BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G20090.1
Length=1983
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492862 jgi|Araly1|492862|fgenesh2_kg.7__2295__AT4G20090.1 3040 0.0
> Ahg492862 jgi|Araly1|492862|fgenesh2_kg.7__2295__AT4G20090.1
Length=1977
Score = 3040 bits (1646), Expect = 0.0
Identities = 1872/1982 (94%), Gaps = 12/1982 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCCAAATGCCCAATCCCAATCCGTATCAGCTTCTTCAGCTACTTT-CTCAAAGAAAG 59
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||
Sbjct 1 ATGCCCAAATGCCCAATCCCAATCCGTATCAGCTTCTTCAGCTA-TTTCCTCAACGAAAG 59
Query 60 TCGAATCCTTTCGAGTAACCCAGTTAACTTCTCTATCCATCTTCG-CT-TCT-CTTCTTC 116
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 60 TCGACTCCTTTCGAGTAACCCAGTTAAGTTCTCTATCCATCTTCGTTTCTCTGCTTCTTC 119
Query 117 TGTTTCGGTTTCTCCTAACCCGTCAATGGAAGTGGTGGAGAATCCATTGGAAGCTCCAAT 176
|||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 120 TGTTTCAGTTTCTCCAAACCCATCAATGGAA---GTGGAGACTCCATTGGAAGCTCCAAT 176
Query 177 CTCGGAGAAGATGTTTAAATCAGCTCCCAAAATGGGTTCTTTCAAGTTGGGTGATTCTAC 236
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 177 CTCGGAGCAGATGTTTAAATCAGCTCCAAAAATGGGTTCTTTCAAGTTAGGTGATTCTAC 236
Query 237 TTTATCTTCAATGATTGAGAGTTACGCCAATTCGGGTGATTTTGATTCGGTAGAGAAGCT 296
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 237 TTTATCTTCAATGATTGAGAATTACGCCAATTTGGGTGATTTTGCTTCGGTGGAGAAGCT 296
Query 297 TTTGAGTCGAATTAGATTAGAGAACAGAGTGATTATAGAGCGTAGTTTCATTGTTGTCTT 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 297 TTTGAGTCGAATTAGATTAGAGAACAGAGTGATTATAGAGCGTAGTTTCATTGTTGTGTT 356
Query 357 TAGAGCTTATGGGAAAGCACATTTGCCTGATAAAGCTGTAGACTTGTTTCATAGAATGGT 416
|||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 357 TAGAGCTTATGGGAAAGCTCATTTACCTGAGAAAGCTGTAGACTTGTTTCATAGGATGGT 416
Query 417 TGATGAGTTTCGATGTAAACGTAGTGTTAAGTCGTTTAACTCTGTGTTGAATGTGATTAT 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CGATGAGTTTCGATGTAAACGTAGTGTTAAGTCGTTTAACTCTGTGTTGAATGTGATTAT 476
Query 477 AAACGAGGGTCTTTATCATCGAGGATTGGAGTTTTATGATTATGTTGTGAATTCCAACAT 536
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AAACGAGGGTCTTTATCACCGAGGGTTGGAGTTTTATGATTATGTTGTGAATTCCAACAT 536
Query 537 GAACATGAACATTTCTCCTAATGGGTTGAGTTTTAATTTGGTCATTAAGGCTCTTTGTAA 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 537 GAACATGAACATTTCTCCTAATGGGTTGAGTTTTAATTTAGTTATTAAGGCTCTTTGTAA 596
Query 597 GTTAAGATTTGTGGATAGAGCTATTGAGGTCTTCAGAGGAATGCCTGAGAGAAAGTGTTT 656
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 597 GTTGGGATTTGTGGATCGAGCTATTGAGGTCTTCAGGGGAATGCCTGAGAAAAAGTGTTT 656
Query 657 GCCTGATGGTTATACGTATTGTACATTGATGGATGGGTTGTGTAAGGAGGAAAGGATTGA 716
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GCCTGATGGGTATACGTATTGTACATTGATGGATGGGTTGTGTAAGGAGGAAAGGATTGA 716
Query 717 TGAGGCGGTTTTACTGTTGGATGAGATGCAGAGCGAGGGGTGTTCACCGAGTCCGGTTAT 776
||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 717 TGAAGCGGTTTTACTGTTGGATGAGATGCAGAGTGAAGGGTGTTCACCGAGCCCGGTAAT 776
Query 777 ATATAATGTGTTGATTGATGGATTGTGCAAGAAAGGGGATTTGACACGGGTGACAAAGCT 836
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ATATAATGTCTTGATTGATGGATTGTGCAAGAAAGGGGATTTGACACGGGTGACAAAGCT 836
Query 837 TGTGGATAATATGTTTCTTAAGGGATGTGTTCCTAATGAGGTTACTTATAATACGCTTAT 896
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TGTGGATAATATGTTTCTTAAGGGATGTTTTCCTAATGAGGTTACTTATAATACGCTTAT 896
Query 897 TCATGGTCTATGTCTTAAGGGTAAGTTAGATAAAGCTGTTAGTCTCTTGGAGCGGATGGT 956
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 897 TCATGGTCTATGTCTTAAGGGTAAATTGGATAAAGCTGTTAGTCTCTTAGAACGGATGGT 956
Query 957 GTCTAGCAAATGTATCCCAAATGATGTCACATATGGAACGCTGATTAATGGGTTGGTTAA 1016
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTCGAGCAAATGTATCCCGAATGATGTCACATATGGAACGCTGATTAATGGGTTGGTTAA 1016
Query 1017 GCAAAGACGAGCAACGGATGCGGTTAGGTTGTTGAGCTCTATGGAAGAAAGAGGGTATCA 1076
|||||||||||||| ||| | || ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GCAAAGACGAGCAATGGACGGGGCTAGATTGCTGATCTCTATGGAAGAAAGAGGGTATCG 1076
Query 1077 TTTGAATCAGCATATTTATTCGGTCCTTATAAGTGGGTTGTTCAAAGAGGGAAAGGCCGA 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1077 TTTGAATCAGCATATTTATTCGGTCCTTATAAGTGGGTTGTTTAAAGAGGGAAAAGCTGA 1136
Query 1137 GGAGGCTATGTCCTTGTGGAGGAAAATGGCAGAGAAAGGATGCAAGCCCAATATTGTTGT 1196
|| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1137 AGAAGCTATGACCTTGTGGAAGAAAATGGCGGAGAAAGGTTGCCAGCCCAATATTGTTGT 1196
Query 1197 GTACAGTGTTCTTGTAGATGGTTTATGCCGCGAAGGGAAACCAAATGAAGCTAAAGAGAT 1256
|||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1197 GTACAGTGCTGTTGTAGATGGTTTATGCCGAGAAGGGAAACCAAATGAAGCTAAAGAAAT 1256
Query 1257 CCTTAATAGAATGATT-GCTAGTGGCTGCTTGCCCAATGCGTATACGTATAGCTCATTGA 1315
|||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1257 ACTTAATGGAATGATTAG-TAGTGGCTGCTTGCCTAATGTGTATACGTATAGCTCCTTGA 1315
Query 1316 TGAAAGGATTCTTCAAAACTGGTCTTTGTGAAGAAGCGGTTCAAGTGTGGAAAGAGATGG 1375
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1316 TGAAAGGATTCTTCAAAACTGGTCTTAGTGAAGAAGCGATTCAAGTGTGGAGAGAGATGG 1375
Query 1376 ATAAAACCGGATGTTCTCGAAATAAGTTTTGTTATAGTGTTCTAATCGATGGTCTTTGTG 1435
|| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 ATGAAACCGGATGCTCTCGAAATGAGTTTTGTTATAGTGTTCTAATCGATGGTCTTTGTG 1435
Query 1436 GGGTTGGGAGAGTTAAGGAGGCTATGATGGTGTGGTCAAAGATGCTCACTATCGGGATCA 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GGGTTGGGAGAGTTAAGGAGGCTATGATGGTGTGGTCAAAGATGCTCACTATCGGGATCA 1495
Query 1496 AACCTGATACAGTAGCTTATAGCTCAATTATAAAAGGTCTTTGTGGTATTGGCTCGATGG 1555
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1496 AACCTGATACAGTTGCTTATAGCTCAATGATAAAAGGTCTTTGTGGTATTGGCTCAATGG 1555
Query 1556 ATGCGGCCTTAAAACTTTACCATGAGATGTTATGCCAAGAAGAACCCAAGTCACAACCTG 1615
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATGCAGCATTAAAACTTTACCATGAGATGTTATGCCAAGAAGAACCCAAGTCACAACCTG 1615
Query 1616 ATGTTGTTACTTATAATATACTTCTTGATGGCTTATGTATGCAAAAAGATATCTCTAGAG 1675
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1616 ATGTTGTTACTTATAATATACTTCTCGATGGCTTATGTATGCAGAAAGATGTCTCTAGAG 1675
Query 1676 CAGTAGATCTCTTGAACTCTATGTTAGATAGAGGTTGTGATCCCGATGTTATTACGTGTA 1735
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CAGTTGATCTCTTGAACTGTATGTTAGATAGAGGTTGTGATCCCGATGTTATTACGTGTA 1735
Query 1736 ACACCTTTTTGAATACTTTGAGCGAGAAGTCAAATTCTTGTGACA-AAGGGAGGAGTTTT 1794
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1736 ACACCTTTTTGAATACTTTGAGCGAGAAATCAGATTCTTGTGA-AGAAGGGAGGAGTTTT 1794
Query 1795 CTAGAAGAGCTTGTTGTAAGGCTCTTAAAGCGTCAGAGAGTATCAGGCGCGTGTACGATT 1854
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||
Sbjct 1795 CTAGAAGAGCTTGTTGCGAGGCTCTTAAAGCGTCAGAGAGTAACAGGCGCTTGTAAGATT 1854
Query 1855 GTGGAAGTAATGCTGGGTAAGTATCTGGCACCGAAGACCTCCACTTGGGCGATGATTGTT 1914
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1855 GTGGAAGTAATGCTGGGTAAGTATCTAGCACCGAAGACCTCCACTTGGGCAATGATTGTT 1914
Query 1915 CGAGAGATCTGTAAACCAAAGAAGATCAATGCCGCCATTGATAAATGCTGGAGGAACCTG 1974
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CCAGAGATCTGTAAACCAAAGAAGATCAATGCCGCCATTAATAAATGCTGGAGGAACCTG 1974
Query 1975 TG 1976
||
Sbjct 1975 TG 1976
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74542609465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5