BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G20740.1
Length=2184
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg946121 jgi|Araly1|946121|scaffold_702350.1 3347 0.0
> Ahg946121 jgi|Araly1|946121|scaffold_702350.1
Length=2240
Score = 3347 bits (1812), Expect = 0.0
Identities = 2076/2202 (94%), Gaps = 24/2202 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAATCACCAAAACCTCCGAATCTCTCTGATAAATCTCTTAAACCCAATTTCTTCCAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 23 ATGAAATCACCAAAACCTCCGAATCTCTCTGATAAATCTCTTAAACCCAATTTCTTCTAC 82
Query 61 GGACACCGTAAGCCGTCACAAAACCGCCCAACT-GTCTACGGTGGTCTCTTCTCCAA-CC 118
|| |||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 83 GGCCACCGTAAACCGTCACAAAACCGCCCAA-TCGTATACGGTGGTCTCTTCT-CAACCC 140
Query 119 GCCAATCTATACCCAGAGTCTCACCCCAACCACAATCCAACTCCCTCGCTCACCGAACAC 178
|||||||| || |||||| |||||||||| | | ||| ||| || |||||||||||||||
Sbjct 141 GCCAATCTCTATCCAGAGACTCACCCCAATCTCCATCAAACGCCGTCGCTCACCGAACAC 200
Query 179 CTTTCGATCTCCGCAAATGGGATCCAGAAACCCATCTCCC-TC--------CT-C--CTT 226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||
Sbjct 201 CTTTCGATCTCCGCAAATGGGATCCAGAAACCCATCTCCCTTCAGAAAGATCTCCTTCTT 260
Query 227 CTCCGCCGTCACATTCCACGGTGATCTCCGCCGCCTCCGAGCGTCTATCTCCAATCGCGA 286
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||
Sbjct 261 CTCCGCAGTCACATTCCACGGTGATCTCCGCCGCCTCCGAACGTTTATCTCCGATCGCGA 320
Query 287 GATTCGTCCTCGACGCATTCCGTAAGAACCGTAACCATTGGGGTCCCTCAGTGGTCTCCG 346
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 321 GATTCGTCCTCGACGCATTCCGCAAGAATCGTAACCATTGGGGTCCCTCAGTAGTCTCGG 380
Query 347 AGCTAAACAAACTCCGCCGCGTCACACCAAGTATCGTCGCCGAGGTTTTGAAACTAGGTA 406
||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 381 AGCTAAACAAACTCCGCCGTGTAACGCCGAGTATCGTCGCCGAGGTTTTGAAATTAGGAA 440
Query 407 ACGATGCTGCAGTC-GCGGCTAAGTTCTTTCATTGGGCTGGTAAACAAAAAGGGTATAAA 465
|||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 441 ACGATGCTACAG-CTGCGGCTAAGTTCTTTCATTGGGCTGGTAAACAAAAAGGGTACAAA 499
Query 466 CACGATTTCGCTGCTTACAATGCTTTTGCTTATTGCCTTAATCGAAACGGACATTTTCGT 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 CACGATTTCGCTGCTTACAATGCTTTTGCTTATTGCCTTAATCGAAACGGACATTTTCGT 559
Query 526 GCTGCGGATCAGTTACCTGAGCTTATGGATTCTCAGGGAAGACCACCGTCGGAGAAACAA 585
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 GCTGCGGATCAATTGCCTGAGCTTATGGATTCTCAGGGAAGACCACCGTCGGAGAAACAG 619
Query 586 TTTGAGATTTTGATTAGAATGCACGCTGATAATAGAAGAGGTTTAAGGGTTTATTACGTT 645
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 TTTGAGATTTTGATTAGAATGCACGCGGATAACAGAAGAGGTTTAAGGGTTTATTACGTT 679
Query 646 TACGAGAAGATGAAGAAGTTTGGGTTTAAGCCTAGGGTGTTCTTGTATAATAGGATTATG 705
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 680 TACGAGAAGATGAAGAAGTTTGGGTTTAAGCCTAGGGTGTTCTTGTATAATAGGATAATG 739
Query 706 GATGCTTTGGTTAAAAATGGTTACTTTGATTTAGCTTTGGCTGTTTATGAGGATTTTAAG 765
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 GATGCTTTGGTGAAAAATGGTTACTTTGATTTAGCTTTGGCTGTTTATGAGGATTTTAAA 799
Query 766 GAAGATGGGTTGGTGGAGGAGAGTACTACTTTTATGATCTTGGTTAAAGGGTTGTGTAAA 825
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 GAAGATGGGTTGGTGGAGGAGAGTACTACTTTCATGATCTTGGTTAAAGGGTTGTGTAAA 859
Query 826 GCAGGTAGGATCGAGGAAATGCTTGAGATTTTGCAGAGAATGAGGGAGAATTTGTGTAAG 885
|||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 GCAGGTAGAATCGAAGAAATGCTCGAGATTTTGCAGAGAATGAGGGAGAATTTGTGTAAG 919
Query 886 CCTGATGTTTTTGCTTACACGGCTATGATCAAGACTTTGGTTTCTGAAGGGAACTTGGAT 945
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 CCTGATGTTTTTGCTTACACAGCAATGATCAAGACTTTGGTTTCTGAAGGGAACTTGGAT 979
Query 946 GCAAGTTTACGAGTTTGGGATGAGATGAGACGGGATGAGATAAAACCGGATGTGATGGCG 1005
||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 GCAAGTTTACGAGTTTGGGATGAAATGAAACGCGATGAGATAAAACCGGATGTGATGGCG 1039
Query 1006 TATGGAACACTTGTTGTGGGTTTGTGCAAGGACGGTAGAGTTGAAAGAGGCTATGAGTTG 1065
||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1040 TATGGAACACTTGTTGTGGGTCTGTGTAAAGACGGTAGAATTGAAAGAGGCTATGAATTG 1099
Query 1066 TTTATGGAGATGAAGGGGAAA-CAGATTTTGATTGATAGGGAGATCTACAGGGTTTTGAT 1124
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1100 TTTATGGAGATGAA-GGGAAAGCAGATTTTGATTGATAGGGAGATCTACAGGGTTTTAAT 1158
Query 1125 TGAAGGATTTGTAGCGGATGGGAAGGTTAGATCTGCTTGCAATCTGTGGGAGGATCTTGT 1184
|||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||
Sbjct 1159 TGAAGGGTTTGTTGCGGATGGGAAGGTCAGATCTGCTTGCGATCTGTGGAAGGATCTGGT 1218
Query 1185 GGATTCTGGGTATATAGCTGATATAGGGATATACAATGCAGTTATTAAAGGGTTATGTAG 1244
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1219 GGATTCTGGGTACATAGCTGATCTAGGGATATACAATGCTGTTATTAAAGGTTTATGTAG 1278
Query 1245 TGTGAACCAGGTTGATAAAGCATATAAGCTCTTCCAAGTTGCAATTGAGGAAGAACTAGA 1304
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 TGTGAATCAGGTTGATAAAGCATATAACCTCTTCCAAGTTGCAATTGAGGAAGAACTAGA 1338
Query 1305 ACCAGATTTTGAGACTCTAAGTCCCATTATGGTTGCTTATGTTGTGATGAATAGACTGAG 1364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1339 ACCAGATTTTGAGACTCTAAGTCCCATTATGGTTGCATATGTGGTGATGAATAGACTAAG 1398
Query 1365 TGATTTCTCCAATGTGCTAGAACGAATTGGAGAATTAGGATACCCTGTCTCAGATTACCT 1424
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1399 TGATTTCTCCAATTTGCTAGAACGAATTGGAGAATTAGGACACCCTGTCACAGATTACCT 1458
Query 1425 TACACAATTTTTTAAATTGTTGTGTGCTGATGAAGAAAAGA-ATGCGATGGCTTTAGATG 1483
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1459 TACACAATTTTTTAAATTGTTATGTGCTGACGAAGAAAAGAGA-ACGATGGCTTTAGATG 1517
Query 1484 TCTTTTATATACTAAAGACTAAAGGTCATGGCAGTGTCTCTGTGTACAACATTCTTATGG 1543
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 TCTTTGATATACTAAAGACTAAAGGTCATGGCAGTGTCTCTGTGTACAACATTCTTATGG 1577
Query 1544 AAGCTCTTTACAAGATGGGTGATATTCAAAAGTCCTTGTCACTTTTCTATGAAATGAGGA 1603
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 AAGCTCTTTACAAGATCGGTGATATTCAAAAGTCCTTGTCACTTTTCTATGAAATGAGGG 1637
Query 1604 AACTTGGGTTTGAACCAGATTCATCATCTTACAGTATTGCAATTTGCTGTTTTGTTGAGA 1663
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
Sbjct 1638 AATTTGGGTTTGAACCAGATTCATCATCTTACAGTATTGCACTTTGCTGCTTTGTTGACA 1697
Query 1664 AAGGGGATGTCAAAGCGGCTTGTTCATTTCATGAAAAAATCATTGAGATGTCGT-GTGTT 1722
||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1698 AAGGGGATGTCCAAGAGGCTTGTTCATGTCATGAAAAAATCATTGAGATGTC-TCGTGTT 1756
Query 1723 CCTTCCATAGCTGCGTATCTGTCTCTCACTAAAGGTCTCTGCCAAATTGGAGAAATTGAT 1782
||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1757 CCTTCCAAAGCTGCTTATTTGTCTCTTACTAAAGGACTCTGCCAAATTGGAGAAATTGAT 1816
Query 1783 GCGGTGATGTTATTAGTCCGTGAATGTCTAGGAAATGTTGAAAGTGGTCCTATGGAGTTT 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 GCGGTGATGTTATTAGTCCGTGAATGTCTAGGAAACGTTCAAAGTGGTCCTATGGAGTTT 1876
Query 1843 AAGTACGCTCTTACGGTTTGTCATGTATGCAAAGGTAGTAATGCCGAGAAGGTTATGAAG 1902
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1877 AAGTACGTTCTTAGGGTTTGTCATGTATGCAAAGGTAGTAATGCCGAGAAGGTTATGGAG 1936
Query 1903 GTGGTAGACGAGATGAACCAGGAAGGTGTCTTTATCAATGAAGTTATATACTGTGCGATT 1962
|| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1937 GTAGTAGATGAGATGAACCAGGAAGGTGTCTCTATCAATGAAGTTATATACTGTGCAATT 1996
Query 1963 ATCTCTGGTATGTCTAAGCATGGAACAATAAAAGTAGCAAGAGAAGTCTTTACAGAGCTG 2022
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1997 ATCTCTGGTATGTCTAAGCATGGAACAATAAAAGCAGCAAGAGAAGTCTTTGCAGAGCTG 2056
Query 2023 AAAAAGCGCAAAGTCATGACAGAGGCTGATATGGTAGTCTATGAGGAAATGTTAATTGAG 2082
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2057 AAAAAGCGCAAAGTCATGACTGAGGCTGACATGGTAGTCTATGATGAAATGTTAATTGAG 2116
Query 2083 CAGACAAAGAAGAAGACAGCTGATTTGGTGCTTTCAGGGATCAAGTTTTTTGGTCTCGAA 2142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 CAGACAAAGAAGAAGACAGCTGATTTGGTGCTTTCAGGGATCAAGTTTTTTGGTCTCGAA 2176
Query 2143 TCAAAACTAAGAGCAAAGGGTTGCAGACTACTCGATAACTAA 2184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2177 TCAAAACTAAGAGCAAAGGGTTGCAGACTACTCGATAACTAA 2218
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82198748710
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5