BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G20400.1
Length=3319
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg492821 jgi|Araly1|492821|fgenesh2_kg.7__2254__AT4G20400.1 5173 0.0
> Ahg492821 jgi|Araly1|492821|fgenesh2_kg.7__2254__AT4G20400.1
Length=3193
Score = 5173 bits (2801), Expect = 0.0
Identities = 3085/3219 (96%), Gaps = 31/3219 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 aaaaaaaaaaCCTCTTTCACAGATATTTAACCAAAAGGTTTTAGATTTATACTATACGTT 81
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 1 AAAAAAAAAACCTCTTTCGCAGATATTTAACCAAAATGTTTTAGA-TT-TA-TATACGTT 57
Query 82 ACAAATAAAA-TTCGAGAGTCAAATTCAATCTTGGGAAAAGCTTTTGTTCCGAATCTTGG 140
||||| |||| || | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 58 ACAAA-AAAATTTGGTGAGTCAAATTCAATCTTGAGAAAAAC-TTTGTTCCGAATCTTGG 115
Query 141 CCCCTTCACGAAGGTCACGGGTTAAAAGTATCGATCTTTGTGAACTTAATCTCACTGTAA 200
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 116 CCCCTTCACGAAGGTCGCGGGTTTAAAGTATCGATCTTTGTGAACCTAATCTCATTGTAA 175
Query 201 ATGGATCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 260
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 ATGGACCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 235
Query 261 TCGATTAAAGGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTACTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 320
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TCGATTAAAAGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTAGTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 295
Query 321 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCTTTGGTTGATGACGCTCCCATCTTTTAT 380
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 296 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCGTCGGTTGATGACGCTCCCATATTTTAT 355
Query 381 CCCACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGAGAAGTTGCGCT-CTAAAGC 439
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||
Sbjct 356 CCTACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGACAAGTTGCG-TAGTAAAGC 414
Query 440 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCTTGCCCTCT 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 415 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCCTGTCCTCT 474
Query 500 GAAGGAGaaaaaaaTATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGTTCATTGACTT 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 475 GAAGGAGAAAAAAATATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGCTGATTGACTT 534
Query 560 GCTTCAAAACCGAGAACCGATTAAAAAATCTACTAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 619
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GCTTCAAAACAGAGAACCGATTAAAAAATCTACCAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 594
Query 620 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAAAAGAGATTCAGGCTGTGATACGGCTTCCTC 679
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 595 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAGAAGAGATTCAGGCTGTGATACTGC-T--TC 651
Query 680 TGGCTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGACTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 739
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 652 ---CTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGAGTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 708
Query 740 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGTCAGAGGATCATCC 799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 709 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGGCAGAGGATCATCC 768
Query 800 TGGTTCCAAAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACCTTGAAGGTGA 859
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 769 TGGTTCCAGAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACATCGAAGGTGA 828
Query 860 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAGGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 919
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAAGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 888
Query 920 GGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATAAACCGGGGTATCCTATAAGTGA 979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||
Sbjct 889 AGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATACACCAGGGTATCCTAAAAGTGA 948
Query 980 AGCAGATCAATACTCTCAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1039
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 AGCAGATCAATACTCTGAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1008
Query 1040 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1068
Query 1100 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCATGAACTA 1159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1069 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCTTGAACTA 1128
Query 1160 CTTACACACAGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCTGAGTCTTT 1219
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1129 CTTACACACGGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCCGCGTCTTT 1188
Query 1220 TGAAAATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1279
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 TGAAGATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1248
Query 1280 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1308
Query 1340 AGCTGTCCAGCGCAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1399
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 AGCTGTCCAGCGTAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1368
Query 1400 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1428
Query 1460 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1488
Query 1520 CAAGCTGCTTCTTGGAGCTGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1579
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 CAAGCTGCTTCTTGGAGCAGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1548
Query 1580 AAAGAAGAAGACTCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1639
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 AAAGAAGAAGAATCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1608
Query 1640 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGTGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAATCACCTTCAAGA 1699
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1609 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGGGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAACCACCTTCAAGA 1668
Query 1700 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTCGACAATAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1759
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTTGACATTAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1728
Query 1760 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1788
Query 1820 TGCATGTCTTATCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGATAGATATATCCT 1879
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1789 TGCATGTCTTACCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGAGAGATTTATCCT 1848
Query 1880 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1908
Query 1940 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCAAGAGC 1999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1909 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCGAGAGC 1968
Query 2000 AAGAGAATATGCTTACCTCAAGTCTGCCCCATGTATAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2059
|||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 AAGAGAATATTCTTACCTCAAGACTACCTCATGTTTAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2028
Query 2060 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2088
Query 2120 CTCAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGATTCA-GATGTAAATCGCCATGGTC 2178
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 2089 CACAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGAT-CAAGATGTAAATCACCATGGTC 2147
Query 2179 ATGAAAGCGAAAGAAATCATGTACATGGGATCACTGATAAGTCAGCTGTCACGGATGTAA 2238
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2148 ATGAAAGCGAAAGTAATCATGTACATGGCATCACTGATAAGTCTGCTGTCACGGATGTAA 2207
Query 2239 AACTTGGTGTGGGAGGTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2298
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 AACTTGGTGAGGGAGTTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2267
Query 2299 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGTGGATGGTTGTTTAGGAG 2358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || |
Sbjct 2268 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGT--A-GC--G----GG-G 2317
Query 2359 GGAAGGACCAAAATGCTGCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAGTTCTG 2418
||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2318 --AAGGACCAAGACGCTTCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAACTCTG 2375
Query 2419 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAGGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2376 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAAGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2435
Query 2479 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGTGTGCTTGACCCAACAAACCTAACCAACTACATCTCAG 2538
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2436 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGCGTGCTTGACCCAACAAAACTAACCAACTACATCTCAG 2495
Query 2539 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCATTGTTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2598
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2496 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCACTATTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2555
Query 2599 CTGAGAATTTCTCGAATGTATCTGCTGAAAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2658
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2556 CTGAGAATTTCTCAAATGTATCTGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2615
Query 2659 AACTCGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2718
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2616 AACTTGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2675
Query 2719 TGGAGAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2778
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2676 TGGAAAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2735
Query 2779 TTGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTATTGGAACCAAAAAGCAGTGAAAC 2838
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2736 TCGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTACTGGAACCAAAAAGCAGTTAAAC 2795
Query 2839 TGTTTGGTGCTGAACCAATAAAGGAAGGAGAAAAGGATGATACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2898
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2796 TGTTTGGTGCTGAACCACCAAAGGAAGGAGAAAAGGATGACACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2855
Query 2899 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGTGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2856 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGCGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2915
Query 2959 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGTGGTGAGACTCGCAACACCGAGCTCA 3018
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2916 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGCGGTGAGACACGCAACACCGAGCTCA 2975
Query 3019 AGGAAGAGCTCTCTACTTTGGTTGATAAGATGGAGATAAGTCCTTAAGGAGGAGCAAGCA 3078
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| || |||||| ||
Sbjct 2976 AGGAAGAACTCTCTACTTTGGTAGATAAGATGGAGAAAAGCCCTTAATGATGAGCAACCA 3035
Query 3079 GATAAACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTTATAAACT 3138
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 3036 AATACACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTT-TAATCT 3094
Query 3139 GTATCAGT-AGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAA-GTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3196
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3095 GTATCAGTCAGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAAAGTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3154
Query 3197 GACATGTCTTTCCTTTTTACCAAAAAAGGGTTTAGGATT 3235
|||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||
Sbjct 3155 GACATGTCTTTCCTTTTTACTAAAAAAAGGTTTAAGATT 3193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125285530316
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5