BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G19440.1
Length=3329
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492917 jgi|Araly1|492917|fgenesh2_kg.7__2350__AT4G19440.1 4813 0.0
> Ahg492917 jgi|Araly1|492917|fgenesh2_kg.7__2350__AT4G19440.1
Length=3238
Score = 4813 bits (2606), Expect = 0.0
Identities = 3032/3234 (94%), Gaps = 43/3234 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGCGGCTCTTCTCTATTTCCCTAAAATCTCTTCGCAAATGACTTCCTCACATTTCATCTC 60
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 GGCGGCTCTTCTCTATTTCCCTAAGATCTCTTCACAAATGACTTCCTCACATTTCTTCTC 60
Query 61 TTTCTCACCAATGGATTTGAGGAGACTTTCTCGCGCAAGCTACTTATTCACTCGCCGCTT 120
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTCTCACCAATGGATTTGAGGAGACTCTCTCGCACAAGCTACTTATTCACTCGCCGCTT 120
Query 121 GAAATTCATAGCGAAATCTCGAAAATGCTTTCATACAAGC-CGATACCTGCAACAGTGTG 179
||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||| |
Sbjct 121 GAAATCCATAGCGAAAGCTCGAAAAAGCTTCCATACAA-CTCGATACCTGCAACAGTGCG 179
Query 180 TTCATCGGCCGGATAAATCGGAAGAGACTTCCTCTGATCGGCATTTACACGAACGATTAT 239
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 180 TTCATCGGCTGGATAAATCGGAAGAGATTTCCTCTGATCGGCATTTACACGAACGGTTAT 239
Query 240 CTTCAGTTTTGTCGAAGAGATCTCTAGATTACGAGCAGTGTAAACAACTGATAACTGTTC 299
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CATCAGTTTTGTCGAAGAGATCTCTAGATTACGAGCAATGTAAACAACTGATAACTGTTT 299
Query 300 TATCGCCTC-TCGAATTCGATAGGTTGTTTCCTGAGTTTCGATCCAAAGTTAATCCCAAG 358
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 300 TATCGCCTCAT-GAATTCGATAGGTTGTTTCCTGAGTTTCGATTCAAAGTGAATCCCAAG 358
Query 359 ACGGCTTTGGATTTCTTCCGATTAGCTTCTGATTCGTTTAGTTTCTCCTTTAGTCTCCGT 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ACGGCTTTGGATTTCTTCCGATTAGCTTCTGATTCATTTAGTTTCTCCTTTAGTCTCCGT 418
Query 419 TCTTATTGTTTATTGATAGGTTTATTGCTTGATGCGAATCTGTTATCGGCTGCTAGGGTA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 419 TCTTATTGTTTATTGATAGGTTTATTGCTTGATGCGAATCTGTCGTCCCCTGCTAGGGTA 478
Query 479 GTTTTGATTCGTTTGATCAATGGGAATGTACCGGTTTTGCC------T--T-GTGGTTTG 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 479 GTTTTGATTCGTTTGATCAATGGGAATGTACCGGTTTTGCCTTGTGGTAATGGTGGTTTG 538
Query 530 AGAGATAGTCGAGTTGCGATTGCGGATGCAATGGCGAGTTTGAGTTTGTGTTTTGATGAA 589
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AGAGATAGTAGAGTTGCGATTGCGGATGCAATGGCGAGTTTGAGTTTGTGTTTTGATGAA 598
Query 590 GAAATCAGAAGGAAAATGTCGGATTTGTTGATTGAAGTTTATTGCACACAGTTCAAGCGT 649
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 599 GAAATCAGAAGGAAAATGTCAGATTTGTTGATTGAAGTTTATTGCACTCAGTTCAAGCGT 658
Query 650 GATGGTTGTTATTTAGCTCTTGATGTATTTCCTGTTCTTGCAAACAAGGGTATGTTTCCT 709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GATGGTTGTTATTTAGCTCTTGATGTATTTCCTGTTCTTGCAAACAAGGGTATGTTTCCT 718
Query 710 TCTAAGACGACTTGCAACATTTTGTTGACTTCTCTAGTGAGAGCTAATGAGTTTCAGAAG 769
||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TCTAAGACGACTTGCAATATTTTGCTGACTTCTTTAGTGAGAGCTAATGAGTTTCAGAAG 778
Query 770 TGTTGTGAAGCTTTTGATGTTGTTTGCAAAGGGGTTTCTCCGGATGTTTACTTGTTCACT 829
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGTTGTGAAGCTTTTCATGTTGTTTGCAAAGGGGTTTCTCCGGATGTTTACTTGTTCACT 838
Query 830 ACAGCGATTAATGCGTTTTGCAAGGGAGGTAAAGTTGAGGAGGCCGTTAAGTTGTTCTCA 889
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 839 ACAGCGATTAATGCCTTTTGCAAGGGAGGGAAAGTTGAGGAGGCCATTAAGTTGTTCTCA 898
Query 890 AAAATGGAAGAAGCGGGTGTTGCACCAAACGTTGTCACTTTTAATACTGTTATTGATGGA 949
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 899 AAAATGGAAGAAGCGGGTGTTGTACCAAACGTTGTTACCTACAATACTGTTATTGATGGG 958
Query 950 CTTGGGATGTGTGGAAGGTATGATGAGGCGTTTATGTTTAAAGAAAAGATGGTAGAAAGA 1009
||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTTGGGATGAGTGGAAGGTATGATGAGGCATTTAAGTTTAAAGAAAAGATGGTAGAAAGA 1018
Query 1010 GGCATGGAACCAACTCTTATCACTTATAGTATTCTTGTCAAGGGTTTGACCAGGGCTAAG 1069
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1019 GGCGTGGAACCAACTCTTATCACTTATAGTATTCTTGTCAAGGGTTTGACCAAGGCTAAG 1078
Query 1070 AGGATTGGTGATGCTTATTTTGTCTTGAAGGAAATGACAAAGAAAGGGTTTCCTCCTAAT 1129
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AGGATTGGTGATGCTTATTGTGTCTTGAAGGAAATGACAGAGAAAGGGTTTCCTCCTAAT 1138
Query 1130 GTTATTGTATATAATAATTTGATTGATAGTTTCATCGAGGCTGGAAGTTTGAACAAAGCT 1189
|||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GTTATTGTATATAATAATCTGATTGATAGTTTAATTGAGGCTGGAAGTTTGAACAAAGCT 1198
Query 1190 ATTGAGATAAAGGATCTCATGGTTTCGAAAGGGTTGTCTCTCACATCGTCGACGTATAAT 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ATTGAGATAAAGGATCTCATGGTTTCGAAAGGGTTGTCTCTCACATCGTCGACGTATAAT 1258
Query 1250 ACTCTCATAAAGGGATACTGCAAGAACGGTCAAGCAGATAATGCGGAGCGTCTCCTGAAG 1309
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1259 ACTCTCATAAAGGGATACTGCAAGAGCGGTCAAGCAGATATTGCTGAGCGTCTCCTGAAG 1318
Query 1310 GAAATGCTGTCGATTGGTTTTAATGTAAATCAGGGCTCCTTTACATCTGTGATTTGCTTG 1369
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GAAATGCTGTCGATTGGTTTTAATATAAATCAGGGCTCCTTTACATCTGTGATTTGCTTG 1378
Query 1370 TTGTGCAGTCATCTTATGTTTGACTCAGCACTTCGTTTTGTTGGAGAGATGCTATTACGC 1429
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1379 TTGTGCAGTCATCATATGTTTGACTCAGCACTTCGTTTTGTTGGAGAGATGCTACTACGT 1438
Query 1430 AACATGAGTCCTGGTGGTGGATTACTTACTACATTGATTTCTGGTCTCTGTAAGCATGGG 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AACATGAGTCCTGGTGGTGGATTACTTACTACATTGATTTCTGGTCTCTGTAAGCATGGG 1498
Query 1490 AAACACTCAAAGGCACTAGAACTTTGGTTTCAATTTCTAAATAAAGGTTTTGTAGTGGAC 1549
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1499 AAACACTCAAAGGCAGTAGAACTTTGGTTTAAATTTCTAAATAAAGGTTTCCTAGTAGAC 1558
Query 1550 ACGAGGACTTCAAATGCTTTACTTCATGGACTCTGTGAAGCAGGGAAGCTGGATGAAGCT 1609
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1559 ACGAAGACTTCAAATGCTTTGCTTCATGGACTCTGTGAAGCAGGGAAGCTGGAAGAAGCT 1618
Query 1610 TTTAGGATTCAAAAGGAGATATTAGGGCGTGGCTGTGTTATGGATAGAGTTTCCTATAAC 1669
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTTAGGATTCAAAAGGAGATATTAGGGCGTGGCTTTGTTATGGATAGAGTTTCCTATAAC 1678
Query 1670 ACGTTGATTTCTGGATGTTGCGGAAAGAAGAAACTAGATGAAGCTTTTATGTTCTTGGAT 1729
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1679 ACGTTGATTTCTGGATGTTGCGGAAATAAGAAATTAGATGAAGCTTTTATGTTCATGGAT 1738
Query 1730 GAAATGGTTAAGAGAGGACTTAAGCCTGACAATTATACTTATAGCATATTGATTTGCGGG 1789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1739 GAAATGGTTAAGAGAGGACTTAAGCCTGACAATTATACATATAGCATATTAATTCGCGGG 1798
Query 1790 CTGTTTAATATGAATAAAGTTGAGGAGGCCATACAGTTTTGGGATGATTGTAAACGGAAT 1849
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTGTTGAATATGAATAAAGTTGAGGAGGCCATACAGTTCTGGGGTGATTGTAAACGGAAT 1858
Query 1850 GGCATGCTTCCAGATGTTTATACATATTCGGTGATGATAGATGGATGTTGTAAAGCTGAA 1909
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GGCATGATTCCAGATGTTTATACATATTCGGTGATGATAGATGGATGTTGTAAAGCTGAA 1918
Query 1910 AGAACAGAAGAGGGTCAGGAATTTTTTGATGAGATGATGAGCAAAAACGTGCAGCCAAAT 1969
|||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1919 AGAACAGAAGAGGGTCAGAAACTGTTTGATGAGATGAAGAGCAATAACGTGCAGCCAAAT 1978
Query 1970 ACTGTTGTTTACAATCATCTTATCAGAGCATACTGTAGAAGCGGAAGGCTATCGATGGCC 2029
|||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ACTGTTGTTTACAATCATCTAATTGGAGCGTACTGTAGAAGCGGAAGGCTATCGATGGCC 2038
Query 2030 TTGGAACTCCGTGAAGATATGAAACACAAAGGAATTTCACCTAATTCTGCTACATACACT 2089
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2039 TTGGAACTCCGTGAAGATATGAAACACAATGGAATTTCACCTAATTCTGCTACATATACT 2098
Query 2090 TCACTAATAAAGGGGATGTCAATCATTAGCCGTGTTGAGGAGGCAAAACTCCTCTTCGAG 2149
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2099 TCACTAATAAAGGGGATGTCGATCATTAGCCGTGTTGAGGAGGCAAAACTCCTCCTCGAG 2158
Query 2150 GAGATGAGGATGGAGGGTTTGGAACCGAATGTCTTTCATTATACAGCACTTATTGATGGA 2209
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 GAGATGAGGATGGATGGTTTGGAACCGAATGTCTTTCATTATACAGCACTTATTGATGGA 2218
Query 2210 TATGGTAAATTGGGTCAGATGGTCAAAGTTGAATGTCTTCTGCGTGAGATGCATTCAAAG 2269
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TACGGTAAATTGGGTCAGATGGTCAAAGTTGAATGTCTTCTGCGTGAGATGCATTCAAAG 2278
Query 2270 AACGTACACCCAAATAAGATTACCTACACTGTGATGATTGGTGGGTATGCTAGAGATGGG 2329
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AACGTACACCCAAACAAGATTACCTACACTGTGATGATTGGTGGGTATGCTAGAGATGGG 2338
Query 2330 AATGTAACGGAAGCTTCTAGGCTTCTAAATGAGATGAGGGAAAAAGGAATTGTTCCGGAT 2389
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2339 AATGTAACAGAAGCTTCTAGGCTTCTAAATGAGATGAGGGAAAAAGGAATTGTACCAGAT 2398
Query 2390 AGTATCACATACAAAGAATTTATATACGGATATCTTAAGCAGGGAGGTGTGTTGGAAGCT 2449
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2399 AGTATCACATACAAAGAATTTATATATGGATATCTTAAGCAGGGAGGTGTTTTGCAAGCT 2458
Query 2450 TTTAAAGGTTCTGATGAAGAAAATTATGCAGCAATCATTGAAGGATGGAACAAACTCATT 2509
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TTGAAAGGCTCTGATGAAGAAAATTATGCCGCAATAATTGAAGGATGGAACAAACTCATT 2518
Query 2510 CAGTAACTGATGAATAAGAAGAAGAACAGTTGG-AAATTGAAATCTAGTAGCCATCTCAG 2568
|||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| ||| ||| | ||||||
Sbjct 2519 CAGTAACTGATGAATAAGTAGAAGAAAAGT-GGCAAATTGATATCCAGTGGTGTTCTCAG 2577
Query 2569 TTTTGAT--TC------ACGCCGGGGATCTACGTCTTCTTCTTAGAGGAG---CACGTTA 2617
||||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2578 TTTTGATGGTCTTGTTCACGCCCGGGATATGCGTCTTCTTCTTAGAGTAGGAACACGTTA 2637
Query 2618 GGATGGAGTTACTTGGTAAATGATGCATATGGTTCATTGCATCTTACAAGTAGGGTAGTG 2677
|||||| || | || || |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2638 GGATGG-GT-----G--AA-TG---CATATGGTCCATTGCATCTTACAAGGAGGTTAGTG 2685
Query 2678 TGTTCTACTTGATTCTCCAGCC-CATTCAGTTAACAGCTTTGGCCTGCTTCAATCTTAAT 2736
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||
Sbjct 2686 TGTTCTACTTGATTCTCCAGCCACATTCACTTAACAGCTTCGGCCTTCTTCAATTTTGGG 2745
Query 2737 GAGAAAAGTTGTTTCTTTTAGCATCAAAGGCTATATGGGTTTATGATTTACAAATCCACA 2796
|||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 GAGAAA-GTTGTTGCTTTTAGCATCATAGGCTATATGGGTTTATGATTTACAAATCCACA 2804
Query 2797 TTACTGGTACTCGTCAGGTTTAGGATTGAGTGCCACA-GAATCAAAGGCATATGATAGAT 2855
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||
Sbjct 2805 TTACTGGTGCTCGTCAGGTTTATGATTGAGTGCCACAAGA-TCAAAGCCATATGATAGAT 2863
Query 2856 TCTGGATCAGAGCAGGTACTTCAGACAGCAGTCCTGAAAAGATTATACAGATTTAGACAC 2915
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 TCTGGATCAGAGCAGGCACTTCAGACAGCAGTCCTGAAAAGATTATACAGATTTAGACAC 2923
Query 2916 ACATCATGGATAGTCAATTAAAAGTTTACACATGGATATTCATGGGAGCTATGAGAATGG 2975
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2924 ACATCATGGACAGTCAATTAAAAGTTTACACATGGATATTCATGGGAGCTATGAGAGTGG 2983
Query 2976 ATCAATAGGAGGCTCCTCGGTTTACAGGTCACATAAATAGAGCTTAAGCGAATTCTCATC 3035
||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 2984 ATCAATAGGTGGCTCTTCTATTTACAGGTCATATAAATAGATCTTAAGCGAGTTTTCATC 3043
Query 3036 GGAGTAGTTTAGAACTAATTCATGCCTGACACATCGCTGGGGAGAATTTCCTCAGCCGTG 3095
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3044 GGAGTAGTTTAGAACTAATTCATGCATGACACGTCGCTGGGGAAAATTTCCTCAGACGTG 3103
Query 3096 CAGAATTTTTTGCCCAAGGAGATTAATGGACTGATTTGAAAGGTAACAGTTTACAACGGT 3155
|||||||||| |||| |||||||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3104 CAGAATTTTT-GCCCCCGGAGATTAGTGGATTGATATGAAAGGTAACATTTTATTACGGT 3162
Query 3156 ATCAACTAATTCGACAACATTCACCTTAGAGTATAGACTTTCAGTGGGGTGAAT 3209
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 3163 TTCAACTAATTCGACAGCATTCACCGCCGAGTAAAGACTTTCGGTGGGATGAAT 3216
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125666106046
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5