BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G20400.1 Length=3319 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg492821 jgi|Araly1|492821|fgenesh2_kg.7__2254__AT4G20400.1 5173 0.0 > Ahg492821 jgi|Araly1|492821|fgenesh2_kg.7__2254__AT4G20400.1 Length=3193 Score = 5173 bits (2801), Expect = 0.0 Identities = 3085/3219 (96%), Gaps = 31/3219 (1%) Strand=Plus/Plus Query 22 aaaaaaaaaaCCTCTTTCACAGATATTTAACCAAAAGGTTTTAGATTTATACTATACGTT 81 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| Sbjct 1 AAAAAAAAAACCTCTTTCGCAGATATTTAACCAAAATGTTTTAGA-TT-TA-TATACGTT 57 Query 82 ACAAATAAAA-TTCGAGAGTCAAATTCAATCTTGGGAAAAGCTTTTGTTCCGAATCTTGG 140 ||||| |||| || | |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 58 ACAAA-AAAATTTGGTGAGTCAAATTCAATCTTGAGAAAAAC-TTTGTTCCGAATCTTGG 115 Query 141 CCCCTTCACGAAGGTCACGGGTTAAAAGTATCGATCTTTGTGAACTTAATCTCACTGTAA 200 |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 116 CCCCTTCACGAAGGTCGCGGGTTTAAAGTATCGATCTTTGTGAACCTAATCTCATTGTAA 175 Query 201 ATGGATCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 260 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 176 ATGGACCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 235 Query 261 TCGATTAAAGGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTACTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 320 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 236 TCGATTAAAAGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTAGTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 295 Query 321 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCTTTGGTTGATGACGCTCCCATCTTTTAT 380 |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| Sbjct 296 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCGTCGGTTGATGACGCTCCCATATTTTAT 355 Query 381 CCCACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGAGAAGTTGCGCT-CTAAAGC 439 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| Sbjct 356 CCTACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGACAAGTTGCG-TAGTAAAGC 414 Query 440 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCTTGCCCTCT 499 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 415 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCCTGTCCTCT 474 Query 500 GAAGGAGaaaaaaaTATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGTTCATTGACTT 559 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 475 GAAGGAGAAAAAAATATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGCTGATTGACTT 534 Query 560 GCTTCAAAACCGAGAACCGATTAAAAAATCTACTAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 619 |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 GCTTCAAAACAGAGAACCGATTAAAAAATCTACCAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 594 Query 620 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAAAAGAGATTCAGGCTGTGATACGGCTTCCTC 679 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | || Sbjct 595 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAGAAGAGATTCAGGCTGTGATACTGC-T--TC 651 Query 680 TGGCTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGACTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 739 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 652 ---CTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGAGTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 708 Query 740 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGTCAGAGGATCATCC 799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 709 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGGCAGAGGATCATCC 768 Query 800 TGGTTCCAAAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACCTTGAAGGTGA 859 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 769 TGGTTCCAGAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACATCGAAGGTGA 828 Query 860 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAGGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 919 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 829 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAAGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 888 Query 920 GGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATAAACCGGGGTATCCTATAAGTGA 979 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| Sbjct 889 AGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATACACCAGGGTATCCTAAAAGTGA 948 Query 980 AGCAGATCAATACTCTCAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1039 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 949 AGCAGATCAATACTCTGAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1008 Query 1040 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1009 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1068 Query 1100 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCATGAACTA 1159 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1069 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCTTGAACTA 1128 Query 1160 CTTACACACAGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCTGAGTCTTT 1219 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1129 CTTACACACGGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCCGCGTCTTT 1188 Query 1220 TGAAAATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1279 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1189 TGAAGATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1248 Query 1280 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1339 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1249 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1308 Query 1340 AGCTGTCCAGCGCAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1399 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1309 AGCTGTCCAGCGTAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1368 Query 1400 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1459 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1369 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1428 Query 1460 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1519 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1429 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1488 Query 1520 CAAGCTGCTTCTTGGAGCTGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1579 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1489 CAAGCTGCTTCTTGGAGCAGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1548 Query 1580 AAAGAAGAAGACTCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1639 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1549 AAAGAAGAAGAATCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1608 Query 1640 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGTGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAATCACCTTCAAGA 1699 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1609 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGGGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAACCACCTTCAAGA 1668 Query 1700 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTCGACAATAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1759 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1669 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTTGACATTAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1728 Query 1760 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1819 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1729 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1788 Query 1820 TGCATGTCTTATCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGATAGATATATCCT 1879 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1789 TGCATGTCTTACCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGAGAGATTTATCCT 1848 Query 1880 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1939 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1849 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1908 Query 1940 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCAAGAGC 1999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1909 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCGAGAGC 1968 Query 2000 AAGAGAATATGCTTACCTCAAGTCTGCCCCATGTATAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2059 |||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1969 AAGAGAATATTCTTACCTCAAGACTACCTCATGTTTAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2028 Query 2060 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2119 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2029 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2088 Query 2120 CTCAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGATTCA-GATGTAAATCGCCATGGTC 2178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| Sbjct 2089 CACAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGAT-CAAGATGTAAATCACCATGGTC 2147 Query 2179 ATGAAAGCGAAAGAAATCATGTACATGGGATCACTGATAAGTCAGCTGTCACGGATGTAA 2238 ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2148 ATGAAAGCGAAAGTAATCATGTACATGGCATCACTGATAAGTCTGCTGTCACGGATGTAA 2207 Query 2239 AACTTGGTGTGGGAGGTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2298 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2208 AACTTGGTGAGGGAGTTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2267 Query 2299 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGTGGATGGTTGTTTAGGAG 2358 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || | Sbjct 2268 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGT--A-GC--G----GG-G 2317 Query 2359 GGAAGGACCAAAATGCTGCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAGTTCTG 2418 ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2318 --AAGGACCAAGACGCTTCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAACTCTG 2375 Query 2419 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAGGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2478 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2376 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAAGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2435 Query 2479 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGTGTGCTTGACCCAACAAACCTAACCAACTACATCTCAG 2538 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2436 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGCGTGCTTGACCCAACAAAACTAACCAACTACATCTCAG 2495 Query 2539 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCATTGTTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2598 ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2496 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCACTATTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2555 Query 2599 CTGAGAATTTCTCGAATGTATCTGCTGAAAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2658 ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2556 CTGAGAATTTCTCAAATGTATCTGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2615 Query 2659 AACTCGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2718 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2616 AACTTGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2675 Query 2719 TGGAGAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2778 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2676 TGGAAAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2735 Query 2779 TTGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTATTGGAACCAAAAAGCAGTGAAAC 2838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 2736 TCGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTACTGGAACCAAAAAGCAGTTAAAC 2795 Query 2839 TGTTTGGTGCTGAACCAATAAAGGAAGGAGAAAAGGATGATACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2898 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2796 TGTTTGGTGCTGAACCACCAAAGGAAGGAGAAAAGGATGACACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2855 Query 2899 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGTGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2958 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2856 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGCGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2915 Query 2959 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGTGGTGAGACTCGCAACACCGAGCTCA 3018 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2916 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGCGGTGAGACACGCAACACCGAGCTCA 2975 Query 3019 AGGAAGAGCTCTCTACTTTGGTTGATAAGATGGAGATAAGTCCTTAAGGAGGAGCAAGCA 3078 ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| || |||||| || Sbjct 2976 AGGAAGAACTCTCTACTTTGGTAGATAAGATGGAGAAAAGCCCTTAATGATGAGCAACCA 3035 Query 3079 GATAAACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTTATAAACT 3138 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 3036 AATACACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTT-TAATCT 3094 Query 3139 GTATCAGT-AGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAA-GTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3196 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3095 GTATCAGTCAGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAAAGTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3154 Query 3197 GACATGTCTTTCCTTTTTACCAAAAAAGGGTTTAGGATT 3235 |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| Sbjct 3155 GACATGTCTTTCCTTTTTACTAAAAAAAGGTTTAAGATT 3193 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 125285530316 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5