BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G19490.1
Length=3690
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492913 jgi|Araly1|492913|fgenesh2_kg.7__2346__AT4G19490.1 3164 0.0
> Ahg492913 jgi|Araly1|492913|fgenesh2_kg.7__2346__AT4G19490.1
Length=3463
Score = 3164 bits (1713), Expect = 0.0
Identities = 1857/1927 (96%), Gaps = 7/1927 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1548 GGTGGTGGCTTATCTCTCGCGAGCAAATTGAGGACTCTGTCATCTGAGGCTTTTGTTAAT 1607
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1540 GGTGGTGGCTTATCTCTCGCGAGCAAGTTGAGGACTCTGTCATCTGAGGCATTTGTTAAT 1599
Query 1608 CTCTTAACTGCTATATTTAAGATTGTTCAGGCACATCTAGTCCGGGCTTCGGAAGTGAAA 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1600 CTCTTAACTGCTATATTTAAGATTGTTCAGGCACATCTAGTCCGGGCTTCGGAAGTGAAA 1659
Query 1668 AAAGCAATTGAATGGATTCTCTGCAATATCGATGGACATTATGCCGCTGATTCAGTTGCA 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 AAAGCAATTGAATGGATTCTCTGCAATATCGATGGACATTATGCCGCTGATTCAGTTGCA 1719
Query 1728 GCTGCAATTGCTGTTGGTGCTGTAGCAGCCGAAACAGCTCAAGAAATAGGTTTCCAAGGC 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1720 GCTGCAATTGCTGTTGGTGCTGTAGCAGCCGAAACAGCTCAGGAAACAGGTTTCCAAGGC 1779
Query 1788 GGGTCATTAGTGTCTTCTCCATTGGGTAAGGCTACCTCAAAGGCCCCTCCATTGCAGGGA 1847
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1780 GGGTCATTAGTGTCTTCTCCATTGGGTAAGGCTACCTCAAAGGCCCTTCCATTGCAGGGA 1839
Query 1848 AAATCGAGTGATGCATCAAGCTTGATGAACATGTCAAGAAACTTCAGGGCCGATGTCTTG 1907
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 AAATCGAGTGACGCATCAAGCTTGATGAACATGTCAAGAAACTTCAGGGCCGATGTCTTG 1899
Query 1908 AGAGAAAATACAGAAGCTGTCTTTGCGGCTTGTGAGGTTACTCATGGTAGGTGGGCAAAG 1967
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1900 AGAGAAAACACTGAAGCTGTCTTTGCGGCTTGTGAGGTTACTCATGGTAGGTGGGCTAAG 1959
Query 1968 CTACTAGGAGTTCGCGCTCTTCTTCATCCAAAATTGAAATTGCAAGAGTTCATGAGCATT 2027
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1960 CTACTAGGAGTTCGCTCTCTTCTTCATCCAAAATTGAAATTGCAGGAGTTCATGAGCATT 2019
Query 2028 TATGATCTGACCCAAGAATTTATAACA-TCTACGGAGAAGATTGGTGGAAGGTTGGGTTC 2086
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2020 TATGATCTGACCCAAGAATTTATAACAGT-TACGGAGAAGATTGGTGGAAGGTTGGGATC 2078
Query 2087 TAGTATTCGTGGGACGCTGCAATCACAAGCCAAAGCCTTTGTGGACTCCCAGCACGAATC 2146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |
Sbjct 2079 TAGTATTCGTGGGACGCTGCAATCACAAGCCAAAGCCTTTGTTGATTCCCAGCATGAAGC 2138
Query 2147 TCGGATGACAAAACTAAAAGCTGTGCTTGATCAAGAAACATGGGATGAGATAGATGTTCC 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 TCGGATGACAAAACTAAAAGCTGTGCTTGATCAAGAAACATGGGATGAGATAGATGTTCC 2198
Query 2207 TGAAGAATTTCAATCCATAATCAGTTCTCTTTTTGCATCCCAGCGGTTGATCTCTGGGAA 2266
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||
Sbjct 2199 TGAAGAATTCCAATCCATAATCATTTCTCTTTTTGCATCCCAACAGTTGATTTCTGGGAA 2258
Query 2267 AGTTGATGATGCTGATCTTAATTCATACCACAGTAATCGGCTCCCTCTCAATGGGTCTCT 2326
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259 AGTTGATGATGCTGATCTTAAAACATACCACAGTAATCGGCTCCCTCTCAATGGGTCTCT 2318
Query 2327 CACTTCTGGATCTGGGGATCAAAATAGTGAATTACGAAATGAAAAATCTGAATCTAGTGA 2386
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2319 CACTTCTGGAACTGGGGATCAAAATACTGAATTACGAAATCAAAAATCTGAATCTAGTGA 2378
Query 2387 AGGTTCTGTAGTTAGTGATGCACAAGTGAAACCCACAGTCTCACCTGAGTCTCTTGAAAG 2446
|||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 AGGTCCTGCAGTTAGTGATGCACAAGTGAAATCCACAGTCTCACCTGAGTCTCTTGAAAG 2438
Query 2447 AAGCAAGGCTGGTGTATCTTCAGCTACGAATAATCAAAGTAATCAGAAGGCGCACGGAAA 2506
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2439 AAGCAAGGCTGGTGTATCTTCAGTTACGAATAATCAAAGTAATCAGAAGGCACACGGAAA 2498
Query 2507 ATCTAACCTTTTCTATCAAGGAGTTGGTTACCACATGGTAAACTGTGGGTTAATATTGCT 2566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2499 ATCTAACCTTTTCTATCAAGGAGTTGGTTACCACATGGTAAACTGTGGGTTAATATTGCT 2558
Query 2567 CAAGATGCTGTCGGAATACATTGATATGAACAATTCTTTGCCAGCTTTGTCCTCGGAAAT 2626
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2559 CAAGATGTTGTCAGAATACATTGATATGAACAATTCTTTGCCAGCTCTGTCCCCGGAAAT 2618
Query 2627 TGTTCTTCGTGTTGTTGAAGTGTTGAGATTTTTCAACACTCGGACATGCCAACTTGTTCT 2686
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2619 TGTTCGTCGTGTTGTTGAAGTGTTGAGATTTTTCAACACTCGGACATGTCAACTTGTTCT 2678
Query 2687 GGGTGCTGGTGCTATGCAGGTATCTGGTTTGAAGTCCATAAAGGCGAAACACTTGGCGCT 2746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 GGGTGCTGGTGCTATGCAGGTATCTGGTTTGAAGTCCATAAAGGCGAAACACTTGGCGCT 2738
Query 2747 TGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATTATTCCTGAAACCAGAAGGATTCTGTT 2806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2739 TGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATTATTCCTGAAACCAGAAGAATTCTGTT 2798
Query 2807 TTCAAAAGTACCTGAGACGAGAAAGCCTCTGTTGTCAGTAGAGATTGATAAAGTTGCTCA 2866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2799 TTCAAAAGTACCTGAGACGAGAAAGCCTCTGTTGTCAGTAGAGATGGATAAAGTTGCTCA 2858
Query 2867 GGATTTTAGAATTCATCGAGATGAAATATACACAAAACTGGTTCAGATTATGAGAGAAAG 2926
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 GGATTATAGAATTCATCGAGATGAAATATACACAAAACTGGTTCAGATTATGAGAGAAAG 2918
Query 2927 ACTATTGGCGCATCTTCATGGTTTGCCCAAAGTTGTTGAGGGCTGGAACAGACCTCCAGA 2986
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2919 ACTATTGGCCCATCTTCATGGTTTGCCCAAAGTTGTTGAGGGCTGGAACAGACCTCCAGA 2978
Query 2987 TACCAATAAACAAACTAAAGAGTTTGCATGGCCGCTCACAAGGGAAGTTGGCTACCTTCA 3046
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2979 CACCAATAAACAAACTAAAGAGTTTGCATGGCCACTCACAAGGGAAGTTGGATACCTTCA 3038
Query 3047 CCGTGTGTTGTCTGAGACATTGCACGAAGCCGATGTTCAAGCAATCTTCAGGCAGGTGAT 3106
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3039 CCGTGTGTTGTCTGAGACATTGCATGAAGCCGATGTTCAAGCAATCTTCAGGCAGGTGAT 3098
Query 3107 TTCAATTATCCACACACAAACCTCTCAAACGCTTACGAACTTGGAGATAAGCTCAACAGA 3166
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3099 TTCAATTATCCACACACAAACCTCTCAAACACTTACGAACTTGGAGATAAGCTCTCCAGA 3158
Query 3167 GGCAAAGAAAAGGCTGAAGCTTCATGTCGAGCTAATCCTCAAATGCATCCGGTCGTTACC 3226
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3159 GGCAAAGAAAAGGCTGAAGCTTCATGTTGAGCTAATCCTCAAATGTATCCGGTCGTTACC 3218
Query 3227 ATCCGACAATGCCAATCAATCAGACATCCCAAACTGGGGACAACTAGATGAATTCTTTGC 3286
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3219 ATCCGAAAATGCCAATCAATCAGGCATCCCAAACTGGGGACAACTAGATGAATACTTTGA 3278
Query 3287 AGAGCACTTTAGAGAAGAAGAAGCAGGCGAAGCTGAGTGATGAAGTCGTCATTGTACAGC 3346
| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3279 ACAACACTTTAAAGAAGAAGAAGCAGGCGAAGCTGAGTGATGAAGTCTTCATTGTACAGC 3338
Query 3347 AATTTGTTTCTTCTCACATCCTTT-ATAAAGTCAAAAATTCAGAGTTTGGGTTTGAGGAT 3405
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3339 AATTTGTTTCTTCTCACATCCTTTTATAAAGTCAAAA-TTCAGAGTTTGGGTATGAGGAT 3397
Query 3406 GGACTATTC-GCC-TGTAGATTTAACTTACAGGCATACTACAGTTCTTGGCTCGGATGAA 3463
|||||| || ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 3398 GGACTACTCCGCCCTGTAGATT-AACTTACAGGCATATTACAGTTCTTGGCTCGAATGAA 3456
Query 3464 TATTATA 3470
||||||
Sbjct 3457 CATTATA 3463
Score = 2287 bits (1238), Expect = 0.0
Identities = 1320/1360 (97%), Gaps = 4/1360 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 188 TTTTGGTTCATGATTTTGATTTCGTGAAGGACTTATGGATTCACACCCTTCCCTAATGGG 247
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 150 TTTTGGTTCATGATTTTGATTTCGTGAAGGTCTTATGGATTCACACCCTTCCATAATGGG 209
Query 248 AAGGTCCATTACCAATTCGAACCGATCGAGCTTAGATCTTGGTCGTCCTTCTTCGTCTTC 307
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 210 AAGGTCCATTACCAATTCCAACCGATCGGGCTTAGATCTTGGTCGTCCTTCTTCGTCTTC 269
Query 308 TTCATCTTCTCCTTCACCGTTAACCAAATCGATCTCCGATGCAAGTAGTCAAAGTCTCTC 367
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 270 GTCTTCTTCTCCTTCACCGTTAACCAAATCGATCTCCGATGCAAGTAGTCAGAGTCTCTC 329
Query 368 TTCGATCCTTAACAATCCACACGGAGGTAAGTCTGGTGTTTATGGTTCCGATGCATCTTG 427
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 330 TTCGATCCTTAACAATCCACATGGAGGTAAGTCTGGTGTTTATGGTTCCGATGCTTCTTG 389
Query 428 GGTTGGTTGGTGGTCTTCATCGACATTTGTAGCTCCAG-CTGAGTTTGCGCCTGTTGCTT 486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 390 GGTTGGTTGGTGGTCTTCATCGACATTTGTAGCTCC-GTCTGAGTTCGCGCCTGTTGCTT 448
Query 487 CAACGAAGCTCCCTGGTTCGGAGCTAACCAGATCCGACTTCCATGGCTACGTTTCTTCGA 546
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 449 CAACGAAGCTCCCTGGTTCGGAGCTTACCAGATCCGACTTCCATGGCTACGTTTCTTCGA 508
Query 547 TCTCTGAGTCTCATGGTAGATTTGAGGATATTAGGAAGCATACTAGGGAAGAGAGCTGTG 606
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 509 TCTCTGAGTCTCATGGTAGGTTTGAGGATATTAGGAAGCATACGAGGGAAGAGAGCTCTG 568
Query 607 GGTTTGATCAGGAGAGCCATGTATCGGGTTTAGCTGCGTGTTTGCGTGAGGTTCCTTCGC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 GGTTTGATCAGGAGAGCCATGTATCGGGTTTAGCTGCGTGTTTGCGTGAGGTTCCTTCGC 628
Query 667 TTTACTTTAAGGAGGATTTTGCTCTTGAGGACGGAGCTACATTTCGTTCTGCTTGCCCTT 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 TTTACTTTAAGGAGGATTTTGCTCTTGAGGACGGAGCTACATTTCGTTCTGCTTGCCCTT 688
Query 727 TCTCGAGCCTT-AATGAGAATCTAGCGCTTCAAGAGAAGTTGTCACAGTATCTTGATGTG 785
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 689 TCTCGAGC-TTGAATGAGAATCTAGCGCTTCAAGAGAAGTTGTCACAGTATCTTGATGTG 747
Query 786 GTGGAGCTGCATCTTGTGAAGGAGATCTCTGTGAGGTCTGATTCGTTTTTTGAGGCTCAA 845
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 748 GTGGAGCTGCATCTTGTGAAGGAGATATCTGTTAGGTCTGATTCGTTCTTCGAGGCTCAG 807
Query 846 GGACAGTTACAGGATTTGAATGTGAAGATTGTTGAGGGTTGTAGTAGGATTCGTGAGTTG 905
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 GGACAGTTGCAGGATTTGAATGTGAAGATTGTTGAGGGTTGTAGTAGGATTCGTGAGTTG 867
Query 906 AAAGAGACTATTCGGCTCCTGGATAGGAATTTGGTAGATTCAGCTCGACAGATTCAAGAG 965
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 AAAGAGACTATTCGGCTCCTGGACAGGAATTTGGTAGATTCAGCTCGACAGATTCAAGAG 927
Query 966 CTGAGCTCAACTAGGATTAATATGCTGGAGCTGCAACGTAAATTAAGACTTATTTTGTAT 1025
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 928 CTGAGCTCAACTAGGATTAATATGTTGGAGCTGCAACGTAAATTGAGACTTATTTTGTAT 987
Query 1026 GTTAACCAAGCTCTCTCTGCACTCAAATTGCTTGTTGCGTCCGCAGATTGTGCTGGAGCT 1085
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 GTTAACCAAGCTCTCTCTGCACTCAAATTGCTCGTTGCGTCCGCAGATTGTGCTGGAGCT 1047
Query 1086 TTGGATATAACTGACGATCTCCAGAACTTGCTGGCTGGGGATGAGCTTACTGGTCTATAC 1145
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1048 TTGGATATAACTGACGATCTCCAAAACTTGTTGGCTGGGGATGAGCTAACTGGTCTATAC 1107
Query 1146 TGCTTCCGCCATCTTCGGGATCATGTTACTAGTTCCATAGATTCCATAAACAGTATTCTC 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 TGCTTCCGCCATCTTCGGGATCATGTTACTAGTTCCATAGATTCCATAAACAGTATTCTC 1167
Query 1206 ACTTCAGAATTCATGCGTATCTCCATACATGATACTGGGGAGATAGATGTACTGATTTTA 1265
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 ACATCAGAATTCATGCGTATCTCCATACATGATACTGGGGAGATAGATGTACTGATTTTA 1227
Query 1266 TCTGCAGCAAATATACGGGGATCCATTTCATCTAACGGGAATACCGGCGAAGAAGTTAAG 1325
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1228 TCTGCTGCAAAAATACGGGGATCCATTTCATCTAACGGGAAGACCGGTGAAGAAGTTAAG 1287
Query 1326 TTAGAAGAAGAGGATACCTCTACCTTATGTGATCGGCTTCTTCCTTTAGTTATTGGATTG 1385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1288 CTAGAAGAAGAGGATACCTCTACCTTATGTGATCGGCTTCTTCCTCTAGTTATTGGATTG 1347
Query 1386 CTAAGAACGGCAAAGTTCCCGTCAATTTTGAGGATGTATCGTGATACACTCACATCCGAA 1445
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 CTAAGAACGGCAAAGTTCCCTTCAATTTTGAGGATGTATCGTGATACACTCACATCCGAA 1407
Query 1446 ATGAAAAATGCAATCAAGAAAGCAGTTGCTGATCTGCTTCCCATTCTTGTTGCAAGATCG 1505
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 ATGAAAAATGCAATCAAGAAAGCAGTTGCTGAGCTGCTTCCCATTCTTGTTGCAAGATCG 1467
Query 1506 CTCGAATCTGATTTTTCACATGGGGAGCGCTCTGTAGATG 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 CTCGAATCTGATTTTTCACATGGGGAGCGCTCTGTAGATG 1507
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139404889899
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5