTGGGCGATACGCTTTGAGCCG 2930
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 AAATGTTGTTGATATTCTGCGTTTGGACAAAGGTTCTCTTGGGCGATACGCTTTGAGCCG 2804
Query 2931 TCTTGTGAACATGAGATACCAAGCAAGGTTAGGTATCATGACAGCTGGTTGCTATGGTCT 2990
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 TCTTGTGAACATGAGATATCAAGCAAGGTTAGGTATCATGACAGCTGGTTGCTATGGTCT 2864
Query 2991 TTCCCAATTTCGATCCAGAGTTTTCATGTGGGGAGCTGTTCCAAACAAGAACCTACCTCC 3050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 TTCCCAATTTCGATCCAGAGTTTTCATGTGGGGAGCTGTTCCAAACAAGAACCTACCTCC 2924
Query 3051 GTTTCCGCTTCCAACGCATGATGTTATTGTCAGATATGGGCTTCCACTTGAGTTCGAGAG 3110
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2925 GTTTCCGCTTCCAACCCATGATGTTATTGTCAGATATGGGCTTCCACTTGAGTTCGAGCG 2984
Query 3111 GAATGTAGTTGCTTATGCTGAAGGCCAACCCAGAAAACTTGAAAAAGCTCTTGTTCTAAA 3170
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2985 GAATGTAGTTGCTTATGATGAAGGCCAACCCAGGAAACTTGAGAAAGCTCTTGTTCTAAA 3044
Query 3171 AGATGCGATATCAGATCTTCCTCATGTATCAAACGATGAAGACCGGGAGAAATTGCCTTA 3230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 3045 AGATGCGATATCAGATCTTCCTCATGTATCAAACGACGAAGAACGGGAGAAGTTGCCTTA 3104
Query 3231 TGAAAGTCTCCCAAAAACAGATTTTCAGAGGTACATTAGATCAACCAAACGTGATTTGAC 3290
|||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 3105 TGAAAGTCTCCCCGAGACAGATTTTCAGAGATACATTAGATCAACCAAATGCGATTTGAC 3164
Query 3291 AGGCTCTGCAATTGATAACTGTAACAAAAG-AACAATGCTACTGCATGATCACAGGCCGT 3349
||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3165 AGGCTCTGCAACTGATAACTCTAACAAAAGGAA-AATGCTACTGCATGATCACAGGCCGT 3223
Query 3350 TCCATATAAATGAAGACGACTATGCCCGAGTTTGCCAAATCCCCAAGAGGAAGGGAGCTA 3409
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3224 TCCATATAAATGAAGATGATTATGCCCGAGTTTGCCAAATCCCAAAGAGGAAGGGAGCTA 3283
Query 3410 ATTTCAGGGATCTTCCGGGGTTAATCGTCAGAAACAATACAGTATGTCGTGATCCATCAA 3469
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 3284 ATTTCAGGGATCTTCCAGGGTTAATCGTCAGAAACAATACAGTCTGTCGTGACCCATCAA 3343
Query 3470 TGGAACCGGTTATTCTGCCATCAGGAAAGCCTTTGGTACCAGGATACGTCTTTACTTTTC 3529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3344 TGGAACCGGTTATTCTGCCATCAGGAAAGCCTTTGGTACCAGGATACGTCTTTAATTTTC 3403
Query 3530 AGCAAGGGAAATCTAAAAGACCGTTTGCTCGTCTTTGGTGGGATGAAACTGTTCCAACCG 3589
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 3404 AGCAAGGGAAATCTAAAAGACCGTTTGCCCGTCTTTGGTGGGACGAAACAGTTCCAACTG 3463
Query 3590 TTCTAACAGTCCCAA-CATGCCACAGTCAGGCGTTATTGCATCCTGAGCAAGATCGAGTG 3648
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 3464 TTCTAACAGTCCCAAAC-TGCCACAGTCAGGCGTTATTGCATCCCGAGCAAGATCGAATG 3522
Query 3649 CTAACCATAAGAGAATCTGCACGGCTTCAAGGTTTCCCTGATTACTTCCAGTTCTGTGGA 3708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3523 CTAACCATAAGAGAATCTGCACGGCTTCAAGGTTTCCCTGATTACTTCCAGTTTTGTGGA 3582
Query 3709 ACCATTAAAGAAAGGTATTGTCAGATTGGAAATGCAGTGGCAGTCTCGGTTTCTCGTGCT 3768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3583 ACCATTAAAGAAAGGTATTGTCAGATTGGAAATGCAGTGGCAGTCTCGGTTTCTCGTGCT 3642
Query 3769 TTAGGTTATTCGCTTGGTATGGCTTTTCGTGGTCTAGCCCGCGACGAGCATCTTATAAAA 3828
||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 3643 TTAGGGTATTCTCTTGGTATGGCATTTCTTGGTCTAGCCAGCGACGAGCATCTGATAAAA 3702
Query 3829 CTTCCCCAAAACTTTTCGCATTCAACTTACCCTCAGCTTCAAGAAACCATTCCTCATTGA 3888
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3703 CTTCCCCAAAACTTTTCTCATTCAACTTACCCTCAGCTTCGAGAAACCATTCCTCATTAA 3762
Query 3889 AG 3890
||
Sbjct 3763 AG 3764
Score = 483 bits (261), Expect = 6e-135
Identities = 338/375 (90%), Gaps = 6/375 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTATCGCCGGCCAAATGTGAGTCAGAAGAGGCTCAAGCTCCATTGGATCTCCATTCT 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1 ATGTTATCGCCGGCGAAATGTGAGTCAGAAGAAGCTCAAGCTCCATTAGATCTTCATTCT 60
Query 61 TCTTCTAGATCTGAACCGGAATGTCTCTCTCTTGTCCTCTGGTGT-CCCAATCCTGAAGA 119
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||| |||||
Sbjct 61 TCTTCTAGATCTGAACCGGAATGCCTCTCTCTCGTCCTCTGGT-TACCCAATCCCGAAGA 119
Query 120 AGCTGCTCCGTCCTCTACTAGAGAACTCATAAAGCTCCCCGACAACGGAGAGATGAGTTT 179
|||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 120 CGCTGCTCCTTCGTCTAGTAGAGAACTCACGAAGCTCCCCGACGACGGAGAGATGAGATT 179
Query 180 GAGGAGATCCACGACGCTTAATTGTAATTCGCCTGAAGAGAACGGAGGAGAAGG-GAGAG 238
||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||| | |||
Sbjct 180 GAGGAGATCTGCGAGGCTTAAATGTAATTCGCCTGTAGATAATGGAGGAGAAGGTG-GAG 238
Query 239 TTTCGCAGAGGAAGTCATCTCGTGGTAAGTCACAGCCGCTGCTTATGTTGACGAACGGTT 298
|||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 239 TTTCGCAGAGGAAGTCCTCTCGTGGTAAGACGCAGCCGCTGCTTATGCTGACGAACGGTT 298
Query 299 GTCAGCTTCGGAGGTCGCCGAGATTTAGGGCCC-TGCATGCAAATTTCGACAATGTATGC 357
|||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 299 GTCAGCTTCGGAGGTCGCTGAGATTTAGG-CCTGTGGATGCAAATTTCGACAGTGTATGC 357
Query 358 TCGGTTCCGGTTACC 372
||||||||||| |||
Sbjct 358 TCGGTTCCGGTCACC 372
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157330006782
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5