BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G19890.1
Length=2106
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg890189 jgi|Araly1|890189|Al_scaffold_0007_2175 3155 0.0
> Ahg890189 jgi|Araly1|890189|Al_scaffold_0007_2175
Length=2175
Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0
Identities = 1923/2027 (95%), Gaps = 13/2027 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 88 AGATTGATCTCTTCCGATCATGAATCCAGTGATTTGTCT-CT--TCCTTCTTCTCCATCA 144
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 154 AGATTGATCTCTTCCGATCACGAATCCAGTGATGTGTCTCCTCCTTCTTCTTCTCCATCA 213
Query 145 TCGTCACCTTCTCAATGTCTCGTTAAATCGGTCTGTTCATTGGTTTGT-ACTTCCTATCT 203
||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | || ||||||||
Sbjct 214 TCGCCACCTTCTCAATCTCTCGTGAAATCAGTCTGTTCATTGGTCTATAAC-TCCTATCT 272
Query 204 TCGTCAAAACCATGTCGTATC-ATCCCCACACCGAGTCAATCTCGACTTCGATGCTAATT 262
|||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 273 TCGTCAAAACCATGTCATA-CAATCCCCACACCGTGTCAATCTCGACTTCGATGCTAATT 331
Query 263 CTCTTACCCACGAGCAAGCGATCACTGTGGTGGCTTCACTCGCGAGCGAATCTGGTTCGA 322
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 CTCTTACCCACGAGCAAGCGATTACTGTGGTGGCTTCACTCGCGAGCGAATCTGGTTCGA 391
Query 323 TGGTTGCTCTGTGCTTCTTCTATTGGGCAGTGGGTTTCGAAAAGTTCCGACATTTCATGA 382
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 TGGTTGCTCTTTGTTTCTTCTATTGGGCAGTGGGTTTCGAAAAGTTCCGACATTTCATGA 451
Query 383 GATTGTATCTCGTAACCGCTGATTCTTTGCTTGCTAATGGGAATTTGCAGAAAGCTCACG 442
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 452 GATTGTATCTCGTAACTGCTGATTCTTTGATTGCTAATGGAAATTTGCAGAAAGCTCACG 511
Query 443 AGGTTATGCGATGCATGCTTAGAAATTTCTCGGAGATTGGGAGATTGAATGAGGCTGTTG 502
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 512 AGGTAATGCGATGTATGCTTAGAAATTTCTCGGAGATTGGGAGATTAAACGAGGCTGTTG 571
Query 503 GTATGGTTATGGATATGCAGAATCAGGGGTTAACACCTAGCTCGATAACTATGAATTGTG 562
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 GTATGGTTATGGATATGCAGAATCAGGGATTATCACCTAGCTCGATAACTATGAATTGTG 631
Query 563 TTCTCGAAATTGCCG-TTGAGTTGGGTTTGATTGAATATGCAGAGAATGTGTTCGACGAA 621
|||| || |||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 TTCTTGAGATTG-CGATTGAGTCAGGTTTGATTGATTATGCAGAGAATGTGTTCGACGAA 690
Query 622 ATGTCTGTGAGAGGAG-TAGTTCCGGATTCTAGTTCTTATAAGCTTATGGTTATTGGTTG 680
|||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 691 ATGTCTGTGAGAGGAGTTTG-TCCGGATTCTAGTTCTTTTAAGCTTATGGTTATTGGTTG 749
Query 681 TTTTAGAGATGGTAAGATTCAGGAAGCTGATAGATGGTTAA-CTGGAATGATTCAAAGAG 739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 750 TTTTAGAGATGGTAAGATTCAGGAAGCTGATAGATGGTTAAGC-GGAATGATTCAAAGAG 808
Query 740 GATTTATTCCTGATAACGCTACATGTACCTTGATTCTCACTGCATTGTGTGAGAATGGTT 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 809 GATTTATTCCTGATAACGCTACATGTACCTTGATTCTTAGTGCATTGTGTGAGAATGGTT 868
Query 800 TAGTGAATAGAGCGATTTGGTATTTCCGTAAGATGATTGATCTAGGGTTTAAGCCAAACT 859
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||
Sbjct 869 TAGTAAATAGAGCGATTTGGTATTTCCGGAAGATGATTGATTTAGGTTTTAAACCAAACT 928
Query 860 TGATAAATTTTACGTCTTTGATTGATGGGTTATGCAAGAAGGGTAGTATCAAGCAGGCTT 919
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 929 TGATTAATTTTACGTCTTTGATTGATGGGTTATGCAAGAAGGGAAGTATAAAGCAGGCTT 988
Query 920 TTGAAATGTTAGAGGAAATGGTTAGAAATGGGTGGAAGCCAAATGTGTATACACACACGG 979
|||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 989 TTGAGATGTTAGAAGAAATGGTTAGGAACGGTTGGAAACCAAATGTGTATACACACACGG 1048
Query 980 CTTTAATTGATGGGCTATGTAAAAGAGGATGGACTGAGAAAGCGTTTAGGCTGTTCCTGA 1039
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1049 CTTTGATTGATGGGCTATGTAAAAGAGGATGGACTGAGAAAGCGTTTAGGTTGTTCCTGA 1108
Query 1040 AACTCGTTCGTAGTGATACTTACAAACCCAATGTGCATACTTATACTTCGATGATTGGTG 1099
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1109 AACTCGTTCGTAGTGATATTTACAAACCCAATGTGCATACCTATACTTCGATGATTGGTG 1168
Query 1100 GGTATTGCAAGGAAGATAAGTTGAACCGTGCAGAGATGTTGTTTAGTAGAATGAAAGAAC 1159
|||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1169 GGTATTGCAAAGAGGATAAGCTGAACCGTGCAGAGATGTTGTTTAGTAGAATGAAAGAGC 1228
Query 1160 AGGGTTTGTTTCCGAACGTGAACACGTATACAACACTCATCAATGGTCACTGTAAAGCAG 1219
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1229 AGGGTTTGTTTCCTAACGTGAACACGTATACAACACTCATTGATGGTCACTGTAAAGCAG 1288
Query 1220 GAAGCTTCGGTAGAGCGTACGAGTTGATGAATTTGATGGGTGATGAAGGTTTTATGCCGA 1279
||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1289 GAAACTTTGATAGAGCGTACGAGTTGATGAATTTGATGGGTGATGAAGGTTTTAGGCCGA 1348
Query 1280 ATATTTATACGTATAATGCAGCTATTGACAGTCTCTGTAAGAAATCAAGGGCACCTGAGG 1339
||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 ATATTTATACGTATAATGCGGTTATAGACAGTCTCTGTAAGAAATCAAGGGCACCTGAGG 1408
Query 1340 CATATGAGTTGCTGAATAAAGCATTTTCTTGTGGATTAGAAGCTGATGGAGTTACTTACA 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1409 CATATGAGTTGCTGAATAAAGCATTTTCTTGTGGATTAGAAGCAGATGGAGTTACTTACA 1468
Query 1400 CTATTCTTATTCAAGAACAGTGTAAGCAAAATGACATTAACCAAGCTCTTGCTTTTTTCT 1459
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1469 CTATTCTTATCCAAGAACAGTGTAAGCAAAGTGACATTAAGCAAGCTCTTGCTTTTTTCT 1528
Query 1460 GTCGGATGAATAAGACTGGTTTTGAAGCCGATATGCGCCTGAACAACATACTGATAGCTG 1519
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 GTCGGATGAATAAGAGTGGTTTTGAAGCCGATATGCGCCTGAACAACATACTGATAGCTG 1588
Query 1520 CATTTTGTAGGCAAAAGAAAATGAAGGAAAGTGAGAGGCTTTTTCAGTTGGTGGTGAGTC 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1589 CATTTTGTAGGCAAAAGAAAATGAAGGAAAGTGAGAGGCTTTTTCAGTTAGTAGTGAGTC 1648
Query 1580 TTGGATTGATTCCAACGAAGGAGACTTATACGTCTATGATAAGCTGTTATTGTAAAGAAG 1639
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1649 TTGGATTGGTTCCAACGAAGGAGACTTATACGTCTATGATAAGCGGGTATTGTAAAGAAG 1708
Query 1640 GCGACATTGATCTGGCTTTGAAATATTTTCACAACATGAAGAGGCATGGTTGTGTTCCTG 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 GCGACATTGATCTGGCTTTGAAATATTTTCACAACATGAAGAGGCATGGTTGTGTTCCTG 1768
Query 1700 ATAGCTTCACTTATGGTTCACTAATAAGCGGTCTCTGCAAGAAGTCCATGGTAGATGAAG 1759
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 ATAGCTTCACTTATGGTTCACTAATAAGTGGTCTCTGCAAGAAGTCCATGGTAGATGAAG 1828
Query 1760 CTTGTAAGCTTTACGAAGCGATGATTGACAGAGGTTTATCTCCTCCTGAGGTAACTCGAG 1819
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1829 CTTGTAAGCTTTACGAAACGATGATTGACAGAGGTTTATCTCCTCCTGAGGTAACTCGAG 1888
Query 1820 TCACATTAGCATATGAGTATTGTAAGAGGAATGATTCAGCCAATGCAATGATTCTGCTTG 1879
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1889 TCACATTAGCATATGAGTATTGTAAGAGGAATGATTCAGCCAGCGCAATGATTGTGCTTG 1948
Query 1880 AACCTTTAGATAAGAAGCTGTGGATTAGAACGGTTAGGACACTTGTTAGAAAGTTATGTA 1939
||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1949 AACCTCTAGATAAGAAACTATGGATTAGAACTGTTAGGACACTTGTGAGAAAGTTGTGTA 2008
Query 1940 GCGAGAAGAAAGTTGGAGTGGCAGCTCTGTTCTTTCAGAAATTGTTGGAGAAGGACAGTA 1999
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 GTGAGAAGAAAGTCGGAGTGGCAGCTCTGTTCTTTCAGAAATTGTTGGAGAAGGACAGTA 2068
Query 2000 GTGCTGATCGTGTTACCTTAGCTGCTTTCACTACAGCTTGTTCTGAGTCTGGCAAAAACA 2059
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 GTGCTGATCGGGTTACCTTAGCTGCTTTCACTACAGCTTGTTCTGAGTCTGGCAAAAACA 2128
Query 2060 ACCTTGTTACTGATTTGACTGAGAGAATCTCCAGAGGAGTAGGCTAG 2106
| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 ATCTTGTTGCTGATTTGACCGAGAGAATCTCCAGAGGAGTAGGCTAG 2175
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79227709600
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5