BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G19890.1 Length=2106 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg890189 jgi|Araly1|890189|Al_scaffold_0007_2175 3155 0.0 > Ahg890189 jgi|Araly1|890189|Al_scaffold_0007_2175 Length=2175 Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0 Identities = 1923/2027 (95%), Gaps = 13/2027 (1%) Strand=Plus/Plus Query 88 AGATTGATCTCTTCCGATCATGAATCCAGTGATTTGTCT-CT--TCCTTCTTCTCCATCA 144 |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| Sbjct 154 AGATTGATCTCTTCCGATCACGAATCCAGTGATGTGTCTCCTCCTTCTTCTTCTCCATCA 213 Query 145 TCGTCACCTTCTCAATGTCTCGTTAAATCGGTCTGTTCATTGGTTTGT-ACTTCCTATCT 203 ||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | || |||||||| Sbjct 214 TCGCCACCTTCTCAATCTCTCGTGAAATCAGTCTGTTCATTGGTCTATAAC-TCCTATCT 272 Query 204 TCGTCAAAACCATGTCGTATC-ATCCCCACACCGAGTCAATCTCGACTTCGATGCTAATT 262 |||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 273 TCGTCAAAACCATGTCATA-CAATCCCCACACCGTGTCAATCTCGACTTCGATGCTAATT 331 Query 263 CTCTTACCCACGAGCAAGCGATCACTGTGGTGGCTTCACTCGCGAGCGAATCTGGTTCGA 322 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 332 CTCTTACCCACGAGCAAGCGATTACTGTGGTGGCTTCACTCGCGAGCGAATCTGGTTCGA 391 Query 323 TGGTTGCTCTGTGCTTCTTCTATTGGGCAGTGGGTTTCGAAAAGTTCCGACATTTCATGA 382 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 392 TGGTTGCTCTTTGTTTCTTCTATTGGGCAGTGGGTTTCGAAAAGTTCCGACATTTCATGA 451 Query 383 GATTGTATCTCGTAACCGCTGATTCTTTGCTTGCTAATGGGAATTTGCAGAAAGCTCACG 442 |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 452 GATTGTATCTCGTAACTGCTGATTCTTTGATTGCTAATGGAAATTTGCAGAAAGCTCACG 511 Query 443 AGGTTATGCGATGCATGCTTAGAAATTTCTCGGAGATTGGGAGATTGAATGAGGCTGTTG 502 |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 512 AGGTAATGCGATGTATGCTTAGAAATTTCTCGGAGATTGGGAGATTAAACGAGGCTGTTG 571 Query 503 GTATGGTTATGGATATGCAGAATCAGGGGTTAACACCTAGCTCGATAACTATGAATTGTG 562 |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 572 GTATGGTTATGGATATGCAGAATCAGGGATTATCACCTAGCTCGATAACTATGAATTGTG 631 Query 563 TTCTCGAAATTGCCG-TTGAGTTGGGTTTGATTGAATATGCAGAGAATGTGTTCGACGAA 621 |||| || |||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 632 TTCTTGAGATTG-CGATTGAGTCAGGTTTGATTGATTATGCAGAGAATGTGTTCGACGAA 690 Query 622 ATGTCTGTGAGAGGAG-TAGTTCCGGATTCTAGTTCTTATAAGCTTATGGTTATTGGTTG 680 |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 691 ATGTCTGTGAGAGGAGTTTG-TCCGGATTCTAGTTCTTTTAAGCTTATGGTTATTGGTTG 749 Query 681 TTTTAGAGATGGTAAGATTCAGGAAGCTGATAGATGGTTAA-CTGGAATGATTCAAAGAG 739 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 750 TTTTAGAGATGGTAAGATTCAGGAAGCTGATAGATGGTTAAGC-GGAATGATTCAAAGAG 808 Query 740 GATTTATTCCTGATAACGCTACATGTACCTTGATTCTCACTGCATTGTGTGAGAATGGTT 799 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 809 GATTTATTCCTGATAACGCTACATGTACCTTGATTCTTAGTGCATTGTGTGAGAATGGTT 868 Query 800 TAGTGAATAGAGCGATTTGGTATTTCCGTAAGATGATTGATCTAGGGTTTAAGCCAAACT 859 |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||| Sbjct 869 TAGTAAATAGAGCGATTTGGTATTTCCGGAAGATGATTGATTTAGGTTTTAAACCAAACT 928 Query 860 TGATAAATTTTACGTCTTTGATTGATGGGTTATGCAAGAAGGGTAGTATCAAGCAGGCTT 919 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 929 TGATTAATTTTACGTCTTTGATTGATGGGTTATGCAAGAAGGGAAGTATAAAGCAGGCTT 988 Query 920 TTGAAATGTTAGAGGAAATGGTTAGAAATGGGTGGAAGCCAAATGTGTATACACACACGG 979 |||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 989 TTGAGATGTTAGAAGAAATGGTTAGGAACGGTTGGAAACCAAATGTGTATACACACACGG 1048 Query 980 CTTTAATTGATGGGCTATGTAAAAGAGGATGGACTGAGAAAGCGTTTAGGCTGTTCCTGA 1039 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1049 CTTTGATTGATGGGCTATGTAAAAGAGGATGGACTGAGAAAGCGTTTAGGTTGTTCCTGA 1108 Query 1040 AACTCGTTCGTAGTGATACTTACAAACCCAATGTGCATACTTATACTTCGATGATTGGTG 1099 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1109 AACTCGTTCGTAGTGATATTTACAAACCCAATGTGCATACCTATACTTCGATGATTGGTG 1168 Query 1100 GGTATTGCAAGGAAGATAAGTTGAACCGTGCAGAGATGTTGTTTAGTAGAATGAAAGAAC 1159 |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1169 GGTATTGCAAAGAGGATAAGCTGAACCGTGCAGAGATGTTGTTTAGTAGAATGAAAGAGC 1228 Query 1160 AGGGTTTGTTTCCGAACGTGAACACGTATACAACACTCATCAATGGTCACTGTAAAGCAG 1219 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1229 AGGGTTTGTTTCCTAACGTGAACACGTATACAACACTCATTGATGGTCACTGTAAAGCAG 1288 Query 1220 GAAGCTTCGGTAGAGCGTACGAGTTGATGAATTTGATGGGTGATGAAGGTTTTATGCCGA 1279 ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1289 GAAACTTTGATAGAGCGTACGAGTTGATGAATTTGATGGGTGATGAAGGTTTTAGGCCGA 1348 Query 1280 ATATTTATACGTATAATGCAGCTATTGACAGTCTCTGTAAGAAATCAAGGGCACCTGAGG 1339 ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1349 ATATTTATACGTATAATGCGGTTATAGACAGTCTCTGTAAGAAATCAAGGGCACCTGAGG 1408 Query 1340 CATATGAGTTGCTGAATAAAGCATTTTCTTGTGGATTAGAAGCTGATGGAGTTACTTACA 1399 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1409 CATATGAGTTGCTGAATAAAGCATTTTCTTGTGGATTAGAAGCAGATGGAGTTACTTACA 1468 Query 1400 CTATTCTTATTCAAGAACAGTGTAAGCAAAATGACATTAACCAAGCTCTTGCTTTTTTCT 1459 |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1469 CTATTCTTATCCAAGAACAGTGTAAGCAAAGTGACATTAAGCAAGCTCTTGCTTTTTTCT 1528 Query 1460 GTCGGATGAATAAGACTGGTTTTGAAGCCGATATGCGCCTGAACAACATACTGATAGCTG 1519 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1529 GTCGGATGAATAAGAGTGGTTTTGAAGCCGATATGCGCCTGAACAACATACTGATAGCTG 1588 Query 1520 CATTTTGTAGGCAAAAGAAAATGAAGGAAAGTGAGAGGCTTTTTCAGTTGGTGGTGAGTC 1579 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 1589 CATTTTGTAGGCAAAAGAAAATGAAGGAAAGTGAGAGGCTTTTTCAGTTAGTAGTGAGTC 1648 Query 1580 TTGGATTGATTCCAACGAAGGAGACTTATACGTCTATGATAAGCTGTTATTGTAAAGAAG 1639 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 1649 TTGGATTGGTTCCAACGAAGGAGACTTATACGTCTATGATAAGCGGGTATTGTAAAGAAG 1708 Query 1640 GCGACATTGATCTGGCTTTGAAATATTTTCACAACATGAAGAGGCATGGTTGTGTTCCTG 1699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1709 GCGACATTGATCTGGCTTTGAAATATTTTCACAACATGAAGAGGCATGGTTGTGTTCCTG 1768 Query 1700 ATAGCTTCACTTATGGTTCACTAATAAGCGGTCTCTGCAAGAAGTCCATGGTAGATGAAG 1759 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1769 ATAGCTTCACTTATGGTTCACTAATAAGTGGTCTCTGCAAGAAGTCCATGGTAGATGAAG 1828 Query 1760 CTTGTAAGCTTTACGAAGCGATGATTGACAGAGGTTTATCTCCTCCTGAGGTAACTCGAG 1819 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1829 CTTGTAAGCTTTACGAAACGATGATTGACAGAGGTTTATCTCCTCCTGAGGTAACTCGAG 1888 Query 1820 TCACATTAGCATATGAGTATTGTAAGAGGAATGATTCAGCCAATGCAATGATTCTGCTTG 1879 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| Sbjct 1889 TCACATTAGCATATGAGTATTGTAAGAGGAATGATTCAGCCAGCGCAATGATTGTGCTTG 1948 Query 1880 AACCTTTAGATAAGAAGCTGTGGATTAGAACGGTTAGGACACTTGTTAGAAAGTTATGTA 1939 ||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| Sbjct 1949 AACCTCTAGATAAGAAACTATGGATTAGAACTGTTAGGACACTTGTGAGAAAGTTGTGTA 2008 Query 1940 GCGAGAAGAAAGTTGGAGTGGCAGCTCTGTTCTTTCAGAAATTGTTGGAGAAGGACAGTA 1999 | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2009 GTGAGAAGAAAGTCGGAGTGGCAGCTCTGTTCTTTCAGAAATTGTTGGAGAAGGACAGTA 2068 Query 2000 GTGCTGATCGTGTTACCTTAGCTGCTTTCACTACAGCTTGTTCTGAGTCTGGCAAAAACA 2059 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2069 GTGCTGATCGGGTTACCTTAGCTGCTTTCACTACAGCTTGTTCTGAGTCTGGCAAAAACA 2128 Query 2060 ACCTTGTTACTGATTTGACTGAGAGAATCTCCAGAGGAGTAGGCTAG 2106 | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2129 ATCTTGTTGCTGATTTGACCGAGAGAATCTCCAGAGGAGTAGGCTAG 2175 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 79227709600 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5